improve cluster res. calculation (fit) + add pT and DE res.

add protection in case TreeD (digits) is not available

fix array access out of bound + add histo for #chamber hit

print number of reconstructible/reconstructed/MC-matched pairs

Cascades: re-vertex a configurable centrality interval

PP Vs Mult Utils: error handling for non-existing calibration improved

Fix casting to int

Protection for pool number overflow

put a more reasonable default value for the minimum energy of exotic cells

Place the rejection of dead channels in the proper location, currently it can produce many channels rejection if a dead channel is declared because the index to check the next SDigit is not updated

ALIROOT-5703 Move AliMergeableCollection to STEERBase

Charged jets (pPb): Updates for pp analysis

fix compilation warnings

Updates: (1)added the check on the z coordinate of MC vertex, (2) requirement to have only 2 Lc daughters to reject decays in three prongs in the CF, (3) update the definition of TMVA cuts (A.Alici, C.Zampolli)

fix compilation warnings

added runs for jason

new version to compute trk eff from output of AliAnalysisTaskMuonTrackingEff

- Compute efficiency at DE, chamber, station and spectro levels vs various variables
- 2 options for error calculation: using frequentist or bayesian method
- improve error propagation at station and spectro levels
- integrate efficiency and error over run (if run-by-run weights provided)

A customizable LHAPDF and MC mode option for AODtrain.C

Add option to Muon filter in MC

Can now keep reconstructed muon ancestor together with
all muon ancestors in MC.
This allows to calculate efficiencies with a reduced output

Update in Two Particle PID corr: debojit

patch from Markus for 2+1 analysis

New histogramas and new cuts for QA

fix muon geometry display

propagate change of viscan_init.C prototype

Separate trees for ITSsa and global tracks

comment out info log

reco eff syst

corrected treatment of trigger tracks

new version to measure efficiency at pad/MANU/BP/DE/Chamber levels

- added possibility to use trackCuts
- added possibility to select a centrality range
- added possibility to set Align and RecoParam specific storages
- removed histograms at DE level
- added an axis phi in histograms at chamber level
- added counters to record clusters at pad/MANU/BP/DE/Chamber levels
- added extra histograms
- added possibility to display clusters in mchview in terminate (create a separate file)
- improved searching for missing clusters
- corrected treatment of overlaps

o add Reset function to CalPad and CalROC o Add functionality to AliTPCdataQA - ResetData function - Setter for minium charge in cluster - Setter for requiring a neighbouring pad

ATO-119 - solving merge conflict

ATO-97, ATO-78 - implemented convolution of calibration parameters. Used in order to correlate Pulser (electronic) and Krypton (combined: gas gain + electronic) gain calibration

ATO-97, ATO-78 - speed-up creation of the AliTPCCalPad objects from TTree

ATO-97 - addopt to the new naming covnevention for branches in calibration trees

ATO-97 - adding defaul aliases for per pad calibrations

Conflicts:
TPC/Base/AliTPCcalibDButil.cxx
TPC/Base/AliTPCcalibDButil.h

ATO-97 Function to connect CalPads trees into the common Tree as friend trees. naming convention derived from the directory structure

Conflicts:
TPC/Base/AliTPCcalibDButil.cxx
TPC/Base/AliTPCcalibDButil.h

ATO-78 adding functionality to connect Pulser calibration trees.

Conflicts:
TPC/Base/AliTPCcalibDButil.cxx
TPC/Base/AliTPCcalibDButil.h

ATO-78 - added default aliases for visualization of calibration trees

ATO-78 - edge handling (mirroring out of range pads) set as an option

ATO-78  - Robust filters  - modifications for boundary values
AliTPCCalROC.cxx AliTPCCalROC.h test/UnitTest.C

AliTPCCalROC.cxx  - handling of edge effects for the median and LTM filters (http://en.wikipedia.org/wiki/Median_filter#Edge_preservation_properties) + mirroring values at the boundaries
AliTPCCalROC.h    - check the ranges
test/UnitTest.C   - check invariants of median and LTM filters - assert in case of failures

ATO-78 - Technical changes to compare different calibrations

TTree interface:
1.)  AliTPCCalPad::MakePadFromTree  : Import TTree::Draw("query") --> AliTPCCalPad
2.)  AliTPCCalPad::AddFriend(TTree * treePad, const char *friendName, const char *fname) :Export AliTPCCalPad -> TTree

