Fix for #88591 Request to commit/port fix in AliRawReaderChain (setter instead of hardwired search path)

Fix for #88606 Request to commit/port mods. for AliRawReaderDateOnline

Changed printf to AliDebug(1..) (Francesco, Rosella)

Small fix

Update of the hfe package

Try remove macro

Changes for #88537 Request to commit/port fix in EVE/alice-macros

Fixes for #88468 Request to commit and include in the new tag the changes in AMPT

Ruben found reason of T0DQM agent crashes. Here is fix

doubled size of digit array for EMCAL to allow 4 DDL x clusterizer

added check on digit array

The minimum number of ITS points is 4 instead of 6.

Handle friend chain name in GetChainForTestMode

adding ITS-SPD-vertexer to the inputs of GLOBAL-esd-converter (Hege)

count correctly the number of libraries

Fix for calculation of V0 vertex (Rossella)

Added repository for QA output controls

bugfix, follow up for #83123: two independent HLT systems with separate configuration handlers still had the problem that the configurations have been mixed because of using only the global configuration handler during extraction of sources; now the configuration handler is required as parameter in AliHLTConfiguration::ExtractSources and all global backdoors are removed

Ignore events w/o physics selection

added baseline macros and scripts for merge+makeOCDB by component

 version number increased

Disentangled usage of HLT and offline one pad clusters
 - added extra option the recoparam

Implemted options for rec.C for input switching of TPC reco

//--------------------------------------------------------------------
//          Options for the TPC Reconstruction in rec.C
//
//  4 options can be set to change the input for TPC reconstruction
//  which overwrites the usage of fUseHLTClusters of the AliTPCRecoParam
//
//  1) useRAW        - use RAW, if not present -> do nothing
//  2) useRAWorHLT   - use RAW, if not present -> use HLT clusters
//  3) useHLT        - use HLT clusters, if not present -> do nothing
//  4) useHLTorRAW   - use HLT clusters, if not present -> use RAW
//
//  -> The current default is useHLTorRAW
//--------------------------------------------------------------------

Added Init() for AliNormalizationCounter

correct correction file name for LHC11d period

open in the negative side default time cut in QA and Photon analysis, add time control histogram in Photon analysis

Fix in transfer of vertex dispersion to final vertex (Francesco)

Treating case of PbPb with vertexerZ and adding histos for lumi region estimation in PbPb (Davide)

Using the RecoParam from the OCDB as a baseline

removing unused variable

bugfix #83123: registration of configurations in multiple handlers. The bug caused configurations not to be registered in a particular configuration handler because the system tried to register the configuration in the global configuration handler. Furthermore, already existing configurations in the global handler interfered with the one going to be registered

Filtering out the beam-gas.

Fixing histogram ranges + minor (Raphael)

store all HLTOUT data blocks of an event in one DDL and use a round robin schedule to select the DDL; the old mode where blocks are distributed over all available links can be enabled by option '-distribute-blocks'; updated documentation

removing deprecated option to query specific (sub)version of OCDB entry

automatically added data sink components are now added directly to the internal instance of configuration handler (required for bug #83123); cleanup of TObjString usage without functional change

removing deprecated option to query specific (sub)version of OCDB entry; better usage of TObjString (no functional change)

Add filling of histograms missed in previous commit

Worng indexes fixed

New config file for special AODs with loose LambdaC cuts

SDD preprocessor updated to use new procedure to recover drift speed calibration for modules whose injectors were damaged during the beam loss event (Francesco, Gian Michele)

New object for SDD drift speed calibration in modules with injectors dameged by the beam loss (Gian Michele Innocenti)

Bug fix

 Possiblilty update or not update OCDB Time Delay entry for runs taken with new DA (depend on run number)

 correct T0 calculation for old data

Generated executable scripts return now a non-zero value if jobs are killed. (M.Vala)

DA with walk correction

protect against missing centrality class

Add histograms for L1G and L1J only cluster distribution, and add cluster histograms for the maximum energy cluster per trigger class

Fixes for DA

Fixes for ALI_AMORE

AliExternalTrackParam::Rotate, AliExternalTrackParam::PropagateTo methods: added controls on return values (according to Ruben hint)

- r weighted WS added
- some corrections

Added separate flag to mark that the LocalInit phase was done + method AliAnalysisManager::RunLocalInit

lookup table

Correction of Chi2 definition
F. Prino

AddTaskPartCorr.C : Add new analysis cases, move common histograms settings to a common method. Add setting of reco utils via execution of macro ConfigureEMCALRecoUtils.C

ana.C: Prepare configuration for LHC11d analysis EMCAL data

CaloCalib macros: fix some mistakes

AliAnaParticleHadronCorrelation: Remove not necessary requests for isolated AODs, change TH1 histograms array for different pt trigger bins to TH2 with pt of trigger in x axis and now array is for pt associated bins. And cosmetics

AliAnaChargedParticles: Remove TH3D histograms, transform into TH2F, remove Vertex TH3 histogram. Do not get the charge of the track but set it when filling the AODs in the AOD and get if from there when filling the histograms. And cosmetics

AliAnaPhoton: Produce track-cluster matching correlation histograms when the track matching rejection is requested and not when also the shower shape PID is on

Reader: Delete the AliESDtrackCuts pointer when it is going to be set externally

Remove depricated function,
which suppressed ~0.3% of the clusters

New trigger processing (towards an automatic procedure) and macro optimization (Cynthia)

new TPC QA,  DCA vs pT, DeltaPhi vs pT (Weilin Yu)

Macro to fix the 'HV ramping down before EOR' problem.

