-  fix the problem in MC
- also set automatically that when running MC one does not use the scaling for data
- add some function to disable scaling/cleaning
- add some control histogram

A. Toia

bugfix: the AliHLTOUTTask supposed to receive the output of an HLT reconstruction chain was not placed at the end of the chain. Sources of an AliHLTConfiguration have to be extracted by an explicit call. Bug was introduced in r45754 Nov 2009 2010

New trending info in AliTPCPerformanceSummary and AliPerformanceTPC (Weilin), PostData in AliPerformanceTask (Jacek)

Control histograms and check of MC flag adde.
A. Toia

Coverity fixes (Ivana, Roberta)

additional cut on TPC multiplicity outliers.

to use them:
AliFlowEventCuts::SetCutTPCmultiplicityOutliers(kTRUE)

- added argument for p-p or Pb-Pb runs, in order to optimize the THnSparse size and binning/range, as well as filling the centrality bin information

SetOwner called for list of histos.

Coverity fix

Added option fDoMixExtra and fDoMixIfNotEnoughEvents - can be controled by user

Fix PostData

Add support for AliCentrality

Secure codin - overruns corrected.

Adding HMPID to the inclusde path

changing default for cut on tracks which have shared TPC clusters to ***OFF*** (was ON before)
adding shared tpc cluster cut to statistics histogram
AliFatal in case a cut is missing in the statistics histogram

Move to GMT+1 for trending plots vs. time

New task for ITS alignment monitoring (Francesco, Gian Michele)

(Coverity, addinga line at the end of file (Marek)

Add AliCentrality support

coverity fix

coverity fixes

coverity fix

updates (Chiara B)

coverity fix

coverty

extra macro

Changed cut on tracklets quality (Ruben)

extra tokens at end of #include directive

first implementation of the global alignment QA
(Rongrong, MI, Jochen Thaeder)

framework updates, including Track rotation method (Jens); updated filtering macro
(Fiorella)

Changes for #78632: TPC commit and port changes to v4-20-Release

Updated macro for the saturation correection in HI. In the previous the linear fit offsets + pedestals were subtracted properly. As a result the saturation thresholds were underestimated by ~10-100 ADC depending on the channel. This made the saturation correction a bit overestimated.

update some analysis parameters

 move printf to debug

- OCDB configuration object for the cosmics trigger component (contains empty string)

- added first sketch of trigger component for selecting cosmics tracks in the TPC (based on AliTPCcalibTime selection)
- respective test macro running on ESD input

Manual linearization is removed in case of pass2, i.e. saturation correction is done at reco level.

Removing deprecated linearization and MC rescaling (now part of the centrality framework)

bug fixed

Reverting commit 38588: Lambda(1520) is switched on

removing option to load clusters from binary file to get rid of dependency to AliHLTTPCMemHandler

adding member initialization

secure code

fix to last commit

Various upgrades. NSD true trigger for MC, pileup selection for analysis, fixes for PbPb and centrality, more consistent normalization - cleanup will follow

move from AliAODTrack to AliVTrack

first round of cleaning (B.Hippolyte)

Move from ESD and AOD readers the common methods for centrality, v0 and B field access to the reader base class. Rename the access methods and data members to the filtered list of calorimeter clusters and tracks to avoid confusion.

Coverity fix

Coverity fixes (Philippe)

LOG muondep:
- Coverity fix

LOG muon:
- Coverity fix
- Fixes to cope with new alien plugin
- Store Event_Stat info in output

Diego

AliMixInputHandlerInfo : BeginEvent function for each input handler after fChain->GetEntry(entry)

M      AliTPCAnalysisTaskcalib.cxx - Chckeing the friend status bit
M      AliTPCcalibDB.cxx           - Removing warning
M      AliTPCcalibGainMult.cxx     - Use the number of tracks as multiplicity estiamtor
M      AliTPCcalibTime.cxx        -  Setter for the maximal track multiplicity per event
                                  + Waring in the TVectorD  - resize needed
M      AliTPCtrackerMI.cxx        -  Use the number of tracks as multiplicity estiamtor, (TPC primary vertex not defined yet in the RefitInward)

Setting Id keyword property.

