VZEROQA from library.

Coding rule violations corrected :-)

Protection needed in case of kinematics-only-analysis.

Add a new variable, that is the radial position of the track at the end
of the muon absorber, both in ESD and AOD. This variable has proven to
be extremely useful to better understand the effects of the absorber in
the data taken by the muon spectrometer.
(Philippe P.)

 This is a backward incompatible change in AliRoot. The following methods have been removed

-   const char*   AliRun:: GetTriggerDescriptor() const {return fTriggerDescriptor.Data();}
-   void                AliRun::SetTriggerDescriptor(const char *name) {fTriggerDescriptor = name;}

as their only function was to store temporarily the beam type in AliRun to be transferred to AliSimulation. This information is used for the trigger configuration. Instead, we have introduced the two methods

+  void                   AliSimulation::SetTriggerConfig(TString conf) {fTriggerConfig=conf;}
+  const Char_t*  AliSimulation::GetTriggerConfig() const {return fTriggerConfig.Data();}

To store and get directly this info from the AliSimulation class. This change is completely transparent, however what is NOT transparent is the setting of the beam type which is done in the Config.C. Typically the change is the following

-    gAlice->SetTriggerDescriptor("Pb-Pb");
+    AliSimulation::Instance()->SetTriggerConfig("Pb-Pb");

All the macros in AliRoot have been changed, but also all private macros will have to be changed. The symptom will be very easy to detect, as CINT will complain that there is no method SetTriggerConfig in AliRun.

One subtle point here is that with this change Config.C will require the presence of AliSimulation. If it is not there, it will be created by the Instance() call. This is not a problem in normal usage, but if Config.C is not used for simulation, it will create an instance of AliSimulation, that will not be used. Again, this should not be a problem, but users might as well be aware o fit.

bugfix for an issue with recent autoconf versions on Ubuntu 10
with autoconf 2.64 AC_CHECK_HEADERS behaves undefined if the first parameter is empty
it looks like some arbitrary content is taken from somewhere resulting in wrong checks
for include files 'dummy' and 'rootcint'. Added a check and calling the macro only if
there is something to check.

- adding temporary fix for problems with including PHOS PID class

- adding EMCAL reco param handler to build system

- moved some functionality from the detector reco param handlers to the CALO one
- cosmetics

Coding Conventions

trying to fix memory leaks

Updated test script and added macros for running with Geant4.

coding conventions

coding violation fixes

Bugfix to take care of runloader in HLT (Theo)

delete iterator (mem leak)

Delete fPathName in the d'tor

update from D. Peressounko

PHOS and TRD geometry as installed. Transparent TRD volumes added to online display.

updating macros (Theo)
- no necessity to circumvent the reconstruction problem anymore, as it was solved
- add possibility to use disableHLTflag without adding custom arguments

adding compatibility code for AliTRDrawStream r39608 and removing old compatibility code for AliTRDrecoParam r34995 (Theo)

updating build checks for the HLT TRD (Theo)
- adding check for the availibility of improved AliTRDrawStream (r39608)
- removing check for AliTRDrecoParam r34995
- requirering v4-18-Release

Version number increased.

fixing coding violations

writing in T0.RecPoints calibrated time

change GetRadius(...) to GetPt(...) and use configurable magnetic field

new plot w/wo TRD contribution for pt @ vertex

Useful macros for the shifter

Useful macros for the shifter

Useful macros for the shifter

Avoid extrusion by HALL.

Coding rule violations corrected.

In AliMUONSDigitizerV2:
For the event interaction time, SDigitizer now gets the interaction time stored in the event header instead of loading the stack
(Mercedes L.N.)

add debugging messages for collision event/track selection

SOD updated

Updated preprocessor

Fix compiler warnings

Do not stream event by event pointers and variables, avoid errors when writing the object with the AnalysisManager
E-TStreamerInfo::Build:: AliCdfJetFinder: varContainer** has no streamer or dictionary, data member fVectParticle will not be saved (etc.)

use trigger selection only for real data

Add contact mail for responsibles

Adding the name of the responsible person

Removing lines committed by mistake

Changes to avoid multiple initializations (Melinda)

Coding conventions fixed for AliACORDEDataDCS class

analysis task with event mixing

AliUnicorAnalGlobal:    histogram cemu added
AliUnicorAnalCorrel:    modified binning, added histogram bimo, pair frame.
AliUnicorEventAliceESD: event, track, and pair cuts updated; Nch definition.
AliAnalysisTaskUnicor:  pi+pi- added

Typo corected

Adding example to make summary log

Coding convention violations fixes (Matevz)

Macros for PWG1 train running/validation/certification
Each Add*.C certified separatelly

Protection against uninitialized variables

add a histogram counting the analyzed number of events

calib par update

Coding Conventions

Missing protection in case of not present Space points
Marian

Protection against zerro pointer
GetTriggerClass()

Marian

Fatal changed to Error
(M. Ivanov)

Fixed missing class
Marian

Following advices of A.Maire and A.Gheata for Tasks CheckV0 and Strange (B.Hippolyte)

Adding special reconstruction macro for pass0 (taken from $ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros)

(Chiara + Marian)

Committing macros/scripts/jdl for pass0/passX
(Chiara + Marian)

***************************************

Content:

General load macro:
LoadLibraries.C

Reconstruction/calibration:
CalibJob.jdl               -  jdl
runPassX.sh                -  shell script to be exectueted inside jdl - calls the following macros
rec.C                      -  reconstruction macro
runCalibTrain.C            -  calibration macro
tag.C                      -  tag creation macro
validation.sh              -  script to validate results ..

