In alignment code:
- Fixed bug in misalignment transformation to ocdb format
- Added delta_z degree of freedom
- Changed default setting of B field (to 0)
- Use local constraints instead of global
(Javier)

Adding optional check on the consistency of the ALTRO payload. By default it is on, but it can be disabled via SetCheckAltroPayload(kFALSE).

Interaction record array added.

Added test scripts.

First version of properly working ITS clusterfinders in HLT (Gaute)
- Clusterfinders now call DigitsToRecPoint from AliITSDetTypeRec
  instead of directly directly caling methods of the offline
  ClusterFinders.
- The clusters are stored temporary in a TTree and extracted again
  to be sent as the HLT internal data structure. This approach works
  for the moment but has potential for optimization (requires some
  changes in the offline code)
- Clean up unused variables in headers
- New common macro for running all ITS clusterfinders and plotting
  the result in one Histogram Component
- Checks if Geom is loaded in order to avoid repeated loading of the
  geometry for each component.
M    ITS/AliHLTITSClusterFinderSPDComponent.cxx
D    ITS/macros/rec-ssd-cluster.C
D    ITS/macros/rec-sdd-cluster.C
A    ITS/macros/rec-its-cluster.C
D    ITS/macros/rec-spd-cluster.C
M    ITS/AliHLTITSClusterFinderSSDComponent.cxx
M    ITS/AliHLTITSClusterFinderSDDComponent.h
M    ITS/AliHLTITSClusterFinderSDDComponent.cxx
M    ITS/AliHLTITSClusterFinderSPDComponent.h
M    ITS/AliHLTITSClusterFinderSSDComponent.h

Getters, setters implemented.

Fix for bug #50174: Index out of bound in TPC digitization for ppbench. There was a missing protection if the digraw->First returns false

- moving AliHLTGlobalBarrelTrack to libAliHLTUtil to make it commonly
  available and replacing the temporary AliHLTKalmanTrack class
- correcting dependencies of the libAliHLTGlobal, now independent of
  libAliHLTTPC/TRD
- disable the AliHLTGlobalTrackMergerComponent until it is free of TPC
  and TRD dependencies, i.e. using only common data types as input

Correct TObjArray structure for calibRaw

the HLT/ConfigHLT/esdLayout object is not transient any more. The object
will be kept fixed for simulations and is updated by the shuttle according
to the online HLT reconstruction

Generated production file contains also the estimated number of subjobs per master.

A new function returning the unconstrained primary vertex (A. Dainese)

Trigger scalers added to ESD header.

Minor fix related to output directory.

Small fixes

Production mode can be enabled via AliAnalysisAlien::SetProductionMode(). This will
delegate job submission to LPM manager. A file is written containing the path to the
jdl file and several lines with the arguments to be provided.

Synchronized with current package version.

Update cosmic settings

(Philippe P.)

General PWG2/RESONANCES package upgrade

Function, FunctionAxis:
- added new axis types
- removed static local variables

Daughter, Event, Pair, PairManager, PIDIndex:
- added awareness of customizable PID weights
- added some necessary getters to carry informations around

AnalysisSE and virtual:
- corrected temporarily the TaskInfo fill procedure
- added the possibility to set some overall event cuts for whole analysis

Included cut on primary vertex into compilation

Adde cut selection for primary vertex quality

Removed unnecessary ESD include files that prevented library compilation in proof.

Changed object type in CalibRaw (now TObjArray)

defining the default simulation chain for the libAliHLTTrigger, inclusing the
global trigger, chain is not yet enabled, but can be run by setting the options
simulator.SetRunHLT("libAliHLTTrigger.so chains=GLOBAL-Trigger");

bugfix: inserted blank to separate reuired component libraries correctly. error
occured when two module agents returned requested libraries

Include processing of AliTPCCalibRaw calibration object

adding skeletons for a multiplicity and a cosmics trigger component for the
central barrel region. exact trigger functionality of the cosmic trigger needs
to be implemented

- added functionality to check CTP trigger classes within an analysis component
  bool EvaluateCTPTriggerClass checks a const char* expression of logic
  combinations of CTP trigger classes
- hanlde the ECS parameter data block on SOR and set CTP trigger classes
- first sketch of unit test for the above functionality, needs to be extended
  to really send the {ECSPARAM:PRIV} block
- long pending issue: comment warning on 'missing EOR' when a component has not
  received any event for processing. The check has to be replaced by a proper
  state handling

avoid redefining common constants, or using magic numbers in code, by instead having a common parameter header file

Update of the TPC-ITS alignment code (Mikolaj)

AliTPCCalibPedestal.h.diff code cleanup: Remove functions moved to the Base Class
AliTPCCalibPulser.h.diff code cleanup: Remove functions moved to the Base Class
AliTPCCalibRaw.cxx Calibration algorithm for drift velocity from last time bin, and L1 phase checking
AliTPCCalibRaw.h Calibration algorithm for drift velocity from last time bin, and L1 phase checking
TPCRAWda.cxx Detector algorithms for drift velocity from last time bin, and L1 phase checking
libTPCbase.pkg.diff Adding class AliTPCCalibRaw
TPCbaseLinkDef.h.diff Adding class AliTPCCalibRaw

(Jens Wiechula)

In clustering code the method name is changed, Bug fixed in AliPMDrechit, Initialization is corrected in aliPMDtracker

1. New RCU format
2. Adding time stamp information
(Jens, Adam)

adding histograms to monito relative efficiency on sub-chip scale by the cluster counting (G. Bruno)

Adding the AliTPCcalibAlign::ExportTrackPoints
Input for  KalmanFilter alignment/calibration

Propagate the modification of the unit of the calibrated charge (fC) to the QA histograms

(Philippe P.)

