AliTPCcalibDB.cxx.diff Use DCS graph for HighVoltage information whenever available to prevent from Spline fit problems, remove obsolete code
AliTPCcalibDB.cxx.h remove obsolete code, parts move to util class
AliTPCcalibDButil.cxx New class to calculate derived values from calibration entries
AliTPCcalibDButil.h New class to calculate derived values from calibration entries
AliTPCCalibViewerGUItime.cxx.diff Reset pointer was missing
AliTPCCalibViewerGUItime.h.diff set private in proper place
CalibEnv.C.diff use AliTPCcalibDButil now for derived values
libTPCbase.pkg.diff Add AliTPCcalibDButil
MapCalibrationObjects.root Include Number of pads per row mapping
TPCbaseLinkDef.h.diff Add AliTPCcalibDButil

MapCalibrationObjects.root Include Number of pads per row mapping

(Jens)

AliTPCcalibCalib.cxx
Check the success of rotation

AliTPCLaserTrack.h AliTPCLaserTrack.cxx AliTPCcalibLaser.cxx

Fixing problem for cross tracks
A or C side detemined from clusters
Don't use calculation of dz for minimal distance
At the end real problem - skip CE tracks

(Marian)

Add Reaction Plane analysis to compilation

Add reaction-plane-aware analysis

Use non-absolute qout qside qlong

Protection added.

Store and read Reaction Plane information

Add possibility to rotate event

A possibility to work with 20 different mapping files are added:
1 mapping per module per RCU.

Treatment of bad SDD half-modules (F. Prino)

small improvement on class AliTOFcalibHisto, which adds further external flexibility to online/offline calibration. the new feature is used by AliTOFPreprocessor

corrected assignment of return value in ApplyAlignObjsToGeom

Cleanup of monitor package

All histograms now written in one file, no matter how much modules processed.

New plots in the macro for ITS RecPoint display (F.Prino)

printf removed.

Adding helper functions for the trigger mask
selections

Mac users should be happy now. Thanks to Laurent for providing the fix

- changed the origin of the input data from the TPC esd converter to the global one

At the start of the online GUI sterring window we will read the list of already active physics runs from the DAQ logbook. Once started the runs appear and disappear using the DIM service mechanism.

Connection to HLT tree moved to Notify()

moving FMD1 1.5 cm forward. Better eta coverage...

- replaced TPC ESD converter with the global one to have access to the time stamp information
- arranged the libraries that need to be loaded accordingly

Adding interruption handler to the DATE online raw-data reader. Will be used by the online display/reco steering process in order to stop processing of raw data in case and SOR DIM was received and there were no EOR events in the data stream.

Updates in the PHOS/EMCAL raw-data reading code due to the new mapping is PHOS (Yuri). Can't really verify all the changes, but they were tested for PHOS and Gustavo accepted them for EMCAL.

Add plots of dead module locations in SDD calibration monitoring (F. Prino)

Include SDD layers in ITS Reco Param for cosmic reconstruction

Include SDD layers in ITS Reco Param for cosmic reconstruction

Adding TOF visualization for online display (raw data + clusters). The macros work perfectly well except one simple fix in the clusters (unloading was needed).

Protection against missing digits (the case in mainstream reconstruction). Otherwise the macro works just fine with the recent runs from P2.

Adding the trigger QA component (Marian)

Fix in the subject of the mail sent to the Shuttle responsibles in case
the disk space used exceeds the threshold.

setting the number of TPC clusters for the tracks

new option introduced to ignore the HLTOUT data blocks of the HLT raw data
option 'ignore-hltout' can be set as additional option for the HLT with
AliReconstruction::SetOption, or AliHLTReconstructor::Init respectively

This is in particular useful for HLT chains running on raw data during
AliReconstruction. The output of such chains is added to the HLTOUT collection
and might so interfere with the data produced in the online system and
present in the raw data.

initializing the trigger data structure correctly before component data processing
this was not necessary in AliHLTSystem until now since no component was using the
trigger information so far. Trigger components acces the structure to get information
about CTP trigger classes. The CTP information is not filled yet though, this will be
done in accordance to the trigger framework currently developed for AliSimulation.

Removing unapropriate class and method names.

bugfix: make code compiling for the debug mode

filling the event creation time in the EventData struct before invoking component data processing
required to set the ESD timestamp also when running in AliSimulation/Reconstruction

Fix for bug #55248: missing ACORDE/Align/Data object

- Adding merging of calorimeter clusters to the global ESD.
- Updated a test macro for running the PHOS chain

Finally a working version of raw-data event cloning. It turned out to be quite difficult to overcome root TRefs and TBranchRef schema.

- correct typo

- remove HLT TPC calibration classes for CE, pulse and pedestal calibration from the build system
- add include path for the TPC library

Fix for sign of B field sign in the macro for vertex calculation (F. Prino)

Brand new GUI application for online display/reco by Matevz.

Clean up

Bug fix

Added parameter limits to keep HG/LG in reasonable limits and (possibly) prevent fpe.

Technical fix for bug #55338: Memory corruption in HMPID

- moved all HLT TPC calibration classes to a new folder in TPCLib/calibration

Small bug fixes (mainly in mapping) and some clean up

New method to clone current raw-data event and create a single-event raw-reader. Will be used in online display/reco. Not implemented for AliRawReaderFile and AliRawReaderMemory.

