fixes for crashing SHUTLLE

gain = -99 if not required entries

gain values initialised to -1

added macro for TPC reconstruction producing private track structure for subsequent processing in HLTOUT

- bugfix HLTOUT processing: handler execution for sub-collections
- bugfix HLTOUT: selection and marking of data blocks was scrambled in
  presence of sub-collections
- added output of AliHLTRecontruction chains as sub-collection to HLTOUT
- improved robustness of HLTOUTTask (controlled reset)

updates for HLT-EMCAL code

Detect possible particle decay by the process-id of its last daughter.

Updated radii for evaluation of layers material budget using LUT (non default option)

Implemented first version of merging for TrackerData-related objects

Let the number of sigma cut be a recoparam, and not a hard-coded constant anylonger

Updated serial number for station 345
(Christian)

SPD overlaps removed (A. Pulvirenti)

streamlining storing in ocdb, adding comments

In mapping:
- Added new regional trigger reader (AliMpRegionalTriggerReader)
  and interfaced it for mapping and configuration
- Added number of local board in RegionalCrate.dat
- Fixed bug in reading local board information (using number of boards and not mask !)
- In AliMUONTriggerIO: added new method to retrieve local board id form ddl,
  crate and local indexes
(Christian)

MUONTRGda.cxx
- Put "pedestal" as default command
- Call WriteLastCurrentFile at the end of the versionning process
- Export files before reading rawdata
- Check the argument list, if rawdata stream present
- Put time out for monitor
- Update version of the file by the current counter and not version number
- Remove copy to FES when local masks are modified by the DA
- Write current configuration when local masks are modified by the DA
- Copy to DB the MtgCurrent.dat when local masks are modified by the DA
- Get right local board id from TriggerIO
- Right handling of the DA flag
(Christian)

In AliMUONRecoParam
- Fixed comments for Doxygen
(Ivana)

Remove dependecies to libTRDrec.so

Minor modifications in the code

Additional protection

Methods renamed

Other overlaps removed (E. Cattaruzza and M. Sitta)

Obsolete class removed.

Fixing the decoding of regional header bits.
(Artur)

Adding the event stats

ProcessDCS() { return kFALSE; } is removed following the discussion at
the ALICE offline week 07.07.2008

Removing useless error log which slows down the code

Dynamically add DCS points as provided in HLT prediction processor (Haavard)

fixing par file testing

Give back a clone of the original chain.

The TPC Altro mapping is now read from file when the RAW QA is called
(thanks to Laurent Aphecetche)

Creating TObjArray only for offline calibration object, to be loaded in reconstruction.

Load Pythia-releated libraries before libRALICE

added handlers for {'TRAKSEGS':'TPC '} and {'TRACKS  ':'TPC '} HLTOUT data blocks; minor code cleanup and fixed warning

Implementation of kChain HLTOUT handler
- AliHLTOUTHandlerChain: base class and default handler for type kChain handlers
- AliHLTOUTTask: output of analysis chains creates an HLTOUT sub-collection
- AliHLTOUTPublisherComponent handles input from current HLTOUT object

bugfixes, code cleanup and docu
- AliHLTDataBuffer: returns number of segments including the forwarded segments
- AliHLTConfiguration: comparision operators
- AliHLTOUT: subcollections now correctly added and reset
- AliHLTSystem: typo corrupted execution of HLTOUT propriatary handlers
- AliHLTSystem and AliHLTComponentHandler: suppress general info messages for
  additional instances
- AliHLTOUTHandler: status flags
- AliHLTOUT: typo
- AliHLTConfigurationHandler: no warnings for duplicate configurations of
  identical properties

bugfix: check for output buffer size

First implementation of event pool based on THnSparse

temporary solution :cosmic DA instead of phys before real beam

avoid crash of preprocessor if DA file is empty

Correcting the treatment of the TPC cluster indices in WriteAlignmentData(...)

Small fix by Yuri

Fix bug in indexing

Overlaps corrected.

From Jura: Take into account peculiarities of TPC cluster storage.

2 overlaps corrected.

