Forgotten commit for the LinkDef
(Marian)

Coverity fixes (Ivana)

new histograms for position of different vertex types and one for DCAz

Fixed up default value to be those in stock ForwardAODConfig.C

Added script ForwardAODConfig.C to configure task - user can
override this by copying and editing in working directory

Added calculation of N_ch from Poisson method - needs a bit of
work.

Fixed up some of the flow code.   Marked obvious memory leaks and
such.

Coverity fixes

Fixed warnings

-Updating AliAODConversionParticle: adding constructors, conversion tag
-Updating aod creation in AliAnalsysisTaskGammaConversion class
-Remove obsolet call from configure macro

Patch for AMORE

ScanConfigurationArgument protected instead of private, so child classes cam overload; initializing from OCDB and command line arguments before the tree is created

The change is only in the "heavy flavour" part of GeneratedMB().
I use the existing member fTriggerParticle to request, in addition to the other requests on the c/b quarks,
the presence in the stack of a given particle. We can use this to generate events enriched with "rare" charm hadrons
(Lambdac and Ds). This will be needed for a MC for pp (not the PbPb one) that we want to request.
A. Dainese

This is to have the Clear() method well implemented in both classes and in the
one that was already implemented add the deletion of a pointer that was not done.
Gustavo Conesa

Turning TTrees in calo output off by default

Fiexs needed for Pb-Pb reconstruction

Fix leaks in AliIsolationCut and AlianaOmegaToPi0Gamma
Do Clear("C") and not Delete() of TClonesArrays with AOD branches
change //! to //-> in declaration in header of  temporal data member arrays arrays with clusters, tracks and AODs

adding option -skip-esd-object, removes specified objects form the ESD content before publishing; adding some NULL pointer protections

remove old methods

Coverity fix
(Jens)

Fix (Francesco)

coverity fix

-  fix the problem in MC
- also set automatically that when running MC one does not use the scaling for data
- add some function to disable scaling/cleaning
- add some control histogram

A. Toia

bugfix: the AliHLTOUTTask supposed to receive the output of an HLT reconstruction chain was not placed at the end of the chain. Sources of an AliHLTConfiguration have to be extracted by an explicit call. Bug was introduced in r45754 Nov 2009 2010

New trending info in AliTPCPerformanceSummary and AliPerformanceTPC (Weilin), PostData in AliPerformanceTask (Jacek)

Control histograms and check of MC flag adde.
A. Toia

Coverity fixes (Ivana, Roberta)

additional cut on TPC multiplicity outliers.

to use them:
AliFlowEventCuts::SetCutTPCmultiplicityOutliers(kTRUE)

- added argument for p-p or Pb-Pb runs, in order to optimize the THnSparse size and binning/range, as well as filling the centrality bin information

SetOwner called for list of histos.

Coverity fix

Added option fDoMixExtra and fDoMixIfNotEnoughEvents - can be controled by user

Fix PostData

Add support for AliCentrality

Secure codin - overruns corrected.

Adding HMPID to the inclusde path

changing default for cut on tracks which have shared TPC clusters to ***OFF*** (was ON before)
adding shared tpc cluster cut to statistics histogram
AliFatal in case a cut is missing in the statistics histogram

Move to GMT+1 for trending plots vs. time

New task for ITS alignment monitoring (Francesco, Gian Michele)

(Coverity, addinga line at the end of file (Marek)

Add AliCentrality support

coverity fix

coverity fixes

coverity fix

updates (Chiara B)

coverity fix

coverty

extra macro

Changed cut on tracklets quality (Ruben)

extra tokens at end of #include directive

first implementation of the global alignment QA
(Rongrong, MI, Jochen Thaeder)

framework updates, including Track rotation method (Jens); updated filtering macro
(Fiorella)

Changes for #78632: TPC commit and port changes to v4-20-Release

Updated macro for the saturation correection in HI. In the previous the linear fit offsets + pedestals were subtracted properly. As a result the saturation thresholds were underestimated by ~10-100 ADC depending on the channel. This made the saturation correction a bit overestimated.

update some analysis parameters

 move printf to debug

- OCDB configuration object for the cosmics trigger component (contains empty string)

- added first sketch of trigger component for selecting cosmics tracks in the TPC (based on AliTPCcalibTime selection)
- respective test macro running on ESD input

Manual linearization is removed in case of pass2, i.e. saturation correction is done at reco level.

Removing deprecated linearization and MC rescaling (now part of the centrality framework)

bug fixed

Reverting commit 38588: Lambda(1520) is switched on

removing option to load clusters from binary file to get rid of dependency to AliHLTTPCMemHandler

adding member initialization

secure code

fix to last commit

Various upgrades. NSD true trigger for MC, pileup selection for analysis, fixes for PbPb and centrality, more consistent normalization - cleanup will follow

move from AliAODTrack to AliVTrack

first round of cleaning (B.Hippolyte)

Move from ESD and AOD readers the common methods for centrality, v0 and B field access to the reader base class. Rename the access methods and data members to the filtered list of calorimeter clusters and tracks to avoid confusion.

Coverity fix

Coverity fixes (Philippe)

LOG muondep:
- Coverity fix

LOG muon:
- Coverity fix
- Fixes to cope with new alien plugin
- Store Event_Stat info in output

Diego

AliMixInputHandlerInfo : BeginEvent function for each input handler after fChain->GetEntry(entry)

M      AliTPCAnalysisTaskcalib.cxx - Chckeing the friend status bit
M      AliTPCcalibDB.cxx           - Removing warning
M      AliTPCcalibGainMult.cxx     - Use the number of tracks as multiplicity estiamtor
M      AliTPCcalibTime.cxx        -  Setter for the maximal track multiplicity per event
                                  + Waring in the TVectorD  - resize needed
M      AliTPCtrackerMI.cxx        -  Use the number of tracks as multiplicity estiamtor, (TPC primary vertex not defined yet in the RefitInward)

Setting Id keyword property.

Unuseful print commented

Find the right gfortran libs

fix coverity

coverity fixes

AddInfo additions - needed for normal Preprocessor operations

coverity fix

Remove obsolete drawing methods and macros

Centrality cut is moved into AliRsnValue and AliRsnCutValue, then

Added the possibility to compute centrality values using all the three validated methods

Removing obsolete G3 functions

avoid crash as described by https://savannah.cern.ch/bugs/?78827

Fixed a memory leak, adding publishing period option, fixing unit conversion of published values and publishing SPD vertex instead.

Removed useless function from AliMixInputEventHandler

Fixed output directory if the input collection is custom

- fill the centrality and vertexZ in the track properties THnSparse
- set ownership of output list

Preliminary work to get centrality in

coverity fix

Adding SetOwner to the output list

 Phys DA , works on DAQ tst machine

Minor fix in the ITS-TPC spectra analysis (Marek)

error message if partition number exceeds allowed range

NULL pointer protection added

- update documentation

Corrections for par file compilation (A. Shabetai)

Updated fragmentation model

fix <PH> plot

Making code secure - sprintf replaced with snprintf.