Geometry defined by TGeoModeler

Fixed some coding style violations.

Added track lenght through medum to AliFMDHit.  Also added flag
fStop for stopped tracks (IsTrackStop || IsTrackDisappeared).

Updated DrawHits, DrawXsection.
Added GetMedia.C to track where tracks corresponding to hits come
from.  Useful for background studies.  Added DrawHitsDigits, to compare
the energy loss from hits to the ADC counts from digitisation.

Updated Config.C to properly deal with TFluka.

Compiler warnings fixes.

Use of appropriate sensor depending response objects in SPD simulation

update version number

Fixes and removals

New macro for checking new misaligner class.
(Bruce)

New macro to compare/plot the Ntuple stored in MUONefficiency.root,
the result from MUONefficiency.C macro
(Christoph)

Upgraded version of MUONmassPlot_ESD.C
(Christoph)

New test script: simulation of 10000 events with standard Config.C,
resconstruction + efficiency.
(Christoph)

Updated test script AlirootRun_MUONtest.script:
- the outputs are redirected in files;
- all produced files are put in a new test_out directory

Adding a paragraph on checking overlaps.

Adding AliMUONGeometryMisAligner
(Bruce)

Updated comments about alignment.

New class for misalignment
(Bruce)

Adding data members for transformations file and svmaps file names
+ its default values and updating Read/Write methods accordingly.

In SetAlign() - adding the fileName argument
(the transformations can be read from other than default file)

Added new library libFMDutil.   This library contains utility classes that
are mainly used for FMD specific tasks, such as reading in FMD data, and so
forth.   Therefor, it's  put in a separate library to not crowd the normal
libraries and binaries with extra code.   See the file AliFMDInput.cxx
for more info.   Updated some of the scripts to use this interface.

Added some docs to some scripts.

Added script to get X-sections, energy loss, and ranges for a given
medium for a given particle type from TGeant3TGeo.

Added a script that compiles and loads other scripts :-)

Fixed some errors reported by Federico

AliITSsimulation::fDetType correctly set in case of multiple events

Update with modifs in St1V2 geometry

06-dec-2005 NvE Memberfunction GetDistance() introduced in AliTrack to determine the
                distance between a track and a certain position.

Bugfix (C.Cheshkov)

Proper Reset of TObjArray fSegmentation

Fixed a compilation warning.

Please note, that the previous commit might entail that
AliFMDGeometryBuilder and derived is moved from libFMDsim to libFMDbase,
as AliFMDGeometry depends on it.

Added the class AliFMDGeometryBuilder (and derived
AliFMDGeometryBuilderSimple) that defines the geometry.  AliFMDGeometry
uses that class.   AliFMDGeometry can also get crucial information from
a predefined class (but more needs to be extracted from the TGeoManager).
The code has been changed to reflect this.  In particular, the class
AliFMDSimulator is largely obsolete.   I've kept it for a while, as I'd
like to test what penalty  one endure from such a class.   I believe
it is negligible, but Federico thinks it's not.

The AliFMDG3Simulator and derived can essentially disappear.

Fixed some compilation warnings in AliFMDReconstructor.

warning about AddDigit(Int_t*, Int_t*) fixed as Federico asked

AliHLTTPCSpacePointData:
 new variable Bool_t fUsed  // only needed in AliHLTGUI

AliHLTTPCClusterFinder:
  set variable fUsed = KFALSE // only needed in AliHLTGUI

AliHLTTPCDisplay:
Rename and Merge of functions
Complete new arrangement in order to use the AliHLTGUI
 - 3D Geometry
   - display padrows, cluster, tracks
   - select single Tracks
   - select used / unused cluster
 - Histogram
   - display padrows
   - display pads in padrows

Adding GetNofModuleTransformers() method

Library split

New version of St2 detailed geometry with corrected overlaps
(Inra, Sanjoy, Sukalyan)

New method of Aliimulation to apply detector misalignment (R.Grosso)

Implementation of a new GetTrackPoint method (const) to add ITS space points into the alignment framework (C. Cheshkov)

Small corrections to fix compilation errors

Put GetTrackPoint as a const method (C.Cheshkov)

Adding an invalid layer ID (C.Cheshkov)

Updated for changing the way reference position is handled by AliMpSlat
class used also in trigger mapping
(Laurent)

Removed unnecessary forward declarations.

Corrected converting of DE local transformations
in the new ALIC frame (if performed).

In ReadTransformations() - added setting of global transformations to
detection elements.

Removing FillGlobalTransformations() private method
- global transformations of DEs are now filled immediately after
setting local ones.

