- adding total Et and Et/ZDC correlation histograms for PHOS and EMCAL

- temporary fix for an issue related to getting the energy correction
from offline

patch to fix wrong initialization of TOFcalib object

included string.h header

Default object for TOF Trigger Mask (Roberto Preghenella).

added macros to create and read TOF TriggerMask

- reset the V0 variables in ResetCount()

Range of the esd_track histogram changed from 2000 to 10000

once more TF1Helper sneaked in ...cleaned out (compilation problems on alien)

Add config entry of the multiplicity correlations

add Correlations to compilation

- Add new class for multiplicity correlations
- Add component for class for multiplicity correlations
- Add test macros

Update track cuts

Added possibility to select a multiplicity range

fix of unitialized pointer in old format of tracklet->track references

Removing unnecessary and slightly misleading printout. Anyway we now in which event we are.

Reverting partially the commit #44835: ESD and galice.root should be auto-saved only in case of online reconstruction! I am attaching the commit to bug#74471.

Added counter for pileup events detected with SPD vertices (Giacomo)

Related to bug #74151: protection in case TOF is not in the list of active detectors.

Update TOF trigger class to read TOF trigger mask (F.Noferini)

Bug fix

- plotting macro for handling the output histograms of $ALICE_ROOT/HLT/QA/tasks/AliAnalysisTaskHLT.* (Camilla)

Task to study the different trigger classes.

- add drawing options for 2D histograms

In addition to r44890: ClasVersion increment, Print method improved

Updated AliMultiplicity to store multiple references to tracks used by
clusters in tracklets. Also, now the deltaPhi,Theta of reco are stored

Added class AliRefArray: storable and compact class for indexing/referencing,
equivalent to "expandable array of expandable arrays"

Enabled smoothing of AliCFContainer & AliCFGridSparse

framework update; new classes for track rotation (for background), cuts grouping, and
event cuts

Removing the unnecessary const

Generalization for PID in 2010 cuts

- dNdPtAnalysisMerger component added. It merges output from or dNdPtAnalysis instances

- both dNdPtAnalysis and dNdPtAnalysisMerger components are excluded from the compilation at the moment because of
unsolved problem with library dependencies

Adding layer parameter to SPDFiredChips (0 == both, 1==inner, 2==outer).
The default is backward compatible (0)

Bug fix, filling event quality for V0AND and pileup after recalculating the number

new version (Mihaela)

New version (Mihaela)

warning when trigger is loaded appears only once

- fix for setting the drawing option of the histograms in the configuration (Timur)

Corrections for Lorentz drift - Savannah bug 74658

output added for dNdPt analysis component

Updates from Alberica to run centrality tasks.

configuration object for HLT dNdPt analysis added

First version of the plotting macro for the MH + calculation of the integrated 3-particle correlator

fixes bug in calculating refmult, explicit mc check, central membrane rejection and fixes memory management problem.

Added rejection of pileup from SPD (ChiaraB)

Bug fix

Check for undecayed sigma0 in IsPhysicalPrimary

Added histos for TPC-vertex efficiency and changed mult binning for PbPb (Leonardo)

Updates from Yaxian

Added method AliInputEventHandler::GetStatistics(Option_t *option) to retrieve the physics selection histograms in ESD and AOD analysis.
This method will return the statistics TH2F histograms filled by the AliPhysicsSelection in case the task AliPhysicsSelectionTask is used in the ESD train (or used during AOD production).
To use, the user task must call this method during FinishTaskOutput (executed on the worker after all events are processed):

//________________________________________________________________________
void AliAnalysisTaskPt::FinishTaskOutput()
{
// This gets called at the end of the processing on the worker.
  AliAnalysisManager *am = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
  AliInputEventHandler *inputH = dynamic_cast<AliInputEventHandler*>(am->GetInputEventHandler());
  if (!inputH) return;
  TH2F *histStat = dynamic_cast<TH2F*>(inputH->GetStatistics());
  TH2F *histBin0 = dynamic_cast<TH2F*>(inputH->GetStatistics("BIN0"));
  ...

Macros dedicated to SDD QA, OCDB object plotting, noise, gain and drift speed computation, raw data display ... moved in macrosSDD subdirectory

First set of modifications to speed-up AliITStrackerSA::SearchClusters (Marco Van Leeuwen, F. Prino)

Adding the getters for the T0 spread and the TOF resolution (A. De Caro)

Added automatic switching to BB for 1-pad clusters in TPC for LHC10d (Rossella)

- added to the configuration the number of bins and range for some of the histograms

Flag in AliITSRecoParam to switch off the searcj for extra clusters in high flux

Removed.

Test files in macros onlz

- bug fix for allowing the definition of histogram bins and range as part of the GlobalHisto configuration (Timur)

Fix in TOF tender supply (Annalisa)

removed warnings (Magali)

Removed 1 high-lumi run and 5 runs w/o TOF

Fix for printing at EOD.

Minor fix for software triggers.

Fixing bug https://savannah.cern.ch/bugs/?74676

All: Add possibility to recalculate track matching in EMCAL
EMCALCalibTask: Read geometry matrices if gGeoManager not existing

correct minor coding violation, load root libraries in case of par file compilation, change default dR cut

Fix for bug https://savannah.cern.ch/bugs/index.php?74677

Moving readout list masking to global component to keep global logic together in one component and adding masking for software triggers also.

