ANALYSIS/macros/AnalysisTrainNewFilterAOD.C

   1 //===================== ANALYSIS TRAIN =========================================
   2 // To use: copy this macro to your work directory, modify the global part to match
   3 // your needs, then run root.
   4 //    root[0] .L AnalysisTrain.C
   5 // Grid full mode as below (other modes: test, offline, submit, terminate)
   6 //    root[1] AnalysisTrainNew("grid", "full")
   7 // CAF mode (requires root v5-23-02 + aliroot v4-16-Rev08)
   8 //    root[2] AnalysisTrainNew("proof")
   9 // Local mode requires AliESds.root or AliAOD.root in ./data directory
  10 //    root[3] AnalysisTrainNew("local")
  11 // In proof and grid modes, a token is needed and sourcing the produced environment file.
  12 //
  13 // If 'saveTrain' flag is set, the train will generate a directory name and run
  14 // in this directory. A configuration file 'ConfigTrain.C' will be generated.
  15 // One can replay at any time the train via:
  16 //    root[1] AnalysisTrainNew(ana_mode, plugin_mode, "train_default_<date>/ConfigTrain.C")
  17
  18 //==================   TRAIN NAME   ============================================
  19 TString     train_name         = "FILTERpass1"; // local folder name
  20 TString     train_tag          = "pass1";        // Train special tag appended to
  21                                             // visible name. ("data", "sim", "pp", "highmult", ...)
  22                // Name in train page (DON'T CHANGE)
  23 TString     visible_name       = Form("FILTER%s$2_$3", train_tag.Data()); //# FIXED #
  24                // Add train composition and other comments
  25 TString     job_comment        = "Tender+PhysSel -> AODs: std(+jets)/(di)muon/vertexing/dielectrons";
  26 TString     job_tag            = Form("%s: %s", visible_name.Data(), job_comment.Data());
  27 //==============================================================================
  28
  29 // ### Settings that make sense in PROOF only
  30 //==============================================================================
  31 TString     proof_cluster      = "alice-caf.cern.ch";
  32 Bool_t      useAFPAR           = kFALSE;  // use AF special par file
  33 TString     AFversion          = "AF-v4-17";
  34 // Change CAF dataset here
  35 TString     proof_dataset      = "/COMMON/COMMON/LHC09a4_run8100X#/esdTree";
  36 TString     proof_outdir       = "";
  37
  38 // ### Settings that make sense when using the Alien plugin
  39 //==============================================================================
  40 Int_t       runOnData          = 1;       // Set to 1 if processing real data
  41 Int_t       iCollision         = 0;       // 0=pp, 1=Pb-Pb
  42 Bool_t      usePLUGIN          = kTRUE;   // do not change
  43 Bool_t      useProductionMode  = kTRUE;   // use the plugin in production mode
  44 // Usage of par files ONLY in grid mode and ONLY if the code is not available
  45 // in the deployed AliRoot versions. Par file search path: local dir, if not there $ALICE_ROOT.
  46 // To refresh par files, remove the ones in the workdir, then do "make <target.par>" in
  47 // AliRoot.
  48 Bool_t      usePAR             = kFALSE;  // use par files for extra libs
  49 Bool_t      useCPAR            = kFALSE;  // use par files for common libs
  50 TString     root_version       = "v5-27-06-1";  // *CHANGE ME IF MORE RECENT IN GRID*
  51 TString     aliroot_version    = "v4-20-12-AN";  // *CHANGE ME IF MORE RECENT IN GRID*
  52 // Change production base directory here (test mode)
  53 TString     alien_datadir      = "/alice/data/2010/LHC10e";
  54                // Work directory in GRID (DON'T CHANGE)
  55 TString     grid_workdir       = "/alice/cern.ch/user/a/alidaq/AOD/AOD$2";
  56                // Data pattern - change as needed for test mode
  57 TString     data_pattern       = "*ESDs/pass1/*ESDs.root";
  58 // Set the run range
  59 Int_t run_numbers[10] = {128913}; // **********************!!!!!!!
  60 //Int_t       run_range[2]       =  {114786, 114949};  // LHC09a7   *CHANGE ME*
  61 // AliEn output directory. If blank will become output_<train_name>
  62                // Output directory (DON'T CHANGE)
  63 TString     alien_outdir       = "$1/AOD$2";
  64                // Input collection (production mode)
  65 TString     data_collection    = "$1/qa1.xml";
  66 // Output folder to write delta AOD's. Considered if not null.
  67 TString     outputSingleFolder = "";
  68 //TString     outputSingleFolder = "deltas";
  69 // Number of files merged in a chunk
  70 Int_t       maxMergeFiles      = 20;
  71 // Files that should not be merged
  72 TString     mergeExclude       = "AliAOD.root AliAOD.VertexingHF.root AliAOD.Jets.root deltaAODPartCorr.root AliAOD.Muons.root AliAOD.Dimuons.root AliAOD.Dielectron.root";
  73 // Make replicas on the storages below
  74 TString     outputStorages      = "disk=4";
  75 // Number of runs per master job
  76 Int_t       nRunsPerMaster     = 10;
  77 // Maximum number of files per job (gives size of AOD)
  78 Int_t       nFilesPerJob       = 20;
  79 // Int_t       nFilesPerJob       = 1; (AOD->delta AOD production case)
  80 // ### Settings that make sense only for local analysis
  81 //==============================================================================
  82 // Change local xml dataset for local interactive analysis
  83 TString     local_xmldataset   = "";
  84
  85 // ### Other flags to steer the analysis
  86 //==============================================================================
  87 Bool_t      usePhysicsSelection = kTRUE; // use physics selection
  88 Bool_t      useTender           = kTRUE; // use tender wagon
  89 Bool_t      useV0tender         = kTRUE;  // use V0 correction in tender
  90 Bool_t      useMergeViaJDL      = kTRUE;  // merge via JDL
  91 Bool_t      useFastReadOption   = kTRUE;  // use xrootd tweaks
  92 Bool_t      useOverwriteMode    = kTRUE;  // overwrite existing collections
  93 Bool_t      useDATE             = kFALSE; // use date in train name
  94 Bool_t      useDBG              = kFALSE;  // activate debugging
  95 Bool_t      useMC               = kFALSE;  // use MC info
  96 Bool_t      useTAGS             = kFALSE;  // use ESD tags for selection
  97 Bool_t      useKFILTER          = kFALSE;  // use Kinematics filter
  98 Bool_t      useTR               = kFALSE;  // use track references
  99 Bool_t      useCORRFW           = kFALSE; // do not change
 100 Bool_t      useAODTAGS          = kFALSE; // use AOD tags
 101 Bool_t      saveTrain           = kTRUE;  // save train configuration as:
 102 Bool_t      saveCanvases        = kFALSE;  // save canvases created in Terminate
 103 Bool_t      saveProofToAlien    = kFALSE; // save proof outputs in AliEn
 104
 105 // ### Analysis modules to be included. Some may not be yet fully implemented.
 106 //==============================================================================
 107 Int_t       iAODanalysis       = 0;      // Analysis on input AOD's
 108 Int_t       iAODhandler        = 1;      // Analysis produces an AOD or dAOD's
 109 Int_t       iESDfilter         = 1;      // ESD to AOD filter (barrel + muon tracks)
 110 Int_t       iMUONcopyAOD       = 1;      // Task that copies only muon events in a separate AOD (PWG3)
 111 Int_t       iJETAN             = 1;      // Jet analysis (PWG4)
 112 Int_t       iJETANdelta        = 0;      // Jet delta AODs
 113 Int_t       iPWG4partcorr      = 0;      // Gamma-hadron correlations task (PWG4)
 114 Int_t       iPWG4gammaconv     = 0;      // Gamma conversion analysis (PWG4)
 115 Int_t       iPWG4omega3pi      = 0;      // Omega to 3 pi analysis (PWG4)
 116 Int_t       iPWG3vertexing     = 1;      // Vertexing HF task (PWG3)
 117 Int_t       iPWG3hfe           = 0;      // Electrons analysis (PWG3)
 118 Int_t       iPWG3JPSIfilter    = 1;      // JPSI filtering (PWG3)
 119 Int_t       iPWG3JPSI          = 0;      // JPSI analysis (PWG3)
 120 Int_t       iPWG3d2h           = 0;      // D0->2 hadrons (PWG3)
 121 Int_t        iPWG3d0mass       = 1;      // D0 mass (PWG3D2H)
 122 Int_t        iPWG3d0massLS     = 1;      // D0 mass LS (PWG3D2H)
 123 Int_t        iPWG3dplus        = 1;      // D+ analysis (PWG3D2H)
 124 Int_t        iPWG3LSd0         = 1;      // LS D0 analysis (PWG3D2H)
 125 Int_t        iPWG3LSjpsi       = 1;      // LS J/Psi analysis (PWG3D2H)
 126 Int_t        iPWG3CFd0         = 1;      // CF D0 analysis (PWG3D2H)
 127 Int_t        iPWG3promptd0     = 1;      // prompt D0 analysis (PWG3D2H)
 128 Int_t       iPWG3MuonTrain     = 0;      // Muon analysis train
 129 Int_t       iPWG2femto         = 0;      // Femtoscopy task (PWG2)
 130 Int_t       iPWG2spectra       = 0;      // Spectra tasks (PWG2
 131 Int_t        iPWG2protons      = 1;         // Proton-antiproton analysis
 132 Int_t        iPWG2checkcascade = 1;         // Check cascades task
 133 Int_t        iPWG2perfcascade  = 1;         // Check performance cascade
 134 Int_t        iPWG2checkv0      = 1;         // Check V0 task
 135 Int_t        iPWG2strange      = 1;         // Strangeness task
 136 Int_t        iPWG2central      = 1;         // Anisothropy in central collisions
 137 Int_t       iPWG2flow          = 0;      // Flow analysis tasks (PWG2)
 138 Int_t       iPWG2res           = 0;      // Resonances task (PWG2)
 139 Int_t        iPWG2rsneff       = 0;      // Resonances efficiency
 140 Int_t       iPWG2kink          = 0;      // Kink analysis tasks (PWG2)
 141 Int_t        iPWG2kinkESDMC    = 1;         // Kink ESD-MC comparison (PWG2)
 142 Int_t        iPWG2kinkLSKstar  = 1;      // Kink like-sign K* (PWG2)
 143 Int_t        iPWG2kinkLSL1520  = 1;      // Kink like-sign L1520 (PWG2)
 144 Int_t        iPWG2kinkLSPhi    = 1;      // Kink like-sign Phi (PWG2)
 145 Int_t        iPWG2kinkKstarESD = 1;      // Kink Kstar ESD (PWG2)
 146 Int_t        iPWG2kinkKstarMC  = 1;      // Kink Kstar MC (PWG2)
 147 Int_t        iPWG2kinkL1520ESD = 1;      // Kink L1520 ESD (PWG2)
 148 Int_t        iPWG2kinkL1520MC  = 1;      // Kink L1520 MC (PWG2)
 149 Int_t        iPWG2kinkPhiESD   = 1;      // Kink resonances Phi ESD (PWG2)
 150 Int_t        iPWG2kinkPhiMC    = 1;      // Kink resonances Phi MC (PWG2)
 151 Int_t       iPWG2evchar        = 0;      // Event characteristics (PWG2)
 152 Int_t       iPWG2unicor        = 0;      // Unicor analysis (PWG2)
 153 Int_t       iPWG2forward       = 0;      // FMD analysis (PWG2)
 154
 155 // ### Configuration macros used for each module
 156 //==============================================================================
 157 TString     configPWG2femto    = "$ALICE_ROOT/PWG2/FEMTOSCOPY/macros/Train/Train3/ConfigFemtoAnalysis.C";
 158 //TString     configPWG3d2h      = "$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/ConfigVertexingHF_highmult.C";
 159 TString     configPWG3d2h      = "$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/ConfigVertexingHF.C";
 160 // Temporaries.