Filters:
1.) Bool_t MedianFilter(Int_t deltaRow, Int_t deltaPad);   - Replace the pad calibration with median in neibrhood
2.) Bool_t LTMFilter(Int_t deltaRow, Int_t deltaPad, Float_t fraction, Int_t type) -  Replace the pad calibration with LTM statistic  in neiborhood

Conflicts:
TPC/Base/AliTPCCalPad.cxx
TPC/Base/AliTPCCalPad.h
TPC/Base/AliTPCCalROC.h
TPC/Base/test/UnitTest.C

ATO-78 a.) adding aliases used for gain correction fitting \n b)Kr and QA prefix for friend trees

ATO-98 - function returns also status value

ATO-98 - Connecting distortion trees - selection as an argument

ATO-98 -adding additonal distortion/correction to the list of primitive/derivative distortions. Misalignment of the field cage strips

 ATO-98 1.) distinguish between the refX radius and extrapolation radius 2.) Adding test to measure the speadd of fast parabolic fit and helix fit (CPU is the same, time spent in the evaluation of distortion not in the fit)

ATO-98 - forgotten  commit - Getter for regstered correction - to enable change of the omega tau factor

ATO-98 bfield(omega tau) used for the diestortion calculation used as an argument of fits (before taken from the OCDB). Modification made  to enable fitting of residuals for differnt B field in the same AliRoot session.

ATO-98 make macro to calculate correction derivative again working

Adding pxpx Task: prabhat

Merge branch 'MyDevBranch'

Adding useful print out in case of issues

fix running with QAresults_barrel.root

Pythia Event Weight changes

Pythia Event Weight modifications

bug fix

bug fix in merging

macro to run generation only with choice of generators (S.Jena)

Fixing a hidden overlap in the IB model 22 (Mario)

 fix for streamer and reading of external file

Create wrapper for JSON macro that calls traditional macro, and add development JSON with ending JSON

Changes relative to restructuring of the JSON core
====================================================
- Use renamed JSON types in the macro
- Call JSON trigger maker add macro in the Jet preparation macro

Refactoring of the package
============================================
1) Move core json functionality to PWG/Tools
2) Simplify naming convention
3) Build EMCAL JSON Configuration on top of core JSON

Add the first macro that uses the JSON configuration instead a list of hard-coded parameters

Add header and implementation file for the new class

Add class for intersection of a user and a default configuration

Bug fixes in the JSON Parser + add print functions to the configuration object

- Derive value types from TObject so that they can be used in CINT
- Implement ostream operators

Include EMCAL JSON classes in compilation

Creating classes handling the configurations for the Jet EMCAL train as JSON strings

Add JT task from Tomas Snellman

make binning more coarse

T0RawReader : read 1 or 2 TRMs

text loookup table

set LookUp table

set LookUp table

LookUp table for run2 with 2 TRMS

 removed overlapls with MFT support

better log validation

use leading track unsubtracted jet for data only

Set ill-formed small numbers to 0

The LHgrid files contains some very small values, which should be 0.
If the value exponent is a negative number with three digits
the exponential notation is dropped.
This seems to be harmless, except when running pre-compiled code on grid.

fix AliHLTGlobalEsdConverterComponent

after flatdev branch merging:
-- removed lots of std::cout
-- disabled creation of ESDfriends (sloooow)
-- fix library linking
-- bit of code cleanup

Add correlation with EP

reduce output

ATO-91  Update in TPC-QA trending: MIPattach now part of dEdx descision in status bar. Status bar descisions written as friend tree to trending.root (creates trending.backup.root before). Plot ranges mostly variable now. (P.Reichelt)

ITS PID

-fixed small bug for new flow task in default constructor

Fixing bug in AliAnalysisMuMuNch related to MC

added time information

generate random seeds based on time (Emilia Leogrande, eleogran@cern.ch)

activating fast SDD cluster finder in HLT

Correct configuration entries in the TPC OCDB

Updated macros for physics selection QA

Add few control histograms - Adam Matyja

 use PID contour database file (naghmeh)

Merge branch 'master' of https://git.cern.ch/reps/AliRoot

added libraries to AddTask in order to include flow package

prettier logs

Correct bug in gas composition map processing

hjet mass ana update + bug fix

Task for Phi with ITSsa tracks