UNDO: Ref storage set in initialisation

move offline TRD tracklet to the right inheritance tree
(AliTRDtrackletBase)
- expand data members to store statistics of shared clusters - but keep
  overall size constant !
- improve debug stream in resolution task

dding default trigger description and trigger domain parameters for AliHLTTriggerMenu; to be used by AliHLTGlobalTriggerComponent for negative trigger decisions.
Adding clear methods to AliHLTReadoutList and AliHLTTriggerMenu.
Adding optional flag to control clearing of trigger domain and description in AliHLTTrigger.

Removal of no longer maintained neural trackers

Fix coding rule violations (MinJung)

No need to compile Task, it is inside the library

Putting AnalysisTaskFemto inside the library

Do final processing

Improving rule conformance

Improving rule conformance

- simplification of calling AliTRDclusterizer from AliTRDReconstructor
- simplification of calling AliTRDdigitsmanager from AliTRDclusterizer
- thus small changes in all three mentioned
- also changes in AliTRDclusterizer from compatibility to HLT components

Ref storage set in initialisation

Configuration called outside task. (M. Gheata)

- Cascades in AliAODEvent
- Correct handling of V0 and Cascades in ESDfilter
(Antonin Maire)

Coding violations corrected.

fix flow calculation in scalar product

Updated documentation for changes in the framework

fix problem ini processing graphs, extend interface

extend user interface

removing temporary workaround for circular dependency libSTEERbase libRAWDatabase
see https://savannah.cern.ch/bugs/index.php?45935

recraw.C removed, using recraw/rec.C instead. Restoring the original test layout

recraw.C removed, using recraw/rec.C instead. Restoring the original test layout

propagate modifications from AliTRDtrackingChamber

update the calculation of used clusters per tracklet
purge used clusters before entering the stand alone tracker
clean up the stand alone code

Fixing compilation

 comments added to satisfy voilations

keep the DeInit loop going if an error occured in one component

 voilations fixed as was possible

added scalar product to the plots

adding cut for its stand-alone tracks

AliTPCcalibBase.h  AliTPCcalibBase.cxx
Adding trigger class as string

AliTPCPointCorrection.cxx AliTPCPointCorrection.h
Adding
R            distortion correction
RPhi         distortion correction
Quadrant  misalignment
Inter sector misalignment represented by 6 parameter to be still defined.

AliTPCcalibCosmic.cxx  AliTPCcalibCosmic.h
Adding MakeCombinedTrack       - merge 2 halves of the track
Removing setting of Gain map   - done automatically in the CookdEdx from the OCDB
Adding AliExternalComparison   - ndim THnsparse for performance study

AliTPCcalibTracks.cxx
Changing binning of QA histograms

AliTPCcalibCalib.cxx
Applying the R,RPhi and alignment correction before refit of the track
It is temporary sollution before we move the all correction to the AliTPCTransform
Corresponding OCDB  entry should be back compatible therefore I didn't want to commit it before correction class (AliTPCPointCorrection) is fixed

implement integrated flow in scalar product method and subevents in flowevent

fix coding violations

Pictures concerning AliITSv11GeometrySupport documentation

Several updates from the validation phase of the Fast Or DA (A. Mastroserio)

ITSSPDfoda.cxx renamed to ITSSPDFOda.cxx (A. Mastroserio)

Changes to have an option for storing like-sign V0 in the ESD

Coding conventions

fix radial position calculation for tracks and temporary remove tracklet
check

Remove obsolete class

Removing coding violations (Marian)

1. Using the THnSparse instead of THx and TProfiles

(Jacek)

- Move to the new attaching cluster to tracklet procedure in the stand
alone tracker
- revised definition of cluster usage and sharing
- make track/tracklet aware of TPC kinks

Alex and Markus

Fix for improper corrections from revision 30849

fix broken compilation

From Cesar: make selection and two-selection working with the new
arrow implementation.

fix MC selection

Adding macro to viualize the result of PID task
+ change of default binning in the histograms in task

AliTPCReconstructor.cxx - MIP at channel 50
AliTPCpidESD.cxx        - Using TMathBase to calculate BetheBlochAleph
                        - dNprim/dx =>dNtot/dx correction hardwired- to be 2 database entries

AliTPCseed.cxx AliTPCseed.h AliTPCtrackerMI.cxx
                        - Using CookdEdxNorm
                        - RMS and Number of clusters also calculated

Adding task for checking of the TPC dEdx and PID performance
(Marian)

Changes to have an option for storing like-sign V0s in the ESD

silvermy@ornl.gov - adding class to hold EMCAL cosmic calibrations; from Mark Heinz

