Some leftover changes (Jean-Luc C.)

Multiplicities in VZERO are now float numbers (in units of MIP) (Brigitte)

Correcting SPD trigger signals according to the naming scheme

Correction in AddTriggerIR()

Applying some of the naming convention rules.

Applying some of the naming convention rules.

Update in error treatment

IR datum changed to array of pointers.

Removing obsolete class and macros from mapping

Obsolete CTP config file.

MUON CTP config file using the trigger naming scheme. The only item to be decided is the single high Pt muon trigger.

Separating mapping graphics classes in a new library, MUONmpgraphics.
- This library is not linked with aliroot
- This makes mapping library independent from Root GUI classes

Use branch switching on/off from base class.

Branch switching on/off moved to base class.

VZERO trigger inputs following trigger naming conventions. So far only beam A and C side are ok. Some of the other inputs that are present are defined as descriptors in the naming scheme. Still some owrk to be done on both sides - VZERO and trigger coordination

- Adding new MUONcalign library:
  now adding files missing in previous commit

- Adding new MUONcalign library.
  - Includes new classes for calibration and alignment tasks:
    AliMUONAlignmentTask, AliMUONReAlignTask, AliMUONChamberCalibrationTask
-   plus classes moved from MUONevaluation:
    AliMUONClusterInfo, AliMUONPadInfo
- Misc correction in documentation

TRD trigger inputs following trigger naming conventions. Min-bias one should be added to the naming scheme. Is 0HMB ok?

Adding new class AliMUONChamberCalibrationTask.
It is the first version of the classes for the calibration task.
For the time being, the task only fills the clusterInfoTree
during reading the ESDs already reconstructed by alignment task.
(Andry)

T0 trigger inputs following trigger naming conventions. There are inputs not defined by the trigger coordination, still to be fixed.

PHOS trigger input following trigger naming conventions. There are inputs not defined by the trigger coordination, still to be fixed.

MUON trigger inputs following trigger naming conventions

defining the default reconstruction chain for the HLT ITS

Separate library for pi0 calibration.

adding the AliHLTITSQAComponent (Piergiorgio), two functions rely on most
recent changes in AliITSQADataMakerRec which are not yet committed. Will
be enabled afterwards if this is done

Minor changes (Chiara B)

Updates

Coding conventions

ACORDE trigger inputs following trigger naming conventions

fix for cuts

Update on  raw reader (MinJung)

New analysis for electron identification

propagation of HLT global trigger decision to hltESD
- adding HLTOUT handler for global trigger decision data block
- including the GLOBAL-Trigger configuration into HLT simulation
- handling of GlobalTrigger object in the ESDManager (generic handling
  of non-TClonesArrays in ESD merging still to be imlemented)

Fixed most coding violations, updated Config file to run on analysis trains.

updating configuration object of HLT global trigger
- no event summary object
- include BarrelMultiplicityTrigger

correcting origin of output data type of global ESD converter (kAliHLTDataOriginOut)

- adding helper functionality for easier streaming and extraction of TObjects via AliHLTMessage
- adding helper functions for direct access of TObjects in the HLTOUT data

Oups. Reverting the previous commit. New classes should not go in that lib, but in a separate one to come

- AliMUONAlignmentTask and AddTaskMuonAlignment: New AliAnalysisTask to run the muon
alignment within train of the analysis (calibration?) framework.
- AliMUONReAlignTask and AddTaskMuonReAlign: New AliAnalysisTask to realign the muon
spectrometer and generate a muon clusterInfo tree for monitoring within train of the
analysis (calibration?) framework.
(Javier)

Adding track parameters at the HMPID. Corrections to the track extrapolation to the HMPID and filling the new track parameters in the ESD track (Giacomo)

- Channels (or pads) with bad addressing of manus or occupancy rate > 1 are not calibrated
- Link DA <-> AMORE should now work.

Jean-Luc C., Alberto B., Guillaume B.

Read data format and sampling frequency from CDH in SDD DAs (F. Prino)

Adding new selection criteria for filtering of fake
clusters (Adam)

Updates for the TPC calibration using laser:
(Peter Christiansen)

I made some modification to the laser/TPC code to have
1) absolute residuals in AliTPCcalibLaser
2) be able to switch on/off the corrections I want.

