Robust Sqrt functionality for [2x2] sym matrix

correct manipulation of covariance matrix for pulls calculation

Add Shower Shape parameters histograms and time vs amp per RCU

Changes to method AliITSQADataMakerRec::ResetDetector  - Changes to obey coding conventions (Melinda)

Gas values corrected for the real P/T

LED DA now also for PHYSICS, not just STANDALONE

Modifiing macros to extract OCDB.

The same arguments used for both of them.
Small QA plots added 0 in case.

makeOCDB.C - macro call 2 submacros

All 3 macros to be in $ALICE_ROOT/ANALYSIS/CalibMacros/

Marian.

pick up QAsym from PWG1 and compile stand alone

// Macro to generate and update OCDB entries for a given run:
// this is a TObjArray which has at 0 the MIP-Spline and at 1 the Fermi-Plateau-Spline ...

Marian

Makeing run list for the OCDB browser
(Marian)

fixed endofline error

Added changes from Indra

from Indra: added library deps for muon display updates

changed slot number in Terminate

Converted to AliAnalysisTaskSE

Revert "from:Indra updated muon EVE code"

This reverts commit 28b51c6d9749e86df45981a4410503976c4e683c.

Fix some shadowing variables

Drift gas density corrected for the pressure.

increased number of pads on TRD canvas

A fix when in production mode.

Forward declarartion is replaced by #include

The class for LHC DIP data was completely changed

- small change of the creation of AliTPCseed
- added data member of array that contains the seeds per event
- cleanup of unused variables

Increase transparency

from:Indra updated muon EVE code

fix plot Ntracklets/track as function pf p

New features implemented in the alien plugin:
- Enable xrootd tweaks to reduce file access timeouts (both in the submitted jobs or in local merging phase). May cause unnecessary file skipping !!!:
   plugin->SetFastReadOption();
- Enable merging via a special JDL. Files for merging (JDL, merge macro, executable and validation script) are generated and copied in alien space. Merging jobs are submitted only in "terminate" mode of the plugin:
   plugin->SetMergeViaJDL();
- Force overwriting existing collections:
   plugin->SetOverwriteMode();

Updates.

Update and bug correction.

Coding convention fixes

Forward declaration of TVector3 is replaced by #include

- fixing binning

I have included the possibility to simulate only Lambda_c with Pythia in AliRoot. I have named it "kPyLambdacppMNR". The implementation is
similar to these of D0, Dstar and Dplus.
(Zaida Conesa del Valle <zconesa@in2p3.fr>)

plot fixes

New CAF qa scripts and macro.
A. Gheata, AM

Corrected values for the drift gas mixture

Obsolete

adding LED Ref FEE channels to PED DA and execute LED DA for calibration events only

avoid crash when getting EMCAL global position

A      guiAlias.C         - macros from TPC/calibMacros - moved to TPC/scripts
A      CalibEnv.C
M      guiTime
M      makeCalibTree.sh   - CalibEnv.C is uesd from the scripts directory

Marian

Add MUON display

Macros moved to the TPC/scripts/OCDBscan directory

1. Cleaning of the code

2. Possibility to filter Laser outlyers in analysis/
   Algorithm implemented before (tested with 2009 data) on the calibration level with 2010 filtered full calibration.

3. Macro can be used also as not compiled.

(Marian)

Modifications to get a much more explicit report on token lost readout errors for DQM. Plus a small bug fix in RawStreamTrackerHP wrt to that error reporting

AliCaloTrackReader, AliAnaCalorimterQA, AliAnaPi0: Leak with PHOS rotation matrices found and corrected, revert changes in the PHOS geometry initialization.
AliMCAnalysisUtils: Put a protection against stack=0 or AODParticle branch = 0
AliAnaPhoton: Revert wrong modification of the y position of the cluster.
Few other minor corrections regarding non streaming some pointers, deleting in the main task destructor the maker pointer.

Proper conversion to cm

Copy the list to the working directory
(Marian)

Correction -  change of the name of the pressure sensor
(Marian)

Bad design which caused memory leaks in rotation matrices, is corrected.

initialize all entries in the array

Implementation of task destructors (B.Hippolyte)

Adding possibility to suppress warnings from AliLog for the raw analyzer.
The option "-suppressalilogwarnings" should be passed to the component.

This is needed due to frequent warning messages from the decoder regarding some channels in PHOS.

- Unload Digits and RecPoints after reading
- Fix memory leak

bugfix

Other bug fix -
Marian

Floating point exception fix
(Marian)

Fixed error with input as histogram (Alexei)

check existence of track references pointer and not the number of entries

bugfix in TRD eve

Updating configurations.
For mostly of the detctors nothing has changed - GRP and TPC have
CavernAtmosPressure2 added, and TOF and V00 have alidcsamanda2 instead of alidcsamanda.
Saving anyway the configuration since there are some issues with the
amanda server.

from Timo: added attempt at connecting to localhost if others don't work

TOF PHYSICS DA updated to deal with calibration triggers

Fix memory leaks in output container for each analysis, delete when not used anymore in the Maker, in AliCaloPID TFormula leaks, remove usage until it is understood.

Fixed bug in invariant mass histo,
increased room on calo histo canvas

- changing log level for messages in the gloal matcher

fix of memory potential leak
getters of bin content/error in AliCFContainer

Brute force initialisation of V(,) array at the beginning of each event
solves floating point exception (big number in V(4))
Probably a MSTU(33) = 1 at the right position would do the same job.

Adding the pt dependent dca cut

Fixing warning and adding new functionality (Andrey)

Typos fixed.

 fixing memory leak, add delete before return

Increase ClassDef

fixed one warning

Recover correctly the collision geometry.

New macro to create RecoParam object for 2010 data (A. Dainese)

Changing TTL.

Typo fixed.

fixed coding violations

Macro added

Do not overwrite pointer to folder, delete before creating a new one

Following backward incompatible changes in AliSimulation, rev. 39859

- plot no clusters/track as function of PID
- add track selection functionality

Adding fragmentation function task, compiled locally

We have implemented, in AliGenMuonlib.cxx, the possibility to generate JPsi events with a realistic distribution in one variable (eg. pt)
and a flat distribution in another variable,  for example y. This is useful to compute systematics error on our acceptance evaluation.
R. Arnaldi
E. Scomparin

Bug fix

From D.Stocco: changed data member types to explicit TH1F and TH2F to avoid problems in streaming.

update of HLT TRD reconstruction macro (Theo)

Activating some parts of the code which have been commented out by mistake. Prevents the TRD preprocessor from crashing when no TRD tracks were found (Raphaelle)

Updated code to read LV.and.HV status maps during a run. Waiting numbering conversion problem at DCS-Amanda level before toupdate HW status map in OCDB.

Coding convention violations: fixed

Coding rules

increase class number

additional functionality

Fixing bug in generated trigger logic code for checking class inheritance.
Fixing bug due to possible missing dictionaries when loading the global decision. Had to put back explicit checks for NULL pointers since the custom streamer is not
guaranteed to be called if the object was written to a TTree with split-mode > 0.

The changes are:
a) more histograms added
b) reduced dependency on friends information
c) small bug correction

Updates from Renzhuo to enter the mini train

Updated
(F. Prino)

Typos fixed.

Updates.
Annalisa Mastroserio

Changing structure of the directory:

- Pass0
All the files (.jdl, .sh, .C) needed for Pass0

- PassX
All the files (.jdl, .sh, .C) needed for PassX

- MergeCalibration
All the files (.jdl, .sh, .C) needed for merging and extracting the calibration objects (run level)

(Marian + Chiara)