Coding convension fixes

remove obsolete task from H.Ricaud

A major update in the tracking code is available in the TRUNK. This
update is mainly triggered to create the infrastructure for
recalculating the cluster position during tracking but it is also
answering some comments/suggestions from the users. Here is a list of
the features which are now available:

- use of GeoManager in the tracking. This is needed to correctly
  initialize the radial position of the following :
      - anode wire plane
      - chamber entrance

- configurable fiducial area. for the moment I have a 5mm exclusion area around the pad plane limits

- proper definition of ESD status bits, in particular the TRDin and TRDStop

- history of tracking per TRD track. One would be able now
  to query what happened to the track in each layer on the
  way from TPC to TOF. At the level of AliTRDtrackV1 one
  can access this information via the function
   inline UChar_t GetStatusTRD(Int_t ly=-1) const;
  There are also general (static) functions to be used in the future with the ESD track:
   inline static Bool_t IsTrackError(ETRDtrackError error, UInt_t status);
   inline static Bool_t IsLayerError(ETRDlayerError error, Int_t layer, UInt_t status);

Correct reading of data file.

Debug print commented

Move const in the right position

Debug printout removed.

Changes to create digitizer with info about spectators

fixing coding violations

Fix minor bug in SDD raw data writing (F. Prino)

Evaluation of xRa and yRa to draw rings done.

Bug in magnetic field solved.
IMPORTANT change: the first two fields of GetHMPIDtrk are the x an y of the extrapolated track to the PC (before was at the RADIATOR). This change is to minimize the infos in ESD and to optimize the code for new mag field.

fix some coding violations and error calculation

All the changes have been done in order to integrate in the standard
reconstruction (AliReconstruction) the possibility to estimate the SPD
efficiency using the method of tracklets. By default, this estimation, as
well the others which use normal tracks, are switched off.

The AliITSTrackleterSPDEff now inherits from AliTracker.

Giuseppe

Store number of TRD tracklets on ESD for tracking and PID. Reuse data
member fTRDpidQuality as fTRDntracklets to store both scalers.

Alex

Changes to allow NO spectator signal when specattors are tracked in sim

new QA SIM structure compiling now

Dummy routine PYPTFS introduced.

new QA SIM structure

Fix in AliMpSectorSegmentation::PadByPosition;
it corrects sector area pad iterator which found a few pads
more times (with invalid indices).

Helper class for event mixing based on VEvent

Possibility to keep in ESD several (pileup) primary vertices reconstructed with SPD and/or with tracks

Remove of outputs from ACORDEQAChecker log (Yves remark) and setting an empty object for RecoParams (Cvetan remark)

Added AddTrackParams() method for convenience + some comments

Fix warnings

extra options

New version of the TPC-ITS alignment code (Mikolaj)

Main changes:
- bug fix in AliMUONPayloadTrigger: add the regional header to the array in
the darc header also for empty regional boards (not connected or with error
reading), otherwise a "segmentation fault" is obtained by the wrong indexing
within the loop over the regional boards
(B. Vulpescu)

Main changes:
- introduce an option to use either the old or the new (fast, HP) decoder
- adjust the print levels (0 default, 1 moderate, 2 event by event)
- allow analysis of only PHYSICS events when the FET is not in mode 0x3 (pulses not triggered by
the central trigger)
- bug fix: use the right "fileId" for the storage of the exported files in the FXS DB in conformity
with the SHUTTLE
- change the name of the DA configuration file from DAConfig.txt to DAConfig.dat, in order to
be displayed by the ControlPanel OpenFile browser
- use "define OFFLINE" to select compilation for offline/online execution
Also:
- see READMEmtrda.txt and http://aliceinfo.cern.ch/static/Offline/dimuon/muon_html/README_mtrda.html
(B. Vulpescu)

Update of the content

Calculating fAlpha as atan2(y,x) only for the tracks outside ITS (A. Dainese)

Checking the kITSrefit bit at the proper place (A. Dainese)

In MUONmappingLinkDef.h:
Adding namespace AliMq (which was missing)

In Mapping/macros:
- Renaming the main macro function to be consistent with new macro name;
- create a new canvas each time when the macro is run for other station/plane
  combination.
- Adding test suite script

New setting of the cross-section (Bogdan)

Removed memory leaks

In Mapping/macros:
Renaming macros for station 1 and 2 only:
all start now with the prefix testSt12.

