restoring functionality of unit tests

Fix for bug #76956: Make Info msg like 'Branch <XXX> switched [on|off]' debug messages

Fix for bug #76953: Do not fail if ~/.trdQArec or ~/.QArec does not exist

Fix for bug #76932: Fix missing TEveException argument

 Correction T0A and T0C by primary vertex applied for Ncontributers>0

Corrected run ranges.
A. Toia

- modifications to make the cuts automatically appear on the canvas

Correction to avoid unrecognized particle.

- added the cut information in the name of all files saved (root and png)
- rearrangements in the string manipulation procedures

- fix names and units of axes

Cleanup of name confusion in 44819
Missing files added.

Default path changes.
C. Loizides

- remove default "projection" prefix from all histogram titles

Adding RejectList visualization in mchview

AliMultiInputEventHandler added and used in AliAnalysisTaskSE
 Martin Vala <Martin.Vala@cern.ch>

Adding the individual channel mult in order to be used in the event plane calculation.

- save all canvases in png files in addition to root files

Adding forward declarations and include files

adding a histogram ratio clusters to findable vs r

Correcting a 2.5 mm offset problem in St2

added protection in case of missing TOF RECO params -> will call AliFatal

Force suffix .so on all platforms

AliInfo -> AliDebug

new version of the QA

Load ancestor from file if available
Consistent treatment of useaverage in minuit and in by hand minimization
Cosmetics
Added ancestor == 3 mode

Setter for directory
Default OADB
(C. Loizides)

Fixes for forward decl of strdup.
Christian Holm Christensen

In macros:
- Adding test for loading Config.C in loadmacros.C and reverting last rootlogon.C update
- Fixing runReconstruction.C, runSimulation.C to make them compiling again

Introduce function to calculate the 'true' mean of vdrift, gain and t0 for the whole detector (Julian)

Improved progress bar version from Christian Holm

Changes to exploit new functionalities of TOF PID (Davide, Pietro)

Adding two detailed lookup tables which are used to speed up the calculation of
Space Charge fields significantly. They are also used in the example of the
"automatic html documentation" which previously crashed for the class AliTPCSpaceCharge3D.

forgot to add unfolding containers back to the output list

Updated list of files

Updates

Removed generated files@

Added doc dir

Fix coverity defect

Overcome a problem with CINT and CMake

Fixes for reading from AOD, fetch the branches for each event, reduce printout

Updated reconstruction

Restored correspondence between CMake and makefile

Modifying code to look at Alexs method for PID systematic errors

Fixes and beautification :-)

- Fixed double counting of events by not calliing
  AliPhysicsSelection::IsCollisionCandidate in the event inspector
- Fix stupid mistake
- New cuts, etc.
- Better processing of aux data
- Store all (that's _all_) events.

Removing obsolete/dead code

(hopefully) Last tweaks to have the embedding straight : the charge of sdigits is converted back to ADC units in case they are in fC (as is the case when coming from raw2sdigits) before going to digits (Javier)

a/ AliTRDCalibTask.cxx .h: one histo more to quantify the event selection if any problem.

b/ AliTRDCalibraVdriftLinear.cxx, .h: the number 1199 of entries has to be avoid with the robust fit from root TLinearFitter...otherwise it breaks...

c/ AliTRDPreprocessorOffline.cxx .h: I modify a bit the first implementation of Julian for the condition to mask or not (no entries OR gain above 15 rms away of mean gain over the chambers OR vdrift above 15 rms away of the mean vdrift over the chambers). I added some basic functions to produce automaticely in pass0 a chamber status. This can still change a bit...

d/ AliTRDCalDet.cxx .h: I introduce the robust rms used in c/. This removes the chambers very far away due to small anode voltages to have a more realistic rms.

New task on ESDs to monitor the normalization info (Davide)

Updated D* systematic errors (A. Grelli)

1. Corrections in AOD_MC loop. 2. New plots for tracks which are used in analysis excluding seeds

Getter for external MC added.

