First commit of macro and OCDB object for the PHOS reconstruction parameters

Memory leaks corrected.

For correlated tracks use the latest event only.

For each bin change wait for buffer to be refilled with fresh events from the new bin.

Use fixed-width font and zebra-stripes in macro browser.

Checks for bin change and resets the buffer status.

introduced residual calculation

Method BinNumber added. This allows all EventPool clients to note a bin change.

Fill fix

GetLatestEvent added.

bug fix.

fix indexes in the tracklet Fit function

ESD file is added to the list of proof output files. It is then automatically merged on the master and arrives on the client as a single file. For the moment the default location of the resulting ESD file is the local folder from which the proof session was started.

Compilation errors fixed.

Clearance between modules 2 and 3 is increased by 2 cm.

Correlation QA Checker

Correlation QA Data Maker

typo

typo

Better use assignment operator instead of deleting and putting a new AliReconstruction in the input list of the selector.

Removed (unnecessary) AliTPCTrack dependence.

Implementation of QA on correlated data among detectors

Implementation of QA on correlated data among detectors

propagate the fix also for the track finder

fix tilting angle in simulations

TRD Update by Konstantin:
 - Proper geometry loading (TGeoManager => AliGeomManager)
 - Consistent HLT Logging scheme is now used.
 - Possibility to load CosmicTest recoParam is added AliHLTTRDClusterizer:
 - Avoid coping data in DoEvent() AliHLTTRDTrackerV1Component
 - Now we PushBack TClonesArray of TRDTrackV1 instead of ESD

reading of prediction processor values; reading of noise map from CDB; some histogram cosmetics (Kelly)

Final (?) modifications for the QA

fix mem leak and compiler warning

Some init values and deletes

1. Most of the initialization code is put to Begin method. Corresponding changes in the input list of TProof and the selector. 2. Some rearanged sys-info logs. 3. gGeoManager pointer is reset in the default contructor of AliReconstruction. That is avoid the problem on the proof master with the double input list.

Added verbosity and updated call to overlap checker

run both tasks at the same time

.. was one to much.

Destructor corrected.

Clear the RunTag to avoid memory leak in case of multiple selection.

Use Delete instead of Clear to avoid memory leak.

Updated SSD QA class (PAnos)

Few modifications in the QA part

AliHLTTask: improve consistency check for generated output data (allow ptr be set to the output buffer); AliHLTDataBuffer: allow data block descriptors of zero length buffers

persistent CommonHist (still need some improvements)

Prototype implementation of tags for macro selection.

add Kalman fit function for TRD. To be used in visualization,
resolution-qa and tracking

update the resolution task

introduced option for switching on/off tracklet improving in SA TRD
track finder. HLT speed up !

Updated fit (Marian)

correct misleading comment re. APD temperature stability

continue on fixing the memory leak. Here is the result of valgrind which
appears not to scale with the number of new/delete !

==21155== 2,664 bytes in 9 blocks are possibly lost in loss record 169
of 223
==21155==    at 0x4C22F75: operator new[](unsigned long) (in
/usr/lib64/valgrind/amd64-linux/vgpreload_memcheck.so)
==21155==    by 0x1A989CD7: TStreamerInfo::Compile()
(TStreamerInfo.cxx:1497)
==21155==    by 0x1A98F67B: TStreamerInfo::Build()
(TStreamerInfo.cxx:433)
==21155==    by 0x1948B7D6: TClass::GetStreamerInfo(int) const
(TClass.cxx:2933)
==21155==    by 0x1A98E500: TStreamerInfo::Build()
(TStreamerInfo.cxx:251)
==21155==    by 0x1948B7D6: TClass::GetStreamerInfo(int) const
(TClass.cxx:2933)
==21155==    by 0x1A98E500: TStreamerInfo::Build()
(TStreamerInfo.cxx:251)
==21155==    by 0x1948B7D6: TClass::GetStreamerInfo(int) const
(TClass.cxx:2933)
==21155==    by 0x1A98E500: TStreamerInfo::Build()
(TStreamerInfo.cxx:251)
==21155==    by 0x1A93CC1D: TBufferFile::WriteClassBuffer(TClass*,
void*) (TBufferFile.cxx:3355)
==21155==    by 0x10070965: AliTRDtrackV1::Streamer(TBuffer&)
(G__TRDrec.cxx:2223)
==21155==    by 0x193E4AA4: TDirectory::CloneObject(TObject const*,
bool) (TDirectory.cxx:263)

