Upates by Marta, bug fixes and additional histos

Fixes to DA code:

* AliFMDBaseDA::Rotate(const char* file, int max)
  'log-rotates' files that start with 'file' up to a maximum of 'max'.
  This is applied to all FXS files (peds.csv, gains.csv, conditions.csv)
  as well as zero-suppression files.
* Added comment line in each output file, that tells us from which run
  the file was created, and when.
* Fixed some coding violations.

The DA's should be propagated to the release.

Put LOGY in the histograms DrawOptions - so that AMORE will show these
on log scale by default.

bugixes

Updated track matcher to do PHOS and EMCAL in one instance

Revert "Updated track-matcher component to deal with EMCAL" because it was plain wrong

This reverts commit 0838566de2e3e6bacf7c7b1b894570c349f3938d.

bugfix: library arguments had been filtered out by accident after r40708

changing info message into debug message

adding an example calibration component and corresponding macro

Amplitude of the EMCAL cells changed from Int_t to Float_t from Gustavo

Dynamic cast to AliAODHandler*
as requested in
https://savannah.cern.ch/bugs/?66068

adding reference data for Calib

Avoid double delete when reconnecting.

Added (default) option to not fill AOD's branch

- fixes to changes in previous commit

- changing pT intervals for inv mass histos
- changing phi from degrees to radians

Changes for report #65459: port to STEER new AliESDTZERO fried

splitting the functionality of the TRD calibration components, old component kept for backward compatibility (Theo)

Change digits energy from Int_t to Float; Implement time cut window in clusterization

Most PWG1 AddTask macros used in the pilot QA train were modified to use mgr->GetCommonFileName() as output file.

adding option to run the vertexing from AliKFVertex (Gaute)

restoring functionality of the macro after making AliHLTSystem::BuildTaskList(AliHLTConfiguration*) private, using configuration id now

Added Print (short and detailed options) method

Fix for Savannah bug #66142

//-----------------------------------------------------------------
//           Implementation of the combined PID class
//           For the AOD Class
//           containing information on the particle identification
//      Origin: Rosa Romita, GSI, r.romita@gsi.de
//-----------------------------------------------------------------
Marco van Leeuwen

Reinstated / Added ClassDef & ClassImp calls to various classes

changing return value of AliHLTComponent::EstimateObjectSize, returns now 0 instead of neg error value if the input object is NULL

added default constructor needed for AliEn plugin (Markus)

only selective histos are kept in InitRaws

fix logic selection (suggested by Theodor)

Use kAny for SPD by default

updating class documentation and correcting doxygen warnings

correcting doxygen warning

code cleanup
- deleting obsolete function definitions and dummy implementations
- making all members of AliHLTSystem protected
- making function private which is intended for internal use only

bugfix: delete old deprecated duplication of code, custom component libraries had been loaded in AliHLTReconstructor instead of AliHLTSystem

updated SampleComponent to the latest interface version, code cleanup, update of macro to run the Sample-component1

Modification: from the values ahead of SOR (within margin=1month) take
the latest, from those after EOR take the easliest (margin=15min)

bug fix

Changed default behaviour of processor to consider the time span
SOR-margin : EOR+margin (margin=30days). Can be changed by overriding
defaults in the constructor: ignoreSOR and ignoreEOR.
Improved time-stamp printout

Add DetectoreInReco and DetectorsInDAQ to AliDetectorTag class (and all dependencies)

Obsolete include removed

new background objects for latest checkin

FMD analysis expanded to include an analysis of the SPD clusters

Add(const ) function for Theo (Raphaelle)

making trigger analysis object for control triggers accessible

Temporary fix - to make this code compiling in v4-18-Release

Adding 2 includes to the header

Bug fix

change in the error type name (A. Mastroserio)

Call Notify of the mother class AliESDInputHandler.

correcting conenction of output container

AliTPCcalibTime.cxx - More histogram for vertex
AliTPCcalibTimeGain.cxx - use Cook dedx only if track was selected

leave the QA.root file open after the first time it has been opened

Changes to make amore happy: removed a Clear of a Canvas and promoted a metho to public

CMS energy passed via parameter, resonances now added to the cocktail
via AddReso2Generator, cleaning, B.Vulpescu & P.Crochet

- adding more histgrams for the invariant mass component (more energy intervals)
- adding a 2D phi/eta plot of deposited energy

- adding members to the CALO cluster data struct to facilitate for use of
  the EMCAL geometry
- changes related to above comments in the HLT EMCAL geometry class

- adding possibility to cut on time in the digit maker

- adding possibility to cut clusters with only one cell, but high energy.

