Updated syst. uncertainty calculation for method 2

added fixed window clusterizer

cosmetics

clusterize on fastor level. Still needs work on coding convention. Code should be moved to UserTasks.

added fixed windows clusterizer (S.Aiola). Will need to work on coding conventions.

updated track cuts (M. Verweij)

Flow afterburner for D mesons (Giacomo)

#include not needed anymore since code in PWG1 lib

Various bug fixes and added some features in monitor

Added the possibility to use a manually set up TPC BB definition

Bug fix on AOD test filter bit and adding a default setting for 2010 cuts

Correct assignment of clusters to the catgeory ALL, which was in fact wrongly filled with not-mono-cathode clusters

__R_ADDTASK__ supported in the configuration macro to designate the pointer returned by the AddTask macro.

fix for pass2

Bug fix for merging (A Hansen)

AliAnaPhoton: Use variable setting for number of cells histogram
AliAnaCalorimeterQA: Change the way exotic clusters are selected, change histograms related to these clusters.

return the bool with the PHOS photon decission

histogram on sigma distribution for protons after PID cut added

add cut on lower value of lambda0 for EMCAL, add method to select photons for PHOS

PID conditions corrected
TPCsignaVsP histogram added.

HWCF configuration: switching on deconvolution in time after fix r51236

Set the directory to be zero for all histograms, to avoid messages
about possibly lost memory,

making DeflaterSimple the default output mode (factor 3 with respect to HWCF data)

Fixes for generating raw data from digits.  Now
write proper information to RCU trailer.

protection if aplitude calibration for some PMT does not exist

Make printout of sdigits from raw conditional on debug>=5

AliAltroBufferV3: Allow for setting the fields of the RCU trailer. This is needed for the FMD to properly decode the (simulated) raw data.  AliAltroRawStreamV3: Better formatted RCU trailer when printing, store RCU data format version in variable. Callable check if we're using the old format. (Christian)

Export some headers for AMORE

Export raw reader

Small fixes

Small fixes

minor bugfix: negative return value in case of error

correcting a typo in initialization

- reverting changes to AliTRDrawStream in rev 51294
  (useless change of line breaks complicating merging with local changes)

Fix in the last caall to CleanOwnPrimaryVertex

handling the 0.5 offset for pad coordinate in the HWCF data decoder class; all subsequent reconstruction will see the pad coordinate consistently with respect to the middle of the pad

Coverity

Fixing coverity bugs

Typo fix for the previous rev.51301

Bug fix in the constructor (thanks to A.Marin)

Updates to the trigger study class

Erro on event plane resoltution class + updates in 2D method macro

updated QA macro (Hege)

Fix in case the run number is not given

several fixes for automatic train generation mode

modify indent, comments

fixes for bug #85807
Increase awarness in tracking for clusters which are reconstructed
outside fiducial volume and reject them gracefully. Should be finally
fixed at
raw dat/clusterizer level

bugfix: max values and masks for bit length >=32 was always 0

temporarily removing testAliHLTEventDDLBackwardCompatibility because of missing reference file

Updating HLT responsibles' list (new mailing list).

coverity 17530 fixed

correcting compilation warnings and cleaning dead code

add calibration histograms for vzero centroids

Setter for the maxpt for the tight PID selection (Andrea)

Updated flow from AH

Fix for #85901: request to commit fix in AliReconstruction.cxx and port to release (t0spread fix)

- propagate tracking flags during reconstruction

- update of trigger thresholds
- cleanup writing of simulated GTU tracks

Replacing - by . in the AliRoot versions used in the spec file

Fixing coverity bug

Reset ntracks to skip when deleting corresponding array (Francsco)

Bug #53025: Propagation of event timestamp to the simulated raw data. Bug-fix in the detector-pattern propagation.

making the case with missing LEDMon info in ref. run easier to catch

Minor changes for HLT

couple of fixes in the implementation of the AliAnalysisTaskCfg

minor bugfix: using the stringstream instance for printout

bugfix: removing chain EMCAL-EM from list of reconstruction chain, it's definition has been postponed according to the source code comments

Clusterizer: Add option to reject or not cells with too low energy in cluster, and recalculate also position
Calibration: Add option to select events depending on trigger, cosmetics

QA: Move n cells in cluster from TH3 to TH2, remove eta range; add histograms to study shower shape for bad clusters

Photon: Set variable dimension of ncells per cluster histogram

adding new TRD trigger monitoring components (Stefan Kirsch, Felix Rettig)

adding method to rewind stream position; updated documentation with example for reading symbols of variable unknown length

Protection for negative time bin added

fix destructor bug (reported by Raphaelle Bailhache)

Added diagnostics

XY vertex plot

Strong PID for Ds + new mass range in Ds task (Gian Michele, Sadhana)

XY vertex plot

using forward declaration for AliFJWrapper

Bug #73877. After a consultation with the author the generator is fixed in the same way as hijing.

added missing declaration in TriggerOnJet for AliHLTScalars

Coverity

Protection against non existing online gain table (Theo)

Fix for #85461: Destructor of AliReconstructor implementations not called anymore

Fix for A and C triggers in 2.76 TeV pp

Fix for #85555: Trigger.root invalidated in AliSimulation

pid tuning

Update (Davide)

Redefinig kUserDefined bit to maintain backward compatibility with the deprecated AliPhysicsSelection methods AddBGTriggerClass and AddCollisionTriggerClass

updated version of the ALTRO channel selector component using AliAltroRawStreamV3

adding method GetChannelPayload() to get pointer to the current channel raw data

Added possibility to load AliAnalysisTaskCfg modules in the plugin.

Declaration of fabs

(mchview) Display the DDL number when DE is the responder

adding default configuration object for dEdx monitoring component

registering dEdx monitoring component

adding dEdx monitoring component to build

adding TPCdEdxMonitoringComponent (Per Ivar)

Default values for AliCDBGrid of number of retries (=3) and sleeping time(=5, exponential).
Slight modification of the function setting the retry time.

changing type of index grid; using intermediate stringstream for printout to save ostream properties (minor coverity)

filling the track index grid