Documentation fixes

reduced number of bins in histgrams (M. Verweij)

reduced number of track cuts for QA task, changed binning for centrality

added explicit option for particle type

Cut on photon candidate clusters charge added

added virtual method in CALO to set the readout list individally in the derived classes of EMCAL and PHOS

Fix to select only slow triggers for 2.76 TeV pp

Doxygen documentation fixes

reverting from previous change.

Documentation fixes for doxygen

added EMCAL in the readout list

fixed bug that double conunted the seed cell

Documentation fixes for Doxygen

New AliPoissonCalculator class

Use new AliPoissonCalculator

Moved to scripts

Moved to trains sub-directory and specific trains moved into separate file

Added more diagnostics histogram

Re-organised scripts

Re-organised scripts

Coverity (Ruben)

Coverity fix

Changes for #83919: port to Realease T0 code for luminocity and satellite analysis

explicitly fix type of long constant
(needed for some compilers)

Added possibility to write to AOD the MC-matched signal candidates w/o reconstruction cuts

Coverity fix

Coverity fix

Coverity

Added static method in the plugin to load the analysis manager from file

update of GTU simulation
- allow for GTU simulation on ESD tracklets
- make use of new ESD track format
- remove sortability from AliTRDtrackletGTU
- insert tracklets based on HC instead of ROC
  to simplify sorting of the tracklets
- correct order of found tracks
- implement identical geometry constants as used in hardware

- bugfix for registers which are configured detector-wise
- extend list of known SCSN commands
- retrieve configuration registers always per MCM

write on-line tracklets and tracks to ESD during reconstruction
- implement FillESD in Reconstructor
- parse tracking and trigger headers in rawStream
- fix reading of data with number of timebins != 3n

Add flag to switch on/off hitos with cut variable distributions (Renu)

Added two new cuts (D0 decay length and cpa in xy) (Raoul)

Added two new cuts (D0 decay length and cpa in xy) (Raoul)

remove trailing whitespaces
to get meaningful diffs for following commits

Modificaions from Stefan Rossegger :
- DetectorK to be used for the Fast Simulations. The old Detector class is removed.
- Bug fix in the label assignement

correct version number in simulated raw data

Implentation for trigger classes + fix for run number + fix for potential memory leak

Revert from previous commit changes in destructors

Coverity (Ruben)

Coverity (Ruben)

ReadIntensityInfoCDB() will store in the ESD the mean intensities for
interacting and non-interacting beam accounting only BC's not masked
by the CTP config.

In vmctest/*/commonConfig.C:
Changing version of EMCAL: EMCAL_FIRSTYEAR -> EMCAL_FIRSTYEARV1

Write flag about UseSimpleMerging to output file
allow early phi acceptance correction

In vmctest:
Updating G3/G4 configs to be consistent with the configuration used in
G4 test productions

Added script to test the energy loss assumptions and
fits.

Fix for using eta range with AliGenBox in Cocktail

Coverity

There was a problem when the destructor was called, and some problem
with streming/not streaming the track cuts. They are fixed with those changes.
 Johanna Lena Gramling <johanna.lena.gramling@cern.ch>

cosmetics

Adding TRD online tracks and trackets to ESD:
- New AliESDTrdTracklet class
- Modifications in AliESDTrdTrack

Jochen

added NxN clusterizer .h

NxN clusterizer for EMCAL

Remove a run from LHC10e wo AODs; added run list for the new PbPb MC LHC11a10b_bis

bad clusters now flagged with -9999 coordinate instead of fAmp=0, removed hard coded 0.5 cell shift in cluster coordinate.

Some of the coding violations corrected

set centrality to 0 for p+p

update of the GPU tracker

Add TOF info and Reaction Plane

Add TOF info

Add Reaction Plane

Add Reaction Plane

Update (Chiara Z)

Update (Rossella)

Destructors fixed to check for already existing objects before deleting (F.Bellini)

coverity

Fix in composition of QAChecked output image file (Melinda S.)

correlators galore

Additional fixes in QA (Ruben)

Coverity fix (Pietro)

Memory leaks fixed (L.Aphecetche and B.Rabacal)

Changes in QA to be able to process separately different triggers (Ruben)

fixed typo for setting fraction of shared clusters

Move checking of run and geometry name from AliEMCALv0::CreateGeometry() to AliEMCAL::GetGeometry()
Do not produce Fatal but initialize the geometry not to the one specified in the Config.C but to the real corresponding geometry
to a given run number. The run number is obtained from OCDB.
Partial solution to request from savannah #83881

Config macro for train

preserve bit 8 for TPC only tracks

updated track cuts also for the spectra task M. Verweij)

Patch to fix seg fault in case of LMEs (Jochen)

The v11 geometry can now be used instead the v11hybrid. This is just a clean-up. The current v11 is equal to the current v11hybrid, that will be soon removed. (M. Sitta)

Coverity fix + replacement of TH3F with THnSparse

Adding a simpler algorithm for hit merging

track histos and new header info

coding vios

mods to display the % of events with vertex

Add recalculation of primary vertex without daughters, updated histogram with event selection info (Gian Michele)

Coverity 17326 Non-array delete for scalars
Corrected.

Bug #83805. Better hex dumps and correct some debug/warning messages (Christian).

Bug fix.

coverty fix for dead code

 I performed modifications on AliGenCorrHF which allows to set cuts on
 children in the correct way. Why I did is explain in the code.
lmanceau@to.infn.it

Updated the Print method to raise warnings in case an unknown trigger class is present in the data and in case a trigger rejects more than 50% of the events.

VertexerTracks will treat in a same way the bunch crossing info from
ESD and AOD tracks (Andrea D.)

Covariance matrix histos now also filled for ESD.
Fixed bug in NClusters cut for constrained hybrid tracks.
Fixed bug in track length calculation.
Added function to AddTask to run in AOD analysis.
(M. Verweij)

Changes for PbPb RAA analysis (Zaida)

do not disregard centrality == 0

Added virtual GetTOFBunchCrossing() const. Overriden by ESD and AODtrack implementations

coverity fix

Added method GetTOFBunchCrossing() to get bunch-crossing id relative to triggered one.

Increase size in char array to avoid overflow