Recent first physics productions.

Fixes to run the MUON alignment on the grid (Javier)

 AliMCEvent::GetPrimaryVertex() implemented
 Fix for #59375  AliMCEvent::GetPrimaryVertex always returns 0

uncomment debug streaming in cluster2track residuals

MBCalib object added to OCDB

Correction from Enrico.

Updates to MillePede2 + MillePede2 fitter (Ruben)

Switch to vertexerZ if the number of clusters on either layer 1 or layer 2 exceeds a threshold currently set to 500. The threshold can be set via SetMaxNumOfClusters method

Use SpecialOutput for the CF container (Chiara Z)

Adding the histograms for the TPC-only track impact parameters.

move macro to macro dir

move macro to macro dir

Remove obsolete macros

range of histograms which are needed for set time window with 1st data

correction needed to include HLT in QA

CalibEnv.C calibVarDescription.txt guiAlias.C
CalibEnv.C.diff Add NaN counter
calibVarDescription.txt.diff Add NaN counter
guiAlias.C.diff change name of main function to guiAlias
Jens

AliTPCcalibDButil.cxx.diff Add NaN counter
AliTPCcalibDButil.h.diff Add NaN counter
AliTPCCalibViewerGUItime.cxx.diff Sort entries for timestamp
AliTPCCalibViewerGUItime.h.diff Sort entries for timestamp

Jens

Replace the NextEvent button in the GED version with Dump Event Info. This appends the event-info text into event_info.txt file in current directory.

Reverting changes from AliZDCQADataMakerRec.cxx

Calibration for centrality determination in A-A implemented see Savannah bug 56253

Bug fix  - array non initialized in certain conditions (Marian)

Plane efficiency for MC (G. Bruno)

made method public... was this modification reverted??)

forgotten file from last checkin

bug fix in the vertex selection

Bug fix for pp mode on real data

From Adam K.: Put ITS stand-alone tracks into three categories.

-Added HLT test clusters to onlineDisplay macro,
-Added clusters to synchroneous block list

New version of the train. D2H wagons separated. AddTask macros now called by AddAnalysisTasks().

Updates concerning plane efficiency studies (G. Bruno)

Getting access to the main canvas
Possibility to change styles
Marian

Pythia version 6.4.21

When the file specified by an output container must create a proof dataset, the name of the dataset will be as in the example below:

      // container file name -> AliAOD.root
      container->SetRegisterDataset();
      container->SetTitle("test1");
   will create the dataset:
   .../<proof_username>/AliAODtest1

Root does not give precedence anymore to current directory in the dynamic library search path. In case of usage of par files, this leads to loading the libraries in aliroot libdir instead of the compiled ones. This fix adds . in the search path at the profit of all libs loaded after STEERBase.

Adding the estimator for the interaction spot size (R. Shahoyan)

- modify covariance matrix calculation for tracklet fit
- save calibration constants in the tracklet

Removed two harmless commas.

Allow reco of trigger alone or tracker w/o HV if we do not request to cut on HV values

new method to return the tracker used in the interface

From Enrico Scomparin: The CHECKXML flag is not set when compiling ANALYSISalice via par file. The check added now.

NOt all run type reconstructed with beam type UNKNOWN

Simplified interface in macros for checking SDD calibrations

Protection from C.Andrei plus some cosmetics and coding conventions

Adding Efficiencies for the Azimuthal Isotropic Expansion analysis from C.Andrei (acristian@niham.nipne.ro)

new AddTask macros for resonance analysis (P.Ganoti)

Update for Kink tasks:
i)   modifications for resonance and like sign analysis (P.Ganoti);
ii)  new AddTask macros for resonance analysis (P.G);
iii) removing AddTaskKinkResonanceLikeSign.C (P.G);
iv)  clean-up dependencies and checked for coding conventions (B.Hippolyte);

making explicit the file format when saving a Canvas

making explicit the file format when saving a Canvas

check if save flag set before saving data

remove delete of TNutple in fCorrNt. It is deleted when file to which it is save is closed

Add /home/mtadel/alice-dev/trunk/aliroot/PWG0 to include path. After restructuring of PWG0 esd_tracks.C stopped working in compiled mode.

Adding macro to create gui aliases
(Marian)

Change in the naming scheme

Modifications to get summary plots about the readout errors for the tracker in the QA

Remove dependencies of PID code on AliITStrackV2, remove obslete AliITStrackV2Pid class (F. Prino)

Moving of the QA checker from rec to base, as it is used also during simulation.