Adding absolute paths to macros, fitting DCA with 3 components (primaries + fakes, sec. weak, sec. material), if fCentrBin is ==-1, the AliAnalysisTaskMultPbTracks.cxx skips the centrality selection.

- realistic OCDB entry for the GlobalHisto component

Added setting for TPC BetheBloch parameters (Rossella)

Adding background subtraction

Changes for report #74471: Changes to AliReconstruction.cxx -> online event display

Correction.

Add method to recalculate track matching on ESD analysis
Move AliEMCALTrack from rec library to Utils library

correct copy paste error from last modification, setting the track array name when shuold be the cluster array

Centrality AOD added.

Changes to improve performance while running over MC

- removed ITS and TPC tasks (not implemented)
- commented out the selection of collision candidates (breaks the task for some runs)
- included the full path of the tasks location, so that a local copy or soft link are not necessary
- use gSystem to load the libraries instead of AliHLTSystem
- commented out AliPhysicsSelectionTask (not used at the moment)

Chenged settings to most recent

Implemented usage of AliESDCentrality classes

(1) Changed default flag to store shifter QA histos in ALICE logbook; (2) added control on clean up of objects.

Add PWG3/base to inlcudes (ChiaraB)

Consider physics selection when building the buffer.

Missed a log message on last commit.

Various small fixes to the code, and a little bit
of reformating.

Added script to load PWG2 forward analysis libraries and dependants

Fix from Kristjan - allow more energies

- fix compilation warnings

Time consuming optimization

update the automatic linkdef to handle classes implementing a custom streamer

do not generate trigger decision for SOR/EOR

changed bining

fixed typo gen -> rec

apply corrections PbPb - Markus Koehler

coverity defect forward null

Updates in JCORRAN (Filip and Dongjo)

List of changes :

AddTaskJCORRANTask.C

     - Event selection:  select only minimum bias or high multiplicity trigger
        jctask->SelectCollisionCandidates(AliVEvent::kMB | AliVEvent::kHighMult);

    - New track selection cuts:

       AliESDtrackCuts* esdTrackCuts = new AliESDtrackCuts("AliESDtrackCuts", "Loose");
       esdTrackCuts->SetMinNClustersTPC(70);
       esdTrackCuts->SetMaxChi2PerClusterTPC(4.0);
       esdTrackCuts->SetRequireTPCRefit(kTRUE);
       esdTrackCuts->SetRequireITSRefit(kTRUE);
       esdTrackCuts->SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
       esdTrackCuts->SetMaxDCAToVertexXY(3.5);
       esdTrackCuts->SetMaxDCAToVertexZ(3.5);
       esdTrackCuts->SetMaxDCAToVertexXYPtDep("0.0350+0.0420/pt^0.9");

     -output of the task is a nonstandard AOD

--------------------------------------------------------------------------------

AliJCORRANTask.h
AliJCORRANTask.cxx

      - branch fMCTrackList is added only in case of sim data

      - AOD track selection is done in the function
        bool AliJCORRANTask::AcceptAODTrack(AliAODTrack* aodTrack)
        all cuts from AliESDtrackCuts object are included except

    - ReadAODTracks
        filling of AOD track information suplemented by information
        (z vertex, dE/dx, DCA, TPC label, tracklet multiplicity  )

      - update of names of EMCAL Aliroot functions in ReadESD/AODCaloClusters

      - flavour of selected tracks  and clusters initialized to kNone
         (ReadAODTracks, ReadAODCaloClusters, ReadESDCaloClusters, ReadESDTracks)

     - storing to AOD :
        from unknown reason  branches are filled only when
        we call  outputHandler->SetFillAOD(kTRUE); at the UserExec()

       if(fTrackList->GetNTracks() > 0 ||
         fPhotonList->GetNPhotons() >0 ||
         (fIsRealOrMC && fMCTrackList->GetNTracks()>0)){

         AliAODHandler* outputHandler =
         (AliAODHandler*) ((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetOutputEventHandler());
         outputHandler->SetFillAOD(kTRUE);
       }

    -  changed handeling of EMCALUtils  singleton  object

---------------------------------------------------------------------------------

AliJTrack : added its and tpc labels

      - type of Status changed from UInt_t to ULong64_t
     - filling of covariance matrix removed from ESD/AOD trak information

---------------------------------------------------------------------------------
JConst.h
      -Added new trigger bit for high multiplicity trigger. JC trigger mask is now MB=0TBit, HighMult = 1 TBit
      enum TriggerBitJCorran   {kMinBiasTriggerBitJCorran, kHighMultTriggerBitJCorran};

----------------------------------------------------------------------------------

AliJPhoton.h

      - fixed memory leakage problem
----------------------------------------------------------------------------------

in other files, we did only minor changes to obey coding rules

 AliJHeader.h
AliJPhoton.cxx
AliJPhoton.h
AliJRunHeader.cxx
AliJRunHeader.h
AliPhJBaseTrack.cxx
AliPhJBaseTrack.h
AliPhJPiZero.cxx
AliPhJPiZero.h

update to run TPC+ITS analysis

fixed coding rules violation

Minor fixes to analysis code