increment the event counter only in even loop and not in task loop

make Init methods public

make Init methods public

specified projecile and target to the generator

RAW QA only for calibration events

Memory leak fixed

New algorithm in Multiplicity reconstructor + several mods in the TrackleterSPDEff class, in the ITS RecoParam and in the reconstructor (D. Elia)

Please be more careful - never cache the data from the reco-params, but rather use them directly in the reconstruct methods. Bug fix to a crash in the init of the reconstruction.

Simplifying the macro

- make sure all tracks are treated in the same way during track improvement
- protection in Smoother against tracks made of only 2 clusters

Philippe P.

Modifications to use 1D SDD clusters for tracking (A. Dainese)

Using switch for- Tot charge/Max charge
Getters declared constant

Adding switch - usage of maximal or total charge for dEdx
Upper and lower limit for truncated dEdx calculation

(Marian)

Adding dummy drift velocity calibration

Cosmetic fixes

TRU hardware addresses are added

DA are updated to a new raw data decoder AliCaloRawStreamV3

1. Adding drift correction calibration
2. Update and UpdateRunInformations(Int_t run, Bool_t force=kFALSE)
   in public interface.

3. UpdateRunInformations
   Update Pressure(GRP), Temperature, Drift velocity correction,HighVoltage
   In offline to be used just once
   HLT can use it to update the current information which will be than used
   for corrections

4. Test of functionality was done using CalibMacros/calibEnv.C

Misprint fixed

Files reverted, were deleted by fault

Updated parameters of the V0 finder (Ana)

Obsolete classes are removed

Raw data decoder is migrated from AliCaloRawStream to AliCaloRawStreamV3

Optimization of the TOF core with callgrind:

- TOF::Digits2Raw() and down .., esp GetCheckedIndex, GetDigitIndex
  takes 17.4% of times of all, and nearly 100% of Raw Write files
  13 106 times called
- AliTOFDigitMap calls 13 109 time Ali2Digit conversion,
=> AliTOF::GetDigitIndex() cache index in a temporary - instead of two just one call

- GetFilledCellNumber() a total disaster - loop over all possible channels, and each time calculating (10-mults, 5-adds)x2
=> Rewritten completely.

Matevz & Stefan

In reconstruction:
 - Correct calculations of energy loss and multiple scattering in absorber.
 - Avoid re-extrapolating tracks to vertex in MUONRecoCheck.C
(Diego and Philippe P.)

not needed

Scaler added to raw data streaming class

 T0time -clock added

Adding new READMEcalign page in documentation

- Adding comments in newly added classes (in calign)
- Updated loadlibs.C
- Corrected libMUONcalign.pkg
(Andry)
- Moving AliMUONAlignment class from libMUONrec in libMUONcalign
(Ivana)

Adding READMEcalign.txt
(Javier)

Adding interaction time with reference point (Alla)

Modifications to RecoParam for Cosmic run 2009(A. Dainese)

Modifications to RecoParam for Cosmic run 2009 (A. Dainese)

Adopting the new LDC configuration @p2 for the SSD (Panos)

bugfix: creating publishers for digit data and raw data correctly
with respect to availability of runloader and rawreader, i.e.
AliSimulation and AliReconstruction

minor correction in macro documentation

added default OCDB configuration objects for ITS components

In mapping:
Updated the list of libraries in mlibs.C.

Some leftover changes (Jean-Luc C.)

Multiplicities in VZERO are now float numbers (in units of MIP) (Brigitte)

Correcting SPD trigger signals according to the naming scheme

Correction in AddTriggerIR()

Applying some of the naming convention rules.

Applying some of the naming convention rules.

Update in error treatment

IR datum changed to array of pointers.

Removing obsolete class and macros from mapping

Obsolete CTP config file.

MUON CTP config file using the trigger naming scheme. The only item to be decided is the single high Pt muon trigger.

Separating mapping graphics classes in a new library, MUONmpgraphics.
- This library is not linked with aliroot
- This makes mapping library independent from Root GUI classes

Use branch switching on/off from base class.

Branch switching on/off moved to base class.

VZERO trigger inputs following trigger naming conventions. So far only beam A and C side are ok. Some of the other inputs that are present are defined as descriptors in the naming scheme. Still some owrk to be done on both sides - VZERO and trigger coordination

- Adding new MUONcalign library:
  now adding files missing in previous commit

- Adding new MUONcalign library.
  - Includes new classes for calibration and alignment tasks:
    AliMUONAlignmentTask, AliMUONReAlignTask, AliMUONChamberCalibrationTask
-   plus classes moved from MUONevaluation:
    AliMUONClusterInfo, AliMUONPadInfo
- Misc correction in documentation

TRD trigger inputs following trigger naming conventions. Min-bias one should be added to the naming scheme. Is 0HMB ok?

Adding new class AliMUONChamberCalibrationTask.
It is the first version of the classes for the calibration task.
For the time being, the task only fills the clusterInfoTree
during reading the ESDs already reconstructed by alignment task.
(Andry)

T0 trigger inputs following trigger naming conventions. There are inputs not defined by the trigger coordination, still to be fixed.

PHOS trigger input following trigger naming conventions. There are inputs not defined by the trigger coordination, still to be fixed.

