Adding root flags to C flags

restrict jet loop to those with pt > 10 GeV

updates to check for MC bjet

Added SPD,SSD,SDD clusters and PHOS digits to the macro

flag -m32 for the right libs

fill jet type histo for jets that satisfy any of the b-jet tags

minor mods to make things work with AMORE

Added new files to build system

First working version of EMCAL HLT based on the PHOS code

Modifications for G4 simulation:
- Move call to detector->CreateMaterials() from AliMC::Init()
    in AliMC::ConstructOpGeometry(); as materials have to be defined
    when we set optical properties
- In EMCAL, HMPID:
    Move definition of cuts and process controls per tracking media
    in Init()
- In AliStack:
    Set fCurrentTrack in functions called by Geant4:
    PopPrimaryForTracking(), SetCurrentTrack()
Updated G4 macros:
- Extended g4menu.C with buttons for running in batch
    and running G3 simulation
- Updated magnetic field
- Changed the default physics list selection to QGSP_BERT_EMV+optical;
    removed specialControls from selection
- Set default range cut value to 0.01 mm
- Added commented line with Geant4 VMC commands useful for
    debugging

(I. Hrivnacova)

Correct cmake compilation file, remove old classes

Adding of PHOS and ITS structures, fix typo in TPC Spacepoint

Resetting to standard naming

Using root compilation flags

Removing "personal" debugging printout left by mistake.

Getting rid of obsolete objects.

Adding calibration object for the sharing efficiency

Reset UID of tracks that have been replicated.

Adding connection to the grid when the default storage is set to "raw://".

 Refactoring and moving some PHOS code which will be used for both calorimeters to the new HLT/CALO library

 This includes class involved with the extraction of energy and time from the raw data, mapping parameters, constants common
 for both calorimeters and some utilities. (Per Thomas/Svein)

AliCDBManager.h/cxx: Changes in behaviour when setting default storage to "raw://": no fake
storage ("alien://") is not set, postponing everything when
AliCDBManager::SetRun() is called.

AliCDBGrid.cxx: Corresponding removal of lines now obsolete.

Updating responsibles.

Updating responsibles.

Move to THnSparse instead of TH2F to reduce memory size

Magnetic field initialized from GRP in DoVerticesSPD.C macro

Possibility to apply pT-cut in multiplicity trigger.

Workaround for TAliEn problem

Optimizing raw data reconstruction:
1) set channel geometry once per channel;
2) lower verbisity of AliPHOSRawFitterv0 to debug level 2;
3) read ZS parameters from raw data in AliPHOSQADataMakerRec.

Protection in the indexing of shared pads

Don't delete the rawStreamer after each SM

Bumping by one the ClassDef version

Fixes for TRD

Bug fixed to take care of thearray length going beyond the limit

Bug fixed for the CPV plane to get the correct track number in ESD file

New KeV-ADC constants are put from the 2009 May test beam

bugfix: setting the include path for the runtime compilation of the
global trigger object in order to fit the HLT online system. A proper
fix needs some more thinking

Avoid direct instantiation of AliMagF.

Changed L3 magnetic field configuration according to its correct implementation (Ruben)

minor printout correction

Correction of a bug: in the unlikely case of a single file valid for the given run, that file was considered valid for any path

turn on new hadronic correction

adjust split in JDL for AODS

Jens Wiechula changes.
Mainly for visualization of the OCDB entries.

AliTPCcalibDB.cxx.diff                  Add TPC/Calib/TimeDrift and reference file creation funciton
AliTPCcalibDB.h.diff                    Add TPC/Calib/TimeDrift and reference file creation function
AliTPCcalibDButil.cxx.diff              Add comparison with reference data
AliTPCcalibDButil.h.diff                Add comparison with reference data
AliTPCCalibViewer.cxx.diff              Small fixes
AliTPCCalibViewerGUI.cxx.diff           Small fixes
AliTPCCalibViewerGUItime.cxx.diff       Add support for reference trees, add support for multiple graphs, small fixes
AliTPCCalibViewerGUItime.h.diff         Add support for reference trees, add support for multiple graphs, small fixes
AliTPCCalPad.cxx.diff                   Add sector variable to GlobalSidesFit
AliTPCConfigParser.cxx.diff             Small fix
CalibEnv.C.diff                         Add drift velocity, add comparison with referece, add iroc offset in CE fit
calibVarDescription.txt.diff            Add new variables

adding libAliHLTTRD.so as dependency for libAliHLTTrigger.so
fixes dependency introduced by the TrdClusterMultiplicityTrigger in r35121

Skip the corrupted files in the train
 gEnv->SetValue("TFile.Recover", 0);

(Marian)

Check if the file was corrupted.
Don't try to recover.
 gEnv->SetValue("TFile.Recover", 0);

(Marian)

Added projection with axis range defined from bin numbers

Using the event range in the selectors mode as well. To be used in CAF reco in order to choose the amount of events to be reconstructed.

