Simple scripts to run various steps.
RunSimpleChain.C will run all, some, or none of them in one go.
Note, that no steering code is used, and the hits produced are
truly fake hits.

remved the cycles from the Merging + correction in Save2OCDB

added a setter of the QA expert write flag

Dummy routine for stand-allone use of dpmjet added.

Make separate, specialized geometries for RPhi and RhoZ views.
In RPhi show borders of TPC sectors.
In RhoZ make TPC drift-volume brighter.

expert QA data are written on demand only. The cycles array has been extended to kNDET

Remove unused responseSPD and responseSSD objects from Calib

- AliITSQASPDDataMakerRec.cxx
all the SPD/ histos for Raw and RecPoints with the selection of few
of them for the QA shifter + some minor bug fixes

- AliITSQASPDDataMakerSim.cxx
similar mods as for Rec

- AliITSQASPDChecker.cxx
a few more comments in the log added by Giuseppe
+ drop of unuseful comments (one per each histo)

D. Elia

HLT mode retrieved from the OCDB and used to set SDD raw data format in simulation and reconstruction (F. Prino)

SPD Fast-OR bits decoding (H. Tydesjo)

Removed obsolete inclusion of AliITSresponse.h

SPDDead file contains:
- the 6488 pixels dead as from Construction DB
- the 8 fully dead half-staves
- a dead half-chip (half-stave 3C-3, chip 8, offline module 26)
Total of 665617 dead pixels (6.8% SPD).
There are no more simulation parameters inside it, from now.

SPDNoisy file: no noisy pixels for the moment. (D. Elia)

Modifications to eliminate the simulation parameters from
AliITSCalibrationSPD. As a consequence also AliITSresponseSPD can now be
eliminated as previuosly suggested by Francesco.
Henrik has modified the streamer in the AliITSCalibrationSPD in order to make
the code back-compatible with the old OCDB calibration files

- AliITSOnlineCalibrationSPDhandler.cxx
- AliITSOnlineCalibrationSPDhandler.h
here also some minor fixes and mods to eliminate writing of the sim params
in the OCDB files.  (D. Elia)
Obsolete methods removed from AliITSCalibrationSDD and SSD (M.M.)

Updated QA class for SDD (Melinda)

Expert/Shifter histograms

fix macro

New calibration object to store the HLT status to be used to define the SDD raw data format (F. Prino)

Expert flag adopted for some ESD QA histograms (A. Dainese)

SSD: updated segmentation class and cleanup of ClusterFinder (M. Van Leeuwen). Elimination of AliITSresponseSSD class. Use of AliITSSimuParam class (E. Fragiacomo)

misalignemt of geometry read from CDB  (G. Bruno)

Expert/shifter separation added, new raw histos added

Pedestal RMS calculation added

Checker for pp implemented

Modifications in order to allow mis-alignments in SSD (E. Cattaruzza)

Modifs to increase the speed of the SDD raw streamer (F.Prino)

New naming scheme of QA histograms (Panos)

new mev-adc conversion

putting bck all detectors

geometry for 2008 run

Protection against too high digit occupancy (>1500) is added

fix error in dEdx slice calculation for LQ method (Alex Wilk)

Adding basic checks for RecPoints and ESD. Splitting histograms into expert/shifter

Provide return value

extend the usage of the train also for measured data (Markus)

adding log line (no of dcs dps)

Updated version (Zubayer)

Now using new HP decoder.  Skip buspatches with parity errors. (Alberto, Jean-Luc C.)

Putting real capa values

Update by Sylwester

Update by Sylwester

Update by Sylwester

Update by Sylwester

Skip non existing data points w/o giving an error

 updates in the resolution task (clusters 2 tracklets residuals)

The  mirror correction moved to the AliTPCtransform (Marian)

Pseudo code to fill the AliTPCclusterParam
Gain and position correction (Marian)

Delted version

Adding pad type correction (Marian)

Adding dEdx correction for pad type  (Marian)

Modifs to speed-up the SDD raw data decoding (F. Prino)

Adding position correction to the dEdx (Marian)

Adding Position correction
on charge and on the position
(Marian)

Moving default resolution constants to HLT/MUON. Will look into using reco params down the line instead.

Adding charge and position corrections as a function of relative position to the cluster center in pad and time bin (Marian)

Use the Gain calibration form OCDB if not specified other (Marian)

Added class AliHLTITSCompressRawDataSDDComponent
 which encodes old Dataformat and encode new Dataformat in order to compress data

kine_tracks.C
-------------
Do not use AliStack::IsPhysicalPrimary() to decide whether to import a
particle and its daughters.
Instead loop over primary particles and check their status-code to be <= 1.

kine_print.C
------------
New macro - print basic information about kinematics.

Adding gain for the dEdx maesurement (Marian)

overwrite a bug fix by mistake. Sorry. Thank you Markus

fix bug showing up in debug stream in Clusters2TracksStack

Added protection against occasional non-LED STANDALONE runs

Change how ESDfriend is set in alieve.

SetBranchAddress() was called before and this broke the association
somehow. Now the ESDfriend is taken from the list of ESD objects.

new reco Param object for HLT

put the QA making in the event loop

cut Kalman filter fit for HLT

Recombination chamber on C side implemented

Possibility of using tracks in magnetic field (with AliTrackFitterRiemann) - M. Lunardon

Updated macro

Updated laser calibration object

Bad Channels Map DA.

Number of log messages has been reduced (A. Dainese)

move printout from AliWarning to AliDebug

Setting pp @ 5+5 TeV as default for reconstruction

Changes done by Konstatin Antipin in order to speed up TRD code
 - Now using TClonesArray as cluster container instead of TTree
   Thus avoiding  copying of clusters:
      Clusterizer: TClonesArray=>TBuffer=>TTree;
      Tracker: TTree=>TBuffer=>TClonesArray
 - Changing steering parameters for better performance.
 - Rearrangement of the code

Minor change to reduce debug prints to truly interesting cases

add RMS of time shift distribution in OCDB

Update to declare a QA expert histogram for ACORDE

Updates in classes for encoding and decoding compressed(HLT) SDD raw format (F. Prino)

added the notion of expert QA data

Int_t changed to Float_t in AliMagFC

Pedestal suppression implemented

Bug fix to avoid occasional nans from fitting

Added new cluster finder algorithm (V1)

Code clean up

Add properties

New vertexer class for setting the interaction vertex in TED or TDI positions, to be used for reconstruction of injection test runs via AliITSRecoParam::SetVertexer(5) or AliITSRecoParam::SetVertexer(6) (Masera, Prino)

Protection added.

fix "cw" option, small memory leak due to cluster array and
optimizations for HLT

Machine magnets field for 5 TeV included. (C. Oppedisano)

Code revisited after debugging.

Get initial reconstruction parameters from OCDB (Philippe P.)

Define default values of cluster resolution per chamber in the
reconstruction parameters (AliMUONRecoParam object) (Philippe P.)

Minor changes in Calib object

Minor changes in Calib object

Minor changes in Calib object

Minor changes in Calib Data

Conversion of DCS mapping to aliroot mapping

Conversion of DCS mapping to aliroot mapping

Removed overlaps on SPD services (M. Sitta)

Calibration update (Stefan Rosseger)

To AliTPCCalibTCF:
Additional selection criterias for raw pulses + special Merge function

To AliTPCTempMap:
Additional fitter object for InnerContainmentVessel