TPC cluster cut on AODs
Robert Grajcarek <grajcarek@physi.uni-heidelberg.de>

bug fix

Update for centrality patch flag

including histo to count events without reco PV and changes from fzhou

Add Mahmut's pp task

Modified macros for lego_train and K* systematic checks

Adding  macros needed by the task AliAnalysisTaskSpectraBoth. Also changing the class AliSpectraBothPID to allow use kPIDtype in AddTaskSpectraBoth.

Change int to long

compilation warning

replace old ESD tasks with more flexible ones

Add control histograms for time stamp, move histogram filling to separate method in maker, remove some histograms

plotting update

fixed bug, where number of bins for kCentral was incorrect.

updated runlist, now generated using Run Condition Table.

I discovered that the methode i used last time was not complete due to a "feature" of the logbook.
This time the list is created using Alimonitor's Run Condition Table, with one filter:
'*' on phos; this should exclude runs where PHOS is off.

Updated Calibration and BadMap for LHC11h

histogram declaration change for LEGO

correct previous non intended commit, but leaving some new things

reduce to 50 MeV cut the print and exclude too low energy clusters

Adapt macro of D meson v2 with event plane to new centrality binning + add syst unc due to different effic in and out plane

Fix crash when running the muon QA tasks due to problem in getting the default parameters in OADB (Diego)

adding std:: to fix compilation problems on some compilers (Laurent)

Adding function for joining arbitrary trees
Used e.g to do combined query DAQ, logbook, trigger, QA,calibration

void AliXRDPROOFtoolkit::JoinTreesIndex(const char * outputFile, const char * outputTree, const char *indexName, const char *inputTrees, Int_t debugLevel){
  //
  // Join together several tree according to the index
  //
  // Parameters:
  // Output:
  //     outputFile : name of the output file
  //     outputTree : name of the output Tree
  //     indexName  : name of the branch to be used as an index
  // Input:
  //     inputTrees : decription of the input trees setup
  /*
    Example usage:

    AliXRDPROOFtoolkit::JoinTreesIndex("outAll.root","joinAll","run","1#CPass1#run#tpcQA#TPCCPass1.root+1#VPass1#run#tpcQA#TPCVPass1.root+1#Pass1#run#tpcQA#TPCPass1.root+0#DAQ#run#joinTree#fproductionJoin.root+0#C#run#dcs#OCDBscan.root+0#CE#run#Fits#CEtrend.root");
    ==>
    Combine information form the Cpass1,VPass, and Pass1QA, calibration tree, DAQ information, trigger information
    Make a File "outAll.root",  with tree "joinAll", index of tree with name "run"
    //
    // Input tree configuration string:
    //
    const char *inputTrees="1#CPass1#run#tpcQA#TPCCPass1.root+1#VPass1#run#tpcQA#TPCVPass1.root+1#Pass1#run#tpcQA#TPCPass1.root+0#DAQ#run#joinTree#/home/miranov/test/dbQueries/fproductionJoin.root+0#C#run#dcs#OCDBscan.root+0#CE#run#Fits#CEtrend.root"
    Describe 6 trees to be merged (string separated be +):
      TObjArray *arrayInput = TString(inputTrees).Tokenize("+");
      TObjString = 1#CPass1#run#tpcQA#TPCCPass1.root
      TObjString = 1#VPass1#run#tpcQA#TPCVPass1.root
      TObjString = 1#Pass1#run#tpcQA#TPCPass1.root
      TObjString = 0#DAQ#run#joinTree#/home/miranov/test/dbQueries/fproductionJoin.root
      TObjString = 0#C#run#dcs#OCDBscan.root
      TObjString = 0#CE#run#Fits#CEtrend.root
    //
    Each tree is characterize by 5 parameters - separate by #
       description="1#CPass1#run#tpcQA#TPCCPass1.root"
       TString(description)->Tokenize("#").Print()
       Collection name='TObjArray', class='TObjArray', size=16
       TObjString = 1                    ==> (0/1) index is used
       TObjString = CPass1               ==> name of output branch  in output tree
       TObjString = run                  ==> name of the index
       TObjString = tpcQA                ==> name of the input tree in the input file
       TObjString = TPCCPass1.root       ==> name of the input file
  */

   Changes related to V0 cuts tunning and Pt_trig dependence.

patch on the fly for resonances

Coverity Fixes

Changing storage of correction functions to fix crash when quitting aliroot.

