Update for changes in other parts of the code

made bugfix 25978 into a generic protection

Allowed for seperate gain analysis on the ten halfrings and expanded the SOD information

Adding function to make calibration tree (Marian)

Regenerated file to avoid warning about a different checksum
when loading AliMUONTriggerCrateConfig
(Thanks to Bogdan for pointing at this)

PHOSda2.cxx is renamed to PHOSDA2da.cxx

Old version is deleted

PHOSda2.cxx is renamed to PHOSDA2da.cxx

Old version is deleted

PHOSdaN.cxx is renamed to PHOSDANda.cxx

Finish run with print-out of run statistics added.

Changed the return type for operator=(const TIterator&)
from TIterator& to concrete class reference to avoid
compiler warnings (suggested by F.Carminati)

Handling of static DDL maps (S. Borysov)

increase array size to avoid seg faults in testbeam reconstruction

minor fixes for cluster unfolding

Corrected run-loader load-unload sequence.

Added an array containing values of variables to cut on, to avoid
code replication in SelectionBitmap and FillHistograms.

Fixes to DAs

removing old documentation

- MUONSurveyUtil.C: Adapt for changes in AliMpExMap
- MUONSurveyCh8L.C: Clean unused variables
(Javier)

Last missing bit and pieces from the last commit, related to Shuttle mainly

Coding conventions corrections

Format fixed in Logs lines.

Adding a function that might be needed to account for unknown mis-calibration/mis-alignment.

last one

Correct UInt_t -> TTimeStamp conversion in MakeGraph() (H. Helstrup)

Error on 2 DCS DP aliases corrected

get rid of 'shadowed'-warnings (Sergey)

fNeedsHeaderReplication added.

Adding a new class

AliMUONDigitCalibrator
        Remove fNofChannelsPerDE member, which is now part of the
        AliMpDetElement class

mapping/AliMpExMap
        Replace usage of TExMapIter by the newly introduced
        AliMpExMapIterator class, and change the interface to remove
        the GetObject methods.

AliMUON1DMap
AliMUON2DMap
AliMUON2DMapIterator
AliMUON2DMapIteratorByI
AliMUONAlignment
AliMUONCheckItem
AliMUONCheckItemIterator
AliMUONClusterStoreV2Iterator
AliMUONESDInterface
AliMUONGeometryMisAligner
AliMUONGeometryModuleTransformer
AliMUONGeometryTransformer
AliMUONPainterHelper
AliMUONRawWriter
AliMUONRefitter
AliMUONRefitter
AliMUONRegionalTriggerConfig
AliMUONSimpleClusterServer
AliMUONTrackerData
AliMUONTriggerCrateStore
AliMUONTriggerElectronics
AliMUONTriggerIO
MUONRefit.C
mapping/AliMpDDLStore
mapping/AliMpDEIterator
mapping/AliMpDEStore
mapping/AliMpDetElement
mapping/AliMpManuIterator
mapping/AliMpMotifMap
mapping/AliMpMotifSpecial
mapping/AliMpMotifType
mapping/AliMpRegionalTrigger
mapping/AliMpSector
mapping/AliMpSegmentation
mapping/AliMpSlat
        Replace usage of TExMapIter by the newly introduced AliMpExMapIterator
        class, and changes due to the interface change in AliMpExMap.

AliMUONCalibrationData
        Added self check method

AliMUONTrackerIO
        When reading capacitance values, do not quit if serial number is already
        there, just skip it.

libMUONcore.pkg
MUONcoreLinkDef.h
        Adding new class AliMpExMapIterator

AliMUONClusterStoreV2.cxx
        Correct Clear method

AliMUONCDB
        Corrected WriteLocalTriggerMasks

AliMUONPadStatusMaker
AliMUONDigitStoreV1Iterator
        Removed unneeded include

mapping/AliMpManuUID
        Remove number of channels from here. Will be part of a forthcoming
        AliMpManu class...

mapping/AliMpConnection
mapping/AliMpMotifReader
        Adding SetLocalIndices method to AliMpConnection class.

checkDeps.py
        Some improvements in .pkg syntax parsing

(Laurent)

Copy of event header for delta-AOD on demand.

- Adding svn properties svn:keywords, svn:eol-style if missing
- Adding/correcting Id keyword

Added a commented line for disabling QA

Suppressing unnecessary warning message, because appropriate error messages are being generated anyway.

- Moving AliMUONTriggerCrateStore from base to trigger,
  AliMUONCalibrationData from base to calib.
- Correcting \ingroup directives
- Adding SVN Id where missing

- Small fix for CAF that messed-up user tasks after filters

GetTree declared const

Added:
AliHLTMUONDataCheckerComponent - This is a component for testing and debugging, which performs extensive integrity and sanity checks on the dHLT raw data.

Changes:
AliHLTMUONProcessor - Extracted common code for fetching dimuon spectrometer mapping store objects into its own method FetchMappingStores.
AliHLTMUONTriggerReconstructorComponent and AliHLTMUONHitReconstructorComponent - Minor cleanup and moved common code into FetchMappingStores.
AliHLTMUONChannelsBlockStruct - Added fBusPatch member to also keep track of the bus patch for the channel.
AliHLTMUONMansoTracksBlockStruct - Fixing comments and documentation.
RunChain.C and dHLTrootify.cxx - Now optionally using AliHLTMUONDataCheckerComponent for checking data.

