o fixes

o fix ClassDef

o mods

o add SC scaling factor calculation and usage in
  - the correction class
  - the generator
  - the reconstructor

adding the printing of residual figure

Adding macro to modify the Spac charge correction entry and add there the residual Distortion due to the Space charge fluctuation
 // Macro to create a clone original  OCDB entry with space point distortion and add there space point
  // distortions cause by resifual sapce charge
  // Output is stored by default in the current directory.
  //

from trunk: fix setting an aribtrary OCDB path for QAtrain_duo and AliTaskCDBconnect.
The task also takes care of initilizing GRP (mag field and geometry)

o add possibility to use a different distortion and correction map

Adding function to fit q(z) normalization parameters of distortion maps

o fix loading of map

o fix sc list stuff

o add usage of SC lists

o add STAT in include path

o update

Updated drawing style

o finale plots

o change default parameters

o remove printf
o fix loading of parameters

o change sigma Cl to sigma Cl + sigma Tr

o update macro

o remove printf

o Add function for exact inverse

Adding q/pt resolution simulation

  Fast toy MC for differnt purposes.
Currently:
  testExtrapolation() - to show track extrapolation errror
  testdEdxGEM();  -to show the dEdx respolution detoraition as function of the electron trasnparency

o update macro

o fix integration

o small macro

o add z0 list

o add force alpha
o add usage of t0 list

o add options for other gases and Epsilons

o add calculation of residuals in the track fit

o add macro to create file with precalibrated SC mapcs

Add protection in case of 0 HV

fix compiler warnings + set ownership of fIonTailArray

Tail cancelation

M       Base/AliTPCcalibDB.cxx   0 activate OCDB entry for IonTail
M       Rec/AliTPCtracker.cxx    - fix inverse logic used in switch
M       Base/AliTPCParam.cxx     - initialize nominal correction ofr high voltage

 Default style for figures

Using the script specifiing style from external file

Disabling f*ing fatal in OCDB acces to be able to run the test using framework.
Swith to disable f*ing fatal should be provided

(unknow author)

Initialization of material budget before tracking steps
(Marian)

Fixed problem with the ITS refit/update
(still wrong covariance matrix)

(Marian)

Big commit.
Software  emulation of the tail  cancelation
Important of the PbPb and high interaction rate data.
(details in pallning tool https://trello.com/c/NoZHHD5f/6-tail-cancellation )

(Mesut, Marian)

M       Rec/AliTPCtracker.cxx        - apply tail cancleation on the cluster level
M       Rec/AliTPCtracker.h          -

M       Rec/AliTPCtrackerSector.cxx  - get number of clusters at given sector
M       Rec/AliTPCtrackerSector.h    - + checked acces to the array

M       Base/AliTPCcalibDB.cxx       -
        GetTailCancelationGraphs(Int_t sector, TGraphErrors ** graphRes, Float_t * indexAmpGraphs);
M       Base/AliTPCcalibDB.h         - Recalculate the tail values for given HV setting and cache the setting per sector

Parameterization of the gas properties - Usage in the MC
for task:
 https://trello.com/c/cLXI4aij/2-code-parameterized-bb-formula-data-mc-correspondence

A       Sim/AliTPCGen.h       - New file. "Potential" acces to the Geant3 common block
M       Sim/AliTPCv2.cxx      - usage of the parameterizaed gas parameters + max. number of steps 30000 ->120000
M       Sim/AliTPCv4.cxx      - ...
M       Sim/AliTPCv2.h        - include Geant3 common block acces
M       Sim/AliTPCv4.h        - ...
M       Sim/AliTPC.cxx        - changed definitions of gas mixtures

M       Rec/AliTPCseed.cxx    -  correct for different mean energy loss of the differnt gas compositions

Parameterization of the gas properties

M       Base/AliTPCParam.h    -  adding basic gas properties needed to simulate energy loss in Geant3 (before they were hardwired)
M       Base/AliTPCParam.cxx  -  setting defaults fr the gas properties (as used prevsiously)

(from Marek)

M       Calib/AliTPCPreprocessorOffline.cxx - Exporting the Correction graphs for the param->GetGainSlopesHV() and param->GetGainSlopesPT()
M       Base/AliTPCParam.cxx                -  Usage of named histograms

skip first time bins after the gate opening - baseline is not wel defined
default  time bins to be used after the  gate opening

(Marian)

M       Rec/AliTPCRecoParam.cxx    -  skip first time bins after the gate opening - baseline is not wel defined
M       Rec/AliTPCRecoParam.h      -  parameterization
M       Rec/AliTPCseed.cxx         -  Usage L1 + gate delay from the CTP

Small modifications:
1.) debug streamer had to be explicitly open in recreate mode
2.) default values of correction factors HVandPT (1 instead of 0)

M       Rec/AliTPCtracker.cxx              - Debug streamer open in the recreate mode
M       Rec/AliTPCclusterer.cxx            - Debug streamer only in case of given bitmask active
M       Rec/AliTPCseed.cxx                 - Protection against 0 per chamber calibration
M       Base/AliTPCcalibDB.cxx             - Default value for the HVandPT correction is 1 as it is multiplicative correction factor

Changes for task:
https://trello.com/c/y2PApfkL/1-code-high-voltage-and-p-t-correction-of-gain

Usage of basic HighVoltage and Presure/Temperature (time) dependent gas gain correction.