 161 TString anaPars = "";
 162 TString anaLibs = "";
 163 // Function signatures
 164 class AliAnalysisAlien;
 165
 166 //______________________________________________________________________________
 167 void AnalysisTrainNew(const char *analysis_mode="grid",
 168                       const char *plugin_mode="full",
 169                       const char *config_file="")
 170 {
 171 // Main analysis train macro. If a configuration file is provided, all parameters
 172 // are taken from there but may be altered by CheckModuleFlags.
 173    if (strlen(config_file) && !LoadConfig(config_file)) return;
 174    TString smode(analysis_mode);
 175    smode.ToUpper();
 176    TString spmode(plugin_mode);
 177    spmode.ToLower();
 178    if (spmode == "test") useProductionMode = kFALSE;
 179    // Check compatibility of selected modules
 180    CheckModuleFlags(smode);
 181    if (saveTrain)              WriteConfig();
 182
 183    printf("==================================================================\n");
 184    printf("===========    RUNNING ANALYSIS TRAIN %s IN %s MODE   ==========\n", train_name.Data(),smode.Data());
 185    printf("==================================================================\n");
 186    printf("=  Configuring analysis train for:                               =\n");
 187    if (iAODanalysis) printf("=  AOD analysis                                                  =\n");
 188    else              printf("=  ESD analysis                                                  =\n");
 189    if (usePhysicsSelection)   printf("=  Physics selection                                                =\n");
 190    if (useTender)    printf("=  TENDER                                                        =\n");
 191    if (iESDfilter)   printf("=  ESD filter                                                    =\n");
 192    if (iMUONcopyAOD) printf("=  MUON copy AOD                                                 =\n");
 193    if (iJETAN)       printf("=  Jet analysis                                                  =\n");
 194    if (iJETANdelta)  printf("=     Jet delta AODs                                             =\n");
 195    if (iPWG2spectra) {
 196       printf("=  PWG2 SPECTRA tasks :                                          =\n");
 197       if (iPWG2protons)      printf("=     PWG2 proton-antiproton                                     =\n");
 198       if (iPWG2checkcascade) printf("=     PWG2 check cascades                                        =\n");
 199       if (iPWG2perfcascade)  printf("=     PWG2 performance cascades                                  =\n");
 200       if (iPWG2checkv0)      printf("=     PWG2 check V0                                              =\n");
 201       if (iPWG2strange)      printf("=     PWG2 strangeness                                           =\n");
 202       if (iPWG2central)      printf("=     PWG2 central                                               =\n");
 203    }
 204    if (iPWG2femto) {
 205       printf("=  PWG2 femtoscopy                                               =\n");
 206       printf("   +++ configured by: %s\n", configPWG2femto.Data());
 207    }
 208    if (iPWG2flow)    printf("=  PWG2 flow                                                     =\n");
 209    if (iPWG2res)     printf("=  PWG2 resonances                                               =\n");
 210       if (iPWG2rsneff)    printf("=     PWG2 resonances efficiency                                    =\n");
 211    if (iPWG2kink) {
 212       printf("=  PWG2 kink analysis tasks:                                     =\n");
 213       if (iPWG2kinkESDMC)    printf("=     PWG2 ESD-MC kinks                                          =\n");
 214       if (iPWG2kinkLSKstar)  printf("=     PWG2 kink like-sign analysis K*                            =\n");
 215       if (iPWG2kinkLSL1520)  printf("=     PWG2 kink like-sign analysis L1520                         =\n");
 216       if (iPWG2kinkLSPhi)    printf("=     PWG2 kink like-sign analysis Phi                           =\n");
 217       if (iPWG2kinkKstarESD) printf("=     PWG2 kink Kstar ESD analysis                               =\n");
 218       if (iPWG2kinkKstarMC)  printf("=     PWG2 kink Kstar MC analysis                                =\n");
 219       if (iPWG2kinkL1520ESD) printf("=     PWG2 kink L1520 ESD analysis                               =\n");
 220       if (iPWG2kinkL1520MC)  printf("=     PWG2 kink L1520 MC analysis                                =\n");
 221       if (iPWG2kinkPhiESD) printf("=     PWG2 kink Phi ESD analysis                                 =\n");
 222       if (iPWG2kinkPhiMC)  printf("=     PWG2 kink Phi MC analysis                                  =\n");
 223   }
 224    if (iPWG2evchar)    printf("=  PWG2 event characteristics                                    =\n");
 225    if (iPWG2unicor)    printf("=  PWG2 Unicor analysis                                          =\n");
 226    if (iPWG2forward)   printf("=  PWG2 forward: sharing, density, bkg. correction, dNdEta       =\n");
 227    if (iPWG3vertexing) printf("=  PWG3 vertexing                                                =\n");
 228    if (iPWG3hfe)       printf("=  PWG3 electrons                                                =\n");
 229    if (iPWG3JPSIfilter) printf("=  PWG3 j/psi filter                                             =\n");
 230    if (iPWG3JPSI)      printf("=  PWG3 j/psi                                                    =\n");
 231    if (iPWG3d2h) {
 232       printf("=  PWG3 D0->2 hadrons tasks                                      =\n");
 233       printf("   +++ configured by: %s\n", configPWG3d2h.Data());
 234       if (iPWG3d0mass)       printf("=     PWG3 D0 mass                                               =\n");
 235       if (iPWG3d0massLS)     printf("=     PWG3 D0 mass LS                                            =\n");
 236       if (iPWG3dplus)        printf("=     PWG3 D+ analysis                                           =\n");
 237       if (iPWG3LSd0)         printf("=     PWG3 LS D0                                                 =\n");
 238       if (iPWG3LSjpsi)       printf("=     PWG3 LS J/Psi                                              =\n");
 239       if (iPWG3CFd0)         printf("=     PWG3 CF D0                                                 =\n");
 240       if (iPWG3promptd0)     printf("=     PWG3 prompt D0                                             =\n");
 241    }
 242    if (iPWG3MuonTrain) printf("=  PWG3 muon train                                               =\n");
 243    if (iPWG4partcorr)  printf("=  PWG4 gamma-hadron, pi0 and gamma-jet correlations             =\n");
 244    if (iPWG4gammaconv) printf("=  PWG4 gamma conversion                                         =\n");
 245    if (iPWG4omega3pi)  printf("=  PWG4 omega to 3 pions                                         =\n");
 246    printf("==================================================================\n");
 247    printf(":: use physics selection: %d\n", (UInt_t)usePhysicsSelection);
 248    printf(":: use xrootd tweaks:     %d\n", (UInt_t)useFastReadOption);
 249    printf(":: use overwrite xml    : %d\n", (UInt_t)useOverwriteMode);
 250    printf(":: use merge via JDL:     %d\n", (UInt_t)useMergeViaJDL);
 251    printf(":: use MC truth:          %d\n", (UInt_t)useMC);
 252    printf(":: use KINE filter:       %d\n", (UInt_t)useKFILTER);
 253    printf(":: use track references:  %d\n", (UInt_t)useTR);
 254    printf(":: use tags:              %d\n", (UInt_t)useTAGS);
 255    printf(":: use AOD tags:          %d\n", (UInt_t)useAODTAGS);
 256    printf(":: use debugging:         %d\n", (UInt_t)useDBG);
 257    printf(":: use PAR files:         %d\n", (UInt_t)usePAR);
 258    printf(":: use AliEn plugin:      %d\n", (UInt_t)usePLUGIN);
 259
 260    //==========================================================================
 261    // Connect to back-end system
 262 //   if (!Connect(smode)) {
 263 //      ::Error("AnalysisTrain", "Could not connect to %s back-end", analysis_mode);
 264 //      return;
 265 //   }
 266
 267    // Load common libraries and set include path
 268    if (!LoadCommonLibraries(smode)) {
 269       ::Error("AnalysisTrain", "Could not load common libraries");
 270       return;
 271    }
 272
 273    // Make the analysis manager and connect event handlers
 274    AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("Analysis Train", "Production train");
 275    if (saveProofToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(proof_outdir);
 276    if (!strcmp(plugin_mode, "test")) mgr->SetNSysInfo(1);
 277    // Load analysis specific libraries
 278    if (!LoadAnalysisLibraries(smode)) {
 279       ::Error("AnalysisTrain", "Could not load analysis libraries");
 280       return;
 281    }
 282
 283    // Create input handler (input container created automatically)
 284    if (iAODanalysis) {
 285    // AOD input handler
 286       AliAODInputHandler *aodH = new AliAODInputHandler();
 287       if (iPWG3d2h) aodH->AddFriend("AliAOD.VertexingHF.root");
 288       mgr->SetInputEventHandler(aodH);
 289    } else {
 290    // ESD input handler
 291       AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
 292       if (useTAGS) esdHandler->SetReadTags();
 293       mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);
 294    }
 295    // Monte Carlo handler
 296    if (useMC && !iAODanalysis) {
 297       AliMCEventHandler* mcHandler = new AliMCEventHandler();
 298       mgr->SetMCtruthEventHandler(mcHandler);
 299       mcHandler->SetReadTR(useTR);
 300    }
 301    // AOD output container, created automatically when setting an AOD handler
 302    if (iAODhandler) {
 303       // AOD output handler
 304       AliAODHandler* aodHandler   = new AliAODHandler();
 305       aodHandler->SetOutputFileName("AliAOD.root");
 306       mgr->SetOutputEventHandler(aodHandler);
 307       if (iAODanalysis) {
 308          aodHandler->SetFillAOD(kFALSE);
 309          aodHandler->SetCreateNonStandardAOD();
 310          if (iJETAN)         aodHandler->SetOutputFileName("AliAOD.Jets.root");
 311 //         if (iPWG3vertexing) aodHandler->SetOutputFileName("AliAOD.VertexingHF.root");
 312       }
 313    }
 314    // Debugging if needed
 315    if (useDBG) mgr->SetDebugLevel(3);
 316    if (saveCanvases) mgr->SetSaveCanvases(kTRUE);
 317
 318    //==========================================================================
 319    // Create the chain. In this example it is created only from ALIEN files but
 320    // can be done to work in batch or grid mode as well.