- Fix error message when opening merged aod file on client in PROOF mode

alias statistics in test

- Set of changes needed for merging aod files in CAF. Some fixes also for event mixing.

- Set of changes needed for merging aod files in CAF. Some fixes also for event mixing.

cluster unfolding code from Cynthia

Modification for new Eve (Marian)

Adding new Task - Krypton calibration (Jacek)

Adding new Task  for Kr analysis (Jacek)

Bug fix - integer rounding  (Marian)

Add macro for TPC Krypton cluster analysis (Jacek)

Initialize the transformation matrixes (Marian)

Corrected the cooling bars positioning in the TOF supermodules where the holes in front of the PHOS detector are present (i.e. sector number 13, 14 and 15)

Remove inline statement in implementetion file  -
Does not work for exotic  compilers (Marian)

Test implementation of event pool based on TagAnalysis.

Ignore errors in ReadGeoMatrices  in  case the GeoManager is not
yet initialized.  (Rafaelle)

Fix to Form(...) call

From Alexandru:

The new stuff is to draw and analyse reconstructed data (TRD tracks
and tracklets) on the event display. The macro shows how the new
classes are used.

Updated geometry. Includes FMD named shapes

put back destructor

changed binning: accepts events in z +- 30cm and eta +- 3
new zero bin correction

Make sure proper ALICE geometry is initialized before calling AliFMDGeometry::Instance().

Configuration example for correlations of gamma and jets reconstructed  around leading

Analysis for particle-jet correlation added, jet reconstructed in this class, not with JETAN

From Christian Holm Christensen.

Attached is the code for the FMD event display in EVE.  The class
AliEveFMDLoader (in AliEveFMDLoader.h and AliEveFMDLoader.cxx) is a
singleton object that implements display of simulated hits, digits from
simulation, digits from raw data, and ESD data for the FMD.  The active
sensor areas are drawn using TEveGeoShape, and hits are drawn using
TEveBoxSet. The height and colour of the boxes depend on the current
palette range and the signal size of the appropriate kind.  The data is
structured according to the FMD hierarchy:

        FMD1 -+- FMD1i -+- FMD1i[ 0- 1] -+- FMD1i[0]
                        |                \- FMD1i[1]
                        +- FMD1i[ 2- 3] -+- FMD1i[2]
                        ...
                        +- FMD1i[18-19] -+- FMD1i[18]
                                         \- FMD1i[19]
        FMD2 -+- FMD2i -+- ...
              ...
              \- FMD2o -+- ...
        FMD3 -+- FMD3i -+- ...
              ...
              \- FMD3o -+- ...

The four attached scripts fmd_hits2.C, fmd_digits.C, fmd_raw.C, and
fmd_esd.C uses the AliEveFMDLoader instance to load and display
simulated hits, simulated digits, raw data, and ESD for the FMD.  The
script fmd_hits2.C could take the place of fmd_hits.C in
EVE/alice-macros.

Finally, the script display.C is my attempt at making some more
user-friendly navigation panels using ROOT's lightweight TControlBar
objects.

Init() added to interface.

Was wrong file.

correcting the scope of the storage

Update in the interface for HLT and for visualization

Update in the interface for HLT and for visualization

New data members to store reconstructed jet and background

Apply selection criterias
(Marian)

AOB branch referenced, delete not necessary, just clear. #includes-class changed

remove some shadows

From Alexandru:

I have performed a revision of the TRD code and I have attached here
all the classes which were modified (plus some new ones). I have also
included 2 macros which should be tutorial enough on how one can use
the TRD classes.

remove some warnings

Fixed compiler warnings

Typo in the name of the "HLTmode" parameter retrievd from the DAQ logbook corrected.

minor bugfixes (table names); get rid of warnings(Jenny)

Warning fixed

Fix shadowed declarations
(Javier)

- Small fix for shadowing variables

Change explicit user name to the $ALICE_ROOT path

Don't call stage function (Marian)

Use only alien for the output (Marian)

Use my defaults

Extended debug information (Marian)

Extended debug information for high StreamLevels (Marian)

New private method ReflectClusterAroundZAxisForLayer plus related data members to estimate combinatorial background  (G. Bruno)

Copy and =operator implemented

Uninitilized variable (Marian)

Skip repeating entries (Marian)

Change cut setting in order to suppress noise background (Marian)

Adding function for fast random access to the simulated digits (Marian)

Speedup the code

AliTPCclusterKr.h
- Removed unneccessary Compress function

AliTPCclustererKr.cxx  AliTPCclustererKr.h
- Divide function FindClusterIO to two function
   - MakeCluster added
- GetThe size of array before loop
- Use uncheckedAt inside loop we konw the range
- Split and condition - Abs and Class Function called only once
- Use integer precission for local variables - (vtune warnings)

Adding unchecked function (Marian)

AliTPCclustererKr.h   -
use simple Tree for output

AliTPCclusterKr.cxx -
Removed memory leak -  fCluster->Delete()

AliTPCclustererKr.cxx -
Use uncheked access to the digits  - Speed up factor 5
Removed huge memory leak -
Delete maximaInSector->RemoveAt(it2);
Use local variables instead allocation on HEAP tmp pointer to the clusterKr

HLT data processing implemented.

Changes with time  coordinate (Marian)

Fixed some initialization warnings

AliTPCclustererKr.h  - Adding debugging histograms
AliTPCclusterKr.cxx  - Center of gravity changed
FindKrClusters.C     - Using OCDB

- Small fix in data ownership by containers