- fixes for bug 63765 - see for details the post
- heavy modifications to the algorithms of track seeding
- fully tested against simulations

Remove class AliPtMothFromPtDaugh, which introduced unwanted dependency on libSTEER

Fix coding convention violations 2

Fix coding convention violations

Changes for #64259 Request for including the new class AliTRDresponse in STEER and porting this to the release

Merge branch 'devel'

* devel:
  enbable calo clusters display

Method to set the friend file name added.

- something went wrong with previous commit...

- adding module to the internal calo cluster struct

Adding AliHLTMUONTrack object to store ROOTified internal dHLT track data in new format.

Minor fixes to documentation and printed messages.

Coding conventions

- small changes to macro

- fixing bug in resizing of array/buffer in clusterizer

- adding cell info to ESDs

- small change

reconstruction vertex using calculated calble and electronics delays for both sides

In the clusterizer and rawData the creation of the tracklet loader and
tree creation was changed, making the methods
AliTRDclusterizer::OpenTrackletOutput, AliTRDrawData::OpenOutput
obsolete. Thus, they have to be removed from the TRDReconstructor.

Friend reading can be switched off.

bug fixes

void SetBin0CallbackViaPointer( Bin0Callback_t cb)
added

(M. Floris)

remove assignment operator, not needed and could caus problems due to the TLists

Merge branch 'devel'

* devel:
  Fixed bug with the tcp qa canvases
  Added esd track qa histograms

- corrected casting of the block iterator from TObjArray to TClonesArray

- removed TObjArray for the storing of clusters

Updates (M. Gheata)

correct copy and = constructor call to data member pointers

Use new profiling tools in local mode, set proper name for tasks when running with different seetings

proper includes and forward declarations for tstring

Fixed some memory leaks, deletes before returning from eventloop, properly reset objects in arrays of pointers to pointers, set deleted pointers to 0, cosmetic change to TaskJets (forward declare TString)

New class to extract pt distribution of given particle from pt distribution of a daughter particle, e.g. B from J/psi (F. Fionda)

Fix for:
bug #64332: AliAODVertex::GetNContributors gives wrong result

Merge branch 'devel'

* devel:
  bugfix
  Fixing rule violations: commented out everything

compiler dependent bug fix

Merge branch 'devel'

* devel:
  Added reconnect button
  Bugfixes enabling buffer navigation

Fixing rule violations: commented out everything

coding violations corrected

revert changes

From Mihaela: added PartCorr QA wagon (Gustavo) and enabled dimuon CF container (Roberta)

Improving handling of error state.

dNdPt analysis update for preliminary spectra

- fixed ownership of arrays
- cleanup of debug messages

bug in support structure fixed

correcting library load error: function implementation was missing

Bugfixes enabling buffer navigation

adding first sketch of a DCS publisher component for global HLT data points
not yet activated, needs to be finalized

adding base class for a DIM server. The implemented interface loads the libdim dynamically and
uses the functions without introducing new dependencies for the libHLTbase

From Indra: Bug fix to display the reconstructed hits for di-muon tracking chambers

fixed aod mc assignment and use of jet header (B. Bathen)

Adding optimisations to the global trigger.
- Trigger symbols with empty assignment expressions derive their values from the default expression and are effectively contant. They do not need to have their values
computed for every event, so they are now computed in the AliHLTGlobalTrigger::FillFromMenu method rather than the AliHLTGlobalTrigger::NewEvent method.
- Moving masking of CTP readout list to AliHLTTrigger::TriggerEvent so that the relatively expensive AliHLTTriggerDomain::operator AliHLTReadoutList () call is only
performed once.
- Avoiding expensive TFormula evaluations in AliHLTGlobalTriggerComponent::AddCTPDecisions.
- The global trigger logic will now properly handle all sub-classes of AliHLTTriggerDecision.
- Some minor improvements to AliHLTTriggerDomain and AliHLTDomainEntry.

Fixing warning.

Bug fix for potencial memory leak.

Fixing memory leaks.

skip unused TGraph + add access to TF1

use new raw fitters in QA

updating histogram names (Theo)

including just added files into build

adding module agent for HLTqadm library. The agent is supposed to return the list of available HLT QA pluins, currently AliHLTTPCQADataMaker
adding the AliHLTQADataMakerRec steering class implementation for HLT QA plugins

moving the current implementation of the HLT QA data maker to a detector plugin (TPC)

adding base class for HLT detector QA plugins

extending interface of the ModuleAgent
GetQAPlugins can return blank separated list of QA plugin class names

extending LoadInstance, can be used without library argument now to create instance of already existing class

violations were fixed

M      AliTPCDistortionFun.C - Make more fun(ction)
                             - Some default pictures defined
M      AliTPCDistortions.cxx - Bug fix in constructor - Default parameters

Implemented possibility to add global objects (like general parameters or cuts) in the output file(s) of an analysis task. The objects do not need to be mergeable and have to be created in methods running on the local client (ctor, LocalInit()). Typical usage:

header: if needed in UserExec, make sure the cuts/param object is a STREAMABLE data member so it can end up on workers, in case you need to use it for UserExec selections (i.e. no //! comment)
        if the object is not used in the analysis add a //! comment for its data member
steering macro: pC = mgr->CreateContainer(name, TList::Class(), AliAnalysisDataContainer::kParamContainer, FILENAME)
                mgr->ConnectOutput(myTask, n, pC);
NOTE: may be anything else, not only a TList; FILENAME may match the file for other output containers.

