ALIROOT-5600 - skip non-participating detector modules

including a setter to turn on pile-up rejection with one of the SPD methods (not the multiplicity dependent one)

Update to add PidRatio: sjena

ParticleRatio Class: Deepika

Correct include dirs in SHUTTLE Makefile

We expect the headers in $ALICE_INSTALL in general, in $ALICE_ROOT only
if the install dir and the source dir are the same.

bugfix: input to the TPC data compressor chain had to be changed to TPC-HWCFDecoder after introducing TPCHWClusterDecoder component and changes in AliHLTTPCAgent (commit 49bdc4660e6b95428c4c1fb9403fc17fad34dc9d sgorbuno Jun 27 00:29:06 2013 +0000)

adding additional comments and another abbrivated command line version

Fixes for memory leaks

- add setter for error in tracklet y

macros developed by Luca Barioglio for patterns analysis

updated

Update NetParticle: sjena

Update NetParticle: sjena

Update NetParticle: sjena

Add option to use pTdet instead of pTgen as denominator of (pTgen - pTdet)/pT

composition of the Alluminum alloy that constitutes the ITS-TPC support rings updated (Mario)

Include 3D histos to calculate c3(q12,q13,q23)

fix for warnings

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

modified eventplane selection and deltaphi calculation

Updated strategy for event mixing

change nconst axis binning

- Added histo for jet pT correlation with pp V0M mult percentile estimator - Also added analysisUtils instance for this purpose

Removing dependence of PWG/muon on MFT (Antonio)

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

New geometry setup. Bug fixed in AliMFT (string manipulation in StepManager)

In AliMUONDigitMaker:
Added an option to disable the creation of digits for the tracker.
(Diego)

fixing the pt calculation for each CPV method in the correction of energy double counting of isolation clusters

bug fix in initializing one variable that shouldn't be; parameterizing the CPV method of the isoltion clusters to be the same as for the candidate cluster; adding more debugging printouts

Add histos of the uncorrected multiplicity at different stages of event selection

adding ct analysis to package

adding ct analysis

Integrating the Cooked Matrix tracker into the commom reconstruction framework

Use default pT hard scaling for LHC12a15e_fix, if not user provided

Small bug fixes: prevent crashing if file not found; sometimes the same PYTHIA events were embedded multiple times

reco efficiency added

Fixing bug in NetParticle

Change in comment

setting the fast SDD cluster finder as the default CF. No options from the recoparam

update from markus

Bug fix: wrong wing assignment for hits on the border of the two wings (Francesco)

Adding JetTaggingSample Task

Moved EMCALJetTask to FlavourTask

add option to assign pi0 mass to neutral background particles

Added TRD script for automatic trending + change permissions on FMD script

Add option to impose that TOF signal is present (C.Mohler)

Excluding gitignore from commit.

Repairing leak in AliEveFMDLoader.

Update default MC AOD production

Bug fix: crash when QA plots were not requested

- added special histograms for Jason

change binning rhom histograms

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

https://alice.its.cern.ch/jira/browse/ALIROOT-5617

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

Reverting to version of the cuts of 06/02/2014

Enabled option for selecting tree name in trneding macro

Enabled option for selectin tree name in trneding macro + added first version of macro for the post-processing of the new TOF QA task output

Escape special characters for latex (Diego)

Disabling TOF (all) and TPC (Gain calibration) if B=0

initializing variables that were declare without a value

including debugging comment to check the selected set of track cuts

bug fix in the pointing to pv of clusters positions

 Update in gain cdb macro: sjena

added histogram for cross check of delta phi vs centrality

Skip chamber HV analysis for chamber deactivation in case no valid start and end time are provided by the GRP (auto-generated GRP)

Change in particle selection (d-->t)

coverity fixes, fixed potential mem leak

- separated Pi0 and Eta for all calo related histograms in the MC routines
- fixed omega task for mode 1 - acceptance
- added addtasks for pp

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

Use pass-aware container

Macro to setup OADB for MuonTrackCuts

set umask before the log file is created

minor changes to unfolding class

Switch for FastMC added

fix coverity

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

check the proper decay lost companion bit

add MC histogram for decay photons when pair is lost

set the number of MC types of cluster origins and then the number of histograms via a static variable

add MC histogram for decay pi0 with lost companion

check at the primary level if the energy of the companion is lower than the calorimeter threshold

fix debug print

add histogram for case where decay photon companion is lost; fix the setting of the mc tag and label for the invariant mass selection; fill MC histograms only for real pi0 or eta pairs in case of invariant mass selection analysis

fix selection of real pairs via MC tag

check in CheckOriginMethod, need to pass the calorimeter of the cluster

check if clusters tagged as photon decay have the decay companion in the list of clusters, set a bit in such case or the opposite

add HF event arrays as alternative, for EP recentering

changes from Denise

Loop over tracks only from the container used for the cluster-track matching

adding back line 4526

adding shred tpc clusters cut for the mixed events

adding mixed events

commenting line 2125

Removed obsolete message about the vertexer

Add switch for sigma(1/pt) or sigma(pt)/pt

Handle expressions with negations (Diego)

minor bug fixes

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

Bug fixed in MFT/AliMFTTrackerMU.cxx

Checks on event mixing D* correlations (Sandro)