Josh, Irakli, David: AliCaloCalibSignal update - replacing possible 10k+ TProfiles and TGraphs with 2 TTrees

Fixed memory leak in case of no V0 filter

Remove overlaps from detailed check

Adding particles to PDG DataBase in c'tor so we always have it when reading kinematics

Taking advantage of new overlap check funtionality of TGeoPhysicalNode::Align

Using recently commit fixes in cdb manager in order to properly load cdb entries on the proof slaves. Some new sys-log stamps added.

Possibility to instantiate CDB manager from prefetched cache. It is used on the proof slaves in order to use CDB entries loaded on the client side and send via the proof input list.

Added cast to Color_t - needed by GCC 4.3

Added cast to Color_t - needed by GCC 4.3

Add FMD

Fix for proper color type (Color_t cast)

Some fixes

 The line

   if (edep<=0) continue;

in AliFMDBaseDigitizer::DigitizeHits was introduced - wrongly - by
Peter Hristov.  It _will_ break the digitisation and the following
reconstruction.

The behviour of the digitisation models exactly the front-end as it
should (no matter what memory consumption it may entail).  The check
should be on zero suppression, since that's what models the front-end -
if zero suppression is turned on in the front-end, then we can suppress
empty digits - otherwise we shoud never do that.  Note, that the line
affects _both_ normal digitisation and digitisation for summable digits,
since the condition is on the energy deposition and not on the actual
number of counts.  If this line should go anywhere, it should be in
the possible overloaded AliFMDSDigitizer::AddDigit - not here.

Perhaps this change should be propogated to the release ASAP?

Adding the Time0 calibration from TPC

Results obtained using CE analysis

(Marian)

implemented copy constructor

Prototype for visualization-macro manager and gui.
See new macro anyscan_init.C.

Fix some cluster macros to use VizDB.

Do not consider TPCOnlyTracks from events with default (from CreateStdContent) TPC vertex in esd

Moving to the AliCFContainer classes as input containers for protons and antiprotons

Corrected zero-misalignment CDB entry. The old one had repetitions of the same alignobj several times. To be checked by the experts.

Update of pad status calculation (pad capacity dep. of noise, bridged pads)

Bug fix (Marian)

Macro to combine and fit input gain calibration
to the final one.

Adding macro to analyze the CE calibration data
Several fit models implemented
Results possible to visualize
(Marian)

Adding directory with calibration macros
(Marian)

Misalignment of the PHOS module #2 based on survey measurements.

New version that uses the DAQ libs for monitoring. Inspired by T0/TOF

New version to use the AliRawReaderDateOnline for monitoring

New monitoring DA versions

New monitoring DA versions

New version to comply with AMORE requirements

Different misalignment errors for Y and Z and for the 6 layers (A. Dainese)

Replacing very old (and deprecated) class with first version of a HLT trigger base class.

Consider nuclei as stable particles, add them to pdg table as well (only d,t 3He, and 4He)

Updated class for SSD survey (Panos)

Allow for make STEERBase-test, need to include ALICE_ROOT/include path

Updates.

Making changes so this macro works better in the ACR.

differentiate status that is set upon timeout (Chiara)

some protection

Inherit from TNamed

Protection for a sqrt in the DA for SDD PULSER (F. Prino)

added merging for QA

new ALIRECO.par target for creating the reconstruction par file. Uses loadlibsrec.C macro in order to load the aliroot reconstruction libraries assuming that aliroot is installed on the proof clulster.

Removing delete which for some reason causes a double call to free().

Applying option to not reset the histograms after being published in AliHLTMUONRawDataHistoComponent.
Also adding an quick and dirty version of a monitoring script to display the output of the histogramming components online.

stopped a loop in merging of QA Results

setting the alien environment

Example for mixing analysis.

Obsolete

correct call to QADataMakerSteer ctor

introduce getter for PID quality

Bug fix (F. Prino)