1)AliAODParticleCorrelation.h: Data member fIsolation changed from float to bool
2)AliCaloTrackMCReader: Possibility to keep the pi0 instead of the photon decay, in case of overlapping in calorimeters
3)AliAnaPi0EbE: In case of shower shape selection of pi0, it was selecting clusters id as photon not pi0. Added init method to check if calorimeter information is read.

New class for computing corrections as a function of several variables (Chiara)

D0->Kpipipi analysis included (Rossella)

Bug fix

Set a specific storage to keep having the FMD background and energy distribution objects in FMD/Correction. This solution works fine but is to be replaced by whatever system core offline invents to import objects from outside in the analysis

Bug fix in GetArb8. Code cleanup. (M. van Leeuwen)

Changes needed to accommodate FMD in its due position without generating overlaps. The reported problem on malformed TGeoXtru volumes defined in these classes is not yet fixed (M. Sitta)

pi0 decay switched on by default.

Disable kink extraction, TEveRecKink is being updated in ROOT trunk.

With Cesar: plot phi from 0->2pi. First step towards using TEveArrow for jet and track representation.

Load stack of particles from a TObjArray (Y. Schutz)

using weights for Q cumulants 2nd order

- add output graphs for efficiency
- update train to cope with running only ESD task (fast check)

New macro to keep track of timing performances of the segmentation methods (Laurent)

the original was modified by fca so no need for a separate one for trunk anymore

Error codes for histogram booking taken with getters, no longer hard coded (D. Elia)

method same name as macro

Added the new class

Completion of previous checkin

First steps toward separate Task to fill the flow event

new task to check TRD tracking performances at ESD-MC (only) level.
  - No friend information is used
  - analysis based on ESD reconstruction bit map

Consolidating method name (Laurent)

A modification was recently introduced in ANALYSIS trunk that automatically creates input and output containers when connecting and input/output event handlers to the analysis manager. Users using the trunk should not create these containers themselves like:

cin = mgr->CreateContainer("cInput", TChain::Class(), AliAnalysisManager::kInputContainer);
mgr->ConnectInput(myTask, 0, cin);

But rather:

mgr->ConnectInput(myTask, 0, mgr->GetCommonInputContainer());

The same applies for the common output AOD container. The reason for this is that user tasks will be able to connect to an analysis manager and data containers created in a different steering macro (train).

- Adding new methods to AliMpVSegmentation which can speed up things here
  and there:
    HasPadByIndices,
    HasPadByLocation,
    GetNofElectronicsCards,
    Position,
    HasMotifPosition
    MotifPosition,
- Change AliMpMotifType implementation to speed up the search by location.
(Laurent)

- Common input/output containers are retrieved from the manager

Updated event embedding test suite (Adam)

- Common input/output containers are retrieved from the manager

In MUONTRKda:
Send .ped and .par file data to the AMORE database if AMORE is installed.
Methods WritePedHeader, WritePedData, WriteGainHeader and WriteGainData
have been added.
(Guillaume)

New way to set input and output containers for AliAnalysisManager

Bug fix in the AliTPCReconstructor.

The ExB field map is not correctly initialized in Reconstruction

The bug was introduced moving the  TGeoGlobalMagField implementation.
The field was not correctly set in the AliTPCReconstructor

Marian

In AliMUONQADataMakerRec:
 - Added scaler time in QA and plot hit rates instead of integrated
   number of hits
In AliMUONRawWriter:
 - Fix bug in (dummy) scaler event generation during raw data writing
   in simulations
(Diego)

Correcting coding violations.
(Artur)

Conserve the container axis ranges in Projection

Changes to obey code conventions

tempory macro to work in trunk with new methods to connect to input container

Temporary FMD analysis calib parameters

Using the correct prototype for SetQA method

Fix some coding convention violations.