Should fix https://savannah.cern.ch/bugs/?59362

A proper fix though would be to allow in the QA framework the usage of two different checkers (one for rec one for sim).

added function Print

protection for mc tracks added

fixed case when cut list is not defined (M. Floris)

Bug fix (R. Grosso)

Adding Azimuthal Isotropic Expansion AddTask macro from C.Andrei (acristian@niham.nipne.ro)

fixing previous commit

removed Openfile(), the (common) file is opened by the framework, using Openfile prevents running on proof with common output file

Bug fix - T0 form AliRelKamna in microseconds
Translation to cm
(Marian)

DA for CALIBRATION_MB runs

Implemented possibility to register datasets in proof using new TProofOutputFile functionality.
One has just to call: AliAnalysisDataContainer::SetRegisterDataset() for the desired container. The dataset will be named as the file without the extension .root.
Still under testing.

MakeProng() is called for fNProngs > 0

From Bogdan: update docs for new syntax.

Store number of contributors for vertices reconstructed with vertexer Z

Adding alignemnt visualization (Marian)

Needed TString include.

AOD data classes moved from PWG4 to STEER (Gustavo Conesa)

Scipt to run/submit  laser runs analysis

mergeCalibRun.sh              - merge result of calibration - over several runs
submitMerging.sh              - submit merging job for run in workspace

Marian

M      submitCalibJob.sh      - remove data from the /temp directory at the end
M      submitCalib.sh         - clean the run directory completelly
M      ReadmeTrain.txt        - Updated comment

Marian

Introducing the Azimuthal Isotropic Expansion analysis from C.Andrei (acristian@niham.nipne.ro)

fixed warning

Missing include

Important updates for Manso Tracker to use magnetic field integrals based on global field set in TGeoGlobalMagField or from GRP data.
Now also optionally generating and rootifying track candidates for debugging.
Some bug fixes for handling strip information in AliHLTMUONTriggerReconstructorComponent.
Adding default field integrals and generation macro CreateCDBFieldIntegrals.C.
Adding macro for displaying dHLT rootified output data DisplaydHLTData.C.

added Save function (X. Lopez)

Update in photon tagging class, EMCAL/PHOS geometry cosidered, macro to execute analysis added

Marian + Jens

M      AliTPCcalibDButil.h                     - Add usage of ITS-TPC calibration,fix compiler warning
M      AliTPCcalibLaser.h                      - Use mag field form OCDB - no parameter
M      AliTPCCalibQAChecker.h                  - Add representation histograms for number and hist case, improve draw funcionality, fix rep hist streaming
M      AliTPCCalibViewerGUIAlarms.h            - Add Reset of tree, add tree open
M      AliTPCLaserTrack.h                      - add comment
M      AliTPCcalibCosmic.cxx                   - disable obsolete histos
M      AliTPCcalibDB.cxx                       - Usage of ITS-TPC drift and T0 calibration, +Bug fix - Expand
M      AliTPCcalibDButil.cxx                   - Add usage of ITS-TPC calibration,fix compiler warning
M      AliTPCcalibLaser.cxx                    - Use mag field form OCDB - no parameter
M      AliTPCCalibQAChecker.cxx - Add representation histograms for number and hist case, improve draw funcionality, fix rep hist streaming
M      AliTPCCalibRaw.cxx        - store all occupancy info on ebye basis only in debug mode. By default store only occupancy in noise sensitive re
gions!
M      AliTPCcalibTime.cxx                     - Use cluster info to decide if tracks crossed CE (not z position)
M      AliTPCCalibViewerGUIAlarms.cxx          - Add Reset of tree, add tree open

Update data QA
(Pater Christiansen)

Change in order to reconstruct standalone runs with UNKNOWN beam type

Updates to correctly read VME scaler data

Tracks momentum value for PID taken from GetOuterHmpPxPyPz()

update wagon to produce histos in common file

Possibilty to assocate good PID flag to tracks not good for PID eliminated

Removed output on slot #0

Set global (static) memers to 0x0 in destructor so that multple instances don't get seg faults on delete

Changes from Svein Lindal
-Added asynchroneous readout,
-Added triggerdecision check,
-Added dump to file button
-Added Made HOMERreader TObject
-Updated macros

Track parameters update during the TOF-track matching procedure: REMOVED

iii) Add like-sign filter for on-the-fly V0 (B.Hippolyte)

specify DDL numbers to avoid reconstruction of STU

obsolette command removed

more fine binning for SPD

i) Add Armenteros-Podolanski at the QA level; ii) Update the QA displayed in Terminate (B.Hippolyte)

Compilation with CMake: corrected EINCLUDE

Using new ITS recpoints container class (M.Masera)

Do not allow prolongation without clusters of tracks with |tan lambda| > 1.1 (A. Dainese)