Implementation of aliroot --version (Laurent)

Possibility to include ARVersion.h

Remove obsolete stepmanager functions and Bethe-Bloch implementations

Possibility to include ARVersion.h witihin the user code (avoid the gmake circular dep). Closes the savannah bug#48269 and allows to implement the code related to bug#50049

T0 responsibles modified (M. Oledzki removed)

Fix for bug #45751: Low V0 efficiency at low momentum and large radii. Ported from v4-16-Release, rev. 30636: The check on the return value is temporarily disabled.

Updated list of files (cmake)

Correct alignment of simulated HLT raw data
https://savannah.cern.ch/bugs/?50574

Kelly:
Added a new component for transforming hardware clusters into spacepoints.
Added new data type for the hardware clusters.

Analysis with correction for double hits (work in progress) and analysis independent of OCDB and geometry

Introducing the fixes needed in order to read the old RCU firmware format (v<3) with the new altro decoder. The fixes are done in a way so that it would be easy to remove this addition whenever the backward compatibility will not be needed anymore. Removal of some obsolete code related to the dummy altro trailer. It is not used by the detectors for long time as they implemented their real hardware mapping.

Fixes needed by gfortran, it doesn't perform lazy evaluation (Piotr)

Randomize pair particle order for identical particles

fix possible (in theory) divide by zero

Use selection cut in qinvf CF

Improved calculation of error on SPD vertex for B=0 (F. Prino)

do not update GRP-like entries while allows the normal behaviour when copying cdb objects (bug #50129)

Correct charge for pim, use LCSM in SH CF

Checking for SPDMultiplicity in the histogram names to allow printouts (D. Elia)

Adding getter for current time stamp (Marian)

new class added - AliTPCMisAligner

Generation of the TPC misalignment

add the CA tracker to the HLT TPC simulation macro. The algorithm
is chosen via an option string. Available options for the
moment: "CA" (default), "CM"

bugfix esd_hlt_tracks.C:
  use the esd_track_propagator_setup as it is done from the esd_track macro

More SysInfo stamps

Reducing verbosity: AliInfo --> AliDebug

Added possibility to use Alien plugin (Renu, Andrea)

Support for processing delta AOD files via the plugin (A.Dainese)

Added support for copying the outputs of the analysis in an AliEn folder from a
PROOF job. One has just to supply a valid path to an Alien location to the method:
   AliAnalysisManager->SetSpecialOutputLocation(path); where:
path = "alien:///alice/cern.ch/user/.../myOutput/" has to be prefixed by alien://
and must correspond to the user token that started the proof job. The common
output files (AOD) will be copied to this location as AliAOD_n.root from each
slave (n) while the rest of the outputs (histograms) will be first merged then
copied to the same location.

Updated list of files

Class to produce misalignments by R. Grosso added

Class to produce misalignments by R. Grosso

Implemented additional functionality according to the
https://savannah.cern.ch/bugs/?47411

(J.Belikov)

Fixing the problem that was causing the dip (savannah bug 48080):
the azimuth of the track momentum was used instead of the azimuth of the
track position. The protection introduced by Ruben and Martin (Rev 32258
and 32424) is not removed, because it makes sense (A. Dainese)

Removed hardwired Bethe-Bloch from the AliTPCseed.
Using  AliMathBase::BetheBlochAleph function

<http://savannah.cern.ch/bugs/?44266>

(Marian)

Another round of fixes in order to use the event specie in the QA. The procedure is the following: 1. The QA data maker gets the event specie as defined by AliRecoParam class. 2. If the detector's reco-param object has different event specie the previous value is overwritten and QA uses the specie defined by the detector. If the event specie from AliRecoParam and the detector's event specie are both set to default, the QA will not fill any histograms. Therefore the detectors should properly implement and put in OCDB at least one reco-param object (there should be also one and only one default object) with event specie set to low-mult, high-mul, cosmic or calibration specie. The changes were prepared and tested by Yves.

Change details on DCS boards

Ignore *.ps and GRP

Handling of Terminate in frame corrected

modifications to SMcalib help script to deal with new RCU and FEE firmware (register and syntax changes) - for APD HV settings

Update the RCU trailer reading accordingto the RCU frimware V2 user's manual. Thanks to Jens for reporting the problem.

Revised TRD geometry with corrected positions of support rails and more detailed material description

Revised TRD geometry with corrected positions of support rails and more detailed material description

Train configuration can be now saved and replayed. If 'saveTrain' flag is set,
the train will generate a directory name and run in this directory.
A configuration file 'ConfigTrain.C' will be generated. One can replay at any
time the train via:
   root[1] AnalysisTrainNew(ana_mode, plugin_mode, "train_default_<date>/ConfigTrain.C")

renamed estimateSpread to showSpread

macro to show the spread of results from independent runs (poors mans error estimate)

Fix for bug #48080: the same modifications as in GetLocalXat are introduced in GetLocalZat

 Fix for bug #48080: Dip at zero in the distribution of Delta-phi and d: PbPb events

Corrected index (Antonin)

