In reconstruction:
Removed option for creating trigger digits in AliMUONReconstructor,
as they are needed in AliMUONTrackHitPattern; this avoids re-creating
digit store with each event and fixes the problem report #69261
(improper use of TClonesArray).
(Diego)

Bug in DQM agent resetting solved

deleting second FF task

Obsolete code removed.

Fixed coding rules violations. Note that RC16 cannot be fixed since the plugin is generating a validation script which is supposed to checj for strings like "segmentation violation" ,...

Adding fixes for backward compatibility of AliHLTReadoutList.

Hadron Correlation: Correlate charged partcle only when it is leading, add few histograms (Yaxian)
AliIsolationCut: Allow to isolate with tracks and clusters or only with tracks or only with clusters
AliNeutralMesonSelection: Avoid the selection via de opening angle if requested (Yaxian)

Bug corrected in QA checker

Added more cuts to the pi0 analyis (Ana)

From Stefano -- coding convention violation fixes.

Fixing problem in handling old format of AliHLTEventTriggerData.

Updating version number.

Update (Mikolaj)

QA updates from Yaxian

Correction for the usage of kParamContainer in grid mode

calibration for recent and coming runs

DA with removing violations and tuned to coming data

print OCDB sources

- removing debug outout

Task updated to estimate efficiency/contamination and to use the new CAF

Comment out copy ctors and assignment opetators from classes source code, not needed.
AliAnaPhoton: Pass all primary contributors to set the MC identification tag
AliAnaPartCorrBase: Do not initialize the reader and caloutils pointers, done elsewhere
AliCalorimeterUtils: Several changes related to the initizalization of the bad channels arrays.

Fixing bug caused by UUID not being generated properly.
The UUID clashes in the online HLT system when generated by processes in parallel because the timestamp granularity used by the default algorithm in ROOT is not good
enough. The solution is to generate our own UUID but with a proper random number generator.

Remove dependency on AliRecPoint from AliEMCALGeometry
Remove unused methods in AliEMCALGeometry
Correct problem that avoided to instantiate twice the geometry : AliEMCALShishKebabTrd1Module
In AliEMCALGeoUtils::Impact(TParticle*), if absId >=0 particle is in acceptance, before we excluded 0.

Bug probably affecting DQM reset corrected

Correct handling of GMS matrices in local delta-transformation convention
(Javier, Raphael)

Restructure pad plane initialization (Markus)

Bug fix (Rossella)

Last change reverted.

Prepare to make an official
request to run makeResults.C after the merging to have the performance
plots directly on alien. Then one can access them via alimonitor.
(Markus)

Improvement of SPD description: extenders + optical patch panels + optical fibres on the cone (A. Pulvienti, M. Sitta)

AliTrigEvent derives from TNamed now. Other minor fixes.

Increased verbosity for data format errors (A. Mastroserio)

removed printout

 Writingg DSC DP only for physics runs

improved time and amplitude calibration

change debug mode to no messages

Wagon macros, update cut on PHOS clusters close to border.
OmegaPi0Gamma analysis: remove clear of deltaAOD branch, comment out copy and assignment ctors, not needed.

Correction of cluster position due to TPC alignment

AliTPCtrackerMI.h AliTPCtrackerMI.cxx - Reconstruction/hardware debugging -  Possibility to dump cluster to the tree at the end of reconstruction - StrealLevel >3

AliTPCclustererMI.h AliTPCclustererMI.cxx AliTPCRecoParam.h  AliTPCRecoParam.cxx - Possiility to switch ON/OFF one pad clusters - (before they were not allowed)
Marian

Macros for analysis wagon:
-remove unnecessary setting of output branches that are created but not used
-add EMCAL hot channels removal (and clusters containing them)
-remove clusters close to calorimeters borders
AliCalorimeterUtils: Fixes for calibration and bad channel recovery
AliAnaCalorimeterQA:
-Remove not useful histograms filled when track outer param not exists.
-Add possibility to recalibrate cluster/cell energy

New method to get a sort of combined event id in a form of 64-bit integer.

Adding tests for backward compatibility of AliHLTReadoutList class.

New task to check the quality of the muon reconstruction and macros to run it. New generic class to handle collection of counters (Philippe. P.)

New task to check the quality of the muon reconstruction and macros to run it. New generic class to handle collection of counters (Philippe. P.)

Technical fix: PIT simulation was loading the digits for ALL detectors in READ mode. This was giving problems in VZERO trigger sim which updates the digits tree. It is now chaged so that it loads only ITS digits. Annalisa, please cross-check, I have run the standard test benches w/o problems.

change sign of the pad tilt angle (TRD reconstruction team)

Major update required to handle old and new AliHLTEventDDL structures within HLT framework.
Removed some deprecated methods from AliHLTComponent which are better placed inside AliHLTReadoutList.
Cleaned up and centralised manipulation of DDL readout list bits. Now AliHLTReadoutList is the common interface to use.