MyTask::MyTask(const char *name) : AliAnalysisTaskSE(name)
{
   DefineOutput(1, TList::Class);  // normal output slots
   ...
   DefineOutput(n, TList::Class);  // will contain cuts or local params
}

MyTask::LocalInit()
{
   // Create cuts/param objects and publish to slot
   fCuts = new TList();
   myCutsObj = new ...
   // Configure myCutsObj
   ...
   // Add to list
   fCuts->Add(myCutsObj);
   // Do the same for other param/cuts
   ...
   // Post Data (!!!)
   PostData(n, myCuts);
}

MyTask::UserCreateOutputObjects()
{
// DO NOT CREATE CUTS/PARAM OBJECTS HERE
}

MyTask::UserExec()
{
// DO NOT POST DATA FOR CUTS OBJECT SLOTS
// You MAY use fCuts object if this is streamable
}

MyTask::Terminate()
{
   // Get objects from output slots post-process them
   ...
   // Update or add objects to fCuts if needed
   fCuts->Add(some_other_object);
}

END:
This param/cuts object will end-up in the file:folder you requested when defining the container. Voila...

Filling in  ESD SM geomatry matrix: path of matrix existance was checked but the matrix was not recovered, just the default, now fixed. Change hardcoded number of SuperModules by the actual number set in the geometry.

New analysis profiling implementation. Triggering collection of system info works only in "local" modeis done as usual via:
   mgr->SetNSysInfo(nevents); // Dump info in sysinfo.txt each nevents
A final displayed canvas contains: alocated VM[kB] per event for each top task (plot includes all subtasks), alocated VM for all tasks in CreateOutputObjects, alocated VM for all tasks in Terminate, VM profile for full analysis.

The memory profile is stored in a tree in a file sysinfo.root. One can investigate his task via:
   mgr->ProfileTask(const char *taskname); or:
   mgr->ProfileTask(Int_t itask)
where: taskname is the task name and itask is the task index in the list of top level tasks.
This will produce a canvas with memory alocation in CreateOutputObjects(), Exec() and Terminate() methods + CPU time spent per event

style violation fixes: added comments

Fix coding rule violations

Distortion macros - very preliminary version
Once fully debugged - will be moved to the compiled part of the code
(Magnus, Jim)

  Simple compiled macro for declaration of static distortion function
  on top of the AliTPCDistortion class.
  Why:
  1. Use static function in the fitting procedure
  2. Usage in TFormual, TF1, Tf2 ... for visualization.
  3. Usage in  tree->Draw() for visualization
  4. Simple visualization of fit residuals in multidemension - using tree Draw functionality

coding violations

coding violations

Fixes to obey coding conventions

- Reading of packed TRAP config from raw data for full half-chamber
- Storage of DMEM content in separate blocks according to
  different granularities, incl. PID LUT (Uwe)

Improvements (Jens Wiechula); AliDielectronCFdraw still produces a warning.

Major changes in AliPhysicsSelection (Michele)
-- Default trigger is now MB1
-- You can calculate the background in your sample by providing a special function in your task,
see docu of AliPhysicsSelection

Add online raw reader by Jochen as default version

Removing obsolete file

ITS services on side A (M. Sitta)

Bugs squashed.

I implemented the possibility
- to reject all tracks that have shared TPC clusters:
� void SetAcceptSharedTPCClusters(Bool_t b=kTRUE){fCutAcceptSharedTPCClusters=b;}

Marta Verweij <marta.verweij@cern.ch>

Update for AliAODHeader. (R. Arnaldi)

Updates for dimuons (R. Arnaldi)

Some fixes for memory leaks

Moving AliTRDCalPID to libTRDbase.pkg since it is used by AliTRDcalibDB (loadlibs.C)

correcting the RecoParam once more. It turned out that it is not possible to use one default AliDetectorRecoParam object for all event species. Using
now a TObjArray with 4 entries of specie 3(!), 4, 8, 16 like all the other detectors. However it is not clear why it is 3 and not 2.

Class for Omega Dalitz Decays (R. Averbeck, AM)

Set output slot 0 of task

primary track and eta cuts for TRD influence on pt resolution @ vertex

Removing obsolete calls

Detector Algorithm for pedestal runs.

New version.

Plot rather virtual memory usage per process than total memory.

Fix usage of fFillAODRun flag

Fix for report #63691: Update the PHOS section in Config.C for MC production

M      makeCalibTree.sh    - use standard halloWorld.sh script
M      guiTime             - use standard startGUItime.sh

Fix for report #63895: Request new reconstruction step (the track length must be calculated between two points in the _same_ local coordinate system)

forgotten commit

fixed rule violations