Adding the resolution picures (Marian)

Jens changes - common base class for the Raw data calibration

AliTPCCalibCE.cxx.diff          Include usage of base class, add possibility to set peak integration range for COG determination
AliTPCCalibCE.h.diff            Include usage of base class, add possibility to set peak integration range for COG determination
AliTPCCalibPedestal.cxx.diff    Include usage of base class
AliTPCCalibPedestal.h.diff      Include usage of base class
AliTPCCalibPulser.cxx.diff      Include usage of base class, add possibility to set peak integration range for COG determination
AliTPCCalibPulser.h.diff        Include usage of base class, add possibility to set peak integration range for COG determination
AliTPCCalibRawBase.cxx          Base class for raw data processing, to be used in the basic calibration components
AliTPCCalibRawBase.h            Base class for raw data processing, to be used in the basic calibration components
AliTPCcalibLaser.cxx.diff       Added common IROC/OROC linear fit model, added rotation of associated track the laser track ref. frame
libTPCbase.pkg.diff             Added raw data calibration base class
TPCbaseLinkDef.h.diff           Added raw data calibration base class

Adding the description of real data (Marian)

bug fixes Q cumulants for overlapping selections

New EMC ideal calibration with all gains=0.005
and macro to create EMC calibration around 0.005.

If a setof track parameters is created outside the beam pipe, it is transformed to the local coordinate system of the TPC sector that contains the point of creation (A. Bercuci, A. Dainese).

remove dependence on the AliTRDReconstructor from the PID related code
(Markus, Alex)

revome redundant variables

remove dependence on the AliTRDReconstructor from the PID related code
(Markus, Alex)

Calibrate Digits before putting to CaloCells

Produce sample with given amp, delegate ADC2GeV conversion to OCDB

Digits::E measured in ADC counts now

Digits::E measured in ADC counts now

Explicit ALTRO offset subtraction removed

ADC2GeV calibration moved to Clusterizer

Bug fix. Distance from detector to vertex now calculated correctly

Updated surveyed TPC laser tracks (Jens)

pass ESD AOD or whatever to the macro

added more plotting options

Fix size of array declaration, as pointed out by Andrei

use the minimum error point on the tracklet (x ref) also for inward track fit

adding a getter of the QA object from tag file

Restored working AliZDCReconstructor class

Fix coding rule violations

Bugfix, comparison of string -sorted was not correct.

temporary disable unit test of AliRawReaderHLT due to problems with loading libHLTrec.so from the AliRAWHLTManager (dues not occur in AliRoot)

A temporary numerical fix (A. Dainese)

Support collar at FMD2 position.

updated histos for monte carlo info

No more relevant

No more relevant

Bug fix. Filling in chamber ID and detection element ID information correctly for reconstructed hit objects.

changes in AliTRDdigitsManager
- important correction in the destructor
- TObjArrays may contain only one entry if raw data is reconstructed. faster!
- cleaned up code

changes in AliTRDclusterizer
- important correction concering signals[7] in CreateCluster
- some corrections of the padStatus handeling in IsMaximum
- make use of changes in digitsManager
- cleaned up code of IsMaximum
- preparation of the code for upcoming SIMD implementation

changes in AliTRDReconstructor
- make use of changes in digitsManager

Correction to find clusters in high detector occupancy (central Hijing) is introduced.

Adding class for space point (unlinear correction)

Reconfigure() method added

for local runs write histograms lists singlekey

Adding the class for Cosmic events
Preliminary version
Only functionality for ACORDE implemented
(Marian)

update

list of tracking-ca/*.h headers updated

A tracker update:  significant clean up, reorganise of the data structures, p-p tracker speed up for CPU ~10 times, Pb-Pb tracker speed-up ~2 times

bug fixed

change in naming LYZ outputfiles for plotting

running local for SP and LYZEP and new histograms for QC

From Bogdan:

Add preliminary version of the gentle MUON geometry (need extension in
ROOT for proper one) and the necessary macros to include it in the
"scan" viewers.

Some minor changes in AliEveMUONTrack and MUON_display* macros.

From Matevz:

Clone anyscan_init.C over visscan_init.C - now they are identical.
anyscan_init.C is now deprecated and will be removed soon.

Remove obsolete alice-macros/SplitGLView.C. All functionality (and
more) now available from the EVE window manager.

