Fixing coding violations from FC

Do not Dump the track info for high p_T just print out

add configurable segmentation for y resolution/residual plots

updates requested by HLT
- cache calibration params at tracking chamber level
- recalculate cluster error parameterization for HLT during tracking
  chamber building
- do a vertex constrained fit in case of HLT before leaving MakeSeeds

Corrected default values.

fixing compilation in HLT build system

new short-cut macro to merge performance files

added documentation

Federico: Adding special rec point for EMCAL

Federico: AliHLTEMCALGeometry handles transformation from local to global coordinates

- added energy correction from AliPHOSPIDv1

- dummy implementation of CDB interface functions.

Coding conv viols fixed.

new resolution plots
remove left-over print statment

Updates from Paul Constantin

More stable numerical calculation of combined mass

Fixes for report #64730 High virtual memory consumption in the ITS standalone tracker

Avoid numerical problems in calc. if eff. mass.
(suggested by Matus Kalisky)

Fix a shadowed variable

forward declaration of TString

Delete TRefArray before placement new, avoid mem leak

Fix warnings

new method added for the Mean threshold scan (A. Mastroserio)

Coding conventions fixes

adding cmake setup for HLT TRD macros, update of macro (Theo)

Fix for report #64208 Missing OCDB (GRP/Calib/MeanVertex) object in GRP

trigger algorithms parameter names changed according to PIT names (A. Mastroserio)

Correct memory leak when using PHOS geometry, remove the TObjStrings from the histogram output container, to be used in the cuts container later

Keep track of missing DCS points in DDL maps (flagged by 'x')
Compress HighVoltage maps  - delete new point if less than 1e-4 different from previous one.

********** Following discussion at Offline Week, 19 March 2010

- Implementing aliases:
energy -> LHC_Beam_Energy
machine mode -> LHC_MachineMode
beam mode -> LHC_BeamMode
beam types 1/2 -> not yet defined
- Implementing check on the time stamps for machine mode and beam mode
- Updating test files (local + nightly shuttle tests)

Fixed size array.

Minor changes in a macro

Disable the retrieval of dead modules in SDD and SSD. To be replaced by new code from Enrico and Francesco (bug#64752)

Extrusion corrected.

Removing fRandome

Making Instance() create the class

One more macro for ZDC shifters

VZEROQA from library.

Coding rule violations corrected :-)

Protection needed in case of kinematics-only-analysis.

Add a new variable, that is the radial position of the track at the end
of the muon absorber, both in ESD and AOD. This variable has proven to
be extremely useful to better understand the effects of the absorber in
the data taken by the muon spectrometer.
(Philippe P.)

 This is a backward incompatible change in AliRoot. The following methods have been removed

-   const char*   AliRun:: GetTriggerDescriptor() const {return fTriggerDescriptor.Data();}
-   void                AliRun::SetTriggerDescriptor(const char *name) {fTriggerDescriptor = name;}

as their only function was to store temporarily the beam type in AliRun to be transferred to AliSimulation. This information is used for the trigger configuration. Instead, we have introduced the two methods

+  void                   AliSimulation::SetTriggerConfig(TString conf) {fTriggerConfig=conf;}
+  const Char_t*  AliSimulation::GetTriggerConfig() const {return fTriggerConfig.Data();}

To store and get directly this info from the AliSimulation class. This change is completely transparent, however what is NOT transparent is the setting of the beam type which is done in the Config.C. Typically the change is the following

-    gAlice->SetTriggerDescriptor("Pb-Pb");
+    AliSimulation::Instance()->SetTriggerConfig("Pb-Pb");

All the macros in AliRoot have been changed, but also all private macros will have to be changed. The symptom will be very easy to detect, as CINT will complain that there is no method SetTriggerConfig in AliRun.

One subtle point here is that with this change Config.C will require the presence of AliSimulation. If it is not there, it will be created by the Instance() call. This is not a problem in normal usage, but if Config.C is not used for simulation, it will create an instance of AliSimulation, that will not be used. Again, this should not be a problem, but users might as well be aware o fit.

bugfix for an issue with recent autoconf versions on Ubuntu 10
with autoconf 2.64 AC_CHECK_HEADERS behaves undefined if the first parameter is empty
it looks like some arbitrary content is taken from somewhere resulting in wrong checks
for include files 'dummy' and 'rootcint'. Added a check and calling the macro only if
there is something to check.

