Updating CMake files

1. Correct inheritance of GetEntryList in AliXMLCollection + bug fix. 2. Extension of the collection:// URI, which now can handle also entry lists. The two available formats are: a) xml collection file with event-lists (produced by the tag analysis framework); b) TEntryList stored in a root file (TEntryList object should follow the defintion of an entry-list for a TChain). The formats are distiguished by the filename extension - .xml ot .root

Check the event type also for pedestal runs and ore protection in the shuttle

Compilation warning fixed

bugfix: Data was simulated in the wrong order: bunches for the higher timebins
first. But real data is the other way round: bunches are written in the order
of ascending timebins. A new consistency check was added to AliAltroDecoder
(AliAltroBunch) in revision 29090. Now the channels are checked for overlapping
bunches, the time of a bunch must be smaller than time of the previous one
minus its length.

Take number of non-empty events and the raw data format properly into account

Bug fix (Marian)

Adding functionality to visualize result for defferent setttings (Marian)

add protections for Rieman Tilt Fit

Adding export to calib trees (Marian)

Bug fix in the local y (Jens Wiechula, Marian)

Added example macroes

QA histo names modification

Removed obsolete macros

small modification to the style of the PID task plot

new convention for drawing QA results.

Adding the global event information in central place
Use it in debug streamers (Marian)

special file for container configuration

Added event-mixing management in buffer and some new functions, plus some corrections in the code

use same DAC-HV value relation as for calibrations + voltage values stored as floats rather than ints

extend macro to run on batch

Updated macro for SDD injector analysis (F. Prino)

1. Modification in order to use it batch mode
2. Use fit model 0 to extract results

(Marian)

Moving some private members from f to g

bugfix: correctly handle steering events in order to avoid warning 'Data source component skips input data blocks: first unknown block PRIV:EVENTTYP'

forward empty DDLs and produce empty HW list if DDL has no payload; memory optimization, allocate pad array only if needed

enhanced version of the selector component for increased performance of selective Altro redaout: component now can calculate average/RMS for channels and do the selection without a component preparing the list of channels

Speed up the creation pof the CalPads  (Marian)

bugfix: stopwatches for HLT benchmarks had been resumed at wrong point and measurement was completely wrong

Adding the Pulser calibration data (Marian)

updates in the NN training task (Alex W)

fix tracklet fit for pad row crossing tracklets

Example macros to set OCDB for PROOF (Marian)

To be used in following way:

gProof->Exec(".x $ALICE_ROOT/TPC/macros/ConfigOCDB.C");

applying a quick hack to avoid usage of the pad class when only the list of hardware addresses is going to be produced; ideally something like this hack can be part of AliHLTTPCPad together with some better handling of the pad objects in order to avoid large arrays

fixing tracklet tilt correction

fixing tilt pad correction in tracklet fit (to be followed)

HLT reconstruction is now embedded correctly into the simulation chain (Matthias)

class def increased.

Added debugging printings. Fix in computation of statistical values.
Refinements (on protections) added.

Enhanced doxygen documentation

CCUSB reader from Rachid Guernane for SuperModule calibration - added to EMCAL base lib (also preliminary STU = trigger unit reader)

small fix for drawing superimposed graphs

decrease output size for PID task (Alex W)

correcting some bugs, partly introduced in rev 29090
- last bunch of last channel was likely to be always skipped due to wrong size check
- putting back the function documentation which somehow got lost
- doing check for minimal buffer size right in decoder initialization
- making GetRCUTrailerSize working if decoder was not initialized or failed

bugfixes: using correct format specifier (unsigned) for event no in file name; the SOR/EOR prefixes had been wrongly added in front of the directory, now added to the directory

move output data to beginning of output buffer because PubSub can not handle components filling permanently the whole buffer

some quick hacks to improve speed for ActiveChannelSelection: terminate ZeroSuppression when a signal in the channel has been found

* AliHLTRootFilePublisher
  Implementation of the RootFilePublisher( was a only dummy before )
* AliHLTFilePublisher
  New member added in order to switch from raw to root files
* rootfilepublisher.C
  Added example/test macro for RootFilePublisher and RootFileWriter

Adding tool tip to remind OCDB path syntax

EMC cluster energy correction on/off

propagate AttachClusters changes to the barrel tracking

- fix tilting pad correction in Attach and Fit tracklets
- improve verbosity

silvermy@ornl.gov - SMcalib - directory with tools for SuperModule calibrations at Grenoble and Yale

Updates for 2008.3

improved verbosity in the tracking sector

fix crash in TRD reconstruction

more flexible detctor check task (Markus)

second interation in improving debug stream in AttachClusters

improve debug streaming in AttachClusters

Slash removed from histograms names (D. Elia)