New plots to monitor injector status vs .time (S. Senyukov)

fixed compilation warnings

Online display updates:
Added primary vertex;
2 pointsets for calorimeters, clusters and digits separate
fixed calorimeter histogram zoomin issues

Divided calorimter cluster and digits pointsets into two separate container

Bug fix for like-sign

Added data member Nptbins

Added extra documentation on field integrals provided by AliMagF

Updates and bug fixes for the full tracker and hit reconstructor. (Indra)
The FullTracker code was crashing because it was not correctly handling the chambers ID and detection element ID. Some protection is added for fullTracker component at the
DoEvent method.
If the chi2 value is too high in case Kalman calculation that track comparison is also skipped. This is the protection to avoid the cases with Determinant=0 during Kalman
Chi2 test.

In MUONRecoCheck.C:
Add graph to display the mean value of gaussian fits of p*DCA distributions vs. p
(Philippe P.)

Coreections to Jet Chemistry Task (Oliver Busch), add it now to the compilation of JetTasks, update the train accordingly

Little fix

Little fix

Added d0 vs phi and cluster type

Fix for Savannah bug 66215 - SDD Delta v_drift accounting (Ruben)

Improved memory leaks in AliTOFtracker* classes: additional solution for bug #66136

Verbosity level reducing

HW status map storing into OCDB: changed informations printed-out

DQM histograms: reduction of memory allocation (F.Bellini)

Do not update AMORE pool with an empty object

Bug #65815 was finally reproduced in data reconstruction. Now fully fixed.
(Diego)

In AliMUONTrackHitPattern:
Correctly handle the geometry in the extrapolation to the trigger chamber for efficiency calculations.
(Diego)

In AliMUONTrackerQADataMakerRec:
Removed deleting fTrackerDataMaker from dtor; it is now deleted by the
framework.
(Diego)

Reduction of logs from ITS local reconstruction

Getting rid of a cut-and-pasted piece of code in CorrectForMaterial(...) and introducing a new CorrectForMeanMaterialZA(...). The arguments of this new function allow for setting the values of all the parameters of the BB formula used inside.

get Tracker recParam from method in AliEMCALReconstructor, ocdb was not used

- changed the ROOT version to be used on the grid

Adding pt spectra of identified particles (K,p,pi) in |y| < 0.5

- BX ids are now selected by default. For the 7 TeV, the 2b_1_1_1 is assumed in the run interval 114783 - 116684.

- Muons: If you are analizing muons and you want to keep the muon triggers (CMUSB), besides the CINT1B, you can set:
physSelTask->GetPhysicsSelection()->SetUseMuonTriggers();

- Trigger pattern: A new histogram showing the pattern of triggered events was implemented. This should allow to spot quickly
problems with the triggering detectors.

Improved coverage: PMD, ZDC, T0, ACORDE (Natalia)

Coding rule violations (Raphaelle)

Fix switch for TR simulation

- added options to access the input file and/or the OCDB entries from the grid

Adding jet chemistry, not yet included in .pkg

- added proper array initialization for cluster pointers

new analysis module JCORRAN - Filip Krizek

Try to correct leak on AliEMCALTracker::LoadClustes

DQM histograms filtered per calibration triggers, i.e. eventType==8 (F.Bellini)

Bug fix (Renu)

Added plots in macros for SDD calibration monitoring (F. Prino)

Bug fix

Adding class to merge calibration objects generated chunk by chunk
from which to then extract the calibration parameters.
Based on the mergeCalibObjects.C macro in
$ALICE_ROOT/ANALYSIS/CalibMacro/MergeCalibration.

(Marian (main part) + Chiara (fixes to run on alien))

Do not delete OCDB entryes if the cache is active