allowing for arbitrary list of TOF/TRD supermodules to be on/off

1. enlarging the recoParam functionality for
    a.switching on/off vertex constrains in standalone tracking.
     b.moving debugging level and stand alone steering settings from
AliTRDReconstructor to AliTRDrecoParam
2. populating the track list of the tracker (needed by HLT)

Alex

- added the pad status regarding the calibration and the saturation to the TObject::fBits word.
- added new methods to know whether the ESDMuonTrack contains tracker and/or trigger data or not.

Philippe

Enlarging the recoParam functionality and populating the track list (needed by HLT)

Additional protection in case of partial geometry

Reintroduce bug fix 26008

New fitting function for straight line tracks (no magnetic field)

silvermy@ornl.gov - safety check in AliCaloCalibSignal, and saving objects/class in DA

alignment macros from Tomek

Added analysis task for the cumulants (still some work to do)

Protection against badly corrupted data leading to a wrong hw addr and negative (invalid) pad number (Marian)

returning null and warning when the symbolic name for a missing volume is queried

Adding AddCovariance method

// Adding systematic errors to the covariance:
//
// The systematic errors due to the misalignment and miscalibration are added to the covariance matrix
// of the tracks (not to the clusters as they are dependent):
// The parameters form AliTPCRecoParam are used AliTPCRecoParam::GetSystematicError
// The systematic errors are expressed there in RMS - position (cm), angle (rad), curvature (1/cm)
// The default values are 0.
//
// The sytematic errors are added to the covariance matrix in following places:
//
// 1. During fisrt itteration - AliTPCtrackerMI::FillESD
// 2. Second iteration -
//      2.a ITS->TPC   - AliTPCtrackerMI::ReadSeeds
//      2.b TPC->TRD   - AliTPCtrackerMI::PropagateBack
// 3. Third iteration  -
//      3.a TRD->TPC   - AliTPCtrackerMI::ReadSeeds
//      3.b TPC->ITS   - AliTPCtrackerMI::RefitInward

Adding setter and getter for systematic uncertainty of the track parameters

  // Setting for systematic errors addition
  [0] - systematic RMSY
  [1] - systematic RMSZ
  [2] - systematic RMSSNP
  [3] - systematic RMSTheta
  [4] - systematic RMSCuravture -  systematic error in 1/cm not in 1/pt
  //
  //  How to add it example - 3 mm systematic error y, 3 cm systematic error z (drift)
  Double_t sysError[5]={0.3,3, 0.3/150., 3./150.,1/(0.3*150*150.)}
  param->SetSystematicError(sysError);

(Marian)

Seting separate names for different recosntruction setup
Adding special setting for HLT setup
(Marian)

Typing error (Marian)

Bug fix by Konstantin

Replacing
//memset(histo,0,kPedMax*sizeof(UShort_t));
for (Int_t i=0; i<kPedmax; i++) histo[i]=0;

The Valgrind complains about uninitialized variables.
(Marian)

adding clearance around alignable volumes

libPWG0selectors depends on libANAYSISalice

libEMCALbase depends on libRAWDatabase

Adding more examples - default selections (marian)

Bug fix (Panos)

Fixing error codes so that components return negative codes according to HLT convention.

Fix: Only loading geometry if not already loaded.

Add setters and getters for filtering criteria (Marian)

Changes to the ddl map due to changes in the hardware (E. Fragiacomo)

Correct bit shift for GetVersion

Regenerated to get rid of file name vs object id mismatch message

changed TRD geometry

Typo corrected

Regenerated to get rid of file name vs object id mismatch message

Macro to fill new AliMUONClusterInfo objects from ESDs (Philippe P.)

silvermy@ornl.gov - rewrite of EMCAL preprocessor to use AliEMCALSensorTempArray, AliCaloCalib{Pedestal,Signal} classes. Rewrite based on TPC code. Note: Preprocessor is not fully tested, i.e. not quite done yet..

New classes for residual studies (Philippe P.

updated the addition of objects in AliCaloCalibSignal::AddInfo

Added summary plots to the gain DA. Changed the preprocessor to read detector coordinates so it understands the output of the DAs

silvermy@ornl.gov - adding AliCaloCalibSignal, from Josh H (UT) and David S (ORNL)

Macro to produce SPD vertices with Z and 3D vertexers

Adding utility for finding dependancies from Seforo.

Read clusters from ESD or RecPoints

Updated information

Bug fix (vertex from DCA) and code clean-up (Philippe Pillot)

silvermy@ornl.gov - correcting AddInfo calls

Method Check updated with some basic checks on histograms (M. Nicassio)

Fix a missmatch between the file name in the DAQ FXS and the SHUTTLE

AliPHOSRcuDA1 used; comments added

Always return time=1

changed ITS geometry

 for current DA

Modified to be used in trunk (Cynthia H.)

restricting the consistency check for symbolic names to the subdetectors present in the geometry

switch on ACORDE

possibility to read process type from phojet events (Christian)

Debug print removed.

libEveDet depends on libFMDbase and libFMDrec

libMUONevaluation depends on libMUONcalib

Linkning with libMinuit on Windows/Cygwin

Moving non-implemented copy conmstructor and assignment operator to the private part of the class

fixed warning about unused parameter

Minor fixes.

Bug fixed in constructor.

Fixed a bug from previous checkin

New features, summary plots etc. The DA's now write out calibration parameters in detector coordinates instead of hardware coordinates

Fixing minor typo.

"no RCU specified" option added in constructors.

Bug fix: incomplete array initialization (F. Prino)

Adding the interface to AMORE.

Using date-config in order to steer the make. Adding amore into the DA.

Minimizing the number of delete for TClonesArray, as per OCT request

Getting rid of warnings.

Fix signature of AliEveTPCSectorViz::CopyVizParams() to match the one in TEveElement now declared in head of root.

Add protection (and warning) against more than 1024 time-bins occuring per pad-row.

Updates to include new run types CALIBRATION_PULSER and STANDALONE_PULSER

Load libfluka.so from fluka_vmc

Code is distributed via fluka_vmc

updated documentation and minor modifications; added test macro for RCU raw ddl data files

Fixing generation of HLT DDL header. Event ID high and low words were being swapped. Also filling in correct DDL version number into the CDH header.

Removing obsolete files

Changing operator= implementation, and removing now unused class

- Extended paragraph about geometry checking in REAMEgeometry.txt
- Added a helper macro MUONGeometryViewingHelper.C with utility methods
  for visualization of geometry

Corrections to get macro compiling

Updated list of classes

Field maps with Bx,By at center forced to 0. (R. Shahoyan)

Updated run type specification (CALIBRATION_PULSER)

Improvement in Step Manager

Macro that generates Res-MisAlignment in ACORDE Geometry

Macro that generates Zero MisAlignment in ACORDE Geometry

Macro that generates the Full MisAlignment in ACORDE Geometry

Add missing [] to array-delete.

Reduce memory used by SDD calibration objects in OCDB (F. Prino)

Eff c++ warnings removal (Jacek)

Removing compilation warnings (Jacek)

average multiplicity
phojet/gqsm comparison

Removal of obsolete volumes (M. Sitta)

silvermy - added a few more help variables and methods

From Adam J.: Use SPD-primary vertex for SPD-tracklets (not the one from tracks).

silvermy@ornl.gov: adding AliEMCALSensor stuff to default compilation

New output added from analyze function (Jacek)

function to limit acceptance