Change names of sections to avoid confusion with MCH DA sections

making the HLT build system working again: adding libXMLParser to the list of required ROOT libraries due to new functionality in libCDB (r 31411)

Save the simulated track ID in the UniqueID of AliMUONTrack (Philippe Pillot)

Quenched pythia code in separate library and directory

Moved to QPYTHIA

Rollback since problems with Mac

Fix for bug report #48432: Consistent size of the PID array in the base and derived classes

- Correct calculation of tracklet-track pulls by considering the full
covariance matrix in the yz plane. To be followed.
- Documentation

Updated geometry including fixes in ITS and FMD

Adding default performance histograms (Marian)

- Prepare covariance matrix manipulation in the tracklet for resolution
studies
- protect CookLabel function in the TRD track
- fix warning in the SA tracker

changes AliTRDSignalIndex
 - remove obsolate function
 - remove unused virtual

changes AliTRDdigitsManager
 - remove unecessary dependency

* Added HLT classes for Jet reader and Jet reader header
** classes are supposed to be used for Kine, ESDs and AODs
** inherited from JETAN classes
* Add HLT class for track cuts
** class is supposed to be used for Kine, ESDs and AODs
** inherited from AliAnalysisCuts
* Update of test macro
* Usage of HLT jet reader in both JetFinderComponent
* Update pkg and CMake file

* Update of on-line MC event
* update of filling in publisher

 Fixes of warnings pointed out by FC

Fix warning

Fix warning

Fix warning

Fix warning

Fix warning

Fix warning

removed redundant memory allocation

AliTPCPointCorrection.cxx  - warning removal
AliTPCcalibAlign.cxx AliTPCcalibAlign.h - Kalman filter for alignment
warning removal

Warning removal +

AliTPCcalibPID.h AliTPCcalibPID.cxx -
More ratio histograms - Ration dEdxfrac/dEdxfull

AliTPCcalibUnlinearity.h AliTPCcalibUnlinearity.cxx
Adding Quadrant alignment
Edge effect histograms

AliTPCTransform.h  - removing warning visible in
gcc version 4.2.4 (Ubuntu 4.2.4-1ubuntu3)
not in
gcc version 3.3.5 (Debian 1:3.3.5-13)

Warning removal

AliTPCkalmandEdx.cxx - initialize fInit in copy constructor - OK
AliTPCcalibBase.cxx  - initialize fTriggerClass in copy constructor
AliTPCCalPadRegion.cxx - warning: comparison between signed and unsigned integer expressions
AliTPCcalibCalib.cxx - double to integer

Corrected printout

fix for a bug in re-initialization of the PNE LUT and for a memory leak (by Ruben)

Technical fix: additional protection in the printout

pyquen added.

One step back.

In READMEmtrda.txt:
Adding list of configuration files with links
to the Dimuon Offline web sites
(Bogdan)

Corrected loop in method Clear

Adding libqpythia.pkg

Correction bug in the dipole lookup table copy in the copy constructor

cover seg fault in stand alone tracker. To be inivestigated

mark as stopped TRD tracks which failed propagation to TOF

fix warning message (thanks Jouri)

Fixing comments to get rid of coding violations.

typo

quenched pythia using 6.4 separated from the one used for pp (6.2)

quenched pythia using 6.4 separated from the one used for pp (6.2)

quenched pythia using 6.4 separated from the one used for pp (6.2)

Fixes of warnings

Obsolete version.

Fixes of warnings and upgrade of analysis to include Pb+Pb analysis. Background correction has also been improved

Fixes of warnings and upgrade of analysis to include Pb+Pb analysis. Background correction has also been improved

updated macro

Added HLT MC event, as AliMCEvent can not used as container

Fix compiler warning (Jochen)

bug fixed  in the fit procedure using Minuit (linked to the new Root v5-23-02 release)

Removing obsolete macro

Removed memory leak (Marian)

fix broken compilation

Coding rule violations

Coding convension fixes

remove obsolete task from H.Ricaud

A major update in the tracking code is available in the TRUNK. This
update is mainly triggered to create the infrastructure for
recalculating the cluster position during tracking but it is also
answering some comments/suggestions from the users. Here is a list of
the features which are now available:

- use of GeoManager in the tracking. This is needed to correctly
  initialize the radial position of the following :
      - anode wire plane
      - chamber entrance

- configurable fiducial area. for the moment I have a 5mm exclusion area around the pad plane limits

- proper definition of ESD status bits, in particular the TRDin and TRDStop

- history of tracking per TRD track. One would be able now
  to query what happened to the track in each layer on the
  way from TPC to TOF. At the level of AliTRDtrackV1 one
  can access this information via the function
   inline UChar_t GetStatusTRD(Int_t ly=-1) const;
  There are also general (static) functions to be used in the future with the ESD track:
   inline static Bool_t IsTrackError(ETRDtrackError error, UInt_t status);
   inline static Bool_t IsLayerError(ETRDlayerError error, Int_t layer, UInt_t status);

Correct reading of data file.