 321    TChain *chain = CreateChain(smode, plugin_mode);
 322
 323    //==========================================================================
 324    // Load the tasks configuration macros for all wagons. These files are supposed now to be
 325    // in the current workdir, but in AliEn they will be in the file catalog,
 326    // mapped from AliRoot and pecified in the jdl input list.
 327
 328    // For now connection to top input container and common AOD output container
 329    // is done in this macro, but in future these containers will be connected
 330    // from each task configuration macro.
 331
 332    AddAnalysisTasks();
 333
 334    // Run the analysis
 335    //
 336    if (usePLUGIN) {
 337       AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(plugin_mode);
 338       AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->SetGridHandler(alienHandler);
 339    }
 340
 341    if (mgr->InitAnalysis()) {
 342       mgr->PrintStatus();
 343       if (saveTrain || strlen(config_file)) gSystem->ChangeDirectory(train_name);
 344       StartAnalysis(smode, chain);
 345    }
 346 }
 347
 348 //______________________________________________________________________________
 349 void AddAnalysisTasks()
 350 {
 351 // Add all analysis task wagons to the train
 352    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
 353
 354   //
 355   // Tender and supplies. Needs to be called for every event.
 356   //
 357    if (useTender) {
 358       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/TenderSupplies/AddTaskTender.C");
 359       // IF V0 tender needed, put kTRUE below
 360       AliAnalysisTaskSE *tender = AddTaskTender(useV0tender);
 361 //      tender->SetDebugLevel(2);
 362    }
 363
 364    if (usePhysicsSelection) {
 365    // Physics selection task
 366       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskPhysicsSelection.C");
 367       mgr->RegisterExtraFile("event_stat.root");
 368       AliPhysicsSelectionTask *physSel = AddTaskPhysicsSelection(useMC);
 369    }
 370
 371    if (iESDfilter && !iAODanalysis) {
 372       //  ESD filter task configuration.
 373       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskESDFilter.C");
 374       if (iMUONcopyAOD) {
 375          printf("Registering delta AOD file\n");
 376          mgr->RegisterExtraFile("AliAOD.Muons.root");
 377          mgr->RegisterExtraFile("AliAOD.Dimuons.root");
 378          AliAnalysisTaskESDfilter *taskesdfilter = AddTaskESDFilter(useKFILTER, kTRUE, kTRUE, usePhysicsSelection);
 379       } else {
 380          AliAnalysisTaskESDfilter *taskesdfilter = AddTaskESDFilter(useKFILTER, kFALSE, kFALSE, usePhysicsSelection);
 381       }
 382    }
 383
 384    // AOD tags
 385    if (useAODTAGS) {
 386       AliAnalysisTaskTagCreator* tagTask = new AliAnalysisTaskTagCreator("AOD Tag Creator");
 387       mgr->AddTask(tagTask);
 388       AliAnalysisDataContainer *coutTags = mgr->CreateContainer("cTag",  TTree::Class(),
 389                                            AliAnalysisManager::kOutputContainer, "AOD.tag.root");
 390       mgr->ConnectInput (tagTask, 0, mgr->GetCommonInputContainer());
 391       mgr->ConnectOutput(tagTask, 1, coutTags);
 392    }
 393
 394 // ********** PWG2 wagons ******************************************************
 395    AliAnalysisManager::SetCommonFileName("PWG2histograms.root");
 396
 397    // Proton analysis
 398    if (iPWG2spectra) {
 399       // protons
 400       if (iPWG2protons) {
 401         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/SPECTRA/macros/AddTaskProtons.C");
 402         AliAnalysisTaskProtons *taskprotons = AddTaskProtons();
 403         if (!taskprotons) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskProtons cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 404       }
 405       // cascades
 406       if (iPWG2checkcascade) {
 407         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/SPECTRA/macros/AddTaskCheckCascade.C");
 408         AliAnalysisTaskCheckCascade *taskcheckcascade = AddTaskCheckCascade(iCollision,runOnData);
 409         if (!taskcheckcascade) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskCheckCascade cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 410       }
 411       // v0's
 412       if (iPWG2checkv0) {
 413         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/SPECTRA/macros/AddTaskCheckV0.C");
 414         AliAnalysisTaskCheckV0 *taskcheckV0 = AddTaskCheckV0();
 415         if (!taskcheckV0) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskCheckV0 cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 416       }
 417       // strangeness
 418       if (iPWG2strange) {
 419         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/SPECTRA/macros/AddTaskStrange.C");
 420         AliAnalysisTaskStrange *taskstrange = AddTaskStrange();
 421         if (!taskstrange) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskStrange cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 422       }
 423       // performance cascades
 424       if (iPWG2perfcascade) {
 425         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/SPECTRA/macros/AddTaskCheckPerformanceCascade.C");
 426         AliAnalysisTaskCheckPerformanceCascade *taskperfcascade = AddTaskCheckPerformanceCascade();
 427         if (!taskperfcascade) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskCheckPerformanceCascade cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 428       }
 429        // central
 430       if (iPWG2central) {
 431         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/SPECTRA/macros/AddTaskCentral.C");
 432         AliAnalysisTaskCentral *taskcentral = AddTaskCentral();
 433         if (!taskcentral) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskCentral cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 434       }
 435   }
 436
 437    // Femtoscopy analysis modules
 438    if (iPWG2femto) {
 439       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/FEMTOSCOPY/macros/AddTaskFemto.C");
 440       AliAnalysisTaskFemto *taskfemto = AddTaskFemto(configPWG2femto);
 441       if (!taskfemto) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskFemto cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 442    }
 443
 444    // Kink analysis
 445    if (iPWG2kink) {
 446       if (iPWG2kinkESDMC) {
 447         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKink.C");
 448         AliAnalysisKinkESDMC *taskkink1 = AddTaskKink();
 449         if (!taskkink1) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisKinkESDMC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 450       }
 451       if (iPWG2kinkLSKstar) {
 452         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKinkResLikeSignKstar.C");
 453         AliResonanceKinkLikeSign *taskkink2 = AddTaskKinkResLikeSignKstar();
 454         if (!taskkink2) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliResonanceKinkLikeSign cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 455       }
 456       if (iPWG2kinkLSL1520) {
 457         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKinkResLikeSignL1520.C");
 458         AliResonanceKinkLikeSign *taskkink3 = AddTaskKinkResLikeSignL1520();
 459         if (!taskkink3) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliResonanceKinkLikeSign cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 460       }
 461       if (iPWG2kinkLSPhi) {
 462         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKinkResLikeSignPhi.C");
 463         AliResonanceKinkLikeSign *taskkink4 = AddTaskKinkResLikeSignPhi();
 464         if (!taskkink4) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliResonanceKinkLikeSign cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 465       }
 466       if (iPWG2kinkKstarESD) {
 467         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKinkResonanceKstarESD.C");
 468         AliAnalysisTaskKinkResonance *taskkink5 = AddTaskKinkResonanceKstarESD();
 469         if (!taskkink5) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisKinkResonanceKstarESD cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 470       }
 471       if (iPWG2kinkKstarMC) {
 472         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKinkResonanceKstarMC.C");
 473         AliAnalysisTaskKinkResonance *taskkink6 = AddTaskKinkResonanceKstarMC();
 474         if (!taskkink6) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisKinkResonanceKstarMC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 475       }
 476       if (iPWG2kinkL1520ESD) {
 477         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKinkResonanceL1520ESD.C");
 478         AliAnalysisTaskKinkResonance *taskkink7 = AddTaskKinkResonanceL1520ESD();
 479         if (!taskkink7) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisKinkResonanceL1520ESD cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 480       }
 481       if (iPWG2kinkL1520MC) {
 482         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKinkResonanceL1520MC.C");
 483         AliAnalysisTaskKinkResonance *taskkink8 = AddTaskKinkResonanceL1520MC();
 484         if (!taskkink8) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisKinkResonanceL1520MC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 485       }
 486       if (iPWG2kinkPhiESD) {
 487         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKinkResonancePhiESD.C");
 488         AliAnalysisTaskKinkResonance *taskkink9 = AddTaskKinkResonancePhiESD();
 489         if (!taskkink9) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisKinkResonancePhiESD cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 490       }
 491       if (iPWG2kinkPhiMC) {
 492         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKinkResonancePhiMC.C");
 493         AliAnalysisTaskKinkResonance *taskkink10 = AddTaskKinkResonancePhiMC();
 494         if (!taskkink10) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisKinkResonancePhiMC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 495       }
