Added missing pragma's

Better error monitoring. Pedestal structure updated. Set the sigma cut from a file on the LDC. Possible to switch on single pad monitoring. Minors.

Added QA code from Hans Hjersing Dalsgaard <canute@nbi.dk>
Please bug him (Cc'ed to me) in case of problems :-)

Fixed raw reading and writing.   Problem was, that Cvetan had
put the default to read raw data with 8x32bit common data
header and the variable size RCU trailer.   However, none
of the RCU firmware that we have available to us does this,
so all raw data that we would write could not be read by
AliAltroRawStreamer!

From Cvetans comments it seems that the TPC has some
RCU firmware that does write an 8x32bit common data
header and the RCU trailers - I guess someone is not
telling us the full story here - or the TPC is in
fact using some other piece of code to read the
data with!

In any case, I implemented code in AliFMDParameters to
set and get the mode for the raw reading.   Since
AliAltroBuffer _always_ writes the newer format (CDH of
8x32bit and RCU trailer) one should leave the defaults in
AliFMDParameters when reading simulated raw data.
However, when reading raw data from the real detectors, one
need to use the old format (7x32bit CDH and no RCU trailer),
which is done by doing

   AliFMDParameters* p = AliFMDParameters::Instance();
   p->UseRcuTrailer(false);
   p->UseCompleteHeader(false);

Also implemented code in AliFMDRawReader to correctly
skip the first 19 timebins (14 before the trigger, and
5 "extra" timebins from some funny stuff in the ALTROs).
Similarly, the AliFMDRawWriter will start the data in
timebin 19 (counting from 0).

Nothing

Clean-up compile-time warnings

Clean-up compile-time warnings

Adding the mapping file - equivalent of DAQ mapping file.
(Marian)

In case of test setup use configuration data from the $DAQDA_TEST_DIR
It is done automatically (if variable defined).
Manual intervention removed (Marian)

For test purposes check the presence of the configuration data in the $DAQDA_TEST_DIR
as first
Only if not existing - get the data from DAQdb

Adding protection for corrupted data - check the pad and row number if reasonable
Disabling Altro warnings - Not working yet

(Marian)

Added classes for Kr cluster finder handling

Example macros for Kr cluster finding

Classes for handling Kr cluster finder

Re-create the CDH header for each event to take into account correctly
the trigger mask info
(Christian)

Adding the functionality to check the consistency of the CDHs

Added data member fGainFactor

Adding missing header file for altro mapping (Marian)

New stager settings

Fixes in the memory managment, additional protections

dcs timeout and number of retrievals set in the configuration instead of in AliShuttleTrigger constructor. Updated global configuration

High_gain/low_gain calculation added; histogram names changed to satisfy AliPHOSDA1 conventions.

Possibility to set Altro mapping -  AliTPCCalibCE.cxx AliTPCCalibPulser.h AliTPCCalibPulser.cxx AliTPCCalibCE.h

Seeting the Altro mapping from DAQ DB  - TPCPULSERda.cxx TPCCEda.cxx

(Marian Ivanov)

Adding possibility to use outlier map
+
Checkeing estimated noise values

(Jens Viechula)

Additional protection

One more fix for compilation on  mac power pc platforms
(Javier)

Storing in ESD the primary vertex reconstructed with TPC stand-alone

Bug fix (Bjorn)

Fixes compilation problems for mac power pc platforms
(Artur)

Bug fix

handling of HLTOUT data added; access to parent raw reader restructured

several bugfixes in the HLTOUT simulation

build system fix for older automake versions

bugfix: offline sink components were lacking registration; code cleanup

added AddBlock version with non-const argument to avoid pointer missmatch without compilation warning

Protection against index out of range
SetFastCluster(Int_t i, Short_t cl)

In case of misscalibrated drift velocity the index can go out of range
(Marian)

Do not write summable digits with zero energy to reduce the (virtual) memory

Add option to also import tracks created by special function in AliESDtrack. Controlled via global 'Bool_t gkMakeTrackParamLines'.

