1) Serious bug fix in the backward extrapolation of tracklets (thanks to Matthias Kretz)
2) some cosmetics

 The track number and track pid associated with the cluster are included
for PMD efficiency and purity calculation.

Basanta

default reconstruction parameters

recoparam is used for reconstruction

PMD recoparam classes added

Techinal fix for raw-data recon on CAF: Enabling the raw-data access from AliEn. The user should define the output (ESD) file urlvia AliReconstruction::SetOutput(url). The command accepts any valid ROOT url including an alien one. In case the url is not specified the reconstruction will use the current working directory on the host where the user started it.

updates for running LYZ in both sum and product mode

New getter for x- and z-position

In AliMUONTrackExtrap:
- Change the Bethe-Bloch formula for mean energy loss correction (use the new
  one provided in STEER like other detectors)
   --> about same results for upsilon
   --> better results for J/psi
- Improve the computation of mean excitation energies + a few minor corrections
(Philippe P.)

compiler warnigs fixed

Merging bug fixes and adding charge information for bending and non-bending planes separately (Indra).
Added "-makechannels" option to hit reco component to generate the optional channel data block which contains detailed information about the pads that were merged into a cluster.

Added missing files

code update by Gaute:
SPD an SSD:
- Remove AliITSCalibration. Get this from AliITSDetTypeRec.
- Initialize using AliITSDetTypsRec instead og the  Calibration object
- Getting equipment ID the right way.

macros:
    Change to match the equipment ID <-> spec.

- fix number of slice allocation in ESD track
- fix warnings reported by Federico

Compilation warning in GetRecoParam() is fixed

Fix for processing single xml files introduced together with run ranges.

Technical fix: Removal of a call to the CDB manager instance that prevents a proper initialization of the OCDB on the workers in case of raw-data reco on PROOF. In principle the CDB cache is always active within the reconstruction so the fix will not affect by any means the normal batch reconsctruction job.

New representation for the raw PID signal in ITS (first step).

Correct destructor restored.

make scripts working with fastjet 2.4.1

* All Cone finder in compile flow, not yet added to cmake
* Fastjet not yet checked,...  (I haven't found out how to make it work again, yet)
* run.sh macro works after, fix of bug https://savannah.cern.ch/bugs/?51088

Put the QA images into a compac format

First version of class for
alignment/calibration

Marian

1. Adding time dependent sigma  - (important for v drift)
2. Implementing copy constructor
3. New predefinded formulas added

(Marian)

Corrected wrong selection of eta decays

* Add analysiscomponent to agent
* Add cone finder to build system

* Moved conejetFinderComponent in the cone directory
* Enable analysis code in the build
* rm obsolete AliHLTJETJets, BASE/util/AliHLTJets is used instead

* Added Component "AliHLTMCGeneratorComponent" -> Creates Pthyias events in HLT aliroot chain
* Updated Agent with new component
* Added Container Class AliHLTJets -> Holding a TClonesArray of AliAODJets
* Updated AliHLTMCEvent to hold Generated Jets in form of a TClonesArray of AliAODJets, tbc in next revsion

A.Maire: Adding TH2F with Eff cascade Inv Mass Vs cascade Pt (for Xi-, Xi+, Omega-, Omega+) = raw material for Pt spectra

bug fix: the row number was not set for clusters in RefitInward() and PropagateBack() interfaces to off-line

replace empty file

put back old version, still some unexpected problems with cycles

Improvement of the magnetic field usage.
Coefficients for the non-homogeneous field are scaled now to the actual field value.

merge in cycles

Updated list of files

* AliEveEventManager - make sure each AOD friend is only registered
  once.

* visscan_init.C - register HF AOD fireand and aod_HF macro (disabled
  by default).

* HF classes & macros - sanitize whitespace.

Initialisation from OCDB done for CA components,
Fix of a potential memory problem in the CATracker.

Removing local configuration path

From Davide Caffarri: classes for heavy-flavour AOD visualization.

Changed from AliHLTTPCTransform to AliTPCTransform to take calibration corrections into account for the clusters. Also fixed a few warnings.