Some methods for decay parameters added.

Added new methods

Getting rid of warnings about unhandled HLT data blocks.

Adding simple handler for ignoring data blocks.

Wrong forward declaration.

Delete property svn:mergeinfo to avoid problems in the merging

.stat file added in the correct place in the jdl

New plots in macro for trending SDD QA-train output (F. Prino)

simple macro to print objects stored in alignment ocdb

Using EMCAL_COMPLETEV1 (Gustavo)

remove assert to avoid abort in reconstruction of raw simulations generated with more SM than default

small fix to the merging efficiency on or off

TOF recalibration now in tender

SUMMARY :
Preparation of the p+p 7 TeV analyses.

---------------------------
1. CheckCascade :
* Trigger Selection :
      introduction of TString fTriggerMaskType = type of trigger to use in UserExec : AliVEvent::kMB or kHighMult ?
      Note : default = event is selected in the task
* Pile-up :
       introduction of Bool_t fkRejectEventPileUp = kTRUE to enable the rejection of events tagged as pile-up by SPD (AliESDEvent::IsPileupFromSPD)
      + control plot : TH1F fHistCascadeMultiplicityForTrigEvtNonPiledUpAndZprimVtx
* Primary tracks & Multiplicity bins :
       nTrackPrimaryMultiplicity      = fESDtrackCuts->CountAcceptedTracks(lESDevent)
       TH1F fHistPrimaryTrackMultiplicityForTrigEvt,
       TH1F fHistPrimaryTrackMultiplicityForCascadeEvt
* Armenteros plot :
        Fix following Lee Barnby's suggestion : f2dHistArmenteros->Fill( lChargeXi*lAlphaXi, lPtArmXi   );
* c.Tau :
        TH1F fHistcTauXiMinus to check (x4), filled with cascade candidates : Mpdg +- 10 MeV/c2 ~ Mpdg +- 5sigma
* TPC PID :
        introduction of a new set of param. for the TPC PID (Aleph param.) for LHC10d p+p Pass2.
        = feature of the "one pad cluster" reconstruction in TPC.
        Bool_t fkIsDataRecoWith1PadTPCCluster = switch from one case to the other
        Almost official, got from A.Kalweit
               fAlephParameters[0] = 1.28949/50.;
               fAlephParameters[1] = 2.74095e+01;
               fAlephParameters[2] = TMath::Exp(-3.21763e+01);
               fAlephParameters[3] = 2.44026;
               fAlephParameters[4] = 6.58800;
        Logically, the same problem holds for the recent MC prod (LHC10fa6) : a new parameterization will also be needed for MC ...
        Home made param. (temporary)
               fAlephParameters[0] = 0.04;
               fAlephParameters[1] = 17.5;
               fAlephParameters[2] = 3.4e-09;
               fAlephParameters[3] = 2.15;
               fAlephParameters[4] = 3.91720e+00;
* Angular correlation :
    - retain only primary tracks (use of AliESDtrackCuts)
    - option to exclude cascade whose pt < ... GeV/c
    - introduction of 3 options to follow for the correlations:
          1.1 - "TrigAnyCasc-AssoAnyPrim"
          1.2 - "TrigCascLeading-AssoAnyPrim"
          2.  - "TrigLeadingTrck-AssoCasc" (= default)
   TString fAngularCorrelationType = data member used for the option switch

2. macros/AddTaskCheckCascade
* taskcheckcascade-> SetTriggerMaskType     ("kMB");
* taskcheckcascade-> SetRejectEventPileUp   (kTRUE);
* taskcheckcascade-> SetAlephParamFor1PadTPCCluster(kTRUE);
* taskcheckcascade-> SetAngularCorrelationType     ("TrigLeadingTrck-AssoCasc");