Bring AliFemto up to date with latest code developements

 - Update autmatic generation of output histogram list
 - Add cuts, monitors and correlation functions for various TPC
  quality information (exit point, entrance point, track quality,
  momentum resolution, TPC-only momentum)
 - Add readers for new ESD
 - Add readers for Kinematics information with the new ESD
 - Update model code to use true PID for weight generation
 - Add code to calculate correlation functions for non-identical
  particles
 - Add basic examples for track and particle monitors

Fixes in order to treat correctly event and sub-event header extensions.

Additional debug message

Adapted to changes in AliVertexerTracks (Andrea)

Changed pt cut value (Andrea)

Corrected the HLT DDL links identification (according to the alice internal note ALICE-INT-2007-015 version 2)

Bug fix

Bug fix (Chiara)

New visualization possibilities (M. Ivanov)

Possibility to reconstruct the primary vertex using an array of pre-selected AliExternalTrackParams. Needed for the primary vertex reconstruction with TPC stand-alone. (A. Dainese & F. Prino)

Additional protection in case of raw data

Access method

3-par fitting for better quality estimate

energy cuts become calibration-dependent

newRCU format used consistently in QA and reconstr.

Histo limits extended to be useful in beamtest

bug fix (B. Nilsen)

corrected the Merger for non consecutive run numbers

package documentation

corrected message in case of empty HLT task list

- Fixing a problem in the tail effect, due to which
  simulation got suck on some platforms, by adding a check
  for pad validity. (Indra, thanks to Javier)
- Put the default for tail effect back to kTRUE
- Apply the setting also for the response of St1

Removing a dep on a header file from HLT (Matthias)

code documentation

Changes for new AliEve (Matevz)

Fixing a cut-and-paste bug, calling the global QA after CleanESD, and filling the track residuals during RefitInward

Possibility to monitor the system information (Marian)

Remove fix for strange phi convention for SPD tracklets.

Adding new classes for TPC alingment - Magnus Mager

Fixing compilation errors: ISO C++ forbids variable-size array
(Javier)

Pedantic errors and effective C++ warnings in case of gcc 4.x.x

Adding CTP run configuration and scalers into the GRP preprocessing. They are abtained from DCS FXS as text files and then are objectified and stored into OCDB

Added some memory cleaning

bugfix: corrected URI format for local CDB initialization

Improvements and additional protections while accessing the input config file (Michal)

Proper message and abort in case of missing DATE_RUN_NUMBER env variable

IMPORTANT BUG FIXES svn diff RAW Causing a segv in AliMDC::ClassName method when running on online DAQ machines. Was due to the fact that the requested tag file name was longer than the allocated character string. Another bug was that the method which returns the aliroot version, the returned string was in a local TString.

new TPC cluster finder algorithm based on channel/bunch access added (Kenneth)

Adding setting default CDB storage and run number,
now required by the framework.
(Javier)

- Updated the geometry of stations 3, 4, 5.
- Using composite shapes to have a more accurate description
  of the rounded pcb
- Included all materials not only the sensitive volume.
- Also included the readout cables as installed.
(Javier)

Bug now is fixed.

Too big numbers!

more bugfixes on data type operator semantics: earlier workarounds have been cleaned now

Slice Tracker configuration via CDB objects implemented (Gaute)

Add electronics boxes

Corrected TPC/Config/Preprocessor entry

Additional protection in case of missing TPC data (Peter Christiansen)

New geometry with services (not ALL) and CRADLE support (for the glory of Fed)

Updated QA

Updated error definitions.

Updated error definitions.

Updated error definitions.

bug fixed (Valerie)

Adding protection in case of missing data (Marian)

Incremented class version. Coding Convention. New CDB file (Chiara)

Added the w/o holes switch in AliTOF class: in this way, TOF will be indipendent by FRAME module. This switch default value is kTRUE

added folders for CDB default configurations of components

bugfix: component base class overrode data type of output blocks (introduced with new operator== semantics few weeks ago)

Adapted to new ESD format (M. Nicassio)

Add class and function docs.

Pythia6 dependence removed.
The AliGenPythia generator has to be added in the configuration.

Varargs.h is included (Matthias)

Updates to make code compile again.

Magnetic field units were changed to Tesla when Reve was moved into ROOT.