1) AliITSRecoParam   -> flag for using the bad channels in the SSD CF
2) AliITSRecPoint.cxx -> correctly set the out-of-diagonal elements of the
covariance matrix in the recpoint constructor
3) AliITSClusterFinderV2SSD -> flag for using bad channels + fix in the value
of sigma_z

E. Fragiacomo

Adding paranoiac protection to be 200% sure to get physical charges

Adding comment and protection against incorrect injection gain DB

Add the new classes to the compilation

Add DEta DPhi correlation code

reading macro for rootified PMD data

Dca bug corrected thanks to J-G.Contreras (second try... %-) )

overlaps removed, tracktime implemented for pile-up

Dca bug corrected thanks to J-G.Contreras

Methods for extracting scalers wrt time and trigger class

AliTimeStamp datum and methods added

Methods for using  arrays of scalers added.

Copy constructor, =operator added.

Following a change in the monitoring lib syntax

Added variables to ntuple (Renu)

Related to the previous commit.

Adding class (AliTOFArray) to handle a variable size array of variable size arrays of float
to perform TOF calibration. Corresponding changes in AliTOFCalibTask.
Adding the necessary macros to run the task on PROOF.

Use the DATE monitor lib in addition to the normal offline trigger selection.

fix for uninitialized pointer in case of different constructor

Introduce setter for fgkTracklet

reco param with  AsDefault

macro to produce RecoParam

bring back some functionality which was deleted by accident

macro made compilable + storage added as parameter and few other tiny things

Removal of warnings and compliance with ALICE coding conventions (Raphaël)

SDD raw data format read from block attributes of CDH, RawStreamSDD instantiated on the basis of this attribuite, CDH for simulated raws written accordingly (F. Prino)

Added speed-up and protection suggested by Ruben in Savannah #48080

Improved treatment of dead areas in track chi2 calculation (A. Dainese)

RecoParam for calibration events

Error corrected

Usage of the recently introduced OCDB entry which contains the list of defined cosmic trigger classes. The event specie setter is modified in a way that it checks if a fired trigger class is defined in the list and if no other non-cosmic trigger is fired, the event specie is set to cosmic.

Getting ADC map from OCDB in Digits2Raw

Trivial fixing

Added another recoParam to the TOF recoParam object, i.e. time window to discriminate between single pad and multi pad TOF clusters

Reducing output from ALiZDCRawStream class

Method CheckConsistency modified.

1. Possibility to visualize transformations
one by one (using Debug streamer)

2. Possibility to add filtered transformation to the same debug
stream
(Marian, Satoshi)

Method GetAllScalers added.

Updates in SDD preprocessor: new infos from DA, HLT mode no longer needed (F. Prino)

OCDB entries updated where needed

Destructor updated.

Array of records with 64 bit scalers added, copy constructor,=operator

Added in AliITSRecoParam a parameter to choose which SPD-vertexer pileup algorithm is used (F. Prino)

RC11,RC17 rules applied

New OCDB entry containing the list of cosmic triggers defined by the trigger coordinator. Used in the reconstruction in order to set properly the cosmic event specie. A macro and a text file in order to populate the existing OCDB.

Adding a cut for the production vertex for findable particles

first step for error estimation QC{2}

Modifications for embedding into raw data

Updating OCDB

cosmetics

Updated OCDB

Updated OCDB

Names updated

 Names updated

Bugfix, For interleaved data the channel was sett for branch B even if the channel had no data.

Macro for a manual check of the automatic fit on pedestal data

bug fixed while assigning the track pid by Natasha in Sdigits and Digits

fix for weights for GFC{2}

 Minor change

Missing method added.

- adding TPC-mcTrackMarker configuration (propagation of MC information
  through the TPC reconstruction chain)
- removing the TPC-esd-converter from the default AliHLTSimulation chain
- adding global ESD converter to default AliHLTSimulation chain
    configuration: GLOBAL-esd-converter
    input: TPC-globalmerger TPC-mcTrackMarker
- correcting input type definition of TPCEsdWriter (avoid runtime warning)

Changing the color of HLT tracks slightly to be distinguished from
photon kine tracks; loading the esd_tracks.C macro automatically

The following changes are done:

- fixed feeding random seed into generator
- generated input file is now in working directory instead of /tmp
- added files needed to create par file. For this to work buil/module.tpl has to be tweaked.
In line 405:
@PACKAGE@.par: $(patsubst %,@MODULE@/@PACKAGE@/%,$(filter-out dict.%, $(HDRS) $(SRCS) $(DHDR) $(PKGFILE) $(FSRCS) $(EXTFILES) Makefile Makefile.arch lib@PACKAGE@.pkg PROOF-INF))
I've added EXTFiles variable which is used to include some EPOS files that don't follow any covention regarding file name extensions.

Piotr

Possibility to set eta-range (needed for CORRFW)