Adding digitization  and function  GetQmax and GetQtot
as function of threshold and appplyed noise (Marian)

recMC.C submitMC.sh
SetEvent range and custom path to DB

ConfigCosmicField05.C ConfigCosmic0Field.C
Set random seed in Config

AliTPCTransform.cxx AliTPCTransform.h
Adding data members - RecoParam, Run number and time stamp
Needed to calculate time dependent correction - inside run

AliTPCRecoParam.cxx AliTPCRecoParam.h
Possibility to switch OFF TOF correction

AliTPCCalibVdrift.h AliTPCCalibVdrift.cxx
Defining the default values, calculate default T/P correction for drift velocit
y
It is first order correction

Changing TriggerEvent method interface to return error codes from the PushBack method. Maybe useful for deriving components.

exit is in stdlib.h

Correctly adding subdirectory so that unit tests for the trigger library are run with 'make check'.

use excahnge container as input

updating track cuts

Fix bug introduced in rev28206 - Thanks to Bogdan! (Javier)

Use TruncatedGaus and gRandom (Javier)

Adding a help menu function to keep track of what we display

ADC gate simulated + changes in reconstruction

Minor bug fix: GetOutputDataTypes was calling the wrong const method internally.

- AliITSv11GeometrySDD.h : improved prototype of private method
                           CreateLadderSide()

- AliITSv11GeometrySDD.cxx : modified methods
  o CreateBasicObjects : improved, set the names of all TGeoArb8 created
                         with CreateLadderSide()
  o CreateEndLadder : improved, set the names of all TGeoArb8 created with
                      CreateLadderSide(); fixed, volume name changed from
                      "ITSsddCFladdTopCornerVol1" (duplicated) to
                      "ITSsddCFladdTopCornerV1" (similarly to the others)
  o CreateLadderSide : fixed, the Arb8 points are now defined in the
                       proper order; improved, give a name to the created
                       Arb8 shapes
  o CreateCoolPipeSupportL : fixed, the Arb8 points are now defined in the
                             proper order; improved, the shape name is set
                             before defining the points
  o CreateCoolPipeSupportR : improved, the shape name is set before
                             defining the points

Mario Sitta

default to "HAVE MC" info

AOD outputfile name corrected.

Don't store points in TLinearFitter

Minor mods in the bining

Add X positions of beginning and end of TRD mother volume

Adding more QA histograms: eta vs phi vs Nclusters

improve user interface

a few extra null pointer checks

Adding Empty method to readout list to check if it has all DDL bits disabled.
Bug fix for the AliHLTTriggerDecision class to correctly replace the readout list rather than merge it in the setter method.
AliHLTTrigger not using AliHLTTriggerDecision setter method for readout list anymore to keep previous behaviour so that it still merges the readout list.

insert test of the TRD refit flag

fix the error calculations in generating function cumulants when weights are used

Cleaning up the number of couts

correct also z coordinate calculation (GetZ())

correct definition of y coordinate (GetY())

esd_tracks.C
============
Add AliESDtrack as source object of eve-tracks.

AliEveJetPlane
==============
From Cesar: GUI controls reconnected to work with the new implementation.
With Cesar: Connect to EVE-selection to supply additional information.

adding QA reference for HghMultiplicity

adding QA reference for HghMultiplicity

adding QA reference for HghMultiplicity

MC task also now uses exchange container and gets MC reaction plane from FlowEventSimple

Possibility to specify user defined OCDB path for
the TPC

Adding updated version of test recMC.C

Deleting old recMC.C

Modifiing Config files according standard Config.C
+
Addign CosmicConfigs

passing the mc reaction plane to the floweventsimple

cumulant tasks now use exchange container FlowEvent Task fills reaction plane

Adding possibility to use custom ExB correction map
User should SetInstance of AliTPCExB::SetInstance()

Update from Brigitte (protection added)

added MC Reaction Plane information to FlowEventSimple

Modification related to the new AliAnalysisTask
common input (Marian)

+ Analysis manager and AliTPCAnalysisTaskCalib setup in different functions
(Marian)

Using recraw.C from the top directory

add protection for missing tracklet variance

used floweventsimple exchange container

Major update for the TRD tracking code
1. Detach offline tracklet from the old AliTRDseed. Prepare the junction
with AliTRDtrackletBase and remove obsolete data members
2. Store track position at lower (TPC) and upper (HMPID) entrances for
monitoring systematic effects
3. Restrict chi2 definition for tracklets to the y direction to cover up
the TPC z shift (temporary)
4. Rename and extend tracking resolution task.

Alex

Using SetMaxDCAToVertexXY instead of the removed SetDCAToVertex