1) Configuration from the OCDB is done,
2) The default output type is set to the new one. Option for the old format is "-outputTRAKSEGS"

Bringing the unit test for component library loading and the
external interface back to life again. New component library is
build as part of the test and implements a more realistic
scheme. Still, the test program needs to be linked to the
libHLTbase, something which should not be neccessary, but the
issue is postponed.

fix infinity loop (Peter)

Fixing bug 51010 : remove the word abort from the messages

Fix wrongly placed delete

Corrected SPD trigger input names. According to the trigger naming scheme. To be cross-checked with Federico A. (Annalisa)

Use a sensible default for the OCDB path

Changes in SPD FO trigger simulation to cope with naming conventions (A. Mastroserio)

Changes if SPD FO trigger simulation to cope with naming conventions (A. Mastroserio)

The class is now owner of the histogram to be fitted (Chiara)

Using hit time information for SSD simulation (E. Fragiacomo)

follow up on request (Savannah #50254)

Implementation of bad channels treatment in the SSD clusterfinder + some fine tuning. Unfolding flag set to false by default in the recoparam (E. Fragiacomo)

add corresponding TRD modifications to fulfill request (Savannah #50254)

Make run.C compilable without having to change include paths in .rootrc (Theodor)

Fixes for bug #50254: Additional info in ESD track for TRD PID [request]

Tighter reco cuts for D0->Kpi and Dstar

new analysis classes, not yet in build system

updated run script

protect against track prolongation fail (Savannah bug 50806)

bugfix #50914. Setting the hist array size correctly. The hit array still has a fixed maximum size, something which might have to be changed in the future but does not have a big priority.

ESDWriter: extra ckeck edded
AliHLTTPCCASliceOutput: bug fixed with potentially wrong memory access

by default; reset the full tree and only keep the average info

Update list of files

Last (uninfluent) RecPar->RecoParam change

Reduced memory allocation

isolated cell search algo is added

Making minor changes to the printed output format.

Fixing the retrieval of the histograms

Adding extensions and bug fixes to AliHLTMUONHitReconstructor from Indra.
Adding functionality to AliHLTMUONHitReconstructor to generate extra cluster information and write this out at CLUSTERS blocks.
Fixing handling of internal HLT data blocks and special events in AliHLTMUONRootifierComponent and AliHLTMUONDataCheckerComponent.

track number and pid propagated to clusters

extend user flexibility / fault tolerance

QA for digits in reconstruction (Melinda)

Typo corrected

AliTPCTransform.h        - Adding getter for current run number
                           To be used in AliTPCseed.cxx

AliTPCseed.cxx           - Time dependent gain correction

AliTPCcalibTimeGain.h    - Making fit of electron attachment

AliTPCcalibDB.cxx  AliTPCcalibDB.h - adding  TObjArray *GetTimeGainSplines()

(Alexander)

The script to add the FMD analysis to the train

Making the HLTReconstructor and RawReaderHLT not a direct child of the HLTPluginBase. There was an undefined symbol when using the libHLTinterface to run the system outside AliRoot. Somehow the two classes were using a symbol which was just virtual in the libHLTbase and I did not find another way to avoid this.

advanced check of the track angle in the Convert2AliKalman()

Made QA images persistent objects

delete ols calib data

delete ols calib data

Add class definition to avoid compilation problems

On the fly calculation of the ranges for the 2d efficiency plots

Better name for the output of the train

Added AliTOFcalibHisto class to handle calibration information
stored in reference calibration files.

Added reference calibration files to be used with AliTOFcalibHisto.

bug fix for the track angle calculation in Convert2AliKalmanTrack()

Changes for the coding conventions

QA for Digits in reconstruction + other updates (Panos)

correct include statements

Adding the LRC task to the ebye lib

Adding a setter for the off-diagonal element of the covarice matrix. Needed for the SSD cluster finder. (E. Fragiacomo)

added merging for Lee Yang Zeroes

Corrected logic in MC vector.

Bug fix for run ranges having gaps in the actual data.

the same calibration for cosmic and pdc data

the same calibration for cosmic and pdc data

the same calibration for cosmic and pdc data

the same calibration for cosmic and pdc data

Fixes for bug #50317: Correct AliGenPythia for B-jet studies (Jennifer)

Adding general non linear transformation

 Class AliTPCtransformation:
 Should represent general non linear transformation. Currently tune for TPConly.
 To be used:
 1. Simulation-Digitization
 2. Reconstruction - AliTPCTransform
 3. Calibration/Alignment (KalmanFilter, Milipedde)
 4. Set of transformation to be stored/retrieved as OCDB entry

 Base functionality:

 1. Double_t GetDeltaXYZ(Int_t coord, Int_t volID, Double_t param, Double_t x, Double_t y, Double_t z)
 Get correction - return the delta of coordinate coord dx or dy or dz for given volID for point at point (x,y,z)
 All coordinates are global

 2. The transformation should work only for given volIDs and detector IDs
    Currently Bitmask is used for filtering

(Marian)