Add setting to read friends

Correction for the size of strings.
Caused Problem in the release.

limit printout

removed pritout

Added to AliITSMultReconstructor flagging of tracks
1) with large DCA, 2) those which appear in the V0.
These V0s are found in the AliITSMultReconstructor itself, just to
eliminate conversions and K0's: the official V0's are not appropriate
for that since they involve TPS+ITS tracks only.
+ needed steering parameters in the ITSRecoParam

Bug fix for HMPID bits in readout list.

fix memory leaks (Marta)

modified classdefs

changes by Simone Schuchmann

1) Added to AliESDtrack the flags marking those which should not be accounted
in the multiplicity estimation: IsOn(AliESDtrack::kMultSec) and
IsOn(AliESDtrack::kMultInV0).
2) Added to AliESDEvent the EstimateMultiplicity(...) method to get 3 different
multiplicity estimators: from tracklets, ITS/TPC tracks and ITS_SA_Pure

added possibility to print sparse vector/matrix with user-defined precision

Changes by Simone Schuchmann

Corrected memory leaks and go back to old vertex selection

Improved handling of delta AOD output, (patch merging macro), corrected loading sequence for par files

VZERO digits have to be unloaded, otherwise the trigger simulation can update the digits tree in order to store the trigger related info. Anyway, this method looks likea chinese copy of AliVZEROTriggerSimulator, so we have to think of removing it from the TRD package. Of course, this can be done only within the new trigger sim framework, where we can think of having VZERO trigger simulation before the TRD one.

Updates required for new readout list bit pattern format.

AliTPCcalibAlign.cxx   - Protection again 0 pointer
AliTPCcalibCosmic.cxx  - Protection again 0 pointer
AliTPCcalibTime.cxx  AliTPCcalibTime.h   - Protection against 0 pointer + Adding the matching histogram for tracks crossing CE

Add computation of dE/dx (truncated mean) after inward fit for ITS standalone tracks (F. Prino)

- include header suppression in raw data simulation (as used in real
  data)
- removal of obsolete methods (old raw data version)

Bug fixes as suggested by Matus and updates for pass0 making also the postcorrection of the gain after drift velocity calibration

- include header suppression in raw data simulation (as used in real
  data)
- removal of obsolete methods (old raw data version)

Complete reshuffling of the digitization code. Now VZERO has operational direct Hits->Digits method as well as Hits->SDigits and SDigits->Digits. The merging procedures will be exercised and validated as soon as possible. After that a new Raw->SDigits alogrithm will be committed and test of the embedding will follow. Porting to the release will be requested only upon a complete validation.

From Stefano:
Fix initial pT threshold when loading all events. Add a chronometer in
all events loading.

Do not a histo to the list twice, results in double deletion

fixed assginment

Tender macro should check derivation from AliESDInputHandler (to work also for RP).
Added protection for glibc error in validation script.

Change in  the way event selection corrections are made

Change in  the way event selection corrections are made

physics DA collects T0 information without printout

physics DA collects T0 information

Updated run range for OCDB/ITS/Calib/CalibSDD object

- corrected check for max number of channels per mcm
- corrected verbosity level

Modified run range in macros to create OCDB objects

Updated run range for OCDB object

avoid writing of Geometry helper, create them in UserCreateOutputObjects()

Checking RecoParam before creating the ITSdebug.root file (A. Dainese)

Removing F..ing fatal in the OCDB access
(Marian)

Improved treatment of track labels (F. Prino)

Makeing defualt plots - report from the raw data QA
(Marian)

two new control histograms
code to run on the grid with the alienplugin

Adding the style for pictures
(Marian)

move minuit initialization to the unfolding method since it leaks and it is not used elsewhere, remove from ctor

move minuit initialization to the unfolding method since it leaks and it is not used elsewhere

Removing forgotten debug printouts

Write the output tree in the AOD format (Filip Krizek)

Macro to make a summary calibration information per run

A      makeCalibTreeRun.sh       -  make summary trees per run
M      makeRunList.sh            -  Update
M      README                    -
M      ConfigOCDB.C              -  Use only AliEn OCDB access - no sepc. storage
 -  Setup of the magnetic field
M      makeCalibTree.sh          -  obsolete to be removed once ocmfirmed by Jens

Marian

Update of TPC RAW QA for improving DQM (see documentation in classes for
details).

Peter Christiansen

Bug fix in DCA calculation (S. Gorbunov)

Switching off the QA in preparation for the new 900GeV data

libTPCcalib.pkg          -
TPCcalibLinkDef.h        -
AliTPCcalibSummary.h     -  new compiled class to create  calibration summary = to run on Alien
AliTPCcalibSummary.cxx   -

Marian

Update

Update (added some options)