- adding temporary fix for problems with including PHOS PID class

- adding EMCAL reco param handler to build system

- moved some functionality from the detector reco param handlers to the CALO one
- cosmetics

Coding Conventions

trying to fix memory leaks

Updated test script and added macros for running with Geant4.

coding conventions

coding violation fixes

Bugfix to take care of runloader in HLT (Theo)

delete iterator (mem leak)

Delete fPathName in the d'tor

update from D. Peressounko

PHOS and TRD geometry as installed. Transparent TRD volumes added to online display.

updating macros (Theo)
- no necessity to circumvent the reconstruction problem anymore, as it was solved
- add possibility to use disableHLTflag without adding custom arguments

adding compatibility code for AliTRDrawStream r39608 and removing old compatibility code for AliTRDrecoParam r34995 (Theo)

updating build checks for the HLT TRD (Theo)
- adding check for the availibility of improved AliTRDrawStream (r39608)
- removing check for AliTRDrecoParam r34995
- requirering v4-18-Release

Version number increased.

fixing coding violations

writing in T0.RecPoints calibrated time

change GetRadius(...) to GetPt(...) and use configurable magnetic field

new plot w/wo TRD contribution for pt @ vertex

Useful macros for the shifter

Useful macros for the shifter

Useful macros for the shifter

Avoid extrusion by HALL.

Coding rule violations corrected.

In AliMUONSDigitizerV2:
For the event interaction time, SDigitizer now gets the interaction time stored in the event header instead of loading the stack
(Mercedes L.N.)

add debugging messages for collision event/track selection

SOD updated

Updated preprocessor

Fix compiler warnings

Do not stream event by event pointers and variables, avoid errors when writing the object with the AnalysisManager
E-TStreamerInfo::Build:: AliCdfJetFinder: varContainer** has no streamer or dictionary, data member fVectParticle will not be saved (etc.)

use trigger selection only for real data

Add contact mail for responsibles

Adding the name of the responsible person

Removing lines committed by mistake

Changes to avoid multiple initializations (Melinda)

Coding conventions fixed for AliACORDEDataDCS class

analysis task with event mixing

AliUnicorAnalGlobal:    histogram cemu added
AliUnicorAnalCorrel:    modified binning, added histogram bimo, pair frame.
AliUnicorEventAliceESD: event, track, and pair cuts updated; Nch definition.
AliAnalysisTaskUnicor:  pi+pi- added

Typo corected

Adding example to make summary log

Coding convention violations fixes (Matevz)

Macros for PWG1 train running/validation/certification
Each Add*.C certified separatelly

Protection against uninitialized variables

add a histogram counting the analyzed number of events

calib par update

Coding Conventions

Missing protection in case of not present Space points
Marian

Protection against zerro pointer
GetTriggerClass()

Marian

Fatal changed to Error
(M. Ivanov)

Fixed missing class
Marian

Following advices of A.Maire and A.Gheata for Tasks CheckV0 and Strange (B.Hippolyte)

Adding special reconstruction macro for pass0 (taken from $ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros)

(Chiara + Marian)

Committing macros/scripts/jdl for pass0/passX
(Chiara + Marian)

***************************************

Content:

General load macro:
LoadLibraries.C

Reconstruction/calibration:
CalibJob.jdl               -  jdl
runPassX.sh                -  shell script to be exectueted inside jdl - calls the following macros
rec.C                      -  reconstruction macro
runCalibTrain.C            -  calibration macro
tag.C                      -  tag creation macro
validation.sh              -  script to validate results ..

Merging:

MergeJob.jdl               -  jdl job
mergeCalibObjects.sh       -  merging script
merge.C                    -  merging macro alien
mergeCalibObjects.C        -  general merging macro
validationMerging.sh       -  merging validation script

Calibration macros:
ConfigCalibTrain.C              -  Instantiate AliCDBManager, SetRun, Load Geometry and Magnetic field

AddTaskAddObject.C              -  dummy histogram - as a template
AddTaskFilterFriend.C           -  dummy filtering -
AddTaskFilterFriendSecond.C     -  dummy filtering -

Detector specific calibration macros (each detector should have only one macro)

AddTaskTPCCalib.C               -  TPC calibration

- temporary fix

Typo fixed.