In mapping/macros:
Updated macros to get them compiling and working again;
changed macros for St12 so that they are now by default executed
for both station types and both plane types.

- Add ITS clusterfinder for SPD and SSD (Gaute)
- Update ITS Agent (Gaute)
- Update pkg and cmake file (Gaute)
- Add test macros (Gaute)

add light version of JET to cmake compile, to add: dependency of FASTJET

update of jet macros

fix warnings

Changes to obey to the coding conventions (M. Lunardon)

Bug fix. This eliminates a compilation warning. (R. Shahoyan)

removed hardwired disabling of branches

Fix compiler warnings (Theodor)

get reaction plane angle for gevsim events

1) Updated default numbers for the reports
2) New method Bool_t CreateAlignObjs() which calls the other Create... methods;
3) ew method Bool_t ApplyAlignObjSSDLadders();
4) CreateAlignObjSPD renamed to CreateAlignObjDummySPD

Raffaele Grosso

Fixing more warnings

Fixing ompilation warnings

Double definded copy constructor (Marian)

Warnings removal.

Fix warnings from Cerello

AliGenInfoTask.h     - Forgoten to commit - Debug information
AliESDRecInfo.cxx    - Removal of the memory leak

Marian

fix warning (thanks Federico)

Warning removal (Marian)

Warning removal (Marian)

Fix effc++ warning

Limit Printout via fDebug

Adding EPOS and TUHKMgen

Fixing some warnings

change option of merger to avoid local copy

Adding AliMUONVDigitStore::HasMCInformation in order to be able to skip MClabel computations for real digits (Laurent)

correct the making of the GridCollection and simplified Merge method

q-pythia enabled version (Leticia Cunqueiro)

QPythiaWrapper for collision geometry added.

q-pythia for jet quenching simulations added. (Leticia Cunqueiro)

fixed warnings

Method hiding fixed.

Suppressed "shadowed locals" warning

Added few getters/setters

fix warnings

Introduced finer division for mag.field parameterization patches.
Average gain in CPU time is ~5 but the mag.field size in RAM
doubled (~4.7MB)

Renaming  EPOS/TEposLinkDef.h to  EPOS/EPOSLinkDef.h as expected by cmake

Added eta and phi correlation to TaskJetSpectrum, also fixes compiler warning for ununesed etaGen, added protection to SpectraQA

Removing extra symbols

Restored compilation with CMake. The administrators of the modules have to mantain both *.pkg and CMake_* for the moment

Revert change 31524: libRAliEn is not linked and TAlienCollection cannot be used

MakeAlObjsArray is not const in the base class

remove unecessary (for the time being) code

Warnings removed

fix warnings (thanks to Federico)

Bug fix. Incorrectly calculating strip position.

extended by cuts on min / max absolute and relative impact parameter

Possibility to retrieve the member array of alignment objects via the method GetAlignObjsArray

Allow methods called inside MakeAlObjsArray to modify data members

Update of GMS subprocessor to take into account incremental computation of alignement parameters.
This requires the introduction of a new OCDB database = MUON/Align/Baseline, which acts as a reference point
for the GMS subprocessor (based on Baseline + GMS, this one will produce an updated MUON/Align/Data, to be used
during reconstruction).

(Javier)

added method to merge files listed in a xml collection

extra old if statement removed

Corrections in the destructors (J. Thaeder)

Adding the -z option to reconstruct from simulated digits (Laurent)

Fix compiler warnings

fRun initialized.

Fixing warnings

Member initialisation list corrected.

Initialization of fAmpThreshold is added to ctors.
Inheritance from TObject is added.

Unused variable removed

fix of warnings

fixing warning about suggested parantheses

Fix for a hanging ReadPedestals - due to a probable bug in TString::ReadFile- that makes the shuttle MCH preprocessor fails for pedestal runs (laurent)