Chanign settings for TRD calibration for luminosity dependence (Raphaelle).

Adding the code for a spectra task which can run on ESD and AOD files

Stripping the "0" from the run number (was removed, but we need it in production).

remove print

New macro to plot SDD occupancy per module/ddl

Revert "removed bad runs for phos, defined by having bad status in logbook."

This reverts commit 7828b290fb94e3f439c7f09c2743f5cdc97f87f2.

Updated QA plot macros with:
- noise in chi2
- parameterisation of sin function.
- RMS

removed bad runs for phos, defined by having bad status in logbook.

removed runs without PHOS

Changes to optionally disable some track quality cuts

Modifications in addtask to allow for optional release of some track cuts.

Modifications to optionally release some track cuts

from Megan

Code to find the MC header for a given track (itrk < nprimary)
MvL

Coverity fix 20210

- add class for track matching between GTU tracks and ESD tracks (Felix Rettig)

cosmetic changes and clean up

take into account hole in semi-good runs

speedup of cluster decoding by ~60%: more efficient access to data stream and avoiding a reversed copy of the word to be decoded

reco update

Disabling a few iMon aliases which currently cause problem to AMANDA

minors

Aliases which currently encounter an issue in AMANDA are temporarely removed: MchHvLv[Left/Right]/Chamber[06..09][Left/Right]/Slat[10..12].actual.iMon

fixing but in filling cells eta and phi when running on MC files

update in analysis and clusterization sections by Michael and Adam

Dependence of AliHMPIDCluster objects on geometry.root file eliminated

bug #99267

Common base class for TRD tracks in ESD and AOD (Jochen)

put back time cut before putting the cell in digits list

put back the trick for the cluster time calibration with old AOD where no time stored in cells, add a switch

Recalibrations for LHC12a,b,c,d pass1 added

Plot the sum of mu+ and mu- distributions as well (Diego)

Change default pattern to include all triggers of interest for muon (including central and semi-central triggers) (Diego)

If default parameters are allowed and runNumber is provided, search first for the latest pass number matching the runNumber specified. If no parameters are defined for the specified runNumber in any pass, use the default parameters of the latest pass available. (Diego)

track matching update using ITS by Marcel

add histograms depending on the track type, mainly for hybrids

Possibility to set the number of TPC clusters from ouside (Carlos)

update from megan

changing back the number of output containers

changed centrality binning to be trigger specific

Further small updates

Protections for null pointers added

remove dependency on AliESDtrackCuts

Possibility to load splines for the p-Pb MC productions

online QA documentation - Michael

Possibility to run over David's trees on Proof

do not apply time calibration in MC analysis

HLT TRD on-line track matching and trigger (Felix Rettig, Stefan Kirsch)

- remove AliHLTTRDGlobalMonitorComponent
- replace AliHLTTRDMonitorComponent
- add AliTRDonlineTrackingDataContainer,
  AliHLTTRDPreprocessorComponent,
  AliHLTTRDTriggerComponent
- register trigger component in AliHLTTriggerAgent
- provide TRD trigger clean-up for electron triggers by
  rejecting fake tracks by matching with global tracks
- includes bug fixes for problems in test runs

Include ITS tracks matching when TPC not available - Marcel

track matching section completed, Ronrong

add posibility to accept ESD events depending on time stamp

New parameterization of the dE/dx in the ITS standalone tracks (Leonardo)

Bug fix

Coverity fix 20238 - DeadCode - Qvec distribution was moved to EventCuts class

Coverity fix 20214

Modifie the cut on the number of tracks per event

Coverity fix 20210

Coverity fix 20211

Coverity fix 20212

fixed Warnings

fix seg fault in summary picture makeing

updated macros

coverity fix

Small update by Raphaelle

Correcting the event mixing correction for 1D balance functions

Add trends for OCDB scalers and additional minor fixes (Cynthia and Diego)

Coverity fix

Matching with a TPC track for clean-up (Jochen)

Add classes

Update of hfe code

fix warning (thanks Laurent)

Minor modifications to output of D meson v2 macro

Modify name for one of the containers of D+ CF task

Coverity fix