Double_t correctionHVandPT = calib->GetGainCorrectionHVandPT(timeStamp, calib->GetRun(), isec, 5 ,tpcrecoparam->GetGainCorrectionHVandPTMode());

M       Sim/AliTPC.cxx          -  Usage in simulation (according mode)  - multiplicative factor of gain
M       Rec/AliTPCRecoParam.h   -  Switch/ mode of usage of the HVandPT correction
M       Rec/AliTPCRecoParam.cxx -  ...
M       Rec/AliTPCseed.cxx      -  Usage in the reconstruction dEdx+    amp[ncl]/=correctionHVandPT;    // correction for the HV and P/T - time dependent

M       Base/AliTPCcalibDB.cxx  -  Implementing different mode of the usage of the HVandPT correction
M       Base/AliTPCcalibDB.h    -  ...

Usage of per run z shift correction which is calibrated together with the drift velocity and time 0.
Details in planning tool:
https://trello.com/c/eNjUheAC/14-use-the-delta-z-calibration-from-the-cpass0

(Marian)

Cuts configuarable from outside.
Standard cuts defined base on geomtiry+ cuts on crossed rows.

first part of cahcges for the task:
https://trello.com/c/iUfhRsQd/4-calibration-pile-up-filtering-for-the-calibration-gain-calibration

(for Alexander)

                                  be ignored--

M    Calib/AliTPCcalibTimeGain.cxx
M    Calib/AliTPCcalibGainMult.cxx
M    Calib/AliTPCcalibTimeGain.h
M    Calib/AliTPCcalibGainMult.h

CDB/AliDCSSensor.cxx    - use option for Drawing, rmeoving warning in the Draw
ESD/AliTrackerBase.cxx  - Use staight line aprroximation if very small curvature

(Marian)

merge from trunk (small, after 2 days period from last one)

remove to be merged

add IonTail object

Iontail object for OCDB

code and files for running Glauber+SNM fit to ZDC

The speed-up of the Poisson relaxation was lost  adding it back
Pointer array arithmetics instead of the matrix inteface

M       Base/AliTPCCorrection.cxx - Adding switch isLocal (not yet used) + speed up of the Possion3D calculation
M       Base/AliTPCCorrection.h

(Marian)

Changes for task:
https://trello.com/c/y2PApfkL/1-code-high-voltage-and-p-t-correction-of-gain

M       Base/AliTPCParam.cxx      - Gain correction as function of HV and P/T
M       Base/AliTPCParam.h
M       Base/AliTPCcalibDB.cxx    - Gain correction as function of HV and P/T + deltaZ per run
M       Base/AliTPCcalibDB.h      - Gain correction as function of HV and P/T

UserDataRecoPass not transient

solving issue with copy constructor (F.Prino)

Updated macro to calculate space charge fluctuation
(Marian)

commiting merged AliTPCPIDResponse.h

merging trunk to TPCdev

From Chris

Install a new script

Various fixes

Added correlation of MC triggers

Fixed that we took all events to be MB, even if
MB is downscaled.

Also fixed that we did not flag pile-up except in
pp, and added out-of-bunch pileup check

Also get stuff from directories

Added stuff to be written to shell script after completion.
Useful for automating tasks done frequently.

Updates to the P(Nch) analysis.
- Better summary.
- Separate script with external data
- Summary after unfoldomg
- Create trigger/vertex bias correction

Coverity fix

protection against rejection of MB events by bad trigger rejection

Remove electron MC histograms
Apply ss simple cut if requested for some MC histograms
Add method to fill Armeteros histograms, histograms provided, code missing

new parametrization for new definition of local maxima

Allow local maxima in diagonal to be 2 local maxima instead of 1

fix list ownership

Changes needed to calculate and store the dEdxTot and dEdxMax

M       Rec/AliTPCtracker.cxx      -  adding dEdxMax and setting information
M       Rec/AliTPCseed.cxx         -  adding dEdxMax and setting information
M       Rec/AliTPCseed.h           -  adding dEdxMax and setting information
M       Rec/AliTPCclusterer.cxx    - debug streamer activated only for special flag

Coverity warning corrected.

- test comiit

-test commit

updated

Mods to re-run V0 and Cascade vertexers

Add task macro for Patrick

Coverity fix

Typo fix: fSourceRho --> fTargetRho (detected by Coverity)

Coverity fix.

Adding infrastructure for pPb and 8 TeV pp analyses

Updates to jet QA task + minor things in the dijet task (from Marta)

Commit of Hypertriton task for Ramona

FB7 PID workaround change, //! added to St1

small update
Emilia

Revert 440cm extrapol in AddTaskJetPreparation; accidental commit (from Marta)

Changing mixing options

Update to jet matching algorithm (from Redmer)

Updates to dijet analysis task (from Marta)

submitted AddTasks for Dalitz

Updates for bunch crossing pileup, event selection, histogramming.
Common use for LHC10d, LHC10e, LHC11a.

Coverity fix. Mult bin limits change.

K0s code update (Matt Steinpreis)

bug fix: wrong "merged clusters" flag was added to the HLT output during dummy run of the cluster compression component. Happend when the
HLTReconstructor reads the HLT data from the raw files and passes it thorugh the HLT system.

1. Updated comments for batch submission
2. Script fo the epsilon scan submission
(Marian)