3. CheckPerformance
* Trigger Selection :
      introduction of TString fTriggerMaskType = type of trigger to use in UserExec : AliVEvent::kMB or kHighMult ?
      Note : default = event is selected in the task
* Pile-up :
       introduction of Bool_t fkRejectEventPileUp = kTRUE to enable the rejection of events tagged as pile-up by SPD (AliESDEvent::IsPileupFromSPD)
      + control plot : TH1F fHistCascadeMultiplicityForTrigEvtNonPiledUpAndZprimVtx
* Primary tracks & Multiplicity bins :
       nTrackPrimaryMultiplicity      = fESDtrackCuts->CountAcceptedTracks(lESDevent)
       TH1F fHistMCTrackMultiplicity is now filled with AliStack::GetNprimary()
* Resolution of the phi angle :
       TH2F DeltaPhi(MC casc,Reco casc) vs Pt(mc) (azimuthal correlation ...) x4
* Resolution of multiplicity estimator :
       TH2F f2dHistRecoMultVsMCMult : Reco prim tracks Vs MC gen. primaries (eta<0.8)
* TPC PID :
        introduction of a new set of param. for the TPC PID (Aleph param.) for LHC10f6a prod = MC for LHC10d Pass2.
        = feature of the "one pad cluster" reconstruction in TPC.
       Home made param. (temporary)
               fAlephParameters[0] = 0.04;
               fAlephParameters[1] = 17.5;
               fAlephParameters[2] = 3.4e-09;
               fAlephParameters[3] = 2.15;
               fAlephParameters[4] = 3.91720e+00;

4. macros/AddTaskCheckPerformanceCascade
* taskCheckPerfCascade-> SetTriggerMaskType     ("kMB");
* taskCheckPerfCascade-> SetRejectEventPileUp   (kTRUE);
* taskCheckPerfCascade-> SetAlephParamFor1PadTPCCluster(kTRUE);

new functions, mc analysis can be performed also for pi0 and k0. eta of seed can be restricted to inner acceptance range in order to get whole cone in normal acceptance

Additional histograms
 Marek Chojnacki <Marek.Chojnacki@cern.ch>

Some minor coverity corrections

Missing forward declaration, apparently it is visible only with gcc 4.5.

Fixed a stupid bug

Moved vertex cuts outside the track loop (A.Palaha)

Added ROOT THtml docs to .cxx and top .h

Added method mgr->AddStatisticsTask(offlineMask) that allows to configure the statistics task with a given offline mask (from AliVEvent)

Forgot to implement one declared method

minor corrections

committing on behalf of Silvia... new macros for HFE analysis on the train (Markus
Fasel); all macros now relocated in their new directory.

Small update to distinguish, in the HV plot, channels which are OFF, from channels which tripped during the run (those are set to a value of -1) (Laurent)

To finally (!) be able to cut on HV values, a method AliMUONCalibrationData::PatchHVValues was added,
which will remove extraneous HV values (read from OCDB) in the cases where
the ramp-down was started before the end of run

At the same time, AliMUONRecoParam was updated to a) remove the high limit on HV (not likely to be
ever used) b) have one HV (low) limit per chamber, instead of just St12 vs St345, so we have a finer
control.

(Laurent)

updated LYZ code for merging

MRPC detection efficiency: updated according to the real data analysis (F.Noferini)

Recover the list of EMCAL clusters in a different outout branch

Information for TOF resolution added.
 Davide Caffarri <davide.caffarri@pd.infn.it>
 Pietro Antonioli <pietro.antonioli@bo.infn.it>, Andrea Dainese <andrea.dainese@pd.infn.it>

new task for reclusterization in EMCAL

new task for reclusterization in EMCAL

Changes to the Improve method (J. Belikov) Savannah bug 76361

Modifications to allow reclusterization during analysis

Added

New classes added

Updates

Script to draw energy loss fits directly from output of the ELossFitter task

Also search sub-directories for ESD files

Updates to MC density calculator

MC sharing sub-algorithm

MC corrections sub-algorithm

Doc fixes

Doc fixes

Use base class

Fixes

New base class for multiplicity tasks