MUON trigger inputs following trigger naming conventions

defining the default reconstruction chain for the HLT ITS

Separate library for pi0 calibration.

adding the AliHLTITSQAComponent (Piergiorgio), two functions rely on most
recent changes in AliITSQADataMakerRec which are not yet committed. Will
be enabled afterwards if this is done

Minor changes (Chiara B)

Updates

Coding conventions

ACORDE trigger inputs following trigger naming conventions

fix for cuts

Update on  raw reader (MinJung)

New analysis for electron identification

propagation of HLT global trigger decision to hltESD
- adding HLTOUT handler for global trigger decision data block
- including the GLOBAL-Trigger configuration into HLT simulation
- handling of GlobalTrigger object in the ESDManager (generic handling
  of non-TClonesArrays in ESD merging still to be imlemented)

Fixed most coding violations, updated Config file to run on analysis trains.

updating configuration object of HLT global trigger
- no event summary object
- include BarrelMultiplicityTrigger

correcting origin of output data type of global ESD converter (kAliHLTDataOriginOut)

- adding helper functionality for easier streaming and extraction of TObjects via AliHLTMessage
- adding helper functions for direct access of TObjects in the HLTOUT data

Oups. Reverting the previous commit. New classes should not go in that lib, but in a separate one to come

- AliMUONAlignmentTask and AddTaskMuonAlignment: New AliAnalysisTask to run the muon
alignment within train of the analysis (calibration?) framework.
- AliMUONReAlignTask and AddTaskMuonReAlign: New AliAnalysisTask to realign the muon
spectrometer and generate a muon clusterInfo tree for monitoring within train of the
analysis (calibration?) framework.
(Javier)

Adding track parameters at the HMPID. Corrections to the track extrapolation to the HMPID and filling the new track parameters in the ESD track (Giacomo)

- Channels (or pads) with bad addressing of manus or occupancy rate > 1 are not calibrated
- Link DA <-> AMORE should now work.

Jean-Luc C., Alberto B., Guillaume B.

Read data format and sampling frequency from CDH in SDD DAs (F. Prino)

Adding new selection criteria for filtering of fake
clusters (Adam)

Updates for the TPC calibration using laser:
(Peter Christiansen)

I made some modification to the laser/TPC code to have
1) absolute residuals in AliTPCcalibLaser
2) be able to switch on/off the corrections I want.

The modified files are:
M      AliTPCcalibLaser.h    (for 1)
M      AliTPCcalibLaser.cxx  (for 1)
M      AliTPCcalibCalib.h    (for 2)
M      AliTPCcalibCalib.cxx  (for 2)
M      AliTPCRecoParam.h     (for 2)
M      AliTPCRecoParam.cxx   (for 2)
M      AliTPCTransform.h     (for 2)
M      AliTPCTransform.cxx   (for 2)

As can be seen most of the modifications are for 2 (but they are of
course small).
There is no dependence between the two so the files for 1 (most
important changes) can be committed without 2.

Here follows some more details about the modifications:
*******************************************************************
1) To have histograms with absolute residuals in the laser calibration
output:
AliTPCcalibLaser
Added 2 array of histograms and 1 method to calculate the linear
parametrisations based on the database.

1 problem was solved in a bit non-optimal way. In the laser database the
slopes in z are inverted, so I now as default invert them and has a flag
that can be set not to invert them for comparison with the simulated
data. Ideal solution is to update laser data base and remove this fix
(and regenerate the laser simulation).

I only added functionality. I did not remove any. (this also means that
I do not cut away rows where I know from the simulation that the beams
are overlapping as I have done in my previous presentations).
********************************************************************
2) Give the possibility to switch on and off corrections.
- AliTPCRecoParam.h
   Added the variable
   Int_t fUseExBCorrection;       // use ExB correction
   to be able to not apply ExB correction to the data
   default is 1 = on
NB!!! I do not know if AliTPCRecoParam is in the database as an object?
Could it cause problems that I added a variable? In principle it should
be set correctly to 1 since I bumped the version number....

In AliTPCTransform.cxx I made something similar to what was done for the
time correction:
+  if(fCurrentRecoParam&&fCurrentRecoParam->GetUseExBCorrection()) {
+
+    calib->GetExB()->Correct(x,xx);
+
+  } else {
+
+    xx[0] = x[0];
+    xx[1] = x[1];
+    xx[2] = x[2];
+  }

NB! This could cause trouble in the reconstruction in the case where no
fCurrentRecoParam is there because then no ExB correction will be done.
But as this is the same situation for the time correction I assumed that
the aim is that there will always be a fCurrentRecoParam set.

To control all the corrections done in AliTPCcalibCalib I made a flag
for each correction that can be set. For the ExB correction I had to add
a method to AliTPCTransform.h
 AliTPCRecoParam * GetCurrentRecoParamNonConst() const {return
fCurrentRecoParam;}
so that I can set the flag to not use ExB corrections.

This means that I can do what I want to do:
Run laser calibrations with my choice of calibrations applied
Get the absolute residuals in the output.

Here is a short presentation with the results I get:
http://www.hep.lu.se/staff/christiansen/laser_absres_in_alitpccaliblaser.pdf
http://www.hep.lu.se/staff/christiansen/laser_absres_in_alitpccaliblaser.odp
********************************************************************
I hope that part 1 can be committed to AliRoot. I would however hope
that if part 2 is not committed that in some other way these switches
are added that the standard AliRoot can be configured to apply only
certain corrections.

Using switch - use ExB correction
from RecoParam

Bug corrected

Adding switches
1. Use TPC transformation array
2. Use ExB correction

new class for omega measurement via 3 pion combination

new class for omega measurement via 3 pion combination

Store impact parameter for q-pythia.

new class for omega measurement via 3 pion combinationomega3pi/

Initialisations in constructor.

Bug fix (F. Prino and E. Fragiacomo)

Coding conventions

Include default OCDB entry for TPC/Calib/AltroConfig

Mods to add the number of pixels in SPD rec. points (A. Mastroserio, D. Elia)

Adding classes to read LHC DP file coming from DCS.
New classes put in libSTEER.

bux fix for B field

SetTimeStamp modified.

Fix bug in look-up table and better performance

Classes for efficiency corrections (Xaver, Roberta)