Merging:

MergeJob.jdl               -  jdl job
mergeCalibObjects.sh       -  merging script
merge.C                    -  merging macro alien
mergeCalibObjects.C        -  general merging macro
validationMerging.sh       -  merging validation script

Calibration macros:
ConfigCalibTrain.C              -  Instantiate AliCDBManager, SetRun, Load Geometry and Magnetic field

AddTaskAddObject.C              -  dummy histogram - as a template
AddTaskFilterFriend.C           -  dummy filtering -
AddTaskFilterFriendSecond.C     -  dummy filtering -

Detector specific calibration macros (each detector should have only one macro)

AddTaskTPCCalib.C               -  TPC calibration

- temporary fix

Typo fixed.

SUMMARY = CFContainer improvement + step towards bookkeeping
-------
1. CheckCascade :
* Andrei's advice : 1. implementation of a destructor /2. TList::SetOwner /3. PostData in UserCreateOutputObjects /4. PostData in accordance with return wihtin UserExec;
* Settings related to (quality) analysis cuts now as data members (needed for bookkeeping);
* Step towards bookkeeping with a TPaveText (commented ! not supported by the framework);
* Introduction of new TH1F or change of name :
    - fHistCascadeMultiplicityBeforeTrigSel,
    - fHistCascadeMultiplicity       becomes fHistCascadeMultiplicityForTrigEvt,
    - fHistTrackMultiplicity         becomes fHistTrackMultiplicityForTrigEvt,
    - fHistTPCrefitTrackMultiplicity becomes fHistTPCrefitTrackMultiplicityForTrigEvt,
    - fHistCascadeMultiplicityForSelEvt,          - fHistPosBestPrimaryVtx(X,Y,Z)ForSelEvt,
    - fHistPosTrkgPrimaryVtx(X,Y,Z)  become fHistPosTrkgPrimaryVtx(X,Y,Z)ForCascadeEvt,
    - fHistPosBestPrimaryVtx(X,Y,Z)  become  fHistPosBestPrimaryVtx(X,Y,Z)ForCascadeEvt;
* fCFContCascadeCuts reshuffled : 1. 20 dimensions [+Y(Xi) +Y(Omega)] / 2. 1 step = 1 species.

2. CheckPerformanceCascade :
* Andrei's advice : 1. implementation of a destructor /2. TList::SetOwner /3. PostData in UserCreateOutputObjects /4. PostData in accordance with return wihtin UserExec;
* Settings related to (quality) analysis cuts now as data members (needed for bookkeeping);
* Step towards bookkeeping with a TPaveText (commented ! not supported by the framework);
* AliCFContainer: Introduction of fCFCont*As*CascadeCuts = like fCFContCascadeCuts but for associated-to-MC particles
3. AddTaskCheckCascade + AddTaskCheckPerformanceCascade
* Settings corresponding to the new features above (choices hard-coded into each macro, != arguments)
(A.Maire)

- fixed wrong constant
- cosmetics

- reconstruction classes no using the reco param handlers to get the reconstruction parameters

- adding reco param handlers to build system

- added handlers for reconstruction parameters

Fix for https://savannah.cern.ch/bugs/?64530

Merge branch 'devel'

* devel:
  compilation warning

Merge branch 'devel'

* devel:
  bugfix TRD
  bugfix

bugfix

fixing coding violations from FC

Updates for SPD QA
I have modified the SPD task for the QA train for two reasons :
- revisiting included histograms
- getting rid of all the online-offline numbering conventions in the task.

For the second item I have created another class, AliSPDUtils, which makes the all the conversions (it is made up of static methods only).

I attached my modified runPilot.C macro which I used to test everything locally (basically I removed the loading of libraries and I commented
out the setcollisioncandidates for my task).

(A. Mastroserio)

accomodate 'x' for missing DCS point in DDL status string (MakeDeadMap)

Warning corrected.

Update reco param object (Markus)

Update reco param object (Markus)

Updates for event replication.
(R. Arnalidi)

Coding violation fixes

Adding TDC channel delays to the calib object.

Merge branch 'devel'

* devel:
  Set trackDx, trackDz in the HLT ESD

Merge branch 'devel'

* devel:
  forgot the header file
  compilation warning

Merge branch 'devel'

* devel:
  Fixed the TRD histogram processing

Possibility to have a software trigger on multiplicity.

Adding variable comments

Add SPD multiplicity selection and monitoring

Fix coding convention violations

set by default collision selection

Macro to plot OCDB pedestal behaviour vs. run no.

Merge branch 'devel'

* devel:
  bugfix in AliHLTEveTRD.cxx

adding option to skip some of the std content of the ESD, by default
AliESDZDC,AliESDFMD,Cascades,Kinks,AliRawDataErrorLogs,AliESDACORDE are skipped
component argument '-skipobject=name1,name2' can be used the change the list of
objects, names refer to the ESD std object identifiers.

Speedup for pp min bias 2.5, for Hijing 1000 PbPb 1.4

added a protection for missing raw reader instance (Gaute)

Protection against uninitialized array of bad channels.

fixes coding violations

Increased cluster histogram binnin

Cleanup and changing of cuts (Ana)

more standardizing of result return codes + always return tmax info + loose parameter limits and consistency checks + ADC smearing for no fits + try-catch for possible minuit exceptions

JetCorrel correction of coding violations, and other style and memory consumption fixes(Paul Constantin)

Allow fixing of local parameters for solver