modifications for online SPD monitoring (Annalisa)

New EMCAL cosmic trigger as defined by Federico A.

Bugfix: true gamma conversions done properly

Restore the number of events (20)

Additional protection

QA Checker checks only calibration events

Modularize split-view (3d, r-phi, rho-z) setup from visscan_init.C so
that it can also  be used for online reco viz.

This is in new file / class MultiView.

Changed the naming of some histograms and corrected a few axis names.

Changes corresponding to rev. 34668

Names of deprecated functions modified

Including TEnv.h to declare gEnv

Updated Config for FLUKA

Remove default OCDB location and exit with fatal error if OCDB URI is
not passed (or OCDB default-storage is already set).

The OCDB URI is now the first argument of alieve_init.C and
visscan_init.C.

To simplify standard usage, several wrapper macros have been added:
  visscan_raw.C         - SetDefaultStorage("raw://");
  visscan_mcideal.C     - SetDefaultStorage("MC, "Ideal");
  visscan_mcresidual.C  - SetDefaultStorage("MC, "Residual");
  visscan_mcfull.C      - SetDefaultStorage("MC, "Full");
  visscan_local.C       - SetDefaultStorage("local://$ALICE_ROOT/OCDB");

Change return by continue in CTS filtering, do not reject good tracks after the ones with no external param

Cleaning up the EMCAL digits macro and adding it to the online event display (C&M)

updating primary particle selection for high multiplicty trigger in pythia simulation

Possibility to have fixed number of pile-up events (A. Toia)
Corresponds to savannah report
 #56045

Bugfix: variable was not reset correctly

correcting cmake setup for libAliHLTTPC

reorganize ClearPackage, UploadPackage EnablePackage

AliAnaElectron (Jenn):
Added Mark's btag QA histos
Added three event level QA histos:  impactXY, refmult and refmult2
Added Protection for AliAODPid pointer
Added "Misidentified" electron plots and renamed "Prompt" to "All"
Corrected the definition of xsi
Turned off cut on impactZ in GetBtag()
Set Btag bit in AliAODPWG4Particle according to number returned by GetBtag()

AliAODPWG4Particle(Jenn): Correct init value of Btag bit and add bit checking methods

Readers: Change the access to the vertex, make sure it is the best primary vertex
                Access the output AOD in case the merging of events was executed in the handler

AliAnaCalorimeterQA: Set some protections in case of MC data not available.

RecoParameters for the PHOS cosmic runs.

RecoParameters for PHOS cosmic runs.

nsamples check needed for zero-suppressed data, for DA classes and RawUtils

move reference data maker for PID-LQ from Cal to qaRec
prepare to solve Savannah bug 54540

fix broken compilation - add new line at end of file

restore functionality of "mc" and "friends" flags

Update by Raphaelle

Fix bug in container size (Chiara)

All detectors switched on.

Updated for new magnetic field setting.

Output files are validated immediately after Terminate. A 0-length file called outputs_valid is created and used by the validation script.
All printf's changed to Printf.

Moving the fourieranalysis classes back to the PHOS
directory since they were actually used by the Online minitoring

HMPID tracking classes updated according to the modifications in the central tracking to use all three components of the magentic field

Bug #55851: Inclusion of J-Cal DDLs + EMCAL and J-Cal STU DDLs. This makes a total of 48 DDLs for EMCAL (was 24). And we put the number of LDCs (not really used offline) to 8 (was 4).

Fix for a memory leak in method SavePredictionMC (G.E. Bruno)

Protection agains the zero bunch length.

LEDMON->LEDMon for LG histo titles also + nsamples check needed for zero-suppressed data

Removing obsolete and unused classes in order to
facilitated the refectoring to a common CALO
library for EMCAL and PHOS

Moving debuggin classes+files to a dedicated debug directory

Included the Online display in the html documentation

Moving classes+files used only for debugging
to a separate debug directory

Removing obsolete classes from build system

Runing the online reconstruction in the Amore framework (Cvetan)

New method GetRunNumber in AliITSQADataMaker. Added protections and controls in AliITSQASDDDataMakerRec (M. Siciliano)

Removed writing of jets_local.root

Scalers always written to ESD (Plamen)

adding modifiactions for running with fastJet locally

by default clear all packages on caf

changed output file name to lower case

changed output file name to lower case

Vertex replicated on demand.

Bug in high range ADC energy calibration corrected

setting svn:ignore patterns in order to ignore auxiliary autoconf files

monitoring without using RecoParam with fixed parameters for injection test

adding new libAliHLTCalo module for common code of PHOS and EMCAL

Correct the baseline subtraction in clusterizer

move from Bz to BxByBz in track propagation

Correct energy calibration in case of p-p data

Coding conventions

Change to production file name pattern AliAOD.root

Savannah bug 54788. Removed tolerance on detector's size when searching for P-N crosses (E. Fragiacomo)

correcting compilation warnings (Theodor)

Merging and replicating of mc particles possible.

Flag for mcparticle replication added.

* alieve_online.C
  - after init, select the tab with multiple views.

* AliEveEventManager
  - In GotoEvent() add sys-info stamps for:
    Start, PostDestroy, PostLoadEvent and PostUserActions.

HLT TRD update and cleanup, changes according to offline TRD (Theodor)
AliHLTTRDCluster, -Tracklet, -Track:
 - change Data Containers to meet calibration requirements

AliHLTTRDClusterizerComponent, -TrackerV1Component,
-CalibrationComponent, -Utils:
 - use number of timebins information from data
 - several bugfixes (substract baseline from raw data)

AliHLTTRDCalibrationComponent:
 - implement ShipDataToFXS

AliHLTTRDDefinition:
 - remove unused DataType

AliHLTTRDClusterHistoComponent:
 - add histogramms
 - pushback only every 20th event (can be changed with: -everyNevent X)

read magnetic field from local GRP

removing debug output

- small bug fixes

- removing oboslete code

removing hardcoded module id in initialisation

- changes to facilitate the move to the new RCU firmware

- bug fix

- changes in online display to handle more than one module

- Adding missing classes to the cmake build system

 -Added function to get module from specification.

SetMagField and InitGRP will recreate the mag field according to GRP object,
overriding existing/locked field.
In a special expert mode one can enforce an external field by locking it and
setting a special bit: AliMagF::SetBit(AliMagF::kOverrideGRP)

Correcred references to track in AliAODJet (Elena Bruna)

Correct file ID for shuttle

Bugfix: index -1 for CF

Updated message.

Fixed coding violations, removed lines with log level kError, added functionality for calculating xyz of conversion with our funcions.

Possibility to store CAF output files on alien (Renu)

Bug fix (Renu)

Fix histo name

Macro to analyze laser scans *Marian)

Remove compilation warnings

Add ITS digits / raw into the data-selection list (still disabled by default).

Cosmetically sanitize ITS visualization code.

From Indra and me - make macro runnable in compiled mode.

new method MonitorCMValues addes (Panos)

fix for TRU2x2Id; need to check which TRU the data came from

add check on aod otput event handler

Updated list of cosmic trigger adding a TRD trigger that does not follow the naming rules, but is needed here in order to reconstuct old data. Agreed with Federico A.

Replaced dynamic array alocation by static array size, not to fragment memory

Coding rule violations

- replaced TTree with TClonesArray for storing clusters (Gaute)
- removed AliITSClusterFinder object

Event offset for merging added.

put printout in debug statement