 496    }
 497
 498    // Event characterization
 499    if (iPWG2evchar) {
 500       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/EVCHAR/macros/AddTaskSPDdNdEta.C");
 501       AliAnalysisTaskSPDdNdEta *taskspddndeta = AddTaskSPDdNdEta();
 502       if (!taskspddndeta) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskSPDdNdEta cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 503       taskspddndeta->SetReadMC(useMC);
 504    }
 505
 506    // Unicor
 507    if (iPWG2unicor) {
 508       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/UNICOR/AddTaskUnicor.C");
 509       AliAnalysisTaskUnicor *taskunicor = AddTaskUnicor();
 510       if (!taskunicor) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskUnicor cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 511    }
 512
 513    // FMD
 514    AliAnalysisManager::SetCommonFileName("forward.root");
 515    if (iPWG2forward) {
 516       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/FORWARD/analysis/AddTaskFMD.C");
 517       AliFMDAnalysisTaskSE *taskfmd = AddTaskFMD();
 518       if (!taskfmd) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliFMDAnalysisTaskSE cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 519    }
 520    AliAnalysisManager::SetCommonFileName("PWG2histograms.root");
 521
 522    // Flow analysis
 523    if (iPWG2flow) {
 524       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/FLOW/macros/AddTaskFlow.C");
 525       Bool_t SP       = kTRUE;
 526       Bool_t LYZ1SUM  = kTRUE;
 527       Bool_t LYZ1PROD = kTRUE;
 528       Bool_t LYZ2SUM  = kFALSE;
 529       Bool_t LYZ2PROD = kFALSE;
 530       Bool_t LYZEP    = kFALSE;
 531       Bool_t GFC      = kTRUE;
 532       Bool_t QC       = kTRUE;
 533       Bool_t FQD      = kFALSE;
 534       Bool_t MCEP     = kFALSE; //does not work yet 24/12/08
 535       Bool_t kineFromESD = kTRUE;
 536       Bool_t METHODS[] = {SP,LYZ1SUM,LYZ1PROD,LYZ2SUM,LYZ2PROD,LYZEP,GFC,QC,FQD,MCEP};
 537       // Analysis type can be ESD, AOD, MC, ESDMC0, ESDMC1
 538       TString type = "AOD";
 539       if (!iAODanalysis) type = "ESD";
 540       // Boolean to fill/not fill the QA histograms
 541       Bool_t QA = kTRUE;
 542       // Boolean to use/not use weights for the Q vector
 543       Bool_t WEIGHTS[] = {kFALSE,kFALSE,kFALSE}; //Phi, v'(pt), v'(eta)
 544       AliAnalysisTaskFlowEvent* taskFE = AddTaskFlow(type,METHODS,QA,WEIGHTS);
 545       if (!taskFE) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskFlowEvent cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 546    }
 547
 548    // PWG2 resonances
 549    AliAnalysisManager::SetCommonFileName("resonances.root");
 550    if (iPWG2res) {
 551       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/RESONANCES/macros/train/AddAnalysisTaskRsnNew.C");
 552       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/RESONANCES/macros/train/AddAnalysisTaskRsnEffNew.C");
 553       TString path = gROOT->GetMacroPath();
 554       path += ":$ALICE_ROOT/PWG2/RESONANCES/macros/train";
 555       gROOT->SetMacroPath(path);
 556       AddAnalysisTaskRsn(kTRUE);
 557       if (iPWG2rsneff) AddAnalysisTaskRsnEff();
 558    }
 559    AliAnalysisManager::SetCommonFileName("PWG2histograms.root");
 560
 561 // ********** PWG3 wagons ******************************************************
 562    AliAnalysisManager::SetCommonFileName("PWG3histograms.root");
 563
 564    // PWG3 vertexing
 565    if (iPWG3vertexing) {
 566       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/macros/AddTaskVertexingHF.C");
 567       if (!iPWG3d2h) TFile::Cp(gSystem->ExpandPathName(configPWG3d2h.Data()), Form("%s/ConfigVertexingHF.C", train_name.Data()));
 568       AliAnalysisTaskSEVertexingHF *taskvertexingHF = AddTaskVertexingHF();
 569       if (!taskvertexingHF) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskSEVertexingHF cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 570       else mgr->RegisterExtraFile("AliAOD.VertexingHF.root");
 571    }
 572
 573    // PWG3 electrons
 574    if (iPWG3hfe) {
 575       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG3/hfe/AddTaskHFE.C");
 576       AliAnalysisTaskHFE *taskHFE = AddTaskHFE();
 577       if (!taskHFE) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskHFE cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 578    }
 579
 580    // PWG3 JPSI filtering
 581    if (iPWG3JPSIfilter) {
 582       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG3/dielectron/macros/AddTaskJPSIFilter.C");
 583       AliAnalysisTask *taskJPSIfilter = AddTaskJPSIFilter();
 584       if (!taskJPSIfilter) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskDielectronFilter cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 585       else mgr->RegisterExtraFile("AliAOD.Dielectron.root");
 586    }
 587
 588    // PWG3 JPSI
 589    if (iPWG3JPSI) {
 590       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG3/dielectron/macros/AddTaskJPSI.C");
 591       AliAnalysisTask *taskJPSI = AddTaskJPSI();
 592       if (!taskJPSI) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskMultiDielectron cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 593    }
 594
 595    // PWG3 D2h
 596    if (iPWG3d2h) {
 597       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/AddD2HTrain.C");
 598       TFile::Cp(gSystem->ExpandPathName(configPWG3d2h.Data()), Form("%s/ConfigVertexingHF.C", train_name.Data()));
 599       AddD2HTrain(iPWG3d0mass,iPWG3d0massLS,iPWG3dplus, iPWG3LSd0, iPWG3LSjpsi, iPWG3CFd0, iPWG3promptd0);
 600    }
 601
 602    // PWG3 muon
 603    if (iPWG3MuonTrain) {
 604       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG3/muon/AddPWG3MuonTrain.C");
 605       // iESDAnalysis, iAODAnalysis -> flags to select if the train is AOD or ESD based
 606       // iMuonDistributions, iSingleMuonANAlysis -> flags to switch on/off analysis wagons
 607       Int_t isESDAnalysis = (iAODanalysis)?0:1;
 608       Int_t isAODAnalysis = (iAODanalysis)?1:0;
 609       Int_t addMuonDistributions = 1;
 610       Int_t addSingleMuonAnalysis = 1;
 611       Int_t addMuonHFAnalysis = 1;
 612       Int_t ntaskmuon = AddPWG3MuonTrain(isESDAnalysis,isAODAnalysis,addMuonDistributions,addSingleMuonAnalysis,addMuonHFAnalysis);
 613       printf("Added %d muon tasks\n", ntaskmuon);
 614    }
 615
 616 // ********** PWG4 wagons ******************************************************
 617    AliAnalysisManager::SetCommonFileName("PWG4histograms.root");
 618
 619     // Jet analysis
 620    if (iJETAN) {
 621       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJets.C");
 622       if (!iAODanalysis) {
 623          // Default jet reconstructor running on ESD's
 624          AliAnalysisTaskJets * taskjets = AddTaskJets();
 625          if (!taskjets) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskJets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 626          if (iJETANdelta) {
 627             AddTaskJetsDelta("AliAOD.Jets.root");
 628             mgr->RegisterExtraFile("AliAOD.Jets.root");
 629          }
 630       } else {
 631          // AOD-based analysis. Add all reconstructors to write into delta AOD's
 632          if (iJETANdelta) {
 633             Int_t ntasksjets = AddTaskJetsDelta("AliAOD.Jets.root",0,kFALSE);
 634             if (ntasksjets) printf("Added %d jet reconstructors\n", ntasksjets);
 635          }
 636       }
 637    }
 638    // PWG4 hadron correlations
 639    if (iPWG4partcorr) {
 640       Bool_t isSimulation = (runOnData)?kFALSE:kTRUE;
 641       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPartCorr.C");
 642       AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskpartcorrPHOS = AddTaskPartCorr("AOD", "PHOS", kFALSE, isSimulation);
 643       if (!taskpartcorrPHOS) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation PHOS cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 644       AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskpartcorrEMCAL = AddTaskPartCorr("AOD", "EMCAL", kFALSE, isSimulation);
 645       if (!taskpartcorrEMCAL) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation EMCAL cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 646       mgr->RegisterExtraFile("deltaAODPartCorr.root");
 647    }
 648
 649    // PWG4 gamma conversion analysis
 650    if (iPWG4gammaconv) {
 651       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskGammaConversion.C");
 652       TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();
 653       gSystem->ChangeDirectory(gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/"));
 654       TString gcArguments = "-run-on-train   -use-own-xyz  -run-jet  -run-neutralmeson -no-aod  -apply-chi2-cut -low-memory -use-v0-multiplicity -move-bg-vertex ";
 655       TString kGCAnalysisCutSelectionId="900110204010001";
 656 //      gcArguments.Append(Form(" -set-cut-selection %s",kGCAnalysisCutSelectionId.Data()));
 657       if(!useMC)gcArguments += " -mc-off";
 658       AliAnalysisTaskGammaConversion * taskGammaConversion = AddTaskGammaConversion(gcArguments,mgr->GetCommonInputContainer());
 659       gSystem->ChangeDirectory(cdir);
 660       taskGammaConversion->SelectCollisionCandidates();
 661       if (!taskGammaConversion) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskGammaConversion cannot run for these train conditions - EXCLUDED");
 662    }
 663
 664    // PWG4 omega to 3 pions analysis
 665    if (iPWG4omega3pi) {
 666       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskomega3pi.C");
 667       AliAnalysisTaskOmegaPi0PiPi *taskomega3pi = AddTaskomega3pi();
 668       if (!taskomega3pi) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskomega3pi cannot run for these train conditions - EXCLUDED");
 669    }
 670 }
 671
 672 //______________________________________________________________________________
 673 void StartAnalysis(const char *mode, TChain *chain) {
 674 // Start analysis.