Add gain fluctuations in simulation (Evi)

Added optional track length update to AliTrackerBase::PropagateTrackTo... methods,
as well as optional automatic determination of energy and length change sign.

exit actually can give error in compilation, commenting it

removed aodcentralitymaker

In order to use the new TPC dEdx information within the common pid classes the new class AliTPCdEdxInfo is moved from
ESD to STEERBase, where it should have gone in the first place. In addition a new virtual function in AliVTrack was introduced.
Jens Wiechula

Geometry initialization is added to default constructor

Do not check if the soft pion from Dstar passes the TPC quality cuts

Adding the new Pb-Pb V0 QA task to the PWG1 library. Coding conv + one compiler warning fixed.

Next version of Pb-Pb VZERO QA task + add macro (Raphael)

Adding analysis task for the centrality trigger calibration.

implementing backward compatible reading for compressed clusters recorded with v5-01-Release in the online HLT. Those clusters need a 0.5 pad shift in the unpacking. Added furthermore checks and fatal errors if multiple cluster data blocks for the same partition are present. This helps to quickly identify probelmatic combinations of HLT options in the reconstruction

Add AliEMCALRecoUtils pointer to remove bad or exotic clusters for cluster histograms, correct name of L0 trigger repeated

New default parameter for MuonQA Task for PbPb and p-p run (Cynthia)

All triggers considered for the counters and Rabs cut modification (Cynthia)

Added histogram of pt vs. mass (Giacomo)

Fixes for #88468: Request to commit and include in the new tag the changes in AMPT

If reading from the CDB snapshot was not successful, AliReconstruction does not return but continues
with the usual LoadCDB.
Adding the possibility to make the snapshot file according to environment variables
OCDB_SNAPSHOT_CREATE (set to "kTRUE") and OCDB_SNAPSHOT_FILENAME.
AliReconstruction should just exit after saving to file, but this is still to be made effective.

Avoid doing multiple copies of the same file in AliEn if migration was requested in PROOF mode

Update to simulate pA interactions with slow nucleon tracking

update to cpass0 executable scripts. current implementation taken from AliEn dir /alice/cern.ch/user/a/alidaq/bin. changes wrt. to previuos svn version in runPass0.sh -> removed limit to no. of events to be reconstructed

removing the CTPData from the HLTGlobalTrigger decision because of bug #88431 until the issue is understood; correcting TObjString usage; cleanup of documentation

2 fixes:
1. Additional check  of the pointer in the destuctor of the class
2. Small fix in the tracking part - step size and the mass
   switched.

TRD updates

Commit DEtaDPhi macro

Update Proton macro

Add AOD setter

default ExB calibration object (Raphaelle)

Move digitizer to calibrated ExB

monitoring and calibration for PbPb 2011
- extended debug version of resolution task for monitoring
  alignment/calibration/tracking
- make roads out of checkTRK
- add libCORRFW to allow the ESD task to run
- add different monitoring for Bunches (Bunch Fill and TOFBC ID)

update TRD code for PbPb 2011
- use new alignment/roads in tracking (Johannes/Dariusz/Alex)
- use new ExB/v drift calibration in reconstruction (Raphaelle/Theo/Alex)
- use chamber status in tracking and save it in ESD track (Raphaelle/Alex)
- use same/opposite sign track selection in AttachClusters (Alex)
- remove updates of tracklet reference after track update by TRD (Alex)

Fixed error when copying output files coming from PROOF analysis in GRID

- add index to array of simulated tracklets during GTU simulation (Uwe)

Modifications in the filtering task: 1) add switch for 3 prong LS candidates; 2) replace track propagation from secondary to primary vertex with re-setting of the track parameters at the primary vertex stored in a dedicarted array

Add selection on track filter mask in D meson tasks

Protection added

Update AddTaskPartCorr.C, AddTaskEMCALClusterize.C and ana.C with most recent developments, try to simplify it if possible
New macro to configure AliEMCALRecoUtils accessing AODB information for AOD/ESD analysis, called by the clusterization task

patch from Ruben to fix crash in merging

Method HasBadDaughters() to check that all ITS+TPC daughters have BIT(4) (Francesco)

Added counters for the tracklets multiplicity (Zaida)