Bug fix: the object counter should be never reset inside the raw-data root-ification since the referenced objects are reused and this can lead to raw-data payloads mixing in case the data is read in an order different to the writing one. The fix should be propagated to v4-16-Release together with the new raw-data event format.

fix spelling error

Improvement in the algorithm that collects neighbouring pads to form clusters

Adding two track QA macros

Change pretrigger phase to 2 (Matus)

Update for checking the sign before invariant mass calculation (A. Maire)

- add LUT correction for y coordinate of clusters (fitted)
  (AliTRDcluster)
- use corrected radial coordinate for dq/dl calculation (AliTRDseedV1)
- first definition of a charge resolution plot (AliTRDresolution)
- chi2 plot for each degree of freedom (no of tracklets) (AliTRDcheckDET)
- miscellaneous

Temporary fix: verbose printout commented out, additional protection

Updated list of files

Return pointer to the base class

making the libHLTqadm conditional in the HLT build system (dependence on AliQAv1)

New flat raw-data event format. The details can be found at: http://indico.cern.ch/getFile.py/access?contribId=2&resId=0&materialId=slides&confId=58946. The raw-data tags are still to be revised.

removed obsolete implementation files from package

Main changes:
- modify the logic of exporting files to the FXS: GLOBAl and REGIONAL files
are exported whenever at least one of the four configuration files (GLOBAL,
REGIONAL, LOCAL, LUT) change the version in the detector DB
- if DA is disabled, only export files to FXS (if it is the case), do not read
the input data from the DAQ
- add lots of Doxygen comments
(Bogdan V.)

Adding functionality to read the MC data in HLT. Also updated some classes to read the new 32 bit format with the new AliHLTTPCDigitReader32Bit

Technical fix for bug #50441: Track-cluster matching not done correctly during reconstruction (Jennifer)

Updated list of files

Additional shapshots of the track parameters (ITSout, TPCout, TRDin) stored in the ESD friends for debug purposes (Marian)

Config for charged + neutral

replaced by ...FastJet

Configuration files for charged + EMCAL reconstruction.

added newline at end of file

removed classes not compatible with new package

Improved precision in SDD raw data decompression from 8 to 10 bits (F. Prino)

fit with changes to TOFFEE data structure (enable status of single HPTDC chips)

added new TOFFEE file

Fixing Doxygen warnings

modified compilation files to comply with changes

New classes required for revision of package

Introduce the case when no files are to be processed and sent to the OCDB

replace printf by AliLog

AliESDtrack::fTOFsignalDz corresponds to Z_track in the matched TOF pad RF. As a consequence, updated AliTOFGeometry::IsInsideThePad and AliTOFtracker(V1)::MatchTracks methods. As result, changed sign to the AliESDtrack::fTOFsignalDz content

- cache a larger number of elements from the Kalman covariance matrix
- calculate (optionaly) also the error on momentum per layer (from pt
  and tgl covariance submatrix)

In AliMUONv1:
Adding loading mapping in UpdateInternalGeometry().
This fixes the Savnnah bug #50343.

adding the HLT offline QA skeleton

In AliMUONTrackReconstructorK:
Bug fix: always compress array of tracks after track removal
(Philippe P.)

No kinematics when the reconstruction is from RAW

Corrected bug in cluster selection with PID

Updated fix for bug #50143: corrected calcualtion of the number of bins with entries in the fit region. Loglikelihood fit since the number of entries is small

avoid warning for the default HLT simulation
- changed default output data type of BlockFilter component from
  'Void' to 'Any'
- bugfix in AliHLTComponent: handle component output type
  kAliHLTAnyDataType correctly

Updated list of classes

Modifications of the activation scheme for module agents and
the printout at component library loading

In order to activate only the agents of the library being loaded,
a check for library name and module id is applied. Works for
component libraries with agents following the naming scheme
libAliHLT<MOD>.so

Info messages have been adjusted to the needs in order to reduce
output. The full message is now only printed if the library
contains detailed build information from the HLT build system.

Revert commit 32313: back to 20 simulated events

Corrected protection

correct error parameterization for pad row cross

added function MakeSlice + fixed projection

Patch - reflection in case of GEANT4
(Andrei Gheata)

reset cluster's used flag (Markus)

Renaming AliHLTReconstructorBase to AliHLTPluginBase to reflect the
more common role. The change is backward campatible in order to run
macros of older AliRoot versions.

Adding the AliHLTPluginBase to AliHLTSimulation in order to support
definition of HLT chains within the same macro.

Incorporating chain definition into sim-hlt-tpc.C macro and deleting
separate conf-tpc-esd.C macro. Removing command line initialization
for magnetic field -> rely on OCDB object.

List of Changes:
AliTRDTrigger:
- new class as interface to CTP

AliTRD:
- create trigger detector
- add loader for GTU tracks

MCM Sim:
- separated tracklet calculation and writing
- added getters for raw and filtered data

GTU Sim:
- changed AliInfo -> AliDebug where appropriate

Don't propagate track outside of the TPC acceptance
(Marian)

Restored compilation