Setting default storage implemented

(Temporary) fix for problem in xrootd: reconnecting to alien after forking.

Bug fixed.
Extra controls added.

bugfixes for the HLT build system:
- dependencies resolved correctly
- creating the links to external files only if they do not yet exist

extending unit test for AliHLTComponent by a sample event processing sequence

bugfix: setting the runNo correctly in the run descriptor
bug https://savannah.cern.ch/bugs/?57917

- minor improvements/corrections

- filled the vertex histograms in the correct place
- corrected calculation of track DCA to primary vertex

remove checking of MC lable of track and cluster to set the goodness or badness of the match, was causing problems and should be done at the analysis level

subtract RCU L1Phase from time measurement, and try to avoid data jumps in sample selection

Fixing typo.

Fix in the size of the stored array

Updating test files, both to run local tests, and for the Shuttle nightly tests.
(Ruben + Chiara)

including the two classes AliDCSClient and AliDCSMessage from the SHUTTLE module into the HLT build of the pendolino lib.
The pendolino librray is now independent of external libraries when it is created from the HLT build system.

implementing functions required by the AliShuttleInterface
adding logging function
adding list reader class from external package in order to have consistent library

Update to profit from record-by-record reading capabilites of the AliLHCReader

- added analysis task with some global track properties retrieved from AliESDtrack (more histograms to be included)
- updated macro

sorry - typo

select only raw data events where the EMCAL was included (needed for calibration events)

Get selected digit via method, not direct member access (changed in root trunk).

use the TRD flag of a standalone track - kTRDout instead of kTRDin (Theo)

setter functions can be made constant as they do not affect the members of the object but an outside memory block

Coding conventions in AliACORDEConstants class corrected

Added contructor to create an object from the DCS file name (instead of the TMap)
(using new AliLHCReader ReadSingleLHCDP method)
Added possibility to fill the object from the text file

TEveVector is now a typedef -- replace forward declaration with include.

Correct circular dependence between EMCALbase and EMCALsim
Move AliEMCALClusterizer from EMCALbase to EMCALrec
Update PAR Makefile to allow the compilation of several EMCAL libraries at the same time

- added the ITS analysis task and updated the running macro

- add option for the user to switch on and off the detector tasks. If no argument is used, by default
  all detector tasks will be included (so far only tpc and phos are present).

Implementation of a function to parse the LHC data file only for a specific
entry --> returning a TObjArray.
Corresponding changes in the GRP preprocessor.

- added the PHOS task to the running macro

OCDB calib data: removal of gain values. Will be put in a separate OCDB entry as they come from lab data and not from shuttle. The rest of the changes are related to the brand new digitization code which uses OCDB from RAW.

Updated OCDB entries taken from 2009 RAW OCDB. The Pb-Pb entry is put temporarely in an OCDB sub-folder until we find a proper solution.

- added analysis task for comparing offline HLT PHOS properties

Coding Conventions

added cuts and order of flags

removing printf

- added analysis task for comparing the HLT with the offline esd tree, mainly on TPC properties.

restoring compilation with v4-18-Release

adding check for AliESDCaloCluster r38477

changed path to physics selection macro

Bug fix

Added error message in configuration string parsing

update default parameters

Added support for the parameterized integral of the Bx/Bz.By/Bz and
(Bx/Bz)^2+(By/Bz)^2 (and the same in the cyl.frame) calculation:
AliMagF::GetTPCRatInt(xyz,ratint)
AliMagF::GetTPCRatIntCyl(rphiz,ratint_cyl)
The ratios integrals (as well as the integrals of the components, GetTPCInt)
are calculated from 0 to provided z.