Simulation of CPV raw data is added

Adding fitting of B  scanned values (Marian)

0th version of time-dependent basic calibration

Minor modifications (last ones for today)

i)Code cleanup ii)Reading MC info from the same class - To be done: CORRFW interface

Run Validity + version corrected

Run validity changed

Run validity changed

Run validity changed

Run validity changed

Run validity changed

Minor changes

Correct run validity

Calibration strategy updated: mapping + LASER data

Name changed

Calibration strategy updated: mapping + LASER data

1.  Changing the binning
2.  Cut on kinks removed (Marian)

Moving non implemented copy constructor and assignment operator in the private part

Fixes to take into account changes in the base classes

fix compiler warning

Adding prototype of global fitting function (Marian)

Reading the TPC only tracks

i don't see any more overlaps here

In mapping:
Implemented storing mapping data as a map of strings
as an alternative to storing mapping objecs:
- Added classes AliMpDataProcessor, AliMpDataStreams, AliMpDataMap
- In AliMpFiles: removed additional / in the paths
- In data files: added end-of-line at the end of file where missing
- In AliMpCDB: added new functions for loading/writing mapping data
  and also a function for regenerating ASCII data files from OCDB

bug in t0 in optimization fixed

Ptotections added. (M. van Leeuwen)

(Jens Viechula)

AliTPCCalibViewer.cxx.diff    Added functionality in EasyDraw(1D) to draw one sector (IROC+OROC)
AliTPCCalibViewerGUI.cxx.diff Added functionality to draw one sector (IROC+OROC)
AliTPCCalibViewerGUI.h.diff   Added functionality to draw one sector (IROC+OROC)
TPCMonitor.C.diff             Added includes to make it compileable
AliTPCMonitor.cxx.diff        Fixed sector flip on C-side
AliTPCCalibCE.cxx.diff        Fixed a mistake in the zero suppression treatment

Memory leak corrected. (D. Perrino)

Adding ExB fit (Marian)

General reorganization in order not to parse the columns'line at each data line + possibility of precision column for two axes + order of precision columns made loose

Adding the possibility to histogram at manu level (when channels are disabled), and to disable manu level (thus starting at buspatch level

Only one data source is supposed to be running at a time, so disable the run button of the other ones (this used to worked and stopped to work at some point, this fix re-introduces this critical feature. It is critical as otherwise clicking on two run buttons will crash the application for sure !)

Removing the assign operator (Yves)

Adding fits of the distortions (Marian)

Remove also QA files before re-running the reconstruction

added RUN_TYPE in QA

force raw QA only for selected detectors

crash in ESD cheker fixed

add some simulation reference data for QA - currently Pythia minbias event distributions

add directory for QA macros

Moving classes from graphics to rec
(changed ingroup directive for Doxygen)

Ignore *.mk and tgt_*

replace printfs with AliLog methods

Include cstdlib (gcc 4.3.0)

Include cstdlib (gcc 4.3.0)

Addding new line at end of file

ESD dependence in copying the pid information removed. (A. Mastroserio)

Upgrading the raw data QA for tracker, and introducing the first
version of a real checker (again, only for raw data for the moment)
that cuts on the manu occupancy level.

QA update by Sylwester

In case the selected VTrackerData does not offer data at the channel level, we disable the PAD plot button

QA update by Sylwester

QA update by Sylwester

QA update by Sylwester

QA update by Sylwester

QA update by Sylwester

MUONrecLinkDef.h
MUONgraphicsLinkDef.h
libMUONrec.pkg
libMUONgraphics.pkg

Moving DataMaker classes from graphics to rec, to be able to reuse
them in the QA phase.

AliMUONVTrackerDataMaker.h

Added a ProcessEvent method. The existing NextEvent method should now
do only the advance-to-next-event stuff, the actual processing should
be done in ProcessEvent. This allows the data makers to be used with
rawreader they can "touch" (i.e. use NextEvent/Rewind), and with
rawreader they can not.

AliMUONTrackerCalibratedDataMaker.h
AliMUONTrackerCalibratedDataMaker.cxx
AliMUONTrackerRawDataMaker.h
AliMUONTrackerRawDataMaker.cxx
AliMUONTrackerDataWrapper.h
AliMUONTrackerOCDBDataMaker.h
AliMUONTrackerACFDataMaker.h

Implemented ProcessEvent by extracting the relevant pieces of code
from NextEvent.

Added a flag to disable storing at the channel level (hence starting
at manu level only), in order to save disk space.