Store fraction of energy from signal in the array with ffraction of energy of cluster, only in case of embedding; correct minor coding violation

Added EventInfo in the QAManager and set it in Reconstruction to allow skipping QA of detectors not read out in the event (https://savannah.cern.ch/bugs/index.php?81284)

- read trigger flags from raw data
- read tracking done marker from raw data
- improve debug output for testpattern data
- check for digitsmanager, if none, don't store the data
- update macro to simply read raw data (demo)

using the HWCF Emulator from now on for HLT tracking

minor bugfix: release HLTOUT instance after using it to avoid warning message

HLTOUTTask now added at the end of Recontruct instead of beginning of ProcessHLTOUT. That allows to insert the output of an HLT chain into the offline reconstruction

Coverity fix

New, faster method for dEdx (Alexander/PerIvar)

correcting input multiplier, component does not produce more output than input

setter(s) for constrained tracks, make sure to have the same p_T cuts after the constraint

enable the online mode of AliRoot classes during HLT event processing

optimized generation of selectionsl added writing to HLT output

adding TPCDataCompression component to configuration

adding new classes to build

skeleton of TPC data compression component added

new handler for HWCF cluster output added

adding base class method for writing clusters to HLT output blocks

minor bugfix: error condition checked before padrow offset is added:

Coverity 17477,17478

cleanup implemented in Clear; adding method GetMaxSignal

adding virtual method GetMaxSignal; including Qmax and sigmas in filling of tree

Configuration parameter added "-merger-distance"

Coverity fix

In Trigger QA:
Fix bug in the normalization of the bin containing the YCopy errors.
(Diego)

THnSpase merging switch added in AliPerformanceObject (Michael Knichel)

Updates for TRD PID
Markus Fasel

Small update for the status code (Raphaelle)

Additional getters (Jens)

Move histogram setting ranges from analysis modules to base class (to be moved to separate class)
Add/change shower shape histograms in AliAnaPhoton and AliAnaPi0EbE, remove the ones in the QA class.

 new output (especially jet selection and mismatched jets) some reorganization of configuration of the output

Updates (Pietro):
new explict setting T0DetectorAdjust
Following some use of TOF tender where it must not be used, we additionally enforced strict discipline now for 2011 (e.g. tender NOT supported).

changed include to work with new wrapper folder HLT/FJWrapper

FastJet wrapper and CMakefile

removed FJ wrapper from EMCAL directory

checks cell has not already been assigned to cluster higher energy seed (line 109) & time difference between a cell and the seed (line 110).

added OCDB access for trigger param

bugfix: Qmax in the HW ClusterFinder has 12 bits after the point, not 6

Temporary fix for coverty warning 17496.

mixed event for two-track efficiency

Coverity 17475

Coverity 17476

When extracting a full array of histos corresponding to given trigger class,
the user-assigned UniqueID of the array will be copied too (on request of Melinda)

Coverity fixes (Alex)

caching the information is trigger L0

Coverity (F.Ronchetti)

Replacing printf with the XXXInfoXXX

 memory leak fixed

Skipping QAThreshold and TriggerClassesAndHistosToClone files in the creation of the raw data tags.

bugfix: suppress points without associated track point in residual calculation

helper method to fill tree structure

extended HWCF emulation to include Qmax in the output

use HWCF decoder class, supporting both output formats transparently

adding new classes to build

added handling class for raw space points

decoder class for hardware clusterfinder output format added (not yet in build)

fixed data member types

added treatment of raw coordinates

added setters and getters for data members

New PID method implemented

Coverity fix

Do not set the matrices load status at the InitParameters

Coverity fix

Fix coverity defects

coverity

increase size of calo cluster array

Protection against run==0 runnumbers

AliTRDCalibTask.cxx .h (running on a test task over all triggers)
AliTRDCalibraFit.cxx .h (one constant per run in case of too few stats for vdrift and gain only)
AliTRDPreprocessorOffline.cxx .h  (status implementation and case for one constant per run)

updated Bayesian PID

Selection of absolute leading for triggering, MC histograms added, possibility of different pt trigger bins, general clean-up and cosmetics

o add histograms for TPC + TOF
o Prepare for EMCAL

Add online gain tables (Annika)

coverity fix

Fix bug in mu calculation (Plamen)

esdFriend selection modified by Markus Koeler

Remove print

adding TPC cosntrained tracks back in for comparison

added new cuts (Iter1>70

Clusters removed during transformation of recpoints into caloclusters, null pointer added instead, now corrected. In case of just unfold and recalibration requested, calibrate cells

Isolate only leading particles, and some cosmetics

Added theDeleteImage method allowing destruction of TCanvas** (see https://savannah.cern.ch/bugs/?84565)

Propagating scalers to ESD.  (Plamen)

Added methods for mu calculation (Plamen)

changed methods of AOD track

fix for NUA

Possilibity to change the binning and range of time histogras

Change default name of geometry to Complete, add debugging print

extra bit for TPC and Global constrained flagging

Do not use fESDpid if it does not exist

Fix for memory leak.

HMPID performance task and centrality task added to the train

b field dependence

Task AliHMPIDPerformanceTask (L. Molnar) for basic performance studies added

change in dphi distance formula

mistyping fixed

Additions in the balance function code, including shuffling

Fix in PID application for LambdaC (Rossella)

Fixing broken code with temporary fix.

-- changes by Weilin
1. track selection using tof information
2. activate TPC-ITS matching component

M    TPC/AliPerformanceTPC.cxx
M    TPC/macros/AddTaskPerformanceTPCdEdxQA.C
M    TPC/AliTPCPerformanceSummary.cxx
M    TPC/AliPerformanceObject.cxx
M    TPC/AliPerformanceDEdx.cxx
M    TPC/AliTPCPerformanceSummary.h
M    TPC/AliPerformanceObject.h
M    TPC/AliPerformanceMatch.cxx
M    TPC/AliPerformanceTask.cxx
M    TPC/AliPerformanceMatch.h

Clone finctionality removed

updated systematics for D* analysis in pp @ 2.76TeV + typo fixed in the 7 TeV D* systematics (Alessandro)