"Cleaned" initialization and usage of the run number.

--- in Simulation, run number and generator seed can be set:

1. Via environment variables DC_RUN and CONFIG_SEED
2. Via AliSimulation setters SetRunNumber() and SetSeed() (overrides option 1.)
3. Run number can be also set externally with AliCDBManager::Instance()->SetRun()
(overrides options 1. and 2.)

Run number is set in AliHeader during event generation (AliMC::BeginEvent()). In
the subsequent steps it is loaded from the run loader.

--- in Reconstruction, run number is loaded from the event header in the run
loader, or from raw data header.

CDB Manager's Lock implemented in simulation and reconstruction.

AliCDBManager's "Lock" functionality implemented.
- If Lock is set ON (SetLock(1)), it cannot be reset to OFF (AliFatal)
- If Lock is ON, it is not possible to reset the run number or to activate/reset
CDB storages. It is not possible to use Get( ) functions with a run number
different to the internal one.

Run number initialized to -1.
In AliRun: SetRunNumber() becomes private (it is not used elsewhere)

Adding new version of AliTPCCalibTracksGain
+ helper classes
(Stefan)

Use the input list of proof to setup parameters
(Neccessary for Proof) (Marian)

- AliAnalysisWrapper owns data when put in the output list (PROOF) memory leak (AG)

Coding violations corrected

Memory leaks fix (Silvia)

New class to represent the CTP bunch-crossing masks

14-nov-2007 NvE Copy constructor and Clone() memberfunction introduced in AliObjMatrix.
14-nov-2007 NvE Bug fix in IceDB2Root in the creation of the JEBTDaq database.
                The new Clone() memberfunction of AliObjMatrix is now used and a memory
                leak has been removed. Also GetOMdbase() has been updated for JEBTDaq.

Bug fix

include was forgotten...

Mods for Leopard

add protection against unproper delete of the recparam objects (A.Colla)

Minors

Better method to find area and length of a ring (needed to normalize n. of photons)

added protection in the destructor, checking if OCDB cache is active

DCS map is stored in a file in the temp folder where the detector is processed.
If the preprocessor fails, the temp folder is not removed. This will help the debugging of the problem.

Using new introduced classes in the calibration components

(Marian, L.Bozyk)

Adding the class for specifiing cut criterias
AliTPCcalibTracksCuts

+

Adding the class to hold pad region specific information
(e.g. fit parameters, LinearFitter)
AliTPCCalPadRegion

(S.Gaertner, L.Bozyk)

Removed (temporarely?) reset of qas

Added list of active detectors

Lowered the condition for raising the fatal bit (for test purposes)

Remove unneccessary warning

New protection against noise clusters in not existing modules + bug fix in geometry (services)

Remove (temporarely ?) the reset

Comments corrected.

Rotation matrices right-handed.

13-nov-2007 GdV Bug fix in IceRoot by completely re-building the Daq device.

Original file split into three.

implement block forwarding

BlockFilter component added; minor corrections

Coding rules violations corrected.

made general utility methods and struct initializers publicly available

12-nov-2007 GdV New version of IceMakeHits and IceCalibrate to handle IceCube DOMs.
12-nov-2007 NvE Class IceRootx introduced which contains the old version of the IceRoot
                walnut->IcePack conversion. This version (slightly updated with bug fixes)
                is kept to enable processing of the old walnut format (if needed).
                The class IceRoot has been updated so that it matches the new walnut
                data format.