Set svn:keywords of all macros and alice-macros to Id.

protect against missing pt in track references

minor changes:
- fix warning in TRD track
- fix radial position estimation in resolution task

Additional protection

Add parameterizations for "uniform" mag field a la former AliMagFC.
The nominal values are 5 kG in L3 and 7kG in the dipole

Temporary fix in the calculation of the track time/length (bug #46034)

A lot of changes after detector review:

* AliFMDBaseDigit (and AliFMDDigit and AliFMDSDigit
  by extension) derive from silly AliDigit.
* Up to 3 track labels propegated from hits to
  digits and sdigits.
* Implemented AliFMD::Raw2SDigits (see also
  scripts/TestRaw2SDigits.C).
* Added survey data of FMD1 and 2.
* Added FMD2 survey markers to geomtry.
* Survey to alignment is almost done.  The code
  is in AliFMDSurveyToAlignObjs.  Note, FMD2
  survey can only give FMD2 z-offset, while FMD1
  survey can in priniple also give x,y offsets
  as well as rotations.  FMD2 z-offset is determined
  as a best-fit of a plane to the available data.
* FMD2 and 3 are still roughly 4mm off from design. I
  need to talk to ITS people about this.

Added ITS Alignment interface to MillePede2 and related supermodule class

Added AliMillePede2 + related matrix and solver classes

Check 0 pointer (Marian)

Clean up the dependencies

local write fix

fixed wrong index

Compilation error is corrected

Bug in selection of b-

List of raw data histograms is extended (T.Horaguchi).

Time info in SDigits

Time info in SDigits

more hist from Q vector cumulants and updated plot macro

Time info in hits

Adding the error in the particle composition plots

updates for studying the drift cell structure

In AliMUONTriggerGUIbdmap:
- Added missing forward declaration
- Renamed argument main in ctor (not to confuse new rulechecker)

fix coding errors (Markus)

anyscan_init.C
--------------
Add clusters.C macro to the macro-executor (disabled by default).

TEveJetConeGL.cxx
-----------------
Fix compilation warning.

Bug fix in assigning the local trigger deviation to ghost ESDMuon tracks

Latest changes ny Aria, added CDF charge jet definition, option tp split pos and neg

Changes to have correct procedures for run type DAQ_FO_UNIF_SCAN (H. Tydesjo)

fITSModuleIndexInfo is now copied from the AliITStrackV2 to the AliESDtrack (A. Dainese)

Minor

Adding pdf doc file (Marian)

Adding propagation using the TPC seed (Marian)

Adding TPC pictures (Marian)

Adding picture  to ilusstrate energy correction precission
(Marian)

Adding  the task for testing functionality of the
Tracking

Add missing includes needed to run the macro in compiled mode.

Add protections for tracker of some detector being zero (happens with
real data when not all detectors were taking data).

From Antonin: switch to the right formula of pseudo-rapidity in detailed view display.

Comment...uncomment...

Minors.

Update in trigger code:
- Adding files missing in previous commit (Calib/TriggerDCS)

Update in trigger code:
 - Creating shuttle preprocessor (AliMUONTriggerDCSSubprocessor) for getting
   trigger RPC HV and currents.
 - Add Trigger RPC HV and currents in QA.
 - Removed class AliMpHVNamer (using AliMpDCSNamer instead to handle both
   tracker and trigger)
 - Changed some variable, data members and function names to be consistent
Also:
 - Updated documentation of class AliMUONTriggerDisplay with further details.
(Diego)

Reverting back the TPC set branch (Marian)

Test suite for beam-beam pileup simulation. The meaning of the settings and some examples are documented in the config file

protections against missing clusters in calculating dQ/dl

Fixed coding violations

Activating back MakeBranch function for custom TPC hit container
(Marian)

Small modifications on the PID checker task in order to be able to
run the pion efficiency for several electron efficiencies. The standard
post process will still run on 90% electron efficiency, but a function
called from outside may change the electron efficiency threshold for the
calculation. (Markus)

In MUONGenerateGeometryData.C:
Updating macro for changes in framework.

More user settings for decays.

Don't overwrite user settings for particle decays.

Updated for a better tracking.

Getter for the beam energy

Extra histograms GFC cumulants + rule checker corrections

protect against missing PDG entry - the cause not tested

Fixed bug in Reconfigure function, and updated Configure.

call for geometry construction changed according to changes in AliRun