Package revised - New AnalysisTask's - Added more functions

Modifications to package - new classes added

Bug fix: fabs(DCA)

Take out factor and fill

Fixes for reading zero-suppressed data.  These should be propagated to
the release.

Fixing compilation problem due to missing include file in Make*Table.C macros.
Removing obsolete macros.

avoid CINT warning

bug fixes and protections

Removed unnecessary calls to SetEquipmentId (F. Prino)

Delay correction update

Extending period for DCS DPs query to the time when the run number was created
(minus 3 mins of offset)

insert protection against kink candidates from TPC

Remove double class reference

Add classes to compilation

With Cvetan: two hacks to make it work again:
a) set gGeoManager to 0 before instantiating AliReconstruction and restore
   it afterwards;
b) set dummy low-flux reco-params for ITS as they are required at tracker
   construction time.

Protect for DCS maps containing one point only, even if recorded twice within 60s (Haavard)

Unuseful prints commented

Preprocessor checks if the OCDB entries need to be updated

1. Reduced usage of the AliTPCReconstructor::GetRecoParam
   Used only in the initialization

2. Adding the additional variables to the debug streams

3. Removed the additional pedestal substraction in case of big occupancy

Marian

Putting the axis titles and drawing option for the vertex-profiles histograms

Updated DA documentation

also modified by Ben for the new process macro

anyscan_init.C, visscan_init.C
------------------------------
Disable line antialiasing - it obscures track rendering.

esd_tracks.C
------------
Add new track category - ITS stand-alone tracks.
These were taken by the "no TPC refit" before.
Use const variables for initialization of track-propagators.

average PH tutorial macro for AliEveTRDTrackList

support for a new process macro by Ben

correct OCDB object for pp data calibration

new task introduced by Alex Wilk (calculation of reference data for NN
PID)
extended functionality for displaying the results

minors.

Algorithm to find phi of the ring improved.

Updated ClassDef number

Bug corrected for pedestal OCDB object creation from preprocessor

bug

Updates from Gustavo in order to accomodate LED and TRU EMCAL raw data. Doesn't affect PHOS - checked by Yuri.

Bug -> histos upper limit changed

more on dir creation

Change to fix the wrong n-side noise introduced in the previous version of this file (Panos)

defines WORK if not already defined

Minor changes

DAs upgraded to AliZDCRawStream class

Two histograms added (expert mode):

- nr of tracklets vs firedchips inner layer
- nr of tracklets vs firedchips outer layer

Domenico Elia

ITSSPDPHYSda:
Time stamps added to some printouts, in order to have some information on the
processing time online.
If daqDet_DB_get fails, make sure no corrupt file is left in local directory.
Put hitmaps for each equipment in det db, to be used over several runs to find
dead pixels.
Put local ocdb noisy file in det db after each run (for use in
ITSSPDVertexDiamondda).
Processing continues even if storage to FES fails. In the end a message with
the number of errors will be displayed.

ITSSPDSCANda:
If daqDet_DB_get fails, make sure no corrupt file is left in local directory.

AliITSOnlineCalibrationSPDhandler:
Methods to read/write to local ocdb improved to allow user to choose storage
location.

(H. Tydesjo)

Updated misalignment macros and AliITSMisalignMaker class (R. Grosso)

- include option to avoid multiple reconstruction of tracklets in the
SPD overlaps (default to FALSE)

- allow relevant tracklet reconstruction params to be set via ITSRecoParam:

Concerning the last point, here are the params:

 Bool_t  fTrackleterOnlyOneTrackletPerC2;         // Allow only one tracklet per cluster in the outer layer
 Float_t fTrackleterPhiWindow;                    // Search window in phi
 Float_t fTrackleterZetaWindow;                   // Search window in eta
 Bool_t  fTrackleterRemoveClustersFromOverlaps;   // Option to skip clusters in the overlaps
 Float_t fTrackleterPhiOverlapCut;                // Fiducial window in phi for overlap cut
 Float_t fTrackleterZetaOverlapCut;               // Fiducial window in eta for overlap cut

and the usual scheme for setting them different wrt default:

 // ITS settings
   AliITSRecoParam* itsRecoParam = AliITSRecoParam::GetLowFluxParam();
   itsRecoParam->SetTrackleterOnlyOneTrackletPerC2(kTRUE);
   itsRecoParam->SetTrackleterPhiWindow(0.08);
   itsRecoParam->SetTrackleterZetaWindow(1.00);
   itsRecoParam->SetTrackleterRemoveClustersFromOverlaps(kFALSE);
   itsRecoParam->SetTrackleterPhiOverlapCut(0.005);
   itsRecoParam->SetTrackleterZetaOverlapCut(0.05);
   reco.SetRecoParam("ITS",itsRecoParam);

Domenico Elia

Bug fix

state of the art resolution task for TRD

Upgraded raw stream class for ZDC

auto_rotate.C
-------------
New macro - rotate camera in the default GL viewer.

binalieve.pkg
-------------
Remove cleanup of .d/.so files for TRD - Alex will put it in some TRD
pkg file.