The modified files are:
M      AliTPCcalibLaser.h    (for 1)
M      AliTPCcalibLaser.cxx  (for 1)
M      AliTPCcalibCalib.h    (for 2)
M      AliTPCcalibCalib.cxx  (for 2)
M      AliTPCRecoParam.h     (for 2)
M      AliTPCRecoParam.cxx   (for 2)
M      AliTPCTransform.h     (for 2)
M      AliTPCTransform.cxx   (for 2)

As can be seen most of the modifications are for 2 (but they are of
course small).
There is no dependence between the two so the files for 1 (most
important changes) can be committed without 2.

Here follows some more details about the modifications:
*******************************************************************
1) To have histograms with absolute residuals in the laser calibration
output:
AliTPCcalibLaser
Added 2 array of histograms and 1 method to calculate the linear
parametrisations based on the database.

1 problem was solved in a bit non-optimal way. In the laser database the
slopes in z are inverted, so I now as default invert them and has a flag
that can be set not to invert them for comparison with the simulated
data. Ideal solution is to update laser data base and remove this fix
(and regenerate the laser simulation).

I only added functionality. I did not remove any. (this also means that
I do not cut away rows where I know from the simulation that the beams
are overlapping as I have done in my previous presentations).
********************************************************************
2) Give the possibility to switch on and off corrections.
- AliTPCRecoParam.h
   Added the variable
   Int_t fUseExBCorrection;       // use ExB correction
   to be able to not apply ExB correction to the data
   default is 1 = on
NB!!! I do not know if AliTPCRecoParam is in the database as an object?
Could it cause problems that I added a variable? In principle it should
be set correctly to 1 since I bumped the version number....

In AliTPCTransform.cxx I made something similar to what was done for the
time correction:
+  if(fCurrentRecoParam&&fCurrentRecoParam->GetUseExBCorrection()) {
+
+    calib->GetExB()->Correct(x,xx);
+
+  } else {
+
+    xx[0] = x[0];
+    xx[1] = x[1];
+    xx[2] = x[2];
+  }

NB! This could cause trouble in the reconstruction in the case where no
fCurrentRecoParam is there because then no ExB correction will be done.
But as this is the same situation for the time correction I assumed that
the aim is that there will always be a fCurrentRecoParam set.

To control all the corrections done in AliTPCcalibCalib I made a flag
for each correction that can be set. For the ExB correction I had to add
a method to AliTPCTransform.h
 AliTPCRecoParam * GetCurrentRecoParamNonConst() const {return
fCurrentRecoParam;}
so that I can set the flag to not use ExB corrections.

This means that I can do what I want to do:
Run laser calibrations with my choice of calibrations applied
Get the absolute residuals in the output.

Here is a short presentation with the results I get:
http://www.hep.lu.se/staff/christiansen/laser_absres_in_alitpccaliblaser.pdf
http://www.hep.lu.se/staff/christiansen/laser_absres_in_alitpccaliblaser.odp
********************************************************************
I hope that part 1 can be committed to AliRoot. I would however hope
that if part 2 is not committed that in some other way these switches
are added that the standard AliRoot can be configured to apply only
certain corrections.

Using switch - use ExB correction
from RecoParam

Bug corrected

Adding switches
1. Use TPC transformation array
2. Use ExB correction

new class for omega measurement via 3 pion combination

new class for omega measurement via 3 pion combination

Store impact parameter for q-pythia.

new class for omega measurement via 3 pion combinationomega3pi/

Initialisations in constructor.

Bug fix (F. Prino and E. Fragiacomo)

Coding conventions

Include default OCDB entry for TPC/Calib/AltroConfig

Mods to add the number of pixels in SPD rec. points (A. Mastroserio, D. Elia)

Adding classes to read LHC DP file coming from DCS.
New classes put in libSTEER.

bux fix for B field

SetTimeStamp modified.

Fix bug in look-up table and better performance

Classes for efficiency corrections (Xaver, Roberta)

Important fix: a bug in the raw-reader is fixed. It was giving a SV in case of sub-events without equipments.

AliStack::Particle(), GetNextParticle() and FlagTrack() - 13% of time spent in
calls to dynamic cast [1.7 109 times]. Using protected

inline TParticle* AliStack::GetParticleMapEntry(Int_t id) const
{ return (TParticle*) fParticleMap.At(id); }

we speed up the simulation.

Matevz & Stefan

new production request

corrected the def storage name

Fix include path

1.) call to LoadTriggerScalers in Begin() added. 2.) filling of interaction records added

Method AddTriggerIR (interaction record) added.

Update the runBatch.C macro to the most recent code and new wagons

Link between MC and reconstructed tracks via the labels (Roberta)

Moving the macro in the correct folder

Using the new altro raw-data format. Removing some obsolete macros.