 675    Int_t imode = -1;
 676    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
 677    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 678    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 679    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 680    switch (imode) {
 681       case 0:
 682          if (!chain) {
 683             ::Error("AnalysisTrainNew.C::StartAnalysis", "Cannot create the chain");
 684             return;
 685          }
 686          mgr->StartAnalysis(mode, chain);
 687          return;
 688       case 1:
 689          if (!proof_dataset.Length()) {
 690             ::Error("AnalysisTrainNew.C::StartAnalysis", "proof_dataset is empty");
 691             return;
 692          }
 693          mgr->StartAnalysis(mode, proof_dataset, 1000);
 694          return;
 695       case 2:
 696          if (usePLUGIN) {
 697             if (!mgr->GetGridHandler()) {
 698                ::Error("AnalysisTrainNew.C::StartAnalysis", "Grid plugin not initialized");
 699                return;
 700             }
 701             mgr->StartAnalysis("grid");
 702          } else {
 703             if (!chain) {
 704                ::Error("AnalysisTrainNew.C::StartAnalysis", "Cannot create the chain");
 705                return;
 706             }
 707             mgr->StartAnalysis(mode, chain);
 708          }
 709          return;
 710    }
 711 }
 712
 713 //______________________________________________________________________________
 714 void CheckModuleFlags(const char *mode) {
 715 // Checks selected modules and insure compatibility
 716    Int_t imode = -1;
 717    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 718    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 719    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 720    if (!iJETAN) iJETANdelta = 0;
 721    if (imode==1) {
 722       if (!usePAR) {
 723          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PAR files enabled due to PROOF analysis");
 724          usePAR = kTRUE;
 725       }
 726    }
 727    if (imode != 2) {
 728       ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "AliEn plugin disabled since not in GRID mode");
 729       usePLUGIN = kFALSE;
 730    }
 731    if (iAODanalysis) {
 732    // AOD analysis
 733       if (useMC)
 734          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "MC usage disabled in analysis on AOD's");
 735       if (useAODTAGS)
 736          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "AOD tags usage disabled in analysis on AOD's");
 737       useMC = kFALSE;
 738       useTR = kFALSE;
 739       useAODTAGS = kFALSE;
 740       if (iESDfilter)
 741          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "ESD filter disabled in analysis on AOD's");
 742       iESDfilter   = 0;
 743       if (!iAODhandler) {
 744          if (iJETAN)
 745             ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "JETAN disabled in analysis on AOD's without AOD handler");
 746          iJETAN = 0;
 747          iJETANdelta = 0;
 748       }
 749       // Disable tasks that do not work yet on AOD data
 750       if (iPWG4gammaconv)
 751          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG4gammaconv disabled on AOD's without AOD handler");
 752       iPWG4gammaconv = 0;
 753       if (iPWG2central)
 754          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2central disabled on AOD's");
 755          iPWG2central = 0;
 756       if (iPWG2flow)
 757          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2flow disabled on AOD's");
 758          iPWG2flow = 0;
 759       if (iPWG2femto)
 760          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2femto disabled on AOD's");
 761          iPWG2femto = 0;
 762       if (iPWG2res)
 763          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2res disabled on AOD's");
 764          iPWG2res = 0;
 765        if (iPWG2rsneff)
 766          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2rsneff disabled on AOD's");
 767          iPWG2rsneff = 0;
 768      if (iPWG2kink)
 769          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2kink disabled in analysis on AOD's");
 770          iPWG2kink = 0;
 771       if (iPWG2unicor)
 772          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2unicor disabled in analysis on AOD's");
 773          iPWG2unicor = 0;
 774       if (iPWG2evchar)
 775          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG4evchar disabled on AOD's");
 776          iPWG2evchar = 0;
 777       if (iPWG2forward)
 778          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2forward disabled in analysis on AOD's");
 779          iPWG2forward = 0;
 780       if (iPWG3hfe)
 781          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG3hfe disabled on AOD's");
 782          iPWG3hfe = 0;
 783       if (iPWG4omega3pi)
 784          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG4omega3pi disabled on AOD's");
 785          iPWG4omega3pi = 0;
 786    } else {
 787    // ESD analysis
 788       if (!useMC) useTR = kFALSE;
 789       if (!useTR) {
 790          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "iPWG2evchar disabled if not reading track references");
 791          iPWG2evchar = 0;
 792       }
 793    }
 794    if (!useMC) {
 795       if (iPWG2perfcascade)
 796          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2perfcascade disabled without MC info");
 797       iPWG2perfcascade = 0;
 798       if (iPWG2central)
 799          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2central disabled without MC info");
 800          iPWG2central = 0;
 801    }
 802    if (iJETAN && !iAODanalysis) iESDfilter=1;
 803    if (iESDfilter) {iAODhandler=1; useCORRFW = kTRUE;}
 804    if (iPWG2spectra || iPWG2flow || iPWG3vertexing || iPWG3hfe || iPWG2res || iPWG2rsneff) useCORRFW = kTRUE;
 805    if (useKFILTER && !useMC) useKFILTER = kFALSE;
 806    if (useAODTAGS && !iAODhandler) useAODTAGS = kFALSE;
 807 }
 808
 809 //______________________________________________________________________________
 810 Bool_t Connect(const char *mode) {
 811 // Connect <username> to the back-end system.
 812    Int_t imode = -1;
 813    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 814    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 815    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 816    TString username = gSystem->Getenv("alien_API_USER");
 817    switch (imode) {
 818       case 0:
 819          break;
 820       case 1:
 821          if  (!username.Length()) {
 822             ::Error(Form("AnalysisTrainNew.C::Connect <%s>", mode), "Make sure you:\n \
 823                            1. Have called: alien-token-init <username>\n \
 824                            2. Have called: >source /tmp/gclient_env_$UID");
 825             return kFALSE;
 826          }
 827          ::Info("AnalysisTrainNew.C::Connect", "Connecting user <%s> to PROOF cluster <%s>",
 828                 username.Data(), proof_cluster.Data());
 829          gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy", "2");
 830 //         TProof::Open(Form("%s@%s:31093", username.Data(), proof_cluster.Data()));
 831          TProof::Open(Form("%s@%s", username.Data(), proof_cluster.Data()));
 832          if (!gProof) {
 833             if (strcmp(gSystem->Getenv("XrdSecGSISRVNAMES"), "lxfsrd0506.cern.ch"))
 834                ::Error(Form("AnalysisTrainNew.C::Connect <%s>", mode), "Environment XrdSecGSISRVNAMES different from lxfsrd0506.cern.ch");
 835             return kFALSE;
 836          }
 837          TGrid::Connect("alien://");
 838          if (gGrid) {
 839             TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();
 840             TString workdir = homedir + train_name;
 841             if (!gGrid->Cd(workdir)) {
 842                gGrid->Cd(homedir);
 843                if (gGrid->Mkdir(workdir)) {
 844                   gGrid->Cd(train_name);
 845                   ::Info("AnalysisTrainNew::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());
 846                }
 847             }
 848             gGrid->Mkdir("proof_output");
 849             gGrid->Cd("proof_output");
 850             proof_outdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());
 851          }
 852          break;
 853       case 2:
 854          if (usePLUGIN && !gSystem->Getenv("alien_CLOSE_SE")) {
 855             ::Error(Form("AnalysisTrainNew.C::Connect <%s>", mode),
 856                            "When using the AliEn plugin it is preferable to define the \
 857                            variable alien_CLOSE_SE in your environment.");
 858             return kFALSE;
 859          }
 860          ::Info("AnalysisTrainNew.C::Connect", "Connecting user <%s> to AliEn ...",
 861                 username.Data());
 862          TGrid::Connect("alien://");
 863          if (!gGrid || !gGrid->IsConnected()) return kFALSE;
 864          break;
 865       default:
 866          ::Error("AnalysisTrainNew.C::Connect", "Unknown run mode: %s", mode);
 867          return kFALSE;
 868    }
 869    ::Info("AnalysisTrainNew.C::Connect","Connected in %s mode", mode);
 870    return kTRUE;
 871 }
 872
 873 //______________________________________________________________________________
 874 Bool_t LoadCommonLibraries(const char *mode)
 875 {
 876 // Load common analysis libraries.