Temporary solution to cleanup some compiled macros in the TRD directory.
The macros are used in the visualization

ZDC mapping changed (ADC cabling changed)

full working chain for tasks RES and DET

Added offset to query DCS database for DPs retrieval.

esd_tracks.C
------------
Add new category of tracks - failed TPC refit.
Beautify track tooltip.

binalieve.pkg
-------------
Clean .d/.so of alice macros on default target.
This depended on alieve executable before which caused it to
be re-linked each time make was called.

Updated documentation. The OCDB files are taken from the DAQ DB and put locally, from where are then accessed through a local CDB storage. The profile hostos are sent to AMORE after each auto-save (on every 50 events)

Wrong initialisation of machine field in constructor corrected.

CTP raw data does not contain CDH, so skip the warning about the wrong data size in this case

more analysis macros as user applications for EveTrackList

more user friendly (Ben)

Enlarged histogram ranges in x and y. Skipping the vertices found by the vertexerZ.

Memory leak fixed.

- machine parameters for pp@900 GeV
- machine field cannot be scaled, only compensator magnets can be switched off

Removing an obsolete grp field

calibration object updated

PostProcess method included by Markus

Adding new histograms
P3, P4 (Marian)

Refit suspiciuos tracks from the scratch
(Marian)

Mapping corresponding to the connections for data taking

HTA revisited algorithm.

alieve_init.C
-------------
Just execute VizDB_scan.C on initialization - we can do better only
with a newer root.

xyzz_clusters.C
---------------
Remove code for viz-db initialization as full viz-db is now included
from alieve_init.C.

Splitting the variables used to accumulate the sums from the ones used to fill the mean vertex. Now the auto-saving should work fine.

Diamond for vertexer Z set in vertexer3D to the value defined in AliITSRecoParam  (F. Prino)

anyscan_init.C
--------------
Use specialized geometries for r-phi and rho-z views.
Register macros for primary vertex plotting.
Register macro for spd tracklets.

VizDB_scan.C
------------
Add viz-db entries for primary vertex markup.

alieve_init.C
-------------
Temporarily register viz-db entries for primary vertex markup.

visscan_init.C
--------------
Use new functions for primary vertex.

esd_spd_tracklets.C
-------------------
Show number of tracklets as tooltip.

primary_vertex.C
----------------
Complete rewrite - can show cross / ellipse / box around
combined / spd / tpc vertex. The extent of markers can be in
sigma units or in cm.

esd_tracks.C
------------
Show relevant track-status bits in the tooltip.

AliEveMacro.cxx
---------------
Increase width of macro and function name entries for GUI.

Shell scripts for running prompt offline reco at P2 (Raimond)

Updated DA for mapping - MON

Adding refit of the TPC seed -
To be used in the tracker if the standard refit (propagateback) fail
(Marian)

Completelly reset the history before Kalman refit
(Marian)

Some clean-up

Two bug fixes in the mean vertexer. Getters for the xy and z histos. Some wrong include files + minors

fix and make safer the setting of reconstruction steering parameters

Minor bug fix and allowing to specifiy raw data source as a parameter.

less verbose in HLT mode
-
- This line, and those below, will be ignored--

M    AliTRDtrackerV1.cxx

updates in the pid task (Alex)

-
- This line, and those below, will be ignored--

M    AliTRDpidChecker.cxx
M    AliTRDpidChecker.h
M    makeResults.C

Fixed the DA so it picks up the pedestals from the right sample

Protect against too large JetArray

Set the magnetic field for ExB correction from the appropriate source: gAlice in case of simulation, AliTracker in case of reconstruction

Adding correction for the radial shift (Marian)

2 Bug fix
Loacal2Global and Global2Local

They compensate each other
the ExB inveked in betwen was incorrect - phi shifeted by pi
(Marian)

Possibility of accessing conditions data for SPD only - new method SetLoadOnlySPDCalib (F. Prino)

Bug fix

branches

updated standard cuts for TPC (CKB)

Initialization of the field outside of the measured map

Updates (R. Shahoyan)

 Some mindor mods, bug fix in jet association

Derive from MagFC to include the LHC field.

New extrapolation outside measured region.

Adding a separate histogram numbering offsets for raw data and rec-points in SSD (Panos)

Updates from Andrea R.

Return also the total size of the track-point arrays so that to avoid memory leaks (Andrea R.)

unnecessary header file

Bug fix - gain was inverted (Marian)