- bug fixes to get the digit maker working
- small changes in the test macro

- adding new test macro for PHOS using the ported classes

- removing PHOS digit maker from the build system
- removing PHOS FFT structs used by the old online display from the build system

- small change

- PHOS will now use the CALO digit maker, PHOS digit maker soon to be removed

- porting the PHOS raw analyzers to the CALO library
- modifying the mapper to facilitate for 2 different geometries for PHOS;
  leading to changes in the CALO/EMCAL mappers as well

- defining the crazyness variable

Parenthesis forgotten.

Adding protection against AliFatal for SHUTTLE

dE/dx slices in P

dE/dx slices in P

correcting HLT ESD default layout object to contain AliV* classes with non-zero version numbers (bug 62263)
adding dummy object for HLT/Calib/RecoParam (bug 62304)

Upgrade of the Cascade envt :

1. AddTaskCheckCascade :

    - lMasterJobFlagSession, argument passed by value,

    - removal of SetRealDataFlag();

2. AddTaskCheckPerformanceCascade :

    - lMasterJobFlagSession, argument passed by value;

3. AliAnalysisTaskCheckCascade :

  3.1 Management of the trigger conditions : profit from (AliPhysSel+AliBackgroundSelection)

        --> hyp from now on : AliPhysicsSelectionTask used in front of CheckCascade;

  3.2 Removal of fRealDataFlag

  3.3 Launch the V0/Cascade vertexer at the beginning of the ESD analysis (part commented)

  3.4 Assess the event multiplicity via the number of TPCrefit tracks

        --> quantity used to fill the PID CFContainers + CascCuts CFContainer;

  3.5 Quality cuts possibilities (hardcoded bool to enable/disbale within the code...)

       --> On primary vertex :
             * | z(best prim vtx) | < 10 cm
             * remove TPC-only prim. vertex

       --> On quality of the 3 daughter tracks:
             * ask for TPCrefit

             * ask for 80 clusters in TPC

       --> On track indices : remove candidates with daughter tracks used twice within the candidate

   3.6 PID parametrisation of the TPC

       -->update lAlephParam for GSI Pass5/Grid Pass2 of 900GeV real data (A.Kalweit)

4. AliAnalysisTaskCheckPerformanceCascade

   4.1 Management of the trigger conditions : profit from (AliPhysSel+AliBackgroundSelection) on MC

       --> hyp from now on : AliPhysicsSelectionTask used in front of CheckPerfCascade;

   4.2 Launch the V0/Cascade vertexer at the beginning of the ESD analysis (part commented)

   4.3 Quality cuts possibilities (hardcoded bool to enable/disbale within the code... like CheckCascade)

   4.4 PID CFContainers :

       --> counterpart of what can be found into CheckCascade (Comb + TPC PID), but for MC-associated candidates

   4.5 Definition of findable : pt(proton) > 0.5 moved to > 0.3 GeV/c
(A.Maire)

Looser cut on cluster size to cure SDD (in)efficiency

Removal of tracklets reconstructed in the SPD overlaps. Savannah bug 62235

Added possibility to accumulate statistics through the number of runs.

Fixes for bug #62149 AliITSTrackleterSPDEff returns an error in case of 'empty' events

Fix compilation problems in DAs

Avoid nasty crash if user forget to initialize reconstruction setup

Fixing comments

TPCCEda.cxx.diff        Allow to change the monitoring type from the config file in future 'most' should be used
TPCQAda.cxx.diff        Exclude laser triggered events. Necessary in interleaved mode
TPCRAWda.cxx.diff       Exclude laser triggered events. Necessary in interleaved
(Jens)

RESET detector function implemented
*Peter Christiansen)

Fix for bug #62284: Missing GRP/Calib/MeanVertexSPD in the local OCDB

- implementation of ESD friends and friend tracks from HLT input
- removed the unnecessary datablock specification handling

Adding protection against taking Sqrt of negative values...

more corrections

assign the size of the arrays in the declaration

Corrected rotations

 Updated SOD to take into account ADD detector + error removal in DA

remove left over print statement

Geometry update - material (prepreg3, brass), rods, CM

use AliCaloRawAnalyzer classes from Per Thomas for NeuralNet and FastFit options also + added LogFit code from Irakli

fill ordered array before fit and correct tau value

Introducing method IsHalfChamberMasked() (Raphaelle)

Put calibration histograms (TH2F) to the Reference Storage; validity range of the calib. coefficients
restricted by the current run.

