ALIROOT-5488 Remove build/include from the include directories

(... supposing build is the name of the build directory).
These seems to solve the rare issue of cmake missing updated headers. It
also requires to add directories in several EINCLUDE declarations, which
were masked up to now by the build/include upstream.
Headers generated from templates are now put in
build/include/FromTemplate, not in build/include directly.

One additional missing dependency

Add extra binning for embedding index

reduce and set THnSparse axes

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

Commit for Simone - Changed bin size and phi calculation

Fix compilation error

New task for MC HM

Update from prabhat - DptDpt

added variable binning, added but commented out ESD track quality cuts

add DeltaMRel histo to JetShape ana classes

Fixed bin size bug

Was float rather than int and c++-11 issued a compilation error.

RelVal: support for overriding opts from cmdline

As requested from Mikolaj

Corrections to the train macro (verbose mode, for reducing the output)

Coverity COPY-PASTE-ERRORs: CIDs 22888, 22889

fix in delete -> delete[]

coverity fix
pachmay <Yvonne.Chiara.Pachmayer@cern.ch>

Update to trunk of hepforge
Christoph Meyer

fixing streamer problems

adding switches for 2011 data

Coverity fixes (24290,24282,24273,24252)

- Fixed coverity warnings

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

Coverity fix

modification to the train macro (again)

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

Coverity Fix  (warning: unused variable 'mumpdgNeg')

new config macrto for the train

modified bin sizes of some histo

coverity fixes

Add 3D position info for casc, V0 decays - debugging

new macros for (anti-)proton-(anti-)lambda and lambda-(anti-)lambda femtoscopy with AliFemto

updated macros (with new cut values) for (anti-)proton-(anti-)lambda and lambda-(antilambda) femtoscopy with AliFemto code

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

Coverity Fix + Fix to resolution histograms definition

Coverity fix

Added classes to perform deuteron v2 with Scalar Product

Coverity fix 24064

One more compilation warning

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

fix for th3 w.r.t. weights

comment out unused variable, fix style of some histogram titles

 coverity fix (warning: variable 'dphistarmin' set but not used)

remove histograms with smaller R range, update the R histograms range

remove histograms with smaller R range, update the R histograms range and add R plots for pure primary, restrict the meson origing histograms to eta < 0.7

coverity warning, comment out unused variable

Coverity fix 24096

Fix compilation warnings; unused variables

Added PHOS script for automatic trending (from B. Polishchuk)

Coverity fix 24170

Coverity fix 24189

 documentation version 0.1

add multi dimensional cut map

Update from Prabhat - Dpt-Dpt Corr

update AOD track filter

add LHC11d to AOD track selection

fix typo

and another

Bug fix in debug mode - cascade task

fix bug

adjust jet min pt setting

use argument macro for jet min pt setting

add min jet pt to AddTaskEmcalJet

add lock to jet finder (Ruediger)

remove debug printout

add jet shape analysis classes

load AddTaskEmcalJet.C

print cuts for debugging

Adding FJ3 functionality:
    - AliFJWrapper: interface to generic and constituent subtractor
    - AliEmcalJetTask: flags to execute generic and constituent subtractor if requested + writing info to event and/or AliEmcalJet
    - AliEmcalJet: variables for generic subtraction method (derivatives and subtracted jet shape) -> only implemented for jet mass
    - AliJetShape: jet shape object inheriting from FunctionFromPseudoJet -> only implemented jet mass (AliJetShapeMass)

add FJ3 subtractors from contrib functionality

add pyquen quenching strength

Changing range of histograms for 2011 data and making histograms I think are unused have fewer bins, later will go back and try to remove unused histograms but this needs to be done carefully

overwrite existing files when unzipping archives

another fix to implementation of 2011 geometry

removing debugging statement

non-jet-events TH2F replaced by THnSparse

fix unzipping

Update from Satyajit

Extra variables for cascade task: exploration/debugging

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

Coverity fixes

Added virtual methods to AliVEvent AliVHeader for AOD/ESD interface uniformity

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

PHOS code for automatic trending of QA data.

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

Added energy loss fits for a large fraction of LHC10h
as well as some for LHC13b and f.  Also energy loss fits for
single runs in pp @ 900, 2760 (LHC13g), 7000, and 8000GeV.

Secondary map from 118506 (pp @ 900GeV) from latest simulation
(LHC14c1b) added and copied to other systems (runNo==0).

New start time: Fri, 20 Jun 2014 12:03:00 (GMT)

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

HigherMoment task from satyajit

- Load dedicated splines (and also more appropriate MC splines) for LHC12g, LHC12i (and LHC12j)

o Add temporary splines for LHC12b-d anchored MC o Add first splines for LHC12h and LH12i pass1 (Benjamin)

o revert changes to previous version -> Wrong commit to TRDPIDResponse.root instead of TPCPIDResponse.root

Update from Prabhat

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

Small changes

Made timing conditional on pre-processor symbol TIMING

Coverity fixes

Use TApplication instead of TGApplication

New Config Macro to the train (many parameters to set avaliable)

changes to function calculating Pair Fractions

add distance to bad channel cut as input parameter

Putting back accidentally removed lines.

add track matching residual cut to the list of parameters