Make GetStack() and GetSector() static

removed maximum number of steps in particle and event containers

This version includes the suppression of the 0.5 channel shift used previously to calculate mean values (both for pedestal and calibration) and some bug corrections

introduce tracking efficiency for each species

Evaluation of the influence of each ITS layer on the prootn analysis

Visualization of the edge effect
Currently only CE studies (Marian)

minors

fix NN PID for 1 exponential in the tail cancellation

save short tracks to the friends (measured data situation)

Minor fix to make vertices with SPD outer and SDD inner (A. Dainese)

AnalyzeLaser renamed to AnalyzeLaserCE (Marian)

Updated Macros (Marian)

tune for mass production

More functions added

fix problems in the efficiency plot (Markus)

HG/LG histogram binning adjusted for more robust fitting

includes corrected

Better histo limits applyed

Cable Length used to set TOF channels delays
when no computation of delays is performed starting from
the histograms coming from the DA.

Removing call to rewind the rawreader which was a mistake. It should have been just Reset, to go back to the first DDL of the current event.

Update macros for prompt offline (Mikolaj)

Added functionality to the histogram handler class to ignore specification when adding histograms. Minor cleanup/bugfix in the zerosuppression component. Added qMax to the output list in the clusterfinder and added a macro to test the histogramhandler. changed back to using the decoder in activePadsTest.C

Bug fix (F. Prino)

MC composition and processes part added

new macro for loading tracks from the QA framework

providing the RawReader already to the configuration step in order to allow modules to reconstruct from simulated raw data during AliSimulation

Adding implementations of copy contructor, assignment operator and Copy methods to perform a deep copy of the event object.

AliTPCCalibCE.cxx.diff           Add ctor with configuration options; Bug fixes
AliTPCCalibCE.h.diff             Add ctor with configuration options
AliTPCCalibPedestal.cxx.diff     Add ctor with configuration options; Set noise and pedestal to 0 if outside the specified ADC range
AliTPCCalibPedestal.h.diff       Add ctor with configuration options
AliTPCCalibPulser.cxx.diff       Add ctor with configuration options; Bug fixes
AliTPCCalibPulser.h.diff         Add ctor with configuration options
AliTPCdataQA.cxx.diff            Add ctor with configuration options
AliTPCdataQA.h.diff              Add ctor with configuration options
AliTPCMonitor.cxx.diff           Fix event number when reading from root file; simple baseline calculation; fft updated
libTPCbase.pkg.diff              include AliTPCConfigDA
TPCbaseLinkDef.h.diff            include AliTPCConfigDA

TPCCEda.cxx.diff                 Added Calib object support to AMORE DB; Added possility to use a config file; code cleanup
TPCPEDESTALda.cxx.diff           Added Calib object support to AMORE DB; Added possility to use a config file; code cleanup
TPCPULSERda.cxx.diff             Added Calib object support to AMORE DB; Added possility to use a config file; code cleanup
TPCQAda.cxx.diff                 Added possility to use a config file

Jens Wiechula

AliTPCConfigDA.cxx               Simple text configuration file parser
AliTPCConfigDA.h                 Simple text configuration file parser
(Jens Wiechula)

Jens Wiechula

PublisherQA.cxx.diff             Adopt to AMORE and QA framework changes
PublisherQA.h.diff               Adopt to AMORE and QA framework changes
UIQA.cxx.diff                    Add import of calib objects from AMORE DB; code cleanup
UIQA.h.diff                      Add import of calib objects from AMORE DB; code cleanup
Makefile.publisher.diff          Add dependence on Proof
Makefile.subscriber.diff         Add dependence on Proof
Makefile.ui.diff                 Add dependence on Proof

Importnat bug fix. Wrong gro field ID has been replaced by the one the reconstruction expects. An invalid list of active detectors is treated correctly by enabling all the detectors (Chiara)

Splitting the proton analysis into the real thing and the QA (more on the QA later)

Moving to alicecaf + addition of the DCA in the QA

Switch off vertexer in case SPD is not among the active detectors

code cleanup, bugfixes
- remnants from previous events created empty channels in the ZS output
  looping now over the active channels instead of all rows and pads
- added warning if channels have not been considered because of low occupancy
  TODO: concept of occupancy might need some revision
- speedup: skip encoding if data is not going to be sent and only the address
  list is to be created

making AlitroChannelSelector more robust against DDL without payloads and zero length channels

AliEveEventManager
------------------
Add getter 'TFile* GetESDFile()'.

AliEveEventManagerEditor
------------------------
Disable trigger select unless ESD file exists in the event-manager as its
curernt implementation only works this way.

Fixed compilation warning (Mikolaj)

Update (Stefan)

Example macro for filtering MC info  to the AOD on proof, added comment