 877    Int_t imode = -1;
 878    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 879    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 880    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 881    if (!gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) {
 882       ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadCommonLibraries", "Analysis train requires that analysis libraries are compiled with a local AliRoot");
 883       return kFALSE;
 884    }
 885    Bool_t success = kTRUE;
 886    // ROOT libraries
 887    gSystem->Load("libTree.so");
 888    gSystem->Load("libGeom.so");
 889    gSystem->Load("libVMC.so");
 890    gSystem->Load("libPhysics.so");
 891    gSystem->Load("libMinuit.so");
 892
 893    // Load framework classes. Par option ignored here.
 894    switch (imode) {
 895       case 0:
 896       case 2:
 897          if (useCPAR) {
 898             success &= LoadLibrary("STEERBase", mode, kTRUE);
 899             success &= LoadLibrary("ESD", mode, kTRUE);
 900             success &= LoadLibrary("AOD", mode, kTRUE);
 901             success &= LoadLibrary("ANALYSIS", mode, kTRUE);
 902             success &= LoadLibrary("ANALYSISalice", mode, kTRUE);
 903             if (useCORRFW) success &= LoadLibrary("CORRFW", mode, kTRUE);
 904          } else {
 905             success &= LoadLibrary("libSTEERBase.so", mode);
 906             success &= LoadLibrary("libESD.so", mode);
 907             success &= LoadLibrary("libAOD.so", mode);
 908             success &= LoadLibrary("libANALYSIS.so", mode);
 909             success &= LoadLibrary("libANALYSISalice.so", mode);
 910             if (useCORRFW) success &= LoadLibrary("libCORRFW.so", mode);
 911             gROOT->ProcessLine(".include $ALICE_ROOT/include");
 912          }
 913          break;
 914       case 1:
 915          Int_t ires = -1;
 916          if (useAFPAR && !gSystem->AccessPathName(AFversion)) ires = gProof->UploadPackage(AFversion);
 917          if (ires < 0) {
 918             success &= LoadLibrary("STEERBase", mode);
 919             success &= LoadLibrary("ESD", mode);
 920             success &= LoadLibrary("AOD", mode);
 921             success &= LoadLibrary("ANALYSIS", mode);
 922             success &= LoadLibrary("ANALYSISalice", mode);
 923             if (useCORRFW) success &= LoadLibrary("CORRFW", mode);
 924          } else {
 925             ires = gProof->EnablePackage(AFversion);
 926             if (ires<0) success = kFALSE;
 927             if (useCORRFW) success &= LoadLibrary("CORRFW", mode);
 928          }
 929          break;
 930       default:
 931          ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadCommonLibraries", "Unknown run mode: %s", mode);
 932          return kFALSE;
 933    }
 934    if (success) {
 935       ::Info("AnalysisTrainNew.C::LoadCommodLibraries", "Load common libraries:    SUCCESS");
 936       ::Info("AnalysisTrainNew.C::LoadCommodLibraries", "Include path for Aclic compilation:\n%s",
 937               gSystem->GetIncludePath());
 938    } else {
 939       ::Info("AnalysisTrainNew.C::LoadCommodLibraries", "Load common libraries:    FAILED");
 940    }
 941
 942    return success;
 943 }
 944
 945 //______________________________________________________________________________
 946 Bool_t LoadAnalysisLibraries(const char *mode)
 947 {
 948 // Load common analysis libraries.
 949    Bool_t success = kTRUE;
 950    if (useTender) {
 951       if (!LoadLibrary("TENDER", mode, kTRUE) ||
 952           !LoadLibrary("TENDERSupplies", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 953    }
 954    if (iESDfilter || iPWG3MuonTrain) {
 955       if (!LoadLibrary("PWG3base", mode, kTRUE) ||
 956           !LoadLibrary("PWG3muon", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 957    }
 958    // JETAN
 959    if (iJETAN) {
 960       if (!LoadLibrary("JETAN", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 961    }
 962    if (iJETANdelta) {
 963       if (!LoadLibrary("JETAN", mode, kTRUE) ||
 964           !LoadLibrary("CGAL", mode, kTRUE) ||
 965           !LoadLibrary("fastjet", mode, kTRUE) ||
 966           !LoadLibrary("siscone", mode, kTRUE) ||
 967           !LoadLibrary("SISConePlugin", mode, kTRUE) ||
 968           !LoadLibrary("FASTJETAN", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 969    }
 970    // PWG4 particle correlations
 971    if (iPWG4partcorr) {
 972       if (!LoadLibrary("EMCALUtils", mode, kTRUE) ||
 973           !LoadLibrary("PHOSUtils", mode, kTRUE) ||
 974           !LoadLibrary("PWG4PartCorrBase", mode, kTRUE) ||
 975           !LoadLibrary("PWG4PartCorrDep", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 976    }
 977    // PWG4 gamma conversion
 978    if (iPWG4gammaconv) {
 979       if (!LoadLibrary("PWG4GammaConv", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 980    }
 981    // PWG4 omega to 3 pions
 982    if (iPWG4omega3pi) {
 983       if (!LoadLibrary("PWG4omega3pi", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 984    }
 985    // PWG2 task protons
 986    if (iPWG2spectra) {
 987       if (!LoadLibrary("PWG2spectra", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 988    }
 989    // PWG2 flow
 990    if (iPWG2flow) {
 991       if (!LoadLibrary("PWG2flowCommon", mode, kTRUE) ||
 992           !LoadLibrary("PWG2flowTasks", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 993    }
 994    // PWG2 resonances
 995    if (iPWG2res || iPWG2rsneff) {
 996       if (!LoadLibrary("PWG2resonances", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 997    }
 998    // PWG2 kink
 999    if (iPWG2kink) {
1000       if (!LoadLibrary("PWG2kink", mode, kTRUE)) return kFALSE;
1001    }
1002    // PWG2 unicor
1003    if (iPWG2unicor) {
1004       if (!LoadLibrary("PWG2unicor", mode, kTRUE)) return kFALSE;
1005    }
1006    // PWG2 evchar
1007    if (iPWG2evchar) {
1008       if (!LoadLibrary("PWG2evchar", mode, kTRUE)) return kFALSE;
1009    }
1010    // PWG2 femtoscopy
1011    if (iPWG2femto) {
1012       if (!LoadLibrary("PWG2AOD", mode, kTRUE) ||
1013           !LoadLibrary("PWG2femtoscopy", mode, kTRUE) ||
1014           !LoadLibrary("PWG2femtoscopyUser", mode, kTRUE)) return kFALSE;
1015 //      TFile::Cp(gSystem->ExpandPathName("$(ALICE_ROOT)/PWG2/FEMTOSCOPY/macros/ConfigFemtoAnalysis.C"), Form("%s/ConfigFemtoAnalysis.C", train_name.Data()));
1016 //      anaLibs += "ConfigFemtoAnalysis.C ";
1017    }
1018    // PWG2 FORWARD
1019    if (iPWG2forward) {
1020       if (!LoadLibrary("PWG2forward", mode, kTRUE)) return kFALSE;
1021    }
1022    // PWG3 Vertexing HF
1023    if (iPWG3vertexing || iPWG3d2h) {
1024       if (!LoadLibrary("PWG3base", mode, kTRUE) ||
1025           !LoadLibrary("PWG3vertexingHF", mode, kTRUE)) return kFALSE;
1026    }
1027    // PWG3 hfe
1028    if (iPWG3hfe) {
1029       if (!LoadLibrary("PWG3hfe", mode, kTRUE)) return kFALSE;
1030    }
1031    // PWG3 dielectron
1032    if (iPWG3JPSIfilter || iPWG3JPSI) {
1033       if (!LoadLibrary("PWG3dielectron", mode, kTRUE)) return kFALSE;
1034    }
1035
1036    ::Info("AnalysisTrainNew.C::LoadAnalysisLibraries", "Load other libraries:   SUCCESS");
1037    return kTRUE;
1038 }
1039
1040 //______________________________________________________________________________
1041 Bool_t LoadLibrary(const char *module, const char *mode, Bool_t rec=kFALSE)
1042 {
1043 // Load a module library in a given mode. Reports success.
