Updated docu

From Sara and Jan Fiete:
underlying event analysis w.r.t leading track
although there are some new classes a lot of the analysis code has been refactored from the
previous classes
new "in content" are the correction classes AliUEHist, AliUEHistograms

Bug fix for forwarding data blocks.

Fixing error propagation in AliBWTools::GetMean and GetMean2 + some cleanup

add variable range in dy

Define Clear for AliEMCALDigits to delete the owned arrays when the TClonesArray Clear is called. change the call to the TClonesArray::Clear to Clear("C") to call the clear of the digits.

added reder for test on other data

Added charge to the tracks

added macros for analysis

Additional histograms for vertex, missing ITS modules. Fixes of coding violations

fixed memory leak

T0Laserda with correct run type

Added extra cut selection values

fixing compilation error

Fix for bug 70975, code from Peter, tested by Annalisa

Cleaning up ClassDef. Should have version == 0 for classes that will never be streamed to file by ROOT.

fixing compilation bug

Cleaning up ClassDef. Should have the version == 0 for the algorithmic classes like the component classes. Only data containers that should be streamed by ROOT should have the version set > 0.

Fixing coding conventions

bugfix

prepare task for cluster position and error parameterization on data

Update to the analysis on MC data only.
Added corrected definition of cos(theta*) and related computation.
Corrected the cut for perfect PID.

Fixed sprintf, so that the pointer address is printed correctly

Updated Fragmentation function task (added Di jet part and intra-jet radiation) (Magali)

Bugfix in the config.

optimization for valgrind (Theo)

correcting output size estimator after recent change of data struct

bugfix in physics selection for running on MC

(Mihaela) If par files are to be mixed with libraries, one should rather use plugin->SetAdditionalLibs() mixing .so with .par as needed.

From Chiara Zampolli:
task to compare MC and data distributions for the dN/deta and multiplicity analysis

fixing warnings

fixing warnings

fixing warnings

fixing warnings

fixing warnings

fixing warnings

fixing warnings

fixing warnings

fixing warnings

fixing warnings

fixing warnings

fixing warnings

fixing warnings

fixing warnings

fixing warnings

fixing warnings

Fixed compilation

fixed warning, reduced printout

fixing warnings

fixing warnings

Conv. PID improved; Energy now calculated from KFParticle; PHOS PID
improved; possibility to use BadMap added; memory usage reduced (Dmitri)

Fixing library names

Fixing compilation problem for newest GCC versions.

Added new possibilities to standard cuts, update to perfect PID cut

Reset of a 0 pointer deleted (from L. Molnar)

Corrected typo

Updated Conversion AOD and functionality (Svein), Also a test task for od is added.

Fixed TObjArrays ownerships to prevent mem.leaks (noticed by S.Rossegger)

addition to commit 42747.

stream line task switch on/off for usage with PilotAnalysis.C

add also V0 monitor in the list of switchable tasks

simplified parameter list

addition to commit 42743

move OCDB manipulation from local train (run.C) to the task level
1. task infoGen manages OCDB init (steer via AddTRDinfoGen.C)
2. task resolution manages Geometry/Align loading from OCDB
3. task clusterResolution manages B filed init

the task check PID which depends on OCDB access works now also under PilotAnalysis.C macro.

fix cast statement

additional file needed

 set meaningful names for all TRD wagons

set meaningful names for top TRD wagons

add individual wagons switch mechanism

bug fix from prior checkin

Changes to speed-up the code - S. bug 70991 (F. Carminati)

Fixing typo.

fixing typo.

Adding one more test for cross checking the mapping.

Adding useful methods for converting between DDL and slice/patch. Plus cleaning up class a little.

added comments to new data members (Leticia)

changing offline trigger definitions once more:
removing NoTRD bit (can be checked by trigger class instead)
All triggers MB, MUON, HighMult use classes without requiring TRD pretrigger

- changed from <> to "" for some includes

Modifications and cleanup by Francesco Prino

From C.Loizides: Handle manual branch loading if requested by the user (via SetAutoBranchLoading(kFALSE))
This turns off the usage of TTree::GetEntry, and uses TBranch::GetEntry. It relies on the fact that the user loads
the needed branches in his tasks on demand (via LoadBranch(brname))
This feature is disabled by default, and therefore the current use of the manager targeted at train mode persists.
The purpose is to speed up the analysis in case only a few branches are needed, and if cuts can be made based on quickly loadable information. For example, on my laptop with auto branch loading enabled takes about 8ms/event while with auto branch loading disabled (just loading the header and run info) only 0.8 ms (ie order of magnitude faster). For a more realistic case, with an actual track based analysis attached, a speed up of 2-3 was achieved.

Example:
//________________________________________________________________________
void AliAnalysisTaskPt::UserExec(Option_t *)
{
...
  AliAnalysisManager *am = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
  am->LoadBranch("AliESDHeader.");
  am->LoadBranch("AliESDRun.");

  /* should have meaningful check here, use dummy just to illustrate example*/
  if (some_condition_on_event_header_or_ESDRun_object) {
    return;
  }
  // We can load the interesting branches:
  am->LoadBranch("Tracks");

  // Track loop to fill a pT spectrum
  printf("There are %d tracks in this event\n", fESD->GetNumberOfTracks());
  ... track loop

Fixed storing size of singles -> track reference

- Adding pt histograms for electrons and muons
- Adding pt histogram for "all other" particles, not listed in the enums for id parts
- Adding histogram of species contributing to primaries
- pt histogram now have variable binning, to match yields analysis
- runTaskProof: using the new CAF

Fixing some warnings and coding conventions

Updating responsibles (Giacinto de Cataldo added).

Updated definition of theta* and corrected a bug in selection of true pairs from MC

Mkdir uses option -p to create directories

- the ALTRO mapping is now loaded from OCDB root objects

- moving to access mapping from OCDB, not textfiles

- adding debug messages

- adding new component to the build system

- changes needed to facilitate for the new clusterizer.

- adding new component for the new clusterizer.

- adding new clusterizer to build system

- adding new clusterizer class. Basic algorithm that uses a NxN matrix centered around a local maximum

Fix for 64 bit constant creating problems on 32 bit systems

Comment:
Missing QA reference file - to close the bug report:
https://savannah.cern.ch/bugs/index.php?69379

Peter Christiansen

update to MBNoTRD offline trigger class

Added optional scaling coeff. for cov.matrix (to effectively exclude the point from the fit)

Changes for report #68914: Improper usage of TClonesArrays in EMCAL

Fix for report #70899 pp min bias Pythia simulation fails with floating point exception