From Mihaela: Physics selection wagon added (including related modifications in AddTask macros) + new features of the plugin

unresolved symbol fix; unimplemented method declaration commented out - to be implemented when necessary

restoring compatibility with both trunk and v4-18-Release

adding compatibility check for AliTPCClusterParam r40128

using CheckCTPTrigger instead of EvaluateCTPTriggerClass
the new function CheckCTPTrigger is better suited for checking the occurence
of single trigger classes. The return value indicates whether the trigger is
active or not, or whether the class is not included in the setup at all.

adding new functionality to component base class
  /**
   * Check state of a trigger class.
   * If the class name is not part of the current trigger setup (i.e. ECS parameter
   * does not contain a trigger definition for this class name) the function
   * returns -1
   * @note the function requires the setup of the CTP handling for the component by
   * invoking SetupCTPData() from DoInit()
   * @return -1 class name not initialized,
   *          0 trigger not active
   *          1 trigger active
   */
  int CheckCTPTrigger(const char* name) const;

add histograms: distributions of eta, phi and pt (Theo)

removing deprecated backward compatibility code for AliTRDrecoParam r34995

setting event type of the ESD to 7 (Theo)

using function 'IsDataEvent' instead of checking for specific event types (Theo)

reverting r40128 as it breaks backward compatibility

coding conventions

Added method SetPdestalValue

enable keyword substitution

adding argument names in function definitions

coding conventions

DA PHYSICS output

restore original alignment file until discrepancies between survey calculations are resolved

Updating jdls (arguments correctly passed and used), and script to perform merging+OCDB filling.

Exporting AliOmegaDalitz.h used in AliPythia.h

A correction in the comment

Putting an AliWarning in the M() function

Updating macro to perform merging.
Adding TPC Calibration macros.
Adding specific jdl ans scrpit to do Merging + OCDB Creation in the same job.

(Marian)

Updates of DIP file processing, mostly for luminosity related records

An additional set of static functions (M. Ivanov)

explicitly (Markus)

M      README.Train            - readme file
M      runPWG1Train.C          - steering macro
D      getCertificateAll.sh    - remove obsolete file
D      MakeSDDPoints.C         - removed obsolete file
A      ConfigTask.txt          - new task configuration file
A      getCertificateBatch.sh  - shell script to make chack on batch farm

 getCertificateBuild.sh  - not yet there

add variable TRD segmentation levels. Possible options are
0 : sector [default]
1 : stack
2 : detector

 prinout moved from AliWarning to AliDebug(10,..)

Moving back the macro into TPC/macro directory
(Marian)

removing dupplicated configuration file

Setup is taken from the ConfigTask.txt file

Marian

remove assignment operator in case of leaks

Setting IsDefault after the event specie, otherwise it is not taken into account

changed logging levels of calo histo producer init

For Pythia with tune don't switch off MI in ConfigHeavyFlavor

Added event ID in filename of screen images

Fill Chi2perNDF (from TPC) for AliAODtrack

fixed warnings

Added "Save Viewers" button and functionality to alihlteve

New pt dependent dca cuts.
(A. Dainese)

 set new run range and root version, do only run k_T cluster analysis for now, changed comments

Study jet p_T vs. total mult

Fixing T0 compilation

fixing a minor memory leak. Objects from the standard content had been removed from the list without destroying the actual objects

extended AliHLTCTPData test. Generating nested class names and checking further functionality.
correcting compilation warning

adding support for similar class names (e.g 'mytrigger', 'mytriggerA'). This
had been ommitted in the first implementation of EvaluateCTPTriggerClass

Adding new method to check the status of a trigger. Can be used instead of
EvaluateCTPTriggerClass as this function requires to have the exact class name
present in the running trigger configuration.
  /**
   * Check state of a trigger class.
   * If the class name is not part of the current trigger setup (i.e. ECS parameter
   * does not contain a trigger definition for this class name) the function
   * returns -1
   * @return -1 class name not initialized,
   *          0 trigger not active
   *          1 trigger active
   */
  int CheckTrigger(const char* name) const;

code cleanup, delete some backward compatibility code and call functions of AliHLTSystem directly
the code concerned old AliRoot version where the HLT/rec was not part of the HLT build system
long in the past

adding cleanup of HLT memory pages

enable keyword substitution

changing names of local variables in accordance with coding conventions

changing the class name in accordance wit coding conventions and adding
typedef for backward compatibility`

updating documentation

updating documentation

alignment objects for EMCAL_FIRSTYEAR geometry from survey

updates to read survey parameters from EDMS info

adding survey file in AliSurveyObj format