1044    Int_t imode = -1;
1045    Int_t result;
1046    TString smodule(module);
1047    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
1048    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
1049    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
1050    TString mod(module);
1051    if (!mod.Length()) {
1052       ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadLibrary", "Empty module name");
1053       return kFALSE;
1054    }
1055    // If a library is specified, just load it
1056    if (smodule.EndsWith(".so")) {
1057       mod.Remove(mod.Index(".so"));
1058       result = gSystem->Load(mod);
1059       if (result < 0) {
1060          ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadLibrary", "Could not load library %s", module);
1061          return kFALSE;
1062       }
1063       if (rec) anaLibs += Form("%s.so ",mod.Data());
1064       return kTRUE;
1065    }
1066    // Check if the library is already loaded
1067    if (strlen(gSystem->GetLibraries(Form("%s.so", module), "", kFALSE)) > 0)
1068       return kTRUE;
1069    switch (imode) {
1070       case 0:
1071       case 2:
1072          if (usePAR) {
1073             result = SetupPar(module);
1074             if (rec) anaPars += Form("%s.par ", module);
1075          } else {
1076             result = gSystem->Load(Form("lib%s.so", module));
1077             if (rec) anaLibs += Form("lib%s.so ", module);
1078          }
1079          break;
1080       case 1:
1081          result = gProof->UploadPackage(module);
1082          if (result<0) {
1083             result = gProof->UploadPackage(gSystem->ExpandPathName(Form("$ALICE_ROOT/%s.par", module)));
1084             if (result<0) {
1085                ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadLibrary", "Could not find module %s.par in current directory nor in $ALICE_ROOT", module);
1086                return kFALSE;
1087             }
1088          }
1089          result = gProof->EnablePackage(module);
1090          break;
1091       default:
1092          return kFALSE;
1093    }
1094    if (result < 0) {
1095       ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadLibrary", "Could not load module %s", module);
1096       return kFALSE;
1097    }
1098    return kTRUE;
1099 }
1100
1101
1102 //______________________________________________________________________________
1103 TChain *CreateChain(const char *mode, const char *plugin_mode)
1104 {
1105 // Create the input chain
1106    Int_t imode = -1;
1107    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
1108    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
1109    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
1110    TChain *chain = NULL;
1111    // Local chain
1112    switch (imode) {
1113       case 0:
1114          if (iAODanalysis) {
1115             if (!local_xmldataset.Length()) {
1116                // Local AOD
1117                chain = new TChain("aodTree");
1118                if (gSystem->AccessPathName("data/AliAOD.root"))
1119                   ::Error("AnalysisTrainNew.C::CreateChain", "File: AliAOD.root not in ./data dir");
1120                else {
1121                   if (!saveTrain) chain->Add("data/AliAOD.root");
1122                   else            chain->Add("../data/AliAOD.root");
1123                }
1124             } else {
1125                // Interactive AOD
1126                chain = CreateChainSingle(local_xmldataset, "aodTree");
1127             }
1128          } else {
1129             if (!local_xmldataset.Length()) {
1130                // Local ESD
1131                chain = new TChain("esdTree");
1132                if (gSystem->AccessPathName("data/AliESDs.root"))
1133                   ::Error("AnalysisTrainNew.C::CreateChain", "File: AliESDs.root not in ./data dir");
1134                else {
1135                   if (!saveTrain) chain->Add("data/AliESDs.root");
1136                   else            chain->Add("../data/AliESDs.root");
1137                }
1138             } else {
1139                // Interactive ESD
1140                chain = CreateChainSingle(local_xmldataset, "esdTree");
1141             }
1142          }
1143          break;
1144       case 1:
1145          break;
1146       case 2:
1147          if (usePLUGIN) {
1148 //            AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(plugin_mode);
1149 //            AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->SetGridHandler(alienHandler);
1150          } else {
1151             TString           treeName = "esdTree";
1152             if (iAODanalysis) treeName = "aodTree";
1153             chain = CreateChainSingle("wn.xml", treeName);
1154          }
1155          break;
1156       default:
1157    }
1158    if (chain && chain->GetNtrees()) return chain;
1159    return NULL;
1160 }
1161
1162 //______________________________________________________________________________
1163 TChain* CreateChainSingle(const char* xmlfile, const char *treeName)
1164 {
1165    printf("*******************************\n");
1166    printf("*** Getting the ESD Chain   ***\n");
1167    printf("*******************************\n");
1168    TAlienCollection * myCollection  = TAlienCollection::Open(xmlfile);
1169
1170    if (!myCollection) {
1171       ::Error("AnalysisTrainNew.C::CreateChainSingle", "Cannot create an AliEn collection from %s", xmlfile) ;
1172       return NULL ;
1173    }
1174
1175    TChain* chain = new TChain(treeName);
1176    myCollection->Reset() ;
1177    while ( myCollection->Next() ) chain->Add(myCollection->GetTURL("")) ;
1178    chain->ls();
1179    return chain;
1180 }
1181
1182 //______________________________________________________________________________
1183 Int_t SetupPar(char* pararchivename)
1184 {
1185    if (!pararchivename || !strlen(pararchivename)) return -1;
1186    char processline[1024];
1187    if (gSystem->AccessPathName(Form("%s.par", pararchivename))) {
1188       if (!gSystem->AccessPathName(Form("%s/%s.par", gSystem->Getenv("ALICE_ROOT"),pararchivename))) {
1189          ::Info("AnalysisTrainNew.C::SetupPar", "Getting %s.par from $ALICE_ROOT", pararchivename);
1190          TFile::Cp(gSystem->ExpandPathName(Form("$ALICE_ROOT/%s.par", pararchivename)),
1191                    Form("%s.par",pararchivename));
1192       } else {
1193          ::Error("AnalysisTrainNew.C::SetupPar", "Cannot find %s.par", pararchivename);
1194          return -1;
1195       }
1196    }
1197    if (usePLUGIN && saveTrain) gSystem->Exec(Form("ln -s ../%s.par %s",pararchivename, train_name.Data()));
1198    gSystem->Exec(Form("tar xvzf %s.par", pararchivename));
1199
1200    TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
1201    if (!gSystem->ChangeDirectory(pararchivename)) return -1;
1202
1203    // check for BUILD.sh and execute
1204    if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
1205       printf("*******************************\n");
1206       printf("*** Building PAR archive    ***\n");
1207       printf("*******************************\n");
1208       if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
1209          Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
1210          return -1;
1211       }
1212    }
1213
1214         // check for SETUP.C and execute
1215         if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
1216             printf("*******************************\n");
1217             printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
1218             printf("*******************************\n");
1219             gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
1220         }
1221         if (!gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data())) return -1;
1222    return 0;
1223 }
1224
1225 //______________________________________________________________________________
1226 AliAnalysisAlien* CreateAlienHandler(const char *plugin_mode)
1227 {
1228 // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
1229 // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
1230    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
1231 // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
1232    plugin->SetRunMode(plugin_mode);
1233    if (useProductionMode) {
1234       plugin->SetProductionMode();
1235       plugin->AddDataFile(data_collection);
1236    }
1237
1238    if (!outputSingleFolder.IsNull()) {
1239       plugin->SetOutputSingleFolder(outputSingleFolder);
1240       plugin->SetOutputToRunNo();
1241    }
1242    plugin->SetJobTag(job_tag);
1243    plugin->SetNtestFiles(1);
1244    plugin->SetCheckCopy(kFALSE);
1245    plugin->SetOneStageMerging(kTRUE);
1246 // Set versions of used packages
1247    plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
1248    plugin->SetROOTVersion(root_version);
1249    plugin->SetAliROOTVersion(aliroot_version);
1250 // Declare input data to be processed.
1251 // Method 1: Create automatically XML collections using alien 'find' command.
1252 // Define production directory LFN
1253    plugin->SetGridDataDir(alien_datadir);
1254 // Set data search pattern
1255    plugin->SetDataPattern(data_pattern);
1256    if (!useProductionMode) {
1257       if (runOnData) {
1258          plugin->SetRunPrefix("000");
1259       }
1260 //   if (!iAODanalysis) plugin->SetRunRange(run_range[0], run_range[1]);
1261       for (Int_t i=0; i<10; i++) {
1262          if (run_numbers[i]==0) break;
1263          plugin->AddRunNumber(run_numbers[i]);
1264       }
1265    }
1266 // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
1267    plugin->SetGridWorkingDir(grid_workdir);
1268 // Declare alien output directory. Relative to working directory.
1269    if (alien_outdir.IsNull()) alien_outdir = Form("output_%s",train_name.Data());
1270    plugin->SetGridOutputDir(alien_outdir);
1271
1272    TString ana_sources = "";
1273    TString ana_add = "";
1274    if (usePAR && anaPars.Length()) {
1275       printf("%s\n", anaPars.Data());
1276       TObjArray *arr;
1277       TObjString *objstr;
1278       arr = anaPars.Tokenize(" ");
1279       TIter next(arr);
1280       while ((objstr=(TObjString*)next())) plugin->EnablePackage(objstr->GetString());
1281       delete arr;
1282    }
1283 // Add external packages
1284    if (iJETANdelta) {
1285       plugin->AddExternalPackage("boost::v1_38_0");
1286       plugin->AddExternalPackage("cgal::v3.3.1");
1287       plugin->AddExternalPackage("fastjet::v2.4.0");
1288    }
1289
1290 // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
1291 // using ACLiC on the worker nodes.
1292    ana_sources = ana_sources.Strip();
1293 // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
1294 // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
1295    anaLibs     = anaLibs.Strip();
1296    if (ana_sources.Length()) plugin->SetAnalysisSource(ana_sources);
1297    if (anaLibs.Length())     plugin->SetAdditionalLibs(anaLibs);
1298
1299 // Declare the output file names separated by blancs.
1300 // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)
1301    plugin->SetDefaultOutputs();
1302    plugin->SetMergeExcludes(mergeExclude);
1303    plugin->SetMaxMergeFiles(maxMergeFiles);
1304    plugin->SetNrunsPerMaster(nRunsPerMaster);
1305 // Optionally define the files to be archived.