Unuseful print commented

Find the right gfortran libs

fix coverity

coverity fixes

AddInfo additions - needed for normal Preprocessor operations

coverity fix

Remove obsolete drawing methods and macros

Centrality cut is moved into AliRsnValue and AliRsnCutValue, then

Added the possibility to compute centrality values using all the three validated methods

Removing obsolete G3 functions

avoid crash as described by https://savannah.cern.ch/bugs/?78827

Fixed a memory leak, adding publishing period option, fixing unit conversion of published values and publishing SPD vertex instead.

Removed useless function from AliMixInputEventHandler

Fixed output directory if the input collection is custom

- fill the centrality and vertexZ in the track properties THnSparse
- set ownership of output list

Preliminary work to get centrality in

coverity fix

Adding SetOwner to the output list

 Phys DA , works on DAQ tst machine

Minor fix in the ITS-TPC spectra analysis (Marek)

error message if partition number exceeds allowed range

NULL pointer protection added

- update documentation

Corrections for par file compilation (A. Shabetai)

Updated fragmentation model

fix <PH> plot

Making code secure - sprintf replaced with snprintf.

removing unused classes: 1st prototype of TPC vertexer

new non linearity function from beam test

cleaning up HAVE_NOT_ALTRORAWSTREAMV3 preprocessor define

fix saving dEdx on ESD tracks (Markus)

removing deprecated digit readers for AltroRawStream and AliAltroDecoder, TPC raw data is accessed via DigitReader32Bit and AliAltroRawStreamV3 since 33672 Jul 9 2009

removing unused components, TPC always delivers zero suppressed data

ownership

protection agains wrong centrality bin

coverity fixes (C. Zampolli)

- update aliroot and root versions

removing unused KryptonCF component

- call PostData in UserCreateOutputObjects
- include STEER libraries for compiling AliCentrality in the task

removing DigitReaderPacked and DigitReaderDecoder, all raw data processing goes via DigitReader32Bit and the AliAltroRawStreamV3

removing DigitReaderDecoder, and moving to DigitReader32Bit which can access the 40bit RCU format through the AliAltroRawStream class

PWG2rsnextra:
- used astyle to restyle all the code
- removed the useless AliRsnAnalysisPhi7TeVNoPID, since now the other phi analysis class contains the flags
  to exclude the PID, and then duplicate code is always a bad choice

AliRsnAnalysisManager:
- merged the processing methods: now there is only one with an argument used
  to tell if the analysis is done on a reconstructed sample (ESD/AOD) or a "pure" MC (using MC particles)
- moved the fill of monitor functions in the external loop in the pair processing method, instead of having it
  in another method which essentially replicated the code
- added a flag to switch on/off the possibility to store an additional histogram for each pair which counts
  how many events were really used to fill it.

AliRsnDaughter:
- introduced a new enumeration to extend the few possibilities allowed by AliPID object,
  and take into account also all possible types of candidate daughter among V0s and cascades,
  which can eventually access the PDG database to retrieve masses and charges
- renamed the methods to get the charge as a short or as a character, in order to uniformize this
  in all classes which contain such a method

AliRsnDaughterDef:
- added matching checks for each single definition (PID, type, charge)
- added matching checks for abstract particle species from PDG code
- adapt the charge methods which return short and char

AliRsnEvent:
- added a method to set a daugher using its absolute index directly
- added the possibility to get the MC multiplicity
- added the inverse of the method "ConvertAbsoluteIndex()"

AliRsnPairDef:
- propagation of the adaptments for charge methods
- propagation of the new particle type enum in AliRsnDaughter (backward compatible)

AliRsnValue:
- defined a static function to retrieve the expected target type for each computed value
  which is used in the constructors
- added some values (PID signals, MC multiplicity), which can require new support objects

Some classes are unchanged except for some comments.

Coverity fix + unused method removed.

put in default object which covers the full run range

Supressed warning when a data slot is not connected to a container

fix warnings during train running