Shorted log in case ACORDE is not in the geometry loaded from OCDB (Matevz)

* Bug Fix for uninitialized idx
* Improvement of the macro

In AliMUONRawStreamTriggerHP:
Fixing a bit manipulation bug for the local structure when overriding the local
structure ID.
(Artur)

Correct the track index stored in AOD (Jenn)

bugfix for r34614: added missing function

Adding operator functions for manipulation of counters, adding copy constructor and assignment operator

cleaning up AliHLTRunStatistics class to be used as a container for run statistics information
copy contructor and assignment operator implemented, TObject::Print, Clone and Clear implemented

correcting documentation

setting the number of clusters when restoring object from AliHLTExternalTrackParam
minor bugfix: return -1 as cluster index in the dummy method.

1. bug fix: skip the final transport of tracks to the inner TPC X, when the tracks are horisontal
2. few tuning parameters are added
3. compilation warnings fixed

Extra parameters added

--Thi line, and those below, will be ignored--

M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCAStandaloneFramework.cxx
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCAGlobalMergerComponent.h
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCATrackerComponent.cxx
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCAMerger.cxx
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliTPCtrackerCA.cxx
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCAParam.h
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCASliceData.cxx
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCATracker.cxx
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCADisplay.cxx
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCAMerger.h
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCADisplay.h
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCANeighboursFinder.cxx
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCAParam.cxx
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCAGlobalMergerComponent.cxx
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCATrackerComponent.h

adding AliHLTComponent base class methods to access event properties orbit,
period, bc, and timestamp
GlobalESDConverter initializes ESD header from the event properties

* AliHLTHOMERBlockDesc holds now a copy of the data
* Introduced a buffer to save the last $BUFFERSIZE events
* Added navigation throught the buffer
* Updated the HLT logo

New method to resolve the TRefs and clone the raw-data itself. Will be used in order to clone the raw-data event while creating a single-event raw-reader within the online display/reco. For the moment it seems the best method to do the job. However it will not work in case of two processes (alieve + aliroot) and exchange of event data via sockets. The reason is that the fRawData is non-persistent member of AliRawEquipmentV2.

Update in AliAnaElectron (Jenn)

Bug fix: Corrected assignment operator.

Included check for errors in the stdout

Protection against missing fESDOld member.

Additional protection for the previous bug fix.

Bug fix in the copy constr of the esd friend. Noticed while running threaded online reco.

Allow opening of the file from two places in case at least one of them is read-only. Should not affect any normal offline processing, but unavoidable for online threaded alieve+aliroot reconstruction.

 Added new case to read MC infomration from the AOD (AODMC))

added an additional case for string replacement when reading AODs

Enabled reading from the MC particles in the AOD, activate with SetReadAODMC(1) (all) or (2) (charged). if activated reconstructed tracks are ignored when FillMomentumArray is called

Correct bug when comparing if data type was MC to get the vertex or not.

Corrected dipole field sign for DCS convention.
Temporarily suppressed abort of field init in case of wrong beamenergy
in AliGRPManager

Inverted logic for kTransportBit

In case of merging AOD inputs, recover vertex from both inputs, not from first.

- minor fixes for the TRD histogram component (Theodor)

Removing extra coma

Preliminary fix for bug #54567: reconstruction on PbPbtest crashes

Corrected calculation of the beam energy. RunInfo available to Init in the reconstructors

added support for EPOS

Check transport and not done bit.

Romita, Rossella <R.Romita@gsi.de>

1. in AliMixedEvent, the method GetMagneticField() returns -999. Is it possible to have, instead, the magnetic field of the first
event used to build the mixed event?
2. in AliMixedEvent, there are 2 methods to get the primary vertex: one is GetPrimaryVertex and returns a null pointer, the second
is GetPrimaryVtx and returns the mean vertex. Would it be possible to remove the second one and let the first one return the mean
vertex?
Yes to 1 and 2

1. Leading time was not decoded properly (there are coarse and fine gains in the HPTDC which I did not not about). 2. HPTDC were written in raw data from 7 to 0 within a ring whereas for everything else it was from 0 to 7.  This was Yannick's mistake  but he did not want to change the programming of his FPGAs so I had to change it in aliroot. 3. All the ADCs in Float_t instead of integers. (Brigitter). Changes in the ESD classes were agreed by Andreas, Rene confirmed that the schema evolution will handle them properly.

- several small improvements and bug fixes by Theodor (thanks to Jochen)

AliCaloTrackAODReader: When requested, keep the selected Tracks and CaloClusters in the output AOD.
AliAnaPartCorrMaker: Do not abort when there is no input analysis, just print that it is doing no analysis.

Extended Notify() functions to read cross section and trials also from the histogram files produced my AliAODMCParticleFileter

Added protection for the case that the list of input particles is empty

Reaction plane angle set in  MCHeader. (A. Kisiel)

Reaction plane angle added (A. Kisiel)

Time added (A. Kisiel)

All FMD corrections are now divided into the analysis + adding new corrections

Added access to magnetic field value in readers. Corrected bugs in AliMCAnalysisUtils when tagging electrons. General updates in AliAnaElectron (Jenn)
Few minor coding violations corrected.

Improving resolution of hit coordinate calculation. (Indra)

Techinical fix: additional protection

MCEvent() is available when running with the AODInputHandler