Fixed ClassDef() accidentally removed

Merge branch 'feature-doxygen'

doxy: install-doxygen target

doxy: minor structure changes

doxy: TPC/TPCbase converted

doxy: remove the $Id$ line

doxy: mixed multi- and single-line classdesc

doxy: ignore //#include... on classdesc search

doxy: do not show whitespace diffs on bulk edit

doxy: images from TPCbase

doxy: consider comments after last line

doxy: re-refactor comment after adding brief

doxy: lower indentation level threshold

doxy: quit from helper conversion script

doxy: helper script prints top-level gPad

TPCcalib: install missing mapfiles

doxy: automatic \brief guess

doxy: improvements to helper conversion script

doxy: helper script to generate imgs from macros

doxy: debug messages on restored lines

doxy: support multiple ClassImp()/ClassDef()

doxy: support more comments per line

doxy: fixed wrong condition when handling prepends

doxy: code cleanup: comments and clarifications

doxy: relative path for image from macro

doxy: scale indent level, suppress too high indent

doxy: fixed regexp erasing lines containing dashes

doxy: support both ClassImp() and ClassDef()

doxy: some classes use Origin: instead of Author:

doxy: in member comment, array size can be var

doxy: TPC/testMC converted

doxy: TPC/stressTest/testSparse converted

doxy: TPC/macros/scripts converted

doxy: TPC/macros/data2011 converted

doxy: TPC/macros/clusterMacros converted

doxy: TPC/macros root converted

doxy: TPC/fastSimul

doxy: TPC/DA

doxy: more commands to the helper script

doxy: do not look too much for class desc

doxy: TPC/CalibMacros

doxy: all TPC/Cal converted

doxy: all TPC/Base converted

doxy: all TPC root converted

doxy: all TPC/Attic converted

doxy: better conversion handler script

doxy: do not double-add \cond CLASSIMP .. \endcond

doxy: make Doxygen ignore the confusing ClassImp()

doxy: support prepending comments

doxy: no trailing empty spaces in comments

doxy: do not comment vardecl inside functions

protection for division by zero
Giacomo Volpe

Add processing of STANDALONE runs in TPC preprocessor

Bad Chunk Checker train macros copied over to install

You cannot pass TString to something expecting const char *

Setting flag added to FindZeroMQ

Fixes in online reconstruction, Event Display and Storage Manager

fix: check if there are tracks before calling GetTrack

install testITSU  testITSUv1 dirs.

Add threshold on cluster charge

Changed paths from ALICE_ROOT to ALICE_PHYSICS

Update amanda server for TOF

ALIROOT-5773, ATO-120 - initialize all elements of the array. Fixing technical problem - non iitlaized value not used in the code - but occured in the XML dump  - confusing the OCDB comparison

Copy decaytable into install directory
 Fiorella Fionda

copy decay table to installation directory

Pedestal DA. RawStream moved to base to avoid circular dependencies

Sides were exchanged

add configure command to all builds

correct project name

Add files needed for experimental, continueus and nightly builds

Installation of additional header

ALIROOT-5792 data/galice.cuts modified for ZDC

Update in z-distance of scintillators to 3.3 mm

Merge branch 'feature-ALIROOT-5800'

PAR: additional linking opts on OS X

Fixes ALIROOT-5800

PAR: fixed wrong echo on OS X

PAR: fixed wrong CPU count on OS X

Fixing a bug in one hit entry

Fixing a bug

Correct use of ROOT_INCLUDE_DIR

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

Updating possible TDI configuration

Use ALICE_ROOT, now it is the installation directory

Revert to using $ALICE_ROOT, since now it is the installation directory.
However, the plan is to soon remove this Makefile and integrate into the CMake
builiding.

CMake: install ITS/UPGRADE/misc

Fixes ALIROOT-5798

Time scale fix for EMCAL fitters

L1 Phase for FastFit

results of prev. event reco were not reset in chain processing mode

Method to set uniform gain and some small corrections

CMake: actual fix for compat with CMake v2.8.11

a3c4bad6c822f84a2fa19893cf16afe22103eb1f did not really fix it

CMake: fixed compat problem with CMake v2.8.11

Clearer fatal message.

prevent running if CDB snapshot setting failed

test printf for version check

Update to AD geometry:

Adding AD support structure made by Pieter Ijzerman.
Material for Scintillator changed to BC404.

ALIROOT-5780  - Changes to test raw data readout QA. Removing obsolete call

c++11 fix

Fixing wrong TDI screen positioning

CMake: DEBUG has -O0, print C++ flags when cmaking

CMake: export ROOT's C++ flags, libc++ and C++11

fix for ITS SA nuclie PID (F.Prino,B.Hess,F.Noferini,S.Trogolo,J.Wiechula)