Minor changes to SSD QA (Panos)

Event selection also possible for deltas.

Changing AliInfo to AliFatal if the entry for a specific query is not found.

Protection against empty ALTRO bunches

Initialization warnings corrected

Set minimum multiplicity.

Updated version of TaskPerformanceStrange by H.Ricaud (H.Ricaud@gsi.de)

Information about SDD drift side (used for alignment) in rec points and track points

Lambda(1520) temporarily switched off.

Fix in Notify for CAF.

Improved consistency for primaries.

several improvments for AliHLTSystem memory page handling
- implementing global methods
- bugfixes for splitting and merging of buffers
- extended unit test checking both AliHLTDataBuffer and the handling of raw pages
- added checking of buffer content with random data
still to be activated for normal operation

fix user histogram management and style (Ben)

By default pi0 are decayed like in Pythia.

Changes to allow ADD raw data streaming

Sigma0 has been missing from the list of stable particles.

Two new methods to retrieve the number of dead and masked channels after the PEDESTAL runadded in AliHMPIDCalib, print out updated in the DA

masking threshold values were too high - now they are lower - we have only 9 bits

Update to write mapping only for the ZDC

also working locally in root

- last version of the list analyser by Ben
- fix TRD tracks drawing

store ESD track Id in TRD track for back searching (ESD track from TRD
track) in analysis based on friends

add back local libs

Add include

Counting the number of assigned clusters (< 2 sigma)

Added input data rejection, getter for kalman prediction, new track matching scheme (Mikolaj)

Add ALICE standard reader

Add Standard ALICE event reader

Fix Gamma calculation^CliFemtoModelGausLCMSFreezeOutGenerator.cxx

SDD drift speed correction from Millepede splitted for the 2 drift sides of each module (Ruben)

Modifed MC analysis (A. Grelli)

Using SoftKMeans3.

from Per Thomas - add new raw ana classes in LinkDef also

dca vs pT for the QA code

Changes in the drawing macro

ALTRO samples are added to AliPHOSDigit for per-sample event merging.

dca vs pT for the QA code

extra k_T jet finders configs and AODMC2b reading (charged particles in accepatance window

update from Per Thomas - new classes for NeuralNet and FastFit + code warning fixes

row and col are correctly put in sigmaY

 Updates for k_T algo wiht different distance paramater

More control plots

dca vs pT plots

Setters added

Updated arguments for PartCorr

Adding some new QA plots (dca vs pT)

Bug fix in ITS standalone tracking when reusing all clusters

To use phi weights in scalar product method

Fitting of both components of sigma added.

updated equations for use with weights, added macro to merge grid output files

correct dEdx info propagation down the analysis chain

fix dEdx propagation from ESD track
fix momentum calculation from TPC
extend PID analysis on momentum resolution
add momentum monitoring in stand alone tracking

1) Changes needed to read deltaAODs as input, handling of acces to delta AO branches when reading ESDs/AODs or directly deltaAODs changed in AliAnaPartCorrBaseClass. Change accordinly the macros for the train and single analysis for the case of deltaAODs.
2) AliAnaPhoton: Added possibility to reject clusters which pair with other clusters with small mass, conversion pairs. Added possiblity to take this pair as a single cluster and put it with the other clusters in the AOD
3) Changes in the Init of AliAnaPhoton and AliAnaPi0EbE, in case of reading deltaAODs, calorimeters clusters lists are not needed.
4) Reduce the default minimum pt from 0.2 to 0.1.

fixed typo in histogram name

Changing AliInfo in AliDebug.

Protection against Beam Energy, Machine Mode and Beam Mode fields empty
in the LHC Data file.

Adding the possibility to check the background contribution - more QA plots to come tomorrow

- Protection against too small rk
- Correction in the kmeans++ initialisation

Added bunch crossing number to ntuple

Change the precision for the energy

kmeans++ iniyialisation added.

time shift for set of runs

time shift for set of runs

time shift for set of runs

Corrected class name in the class description