Simulation of ArCO2 mixture

Fixing overlaps in St1 geometry:
Shifted position of Spacer6, frame volume SQ10 and the hole for special
motif 46.

photon trackno corrected to assign the PMD cell

runs QA only when requested in localeventreco

Removing extra comma

Change in method FinishPlaneEff(): efficiency table now written to file and not directly into OCDB (Guiseppe)

Put back Color_t cast for TEveFrameBox::SetBackColor() which I forgot to sanitize in ROOT.

Adding ADC and TDC values to AliESDVZERO

AliMUONReconstructor.cxx
AliMUONLegacyClusterServer.h
AliMUONLegacyClusterServer.cxx
AliMUONTracker.cxx
READMErec.txt
runDataReconstruction.C

Make use of the new AliMUONRecoParam option to bypass selectively
station 4 or 5 or both.

AliMUONDigitCalibrator.cxx
AliMUONDigitCalibrator.h

New interface to ease the reuse of the most important method in the
calibration process = CalibrateDigit.

Iteration number stored into output file

Iteration number stored into output file

Ignore Root files

When opening a root file containing TrackerData, now recursively looks in there to find out objects

Adding a protection (in case of parity errors manuId can be wrong and thus non existing)

In  AliMUONSt2GeometryBuilderV2:
- Position of the components(volumes) of the chambers are corrected to avoid
  overlaps.
(Indra and Sanjoy)

AliMUONRecoParam.cxx
AliMUONRecoParam.h

Adding new methods to :

- be able to Bypass station 4 or station 5 or both (as before) (or
none ;-) )

- get/set limits on calibration parameters (pedestal,gain,HV)

- get/set the "pad goodness mask", which is the basis to tell whether
a pad is to be rejected or not.

Note that this commit only adds those methods. They are not yet used
anywhere...

AliMUONPadStatusMaker.cxx
AliMUONPadStatusMaker.h

Adding one piece of information to the pad status = the
occupancy. That occupancy is fetched from the
MUON.QA.RunNumber.Cycle.root file, if that file exists and if is
contains the relevant AliMUONVTrackerData object...

- singleton functionality added for component and configuration handler
- support for multiple instances of AliHLTSystem
- HLTOUT processing policy moved from block-oriented to handler-oriented, one
  handler can now serve multiple data blocks but gets called only once
- added Reset method to AliHLTOUT class in order to use the same object for
  multiple events
- preparations for the HLTOUT kChain implementation, not yet finished

Conding violations fixed. The code is now included in libSTEER (Mikolaj)

ESD QA implemented

update of documentation

Bug fixes

minor bugfix https://savannah.cern.ch/bugs/?38437

Added functionality to retrieve a list of TPC-only from the original esd tracks

bugfix: correct cleanup of used clusters to avoid pile up; new histograms added (Gaute)

added a method return the QAdata file name (MUON request)

Reference plane invisible.

Improved raw data display.
When double clicking on the surface plot the signal
for the channel is displayed in a separate plot (in addition too 3x3 plot).
In addition, samples are alwasy shown for both high and low gain

Removal of dead code

minor modifications

Correct assocation of tracks to clusters (G. Conesa)

AliPHOSRecoParam is derived from AliDetectorRecoParam

Data member added.

Adding default histograms  and default selections (Marian)

Apply gain calibration for dEdx calculation (Marian)

Adding apply the Gain map in the dEdx calculation
(Marian)

ACORDE is not in the new default visualziation geometry ... take
the one from OCDB for now.

correction of PHOS AOD pointer filled while reading EMCAL data

In AliEveEventManager::AssertGeometry() remove a hack to bypass
geometry locking. This is now properly handled in TEveManager.
Call DefaultColors() on newly imported geometries.

Replace old, backup geometry alice-data/alice_fullgeo.root with a
recent one (colors sanitized manually). Register it as default
geometry in alieve initialization.

In geometry macros use the default geometry.

Weed-out all references to obsolete environment var REVESYS.

Fix raw-data macros for PMD and TOF so that they use
AliEveEventManager to get their hands on a raw-reader.