Adding brand new 4 physics partition type - PHYSICS_X. Cross-checked and confirmed by DAQ - these are the partitions to be used this year (C&M)

added dynamic handling of output buffer size

addind cuts on DCA for the BarrelMultiplicityTrigger
new arguments
 -dca-reference     x,y,z
  reference point for the transverse and longitudinal dca cut
 -min-ldca     dca
  minimum longitudinal dca to reference point
 -max-ldca     dca
  maximum longitudinal dca to reference point
 -min-tdca     dca
  minimum transverse dca to reference point
 -max-tdca     dca
  maximum transverse dca to reference point
 -solenoidBz     field
  magnetic field needed if the input is not an ESD object

adding test macro

change naming convention for calibration files

writing new LQ TRD-PID based on kdTree to the OCDB ENABLED.
- minimum statistics needed / momentum bin / species - 7.5k full tracks
- size on disk approx 500kb a factor 36 smaller ~ same order as NN

add draw functionality for TKDNodeInfo

Fix to bug reports:
bugs #56402 and bug #56406

new ExB changes
AliTPCcalibDB.h AliTPCcalibDB.cxx -
Initialization of the correction directly from the map -
 void          SetExBField( AliMagF*   bmap);

AliTPC.cxx AliTPCReconstructor.cxx - don't create own copy of the field
                                   - field provided using
const AliMagF * field = (AliMagF*)TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField();

Fix reading from AOD and changed warnings to AliWarning

QC preliminary statistical errors for 2nd order differential flow in pt

put printout in debug mode

memory bug fix in SliceOutput

Implementing to handling for ESD members which are not TClonesArrays
Every class needs a specific treatment to find out whether the object
has valid data or not. Otherwise, valid content could be overridden by
empty objects.
Handling has been added for:
ESDRun, ESDHeader, ESDVertex, ESDTZero, and SPDMultiplicity

This fixes the missing bunch crossing and orbit numbers, active CTP
trigger classes, and timestamp in the hltESD after merging during
AliReconstruction.

Forward declaration of TArrayD is corrected

Updated version - forgotten to save it before previous commit

Modification in order to run the TPC Calibration train
(in workspace)

The CalibrateTPC.C macro create:
Train1 tasks
Train2 tasks

Possibility to use it inside of the official calibration train will
be investigated.
Current focus: Stability test and the memory, IO consumption

(Marian Ivanov)

adding more information on the event properties to the printout:
bunch crossing, orbit, timestamp etc

several updates for electron analysis

Improved hadron correction (Magali, Mark)
Track references in rec. Jet for UA1v2 (Magali)

Change correlation variable, add new histograms (Yaxian Mao)

New monitoring plots in AliTRDcheckDET showing track status and tracklet
status. (Markus)

Implementation of asymmetric nsigma cuts.

1. Automatically enable alien connection of the workers in case it is enabled on the client. 2. Enable schema evolution in order to avoid glitches in PROOF reco in case AliReconstruction class versions on the client and proof cluster are different.

Adding new URI for raw data - 'raw://run<#>', where <#> is the run number. The URI is handled by AliRawReaderChain. The corresponding chain is created by querying the alien FC. The URI is supposed to be used mainly within the PROOF reco.

Temporary fix for the SOD event reading in the FMD raw data

AliPHOSFastAltroFit is moved to RAW/AliCaloFastAltroFitv0 (A.Pavlinov)

bugfix: initialize histogram with the correct number of bins (Theo)

Additional helpful warnings inserted in the TOF matching classes

correct aliases in DCS map

Updating T00 configuration for the test and P2.

Add newline

adding function to create default tpc-only cuts
adding function to get reference multiplicity from tpc-only tracks
removing functions that are deprecated for more than 6 months

methods promoted to public as requested by AMORE

Update of the GPU CA tracker

Update of the GPU tracker from David Rohr

AliTPCCalibRaw.cxx.diff Change to fill only sparse info to save space, Add functions to create histos for L1 phase distribution
AliTPCCalibRaw.h.diff   Change to fill only sparse info to save space, Add functions to create histos for L1 phase distribution

Jens

Use the object name to create the output file name (Marian)
Needed for backup of the data on the PROOF

Add pT error to the track tooltip.

Try to open galice.root directly before calling AliRunLoader::Open():
 - gSystem->AccessPathName() does not work for alien any more,
   always returns "file=exists".
   [Reported, but won't be fixed soon.]
 - AliRunLoader::Open() calls Fatal() if the file does not exist.

Adding the calculation of the FMD dead channel map to the preprocessor

pidRefMaker for multidim LQ PID ready for mass production
- automatic tuning of bucket size/statistics
- monitoring plots
- control plots

- bug fixes
- more user verbosity
- tune for usage with TRD PID

Utility functions added (Markus)

THIS IS EXAMPLE MACRO:

Changes:
Dividing of the ConfigOCDB.C setup to the two setups

1. Standard (only SetDefault and SetSpecific storage)
2. Custom - Setup addtional parameters e.g RecoParam
            to swich ON/OFF different correction

(Marian)

Possibility to use alien files in the batch train
(proof trains to be investigated)
Marian

Bug fix in gain correction

store at maximum 6 ua1 jets, not 3 (default value)

 increased maximum number of jets to 6 (for fast jet studies)

Updated set of track cuts (absolute value of DCA, maximum relative uncertainty in 1/p_T), kept old cuts for comparison at number 2

Adding new info to the trees (Marian)

Small update to have a validity range for the DCS datapoints only for the given run

Update in the T0 configuration @P2.

introduce kdTree for LQ interpolation
revert to August version of AliTRDpidRefMakerNN (asked by AlexW)