Constructing AliMAG geometry in the same way with TGeant3, TFluka, and TGeant3TGeo

Fix warning from gcc4
(Laurent)

Fixing bug in the Kalman update of the covariance matrix (M.Ivanov)

Removing misleading protection

Protection in case of irrealistic estimation of the expected energy loss (M.Ivanov)

Making AZ cluster finder and Kalman tracking the default methods (see README how to go back to old defaults (VS clustering and Original tracking)) (Sacha)

Alignment framework (C.Cheshkov). More information is available in agenda.cern.ch/askArchive.php?base=agenda&categ=a057717&id=a057717s1t6/transparencies

Removing debug information

Modifications needed for the combined cluster / track finder (Sacha)

Improving cluster visualization (Sacha)

changed to c++ like include files

added first version of data buffer handler, not yet functional

added comments and documentation

Commiting before moving code from `AliFMDSimulator' to `AliFMD' (and
sub-classes), as `requested' by Federico.   The definition of materials,
and the like will move to `AliFMD' directly - cluttering up the class
even more than it is already (sigh!).    The step-management will go
in `AliFMDv1' (and relevant sub-classes).  The geometry definition will
go in the new class `AliFMDGeometryBuilder' (and sub-classes), to at least
keep that out of the `AliFMD' and to make it easier to make changes to
the geometry (via inheritance).

Federico also complains about the size of the digits.   I'm not sure that
I understand his complaint, but we'll see.

The `AliFMDG3Simulator' (and sub-classes) will disappear completely.  That
means, that the VMC _must_ support a geometry based on the ROOT `TGeo'
classes - rather than via calls to the GEANT 3.21-like member function
calls.   This commit will be tagged.

I've temporarily added the class `AliFMDAlla' which is Alla's old
implementation of the FMD geometry.   This class will disappear.

Split libraries

Reducing the max distance in the MUON arm (10km should be enough)

Additional protection

Protection in case of irrealistic estimation of the expected energy loss (M.Ivanov)

Adding fDetElemId data member and its setter/getter,
needed for the alignment procedure.
(Bruce)

Correct overloading of the methods from AliReconstructor

Fixes to store the TPC seeds in the debug stream (M.Ivanov)

Updating info on the MUONGenerateGeometryData.C macro

Removed with merging transform/svmap data files in one

Changed factory options (in commented lines only)

Example macro for the creation of tags (P.Christakoglou)

Removing the autentication since it is external to the tag processing (P.Christakoglou)

New classes for selection of events using their tags (P.Christakoglou)

Corrected name of argument

Addding new class AliTRDseed (M.Ivanov)

Interface for AddCluster changed, return pointer to cluster (M.Ivanov)

TRD seeding without vertex constrain implemented (M.Ivanov)

Initialization of variables in the constructors (M.Ivanov)

Add information about digits in neighborhood of the cluster (M.Ivanov)

Adding AliRieman fitter (M.Ivanov)

ESDtrack TOF cluster index now pointing to recPoints (S.Arcelli, C.Zampolli)

Updating info on MUONCheck (Indra)

In DrawView() - create mapping segmentation for slat/trigger if
it is not built via segmentation factory

- Adding HasDE() method;
- Fix in ReadTransformations()

Adding a possibility to supress error messages in GetDESegmentation()
if detection element with given Id does not exist

Adding a possibility to supress error message in GetDetElement()
if detection element with given Id does not exist

Fix in HasDE()

Information about the full reconstruction time for many events

Removed unused (and not implemented) method AddSVPath()

Update to follow the modifications in the MUON module

Bug fix

Removed with simplifying AliMUONGeometryDEIndexing class

AliMUONFactoryVN classes replaced with AliMUONSegFactoryVN,
AliMUONResponseFactory

Refactoring of geometry classes:
- AliMUONGeometryModules are accessed via a new AliMUONGeometry class
- Transformations data are separated in  AliMUONGeometryTransformer,
  AliMUONGeometryModuleTransformer classses
- AliMUONGeometryDetElement objects contain always transformation in
  a new ALIC refernce frame
- Read/Write functions moved from AliMUONVGeometryBuilder
  in AliMUONGeometry (svmaps) and AliMUONGeometryTransformer
(transformations)

Added debug info

Data files per builder replaced with one file

Updated for modifying AliMpFiles class.

Added debug info.

Use AliMUONConstants instead AliMUONChamber to get Z coordinate

Updated with refactoring of geometry & segmentation classes;
- segmentations are not built explicitely but either via AliMUON
  or via AliMUONSegFactory classes
- added option in MUONTest for selecting the way of building
  segmentation

Removed unnecessary include (AliMUONChamber.h)

Added methods Rmin(), Rmax().

Bug fix in PrintGlobalTransform().

Updated for mods in AliMUONGeometryDEIndexing

Simplified, provides only static methods for converting
detElemId <-> moduleId, index

Refactoring of geometry & segmenation classes:
- AliMUONGeometrySegmentation contains AliMUONGeometryModuleTransformer
  (instead AliMUONGeometryModule)