Added first version of cut monitoring + style format applied

First version of macros for lego_train

Coding rule violations corrected

Implemented reset for fCellsRecalibrated, and put checks for fCellsRecalibrated where apropriate. Also clean up of indents

set arrays to 0 after delete to avoid crash in Pb reconstruction - Ruben

Add control histograms to check the effect of the different cuts on the photon cluster selection

Coverity defects fix (Philippe P.)

From Gustavo: Updates to make GCPart to PWG4Part conversion work.

Macro to update recoparameters

Coding conventions

Qmax for merged clusters fixed

Added task to show AliPIDCombined use

correct coding violations (Adam)

Isolation: Add a couple of control histograms and MC histograms (Nicola)
QA: Do not create time cell histograms for AOD analysis
ana.C: wrong tree in case of AOD local analysis

- fix z position returned by AliTRDtrackletWord
  (centre of pad row instead of edge)

updates for online PID (Uwe Westerhoff):
- bugfix in gain filter for MCM simulation
- protection for dictionary handling
- extend trapConfigHandler to load PID tables
- extend ltuParam to handle MCM-wise gain adjustment

Coding conventions (E. Fragiacomo)

patch historgram names

Remove obsolete methods (Renu)

Add the possibility to select the trigger type via the event selection mask

Fix from Maksym Zyzak: https://savannah.cern.ch/support/?125143

small fix in the centrality-dependent plotting of the pulse height
spectrum (Markus)

Adding new cut classes

Adding cut class for Sigma* analysis

adding mixed event control histograms

Adding AliInfo informing about file change

add setting centrality/multiplicity for all tasks
change chamber staus mark-up such to be backward compatible

New macro for pp analysis in a train (Michael Weber)

Fix

Fixing coverity deects (Xiaoming)

Extended mass range for D0 and D+ candidates

Remove one pad clusters only for the track refit

Removing obsolete functions
AliTPCtrackerMI::StopNotActive

(Marian)

Fixes + possibility to ru the macro in compiled mode.

rulechecker fixes from Mikolaj

New methods added (Maksym Zyzak) https://savannah.cern.ch/support/?125128

add multiplicity/centrality monitoring

for AOD analysis, time and matching residuals not assigned to the correct cell of the original cluster, corrected

extend and update resolution task

Fix for coverity

Small change in the EMCAL PID parametrization (AliEMCALPIDResponse, AliPIDResponse),
which is needed for the new parametrization from LHC11d data.
The new OADB file (EMCALPIDParams.root) was updated.
M. Weber

Added histos for other triggers and flag for filling the histos (Alberica)

Coverity

Added new classes and set of cuts for pi,K

Fix for coverity

handle the MC data by the decoder instead of the cluster container, full support for merged clusters

implementing association of cluster MC labels and cluster ids to the unpacked clusters (code copied in large parts from AliHLTTPCClusterAccessHLTOUT::AliTPCclusterMIContainer and going to be obsolete there)

adding method for setting MC label, according to extension of AliHLTTPCDataCompressionDecoder interface

adding dummy method for extended interface of the AliHLTTPCDataCompressionDecoder

changing argument type to pointer to better fit the implementation in the decoder; code can be further optimized later to avoid small overhead by empty default MC data member in the reconstruction of real data

create the histogram of cluster time difference when combining clusters and not the other options

Isolation: Correct the setting of histogram titles
Hadron correlation: Associated pt bins incorrectly assigned as trigger pt bins, add associated pt large range pt cut and minimum trigger pt cut
macro, updated with these changes on hadron and trigger thresholds plus other stuff

New reference run for SPD

Updates and fixes for QAPlotter

Fixes for #89479: change in AliPIDResponse and AliPIDCombined (STEERBase). F.Noferini

changing central value for ZDC cut, based on the output of the physics selection QA

Macro 1

QA: Fixes for PHOS: Enable study of exotic clusters, fix filling of grid of cells, calculate the E cross
Photon: Protection for cluster pointer non existence (happens for delta AODs)

Coverity fixes

open default time cut in AliAnaPhoton, specially the minimum time from -1 ns to -10000 ns, modify example macro to set the cut for PHOS

o AliTRDTenderSupply: updates from Markus Fasel
o AliESDv0KineCuts: updates from Linus Feldkamp
  - initialise KF event internally
o AliAnalysisTaskPIDqa: updates from Michael Weber
  - provide lists of identified particles from V0 decays

Coverity fixes

Added a feature test macro for sa_restorer field

Fix Coverity

Removing obsolete AliITSv11Hybrid class

Fix Coverity

Fix Coverity

Updates

Correct treatment of negative values (Giacomo)

L1phase shift corrected

remove bad and exotic channels by default, if file name specified, fill it with TList and not directory

coverty

Input lists for comparison separate for the
OFFLIEN and HLT events

adding more comments

Fix Coverity

* Fix unix signals defects 18441 and 18442 reported by Coverity
* Fix some lines with incorrect indendation

D+ update

D+ update

Fix Coverity

Fix Coverity

Fix Coverity

Fix Coverity

Fix Coverity

Fix Coverity

Changes for #89427: Porting modification for material budget issues to the Release: replacing obsolete geometry AliITSv11Hybrid

Use matched track cluster rejection defined in AliCaloPID

coverity fix

monitoring histos for new trigger

Updating conv correlation classes

fixing rule violations

Fixing coding rule violations

Removing files that had been added to soon. Non in build system.

Coverity fixes

Send to FXS before sending to Amore

Update to allow check per chamber

Changes to be in sync with what we have in the OCDB

bug fix for outer sectors, extra interface

macro for cluster merger efficiency

1. AliRDHFCutsLctopKpi:
  -- added switch to choose between combined PID and nsigma PID, standard cuts and KF cuts
  -- modified the IsSelectedCombinedPID: possibility to set a probability threshold or to use the maximum probability criterion
2. AliAnalysisTaskSELambdac:
  -- added the normalization counter
  -- added histos for the various resonant and non resonant channel
3. makeTFile4CutsLctopKpi.C :
   -- added the possibility to set the priors and use the combined PID
   -- added the possibility to use KF cuts instead of standard ones

(Rossella, Magnus)

Adding macro to compare the tracks recunstructed with
OFFLINE and HLT cluster finder