Read Altro configuration from DCS FXS

Remove old digits data structures

Changes to obey coding conventions

Cleaning up deprecated references to AliTRDdataArrayF/I (Christoph)

Adding more track references  -
Needed for tracking performace studies

Before - only at sector boundary - typically ~ 2-4
Updated - as before + every 15 cm

Fixing coding violations

Make const the getters of AliITSDetTypeRec and argument of constructor of AliITSChannelStatus (Prino/Dainese)

new fields
fMinNTracklets and fMaxNTracklets to check the pion efficiency for
discrete number of tracklets. (Markus)

style modifications without compilation problems (AlexW)

CORRFW has to be included to compile PWG3vertexingHF

Coding conventions

Removing code viols.

In AliMUONTrackerIO:
Add new methods DecodePedestals and DecodeGains which decode
a TString corresponding to the content of .ped and .par files.
The interface with ReadPedestals and ReadGains is unchanged
- these methods call the new ones.
(Guillaume)

In AliMUONQADataMakerRec:
Move the creation of AliMUONVTrackerDataMaker into the Init method
and add the GetTrackerData method to be able to book the AliMUONVTrackerData
object in Amore.
(Guillaume)

uncomment Reset function

update makeResults for GRID usage

chages:
 - AliTRDclusterizer::TailCancelation has now integer as output
 - PadStatus is now read directly in AliTRDclusterizer

changes needed in order to move to the new digits data structures
(Christoph)

Coding conventions
(Philippe P.)

Coding conventions

implementation of recalculation of the cluster position based on optional tracking information
  - prepare tracklet implementation
  - full use of CellStruct and diffusion coeficients from AliTRDCommonParam

fix broken compilation

fix Savannah bug 46980

fix PID reference figures style (AlexW)

correct TrackRef usage for charged particles

Reintroduce accidentally missing classes

set PROOF as default

default clear all packages on caf

From Boris: add clusters associated with V0 daughters to the detailed view. Some cleanup.

From Cvetan: as we switched to 10MHz sampling rate change the default max-time-bin to 1000 (was 450 before).

correct settings for POI and RP change name macro

Bug fix in the calculation of cluster and sharing bitmap (Adam)

Reverting changes that used Clone() method. This method doesn't copy the
non-persistent data members. The result is that the seeds are affected
and the information used to select the good ones is lost. The number of
multiply found tracks increased a lot as a result.

Additional improvment in the cleanup of the multiply found tracks. Fixes
in the calculation of phi angles. Fix from the trunk that deals with the
multiply foud tracks in two neighbour sectors at zero degree.

Changes to take into account new entry in logbook_shuttle table in DAQ db.

More explanation on the use of the MakeSlice function.

Move simParam to libSim and recoParam to libRec

Move the diffusion coefficients, the time structure, omegaTau for ExB, and switches for gas mixture to AliTRDCommonParam

GRID jdl for TRD QA (Markus)

combined local and PROOF analysis into one macro

macros adapted to the change introduced in the analysis framework
(input containers)

Adding comments

Moved PID object into the AliRsnReader from AliRsnAnalysisTaskSEBase
Added some cuts
Added the option to define the name of Pair Manager from configured macro
Moved some messages from AliInfo to AliDebug

- Update and add new ESD QA histograms
- Fix bug in recovering the local trigger deviation from ghost ESDMuon tracks
- Fix coding conventions violations
(Philippe P.)

Updeted files for Doxygen:
- The lists of classes in EVGEN and STEER
- Added scripts for ordering README pages in the Reference manual

Removing obsolete files

ordering sign of muons from MC

- Added warning when attaching input/output handlers about the automatic creation of data containers.

updates in the default momentum binnings for PID reference histograms
(AlexW)

update macro for the changes in the analysis framework and magnetic
field definition (AlexW Markus AlexB)

more forgotten setters

more small bugs

update on muon resonance task

missing options in ctor

Makin compiled macro
Base on analysis of debug streamers (Marian)

Bug fix in Z and Phi position of the wings on the SSD support cone (M. Sitta)

missing input stream added

New classes and test macro for significance maximisation in multi-dimensional cuts space (Francesco, Sergey, Elena)

New classes and test macro for significance maximisation in multi-dimensional cuts space (Francesco, Sergey, Elena)

AliTOFDigitMap::GetFilledCellNumber method correction

Style corrections

Use helper macro to load libraries and compile par files (if needed)

Use helper macro to load libraries and compile par files (if needed)