Custom streamer in AliITSCalibrationSPD for backward compatibility (H. Tydesjo)

Improved web frame and I-beams

Undo last committed changes (H. Tydesjo)

Verbose message changed to AliDebug (D. Elia)

Removed overlap: ITSSPDSensitiveVirtualvolumeM0/ITSSPDlay1-Stave_1/ITSSPDhalf-Stave1_1/ITSSPDpixelBus_1/Extender2_0 overlapping TSSPDSensitiveVirtualvolumeM0/ITSSPDCarbonFiberSupportSectorA0_1 (A. Pulvirenti)

Correct error handling in ExtractQA

Rename NLT_trackcount_init.C (precursor of visscan_init.C) to just trackcount_init.C.

Move initialization macros from alice-macros to macros.

Add some more parameters for stand alone cosmics reconstruction

added offline wrapper for HLT TPC CA tracker (Sergey)

Bug in cluster position corected (Diaz, Conesa)

Bug fixed on decoding flags

Bug fix in cluster search

Added loop on raw data files

Added loop on raw data files

Updating documentation comments.

Added:
Adding AliHLTMUONESDMaker to convert dHLT reconstructed Manso track and trigger record data to AliESDEvent format.
Changes:
Adding options to AliHLTMUONDigitPublisherComponent for -ddlid to use DDL equipment ID numbers and -exclude_chamber, -exclude_detelem to optionally mask out specific chambers or detector elements.
AliHLTMUONRootifierComponent now generates the specification bits for output data blocks properly.
Small changes to AliHLTMUONMansoTrackerFSMComponent, AliHLTMUONTriggerReconstructorComponent, AliHLTMUONHitReconstructorComponent and AliHLTMUONDecisionComponent to handle the fOffset value properly for robustness.

Bug-fix (Artur)

Cuts obtained from V00DA.config configuration file

Removed overlap: node EndCapSupportSystemLayer5Dx_1 overlapping ITSssdCone_1 (M. Sitta)

Typo fixed. Cut changed in ESD QA (A. Dainese)

Bug fix (F. Prino)

Upgrade of SDD response class (F. Prino)

adding mode makefile

Adding mode makefile

Adding mode makefile

bugfix for bad performance of TPCGlobalMerger: default size of track array corrected 2000 -> 0; allocation of array postponed

Number of ALTRO samples is reduced to 100

Overlaps and extrrusions in the volume PWTI are fixed

From Magali Estienne.

New classes and a macro for EMCAL visualization.

max events 1000 will be processed

Fix of another memory leak

Removed unnecessary zero suppression

Add new tracklet base class

Robust treatment of data corruption and cleanup

Fix memory leak

feature added to store and fetch from DB for online gain calibration

Updated example macro for TPC calibration (Marian)

Preprocessing of the Laser information (Marian)

TPC ClusterFinder and related changes (Kenneth)
- Added functionality: deconvolution in pad and time direction.
- bugfix: Qmax is updated in the clusters. Unsorted reading of data is now default
- timebin range by component arguments
- component arguments according to convention and code cleanup

Merge function virtual (Marian)

Updated propagation to the mirror
(Wrong radius before)

Usage of the updated AliTPCLaserTrack (Marian)

Merging implementation (Marian)

Corrected association algortihtm
- Laser track to measured mirror position (Marian, Jens)

Add SetQA method

Adding the array of ideal (measured) position of the Laser tracks

(Jens)

Update of the noise procedure

Update of the noise procedure

Invert C-side sectors in TPC (Matevz)

bugfix: ClusterCandidates deleted properly (Kenneth)

New QA datamaker including bug fixes for raw and recpoints

added a readable print

Update of the ideal geometry taking into account changes in ACORDE

Remove setting by hand of env. variable
(Christian)

Fix to the fix: reverting the last commit in AliTPCParamSR.cxx and AliTPC.cxx, and putting the correct fix for the mirrored C-side sectors (Marek, Marian and Cvetan). The inversion should be propagated to AliEVE (gidits and raw)

DA for tuning FEE parameters

Iteration number added into output file

take reference data from /Users/schutz/throng/offline//AliRoot/new

Replace Fatal by Info

Helper function to populate a ESD track with TPC paramters only

Removal of obsolete lines

DA for tuning FEE parameters