In alignment code:
- Fixed bug in misalignment transformation to ocdb format
- Added delta_z degree of freedom
- Changed default setting of B field (to 0)
- Use local constraints instead of global
(Javier)

Adding optional check on the consistency of the ALTRO payload. By default it is on, but it can be disabled via SetCheckAltroPayload(kFALSE).

Interaction record array added.

Added test scripts.

First version of properly working ITS clusterfinders in HLT (Gaute)
- Clusterfinders now call DigitsToRecPoint from AliITSDetTypeRec
  instead of directly directly caling methods of the offline
  ClusterFinders.
- The clusters are stored temporary in a TTree and extracted again
  to be sent as the HLT internal data structure. This approach works
  for the moment but has potential for optimization (requires some
  changes in the offline code)
- Clean up unused variables in headers
- New common macro for running all ITS clusterfinders and plotting
  the result in one Histogram Component
- Checks if Geom is loaded in order to avoid repeated loading of the
  geometry for each component.
M    ITS/AliHLTITSClusterFinderSPDComponent.cxx
D    ITS/macros/rec-ssd-cluster.C
D    ITS/macros/rec-sdd-cluster.C
A    ITS/macros/rec-its-cluster.C
D    ITS/macros/rec-spd-cluster.C
M    ITS/AliHLTITSClusterFinderSSDComponent.cxx
M    ITS/AliHLTITSClusterFinderSDDComponent.h
M    ITS/AliHLTITSClusterFinderSDDComponent.cxx
M    ITS/AliHLTITSClusterFinderSPDComponent.h
M    ITS/AliHLTITSClusterFinderSSDComponent.h

Getters, setters implemented.

Fix for bug #50174: Index out of bound in TPC digitization for ppbench. There was a missing protection if the digraw->First returns false

- moving AliHLTGlobalBarrelTrack to libAliHLTUtil to make it commonly
  available and replacing the temporary AliHLTKalmanTrack class
- correcting dependencies of the libAliHLTGlobal, now independent of
  libAliHLTTPC/TRD
- disable the AliHLTGlobalTrackMergerComponent until it is free of TPC
  and TRD dependencies, i.e. using only common data types as input

Correct TObjArray structure for calibRaw

the HLT/ConfigHLT/esdLayout object is not transient any more. The object
will be kept fixed for simulations and is updated by the shuttle according
to the online HLT reconstruction

Generated production file contains also the estimated number of subjobs per master.

A new function returning the unconstrained primary vertex (A. Dainese)

Trigger scalers added to ESD header.

Minor fix related to output directory.

Small fixes

Production mode can be enabled via AliAnalysisAlien::SetProductionMode(). This will
delegate job submission to LPM manager. A file is written containing the path to the
jdl file and several lines with the arguments to be provided.

Synchronized with current package version.

Update cosmic settings

(Philippe P.)

General PWG2/RESONANCES package upgrade

Function, FunctionAxis:
- added new axis types
- removed static local variables

Daughter, Event, Pair, PairManager, PIDIndex:
- added awareness of customizable PID weights
- added some necessary getters to carry informations around

AnalysisSE and virtual:
- corrected temporarily the TaskInfo fill procedure
- added the possibility to set some overall event cuts for whole analysis

Included cut on primary vertex into compilation

Adde cut selection for primary vertex quality

Removed unnecessary ESD include files that prevented library compilation in proof.

Changed object type in CalibRaw (now TObjArray)

defining the default simulation chain for the libAliHLTTrigger, inclusing the
global trigger, chain is not yet enabled, but can be run by setting the options
simulator.SetRunHLT("libAliHLTTrigger.so chains=GLOBAL-Trigger");

bugfix: inserted blank to separate reuired component libraries correctly. error
occured when two module agents returned requested libraries

Include processing of AliTPCCalibRaw calibration object

adding skeletons for a multiplicity and a cosmics trigger component for the
central barrel region. exact trigger functionality of the cosmic trigger needs
to be implemented

- added functionality to check CTP trigger classes within an analysis component
  bool EvaluateCTPTriggerClass checks a const char* expression of logic
  combinations of CTP trigger classes
- hanlde the ECS parameter data block on SOR and set CTP trigger classes
- first sketch of unit test for the above functionality, needs to be extended
  to really send the {ECSPARAM:PRIV} block
- long pending issue: comment warning on 'missing EOR' when a component has not
  received any event for processing. The check has to be replaced by a proper
  state handling