Debug print commented

Move const in the right position

Debug printout removed.

Changes to create digitizer with info about spectators

fixing coding violations

Fix minor bug in SDD raw data writing (F. Prino)

Evaluation of xRa and yRa to draw rings done.

Bug in magnetic field solved.
IMPORTANT change: the first two fields of GetHMPIDtrk are the x an y of the extrapolated track to the PC (before was at the RADIATOR). This change is to minimize the infos in ESD and to optimize the code for new mag field.

fix some coding violations and error calculation

All the changes have been done in order to integrate in the standard
reconstruction (AliReconstruction) the possibility to estimate the SPD
efficiency using the method of tracklets. By default, this estimation, as
well the others which use normal tracks, are switched off.

The AliITSTrackleterSPDEff now inherits from AliTracker.

Giuseppe

Store number of TRD tracklets on ESD for tracking and PID. Reuse data
member fTRDpidQuality as fTRDntracklets to store both scalers.

Alex

Changes to allow NO spectator signal when specattors are tracked in sim

new QA SIM structure compiling now

Dummy routine PYPTFS introduced.

new QA SIM structure

Fix in AliMpSectorSegmentation::PadByPosition;
it corrects sector area pad iterator which found a few pads
more times (with invalid indices).

Helper class for event mixing based on VEvent

Possibility to keep in ESD several (pileup) primary vertices reconstructed with SPD and/or with tracks

Remove of outputs from ACORDEQAChecker log (Yves remark) and setting an empty object for RecoParams (Cvetan remark)

Added AddTrackParams() method for convenience + some comments

Fix warnings

extra options

New version of the TPC-ITS alignment code (Mikolaj)

Main changes:
- bug fix in AliMUONPayloadTrigger: add the regional header to the array in
the darc header also for empty regional boards (not connected or with error
reading), otherwise a "segmentation fault" is obtained by the wrong indexing
within the loop over the regional boards
(B. Vulpescu)

Main changes:
- introduce an option to use either the old or the new (fast, HP) decoder
- adjust the print levels (0 default, 1 moderate, 2 event by event)
- allow analysis of only PHYSICS events when the FET is not in mode 0x3 (pulses not triggered by
the central trigger)
- bug fix: use the right "fileId" for the storage of the exported files in the FXS DB in conformity
with the SHUTTLE
- change the name of the DA configuration file from DAConfig.txt to DAConfig.dat, in order to
be displayed by the ControlPanel OpenFile browser
- use "define OFFLINE" to select compilation for offline/online execution
Also:
- see READMEmtrda.txt and http://aliceinfo.cern.ch/static/Offline/dimuon/muon_html/README_mtrda.html
(B. Vulpescu)

Update of the content

Calculating fAlpha as atan2(y,x) only for the tracks outside ITS (A. Dainese)

Checking the kITSrefit bit at the proper place (A. Dainese)

In MUONmappingLinkDef.h:
Adding namespace AliMq (which was missing)

In Mapping/macros:
- Renaming the main macro function to be consistent with new macro name;
- create a new canvas each time when the macro is run for other station/plane
  combination.
- Adding test suite script

New setting of the cross-section (Bogdan)

Removed memory leaks

In Mapping/macros:
Renaming macros for station 1 and 2 only:
all start now with the prefix testSt12.

In mapping/macros:
Updated macros to get them compiling and working again;
changed macros for St12 so that they are now by default executed
for both station types and both plane types.

- Add ITS clusterfinder for SPD and SSD (Gaute)
- Update ITS Agent (Gaute)
- Update pkg and cmake file (Gaute)
- Add test macros (Gaute)

add light version of JET to cmake compile, to add: dependency of FASTJET

update of jet macros

fix warnings

Changes to obey to the coding conventions (M. Lunardon)

Bug fix. This eliminates a compilation warning. (R. Shahoyan)

removed hardwired disabling of branches