Changes in the Pythia pp event configurator (minors)

Coding Conventions: private copy constructors and assignment operators where not needed

propagation of changes done in MUON to remove obsolete class
AliMUONHitForRec

Philippe Pillot

Main changes:
- Removed class AliMUONHitForRec (use AliMUONVCluster instead)
- Changed some variable, data member and function names to be consistent
Also:
- Modified AliMUONRecoCheck to use AliMCEventHandler to handle
trackRef and Particles
- Corrected comments about AliMUONRecoParam

Philippe Pillot

Bug fix

Fix of coding rule violations

Fix of coding rule violations

removing some unuseful prints

Coding violation (Marian)

Updated RecParam calibration object (correct subversion)

Updated files in CDB with update of mapping

Version 2 of DA, including versionning of Mtg files,
checking noisy and dead strips & interface with DB and FES
(Christian)

Added writing methods for regional & local masks (Christian)

- Added flag to read back from ascii files or saving directly current mapping
  (Christian)
- In WriteMpSegmentation(): added call to AliMpDDLStore::ReadData, as without
  this the detection elements stored in CDB do not contain info filled
  by DDLStore
  (Ivana)

Added iterator for local boards (Christian)

Added id, mask mode and coincidence as new members for DA (Christian)

Added switch as new member for DA (Christian)

 Updated RecParam calibration object

Little fix related to the second round of ESD clean-up

Second round of ESD clean-up at the physics level: possibility to reduce the number of stored V0 candidates by filtering on the DCA between the daughters and the cosine of pointing angle

Minor changes

Possibility of selecting larger windows in SA tracker, in order to use the tracker for alignment procedures (A. Dainese)

Record changes.

Use function Track::SetStdLabel() for setting of tracks' tooltip.
Put in sync with Track ctx-menu functions.

Record changes.

Add some class-docs.

Fix update propagation from TrackRnrStyle::MakeTracks().
Fix handling of ctx-menu functions.

Do firs QA of raw; then Check QA of previous step; then reconstruct; the do QA of reconstructed objects

QA for Raw data stating with raw reader gicen by AliReconstruction

Create output file when firs cycle = -1 (first first cycle)

scoping

Coding conventions

A "mean vertexer" to measure the average vertex position during a run.
In priciple, the produced object should be saved as a AliESDVertex object.
However, we wouldlike to save additional information and namely:
1) the errors coming from the weighted average (in addition to the covariance
matrix which give the spread of the vertices contributing to the average)
2) the number of tracklets used
3) the mean multiplicity of the events used for the average
4) the RMS of this multiplicity

Massimo

Bug fix (Marek)

09-nov-2007 GdV Automatic central meridian setting only activated when meridian
                has a value smaller than -pi. This will allow also negative values
                as user input.

Coding convention fixed for this new class (still missing copy constructor assignment,tbd soon)

Coding rule violations

Coding rule violations

09-nov-2007 NvE Graphical skymap facilities introduced in AliAstrolab, based on the
                work by Garmt de Vries-Uiterweerd.

Move pair types inside the class to conform with rules

Read labels in the chain

New carbon inserts, holes for PHOS, update of services and frame

reconstruction on simulated raw data added

enhanced functionality to publish multiple equipment ids and insert empty blocks if data is not available

coding conventions

bubgfix: skip configurations fram agent if config file was specified; SetFrameworkLog made public; suppress error in Task class

bugfix: wrong pointers used when writing multiple blocks

Modifications in the DCS part by Raphaelle

Record changes.

Protect against too high track label in kine_track() as AliStack
segvs.

Put index into track's name instead of its label.

Added comments required by coding conventions.
Add context-menu functions TrackList::FindTrackByLabel/Index().
Use mMinInt for unset label/index.
Handle negative label according to ALICE convention.

Rewrite Exc_t operator+ variants.

Removing not needed include file

Create projected and unprojected scene in separate viewers.

Record changes.

Bugfix: in GetValForScreenPos() check if distortion exist before checking
the limit.

1st version of complete ZDC geometry

Splitted calibration object -> PARAMETERS FOR CENTRALITY RECONSTRUCTION

Splitted calibration object -> ENERGY AND SECTOR RELATIVE CALIBRATION

Splitted calibration object -> PEDESTAL

Old calibration object DOESN'T WORK WITH SPLITTED ZDC CALIBRATION OBJECT

Calibration object splitted in: pedestal + E calib + reco parameters

added sample macros for TPC Conformal mapping tracker to be run embedded inside AliRoot simulation

bugfix to evaluate version of TPCDisplay library