1306 //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:AliAOD.root,AOD.tag.root@ALICE::NIHAM::File");
1307
1308
1309    // Put default output files to archive
1310    TString listhists = "";
1311    TString listaods  = "";
1312    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1313    TIter next(mgr->GetOutputs());
1314    AliAnalysisDataContainer *output;
1315    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
1316       const char *filename = output->GetFileName();
1317       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
1318          if (!mgr->GetOutputEventHandler()) continue;
1319          filename = mgr->GetOutputEventHandler()->GetOutputFileName();
1320          if (listaods.Length()) listaods += ",";
1321          listaods += filename;
1322          listaods += ",";
1323          listaods += "pyxsec_hists.root";
1324       } else {
1325          if (!strcmp(filename, "pyxsec_hists.root")) continue;
1326          if (listhists.Contains(filename)) continue;
1327          if (listhists.Length()) listhists += ",";
1328          listhists += filename;
1329       }
1330    }
1331    if (mgr->GetExtraFiles().Length()) {
1332       if (listaods.Length()) listaods += ",";
1333       listaods += mgr->GetExtraFiles();
1334       listaods.ReplaceAll(" ", ",");
1335    }
1336    if (listhists.Length()) listhists = Form("hist_archive.zip:%s@%s", listhists.Data(), outputStorages.Data());
1337    if (listaods.Length())  listaods  = Form("aod_archive.zip:%s@%s", listaods.Data(), outputStorages.Data());
1338    if (!listhists.Length() && !listaods.Length()) {
1339       ::Fatal("AnalysisTrainNew", "No task output !");
1340    }
1341    TString outputArchive = Form("log_archive.zip:stderr@%s", outputStorages.Data());
1342    if (listaods.Length()) {
1343       outputArchive += " ";
1344       outputArchive += listaods;
1345    }
1346    if (listhists.Length()) {
1347       outputArchive += " ";
1348       outputArchive += listhists;
1349    }
1350 // Set friends
1351 //   if (iAODanalysis && iPWG3d2h)
1352 //      plugin->SetFriendChainName("AliAOD.VertexingHF.root");
1353 //   plugin->SetOutputArchive(outputArchive);
1354 // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
1355    plugin->SetAnalysisMacro(Form("%s.C", train_name.Data()));
1356 // Optionally set a name for the generated validation script
1357    plugin->SetValidationScript("FILTERvalidation.sh");
1358 // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
1359    plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(nFilesPerJob);
1360 // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.
1361 //   plugin->SetMaxInitFailed(5);
1362 // Optionally modify the number of replicas
1363    plugin->SetNumberOfReplicas(4);
1364 // Optionally resubmit threshold.
1365 //   plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);
1366 // Optionally set time to live (default 30000 sec)
1367    plugin->SetTTL(70000);
1368 // Optionally set input format (default xml-single)
1369    plugin->SetInputFormat("xml-single");
1370 // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
1371    plugin->SetJDLName(Form("%s.jdl", train_name.Data()));
1372 // Optionally modify the executable name (default analysis.sh)
1373    plugin->SetExecutable(Form("%s.sh", train_name.Data()));
1374 // Optionally modify job price (default 1)
1375    plugin->SetPrice(1);
1376 // Merge via JDL
1377    plugin->SetMergeViaJDL(useMergeViaJDL);
1378 // Use fastread option
1379    plugin->SetFastReadOption(useFastReadOption);
1380 // UseOverwrite mode
1381    plugin->SetOverwriteMode(useOverwriteMode);
1382    plugin->SetExecutableCommand("aliroot -b -q");
1383 // Optionally modify split mode (default 'se')
1384    plugin->SetSplitMode("se");
1385    return plugin;
1386 }
1387
1388 //______________________________________________________________________________
1389 void WriteConfig()
1390 {
1391 // Write train configuration in a file. The file name has the format:
1392 // train_[trainName]_ddMonthyyyy_time.C
1393    if (useDATE) {
1394       gSystem->Exec("date +%d%b%Y_%Hh%M > date.tmp");
1395       ifstream fdate("date.tmp");
1396       if (!fdate.is_open()) {
1397          ::Error("AnalysisTrainNew.C::Export","Could not generate file name");
1398          return;
1399       }
1400       const char date[64];
1401       fdate.getline(date,64);
1402       fdate.close();
1403       gSystem->Exec("rm date.tmp");
1404       train_name = Form("%s_%s", train_name.Data(), date);
1405    }
1406    TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();
1407    gSystem->MakeDirectory(train_name);
1408    gSystem->ChangeDirectory(train_name);
1409    ofstream out;
1410    out.open(Form("%sConfig.C",train_name.Data()), ios::out);
1411    if (out.bad()) {
1412       ::Error("AnalysisTrainNew.C::Export", "Cannot open ConfigTrain.C for writing");
1413       return;
1414    }
1415    out << "{" << endl;
1416    out << "   train_name      = " << "\"" << train_name.Data() << "\";" << endl;
1417    out << "   proof_cluster   = " << "\"" << proof_cluster.Data() << "\";" << endl;
1418    out << "   useAFPAR        = " << useAFPAR << ";" << endl;
1419    if (useAFPAR)
1420       out << "   AFversion       = " << AFversion.Data() << ";" << endl;
1421    out << "   proof_dataset   = " << "\"" << proof_dataset.Data() << "\";" << endl;
1422    out << "   usePLUGIN       = " << usePLUGIN << ";" << endl;
1423    out << "   usePAR          = " << usePAR << ";" << endl;
1424    out << "   useCPAR         = " << useCPAR << ";" << endl;
1425    out << "   root_version    = " << "\"" << root_version.Data() << "\";" << endl;
1426    out << "   aliroot_version = " << "\"" << aliroot_version.Data() << "\";" << endl;
1427    out << "   alien_datadir   = " << "\"" << alien_datadir.Data() << "\";" << endl;
1428    if (!alien_outdir.Length()) alien_outdir = Form("output_%s",train_name.Data());
1429    out << "   alien_outdir    = " << "\"" << alien_outdir.Data() << "\";" << endl;
1430    out << "   maxMergeFiles   = " << maxMergeFiles << ";" << endl;
1431    out << "   mergeExclude    = " << "\"" << mergeExclude.Data() << "\";" << endl;
1432    out << "   nRunsPerMaster  = " << nRunsPerMaster << ";" << endl;
1433    out << "   nFilesPerJob    = " << nFilesPerJob << ";" << endl;
1434 //   for (Int_t i=0; i<10; i++) {
1435 //      if (run_numbers[i])
1436 //         out << "   run_numbers[" << i << "]  = " << run_numbers[i] << ";" << endl;
1437 //   }
1438 //   out << "   run_range[0]    = " << run_range[0] << ";" << endl;
1439 //   out << "   run_range[1]    = " << run_range[1] << ";" << endl;
1440    out << "   usePhysicsSelection = " << usePhysicsSelection << ";" << endl;
1441    out << "   useTender       = " << useTender << ";" << endl;
1442    out << "   useMergeViaJDL  = " << useMergeViaJDL << ";" << endl;
1443    out << "   useOverwriteMode  = " << useOverwriteMode << ";" << endl;
1444    out << "   useFastReadOption = " << useFastReadOption << ";" << endl;
1445    out << "   useDBG          = " << useDBG << ";" << endl;
1446    out << "   useMC           = " << useMC << ";" << endl;
1447    out << "   useTAGS         = " << useTAGS << ";" << endl;
1448    out << "   useKFILTER      = " << useKFILTER << ";" << endl;
1449    out << "   useTR           = " << useTR << ";" << endl;
1450    out << "   useCORRFW       = " << useCORRFW << ";" << endl;
1451    out << "   useAODTAGS      = " << useAODTAGS << ";" << endl;
1452    out << "   saveTrain       = " << "kFALSE;" << endl << endl;
1453    out << "   // Analysis modules" << endl;
1454    out << "   iAODanalysis    = " << iAODanalysis << ";" << endl;
1455    out << "   iAODhandler     = " << iAODhandler << ";" << endl;
1456    out << "   iESDfilter      = " << iESDfilter << ";" << endl;
1457    out << "   iMUONcopyAOD    = " << iMUONcopyAOD << ";" << endl;
1458    out << "   iJETAN          = " << iJETAN << ";" << endl;
1459    out << "   iJETANdelta     = " << iJETANdelta << ";" << endl;
1460    out << "   iPWG4partcorr   = " << iPWG4partcorr << ";" << endl;
1461    out << "   iPWG4gammaconv  = " << iPWG4gammaconv << ";" << endl;
1462    out << "   iPWG4omega3pi   = " << iPWG4omega3pi << ";" << endl;
1463    out << "   iPWG3vertexing  = " << iPWG3vertexing << ";" << endl;
1464    out << "   iPWG3hfe        = " << iPWG3hfe << ";" << endl;
1465    out << "   iPWG3JPSIfilter = " << iPWG3JPSIfilter << ";" << endl;
1466    out << "   iPWG3JPSI       = " << iPWG3JPSI << ";" << endl;
1467    out << "   iPWG3d2h        = " << iPWG3d2h << ";" << endl;
1468    out << "     iPWG3d0mass       = " << iPWG3d0mass << ";" << endl;
1469    out << "     iPWG3d0massLS     = " << iPWG3d0massLS << ";" << endl;
1470    out << "     iPWG3dplus        = " << iPWG3dplus << ";" << endl;
1471    out << "     iPWG3LSd0         = " << iPWG3LSd0 << ";" << endl;
1472    out << "     iPWG3LSjpsi       = " << iPWG3LSjpsi << ";" << endl;
1473    out << "     iPWG3CFd0         = " << iPWG3CFd0 << ";" << endl;
1474    out << "     iPWG3promptd0     = " << iPWG3promptd0 << ";" << endl;
1475    out << "   iPWG3MuonTrain      = " << iPWG3MuonTrain << ";" << endl;
1476    out << "   iPWG2femto      = " << iPWG2femto << ";" << endl;
1477    out << "   iPWG2spectra    = " << iPWG2spectra << ";" << endl;
1478    out << "     iPWG2protons      = " << iPWG2protons << ";" << endl;
1479    out << "     iPWG2checkcascade = " << iPWG2checkcascade << ";" << endl;
1480    out << "     iPWG2perfcascade  = " << iPWG2perfcascade << ";" << endl;
1481    out << "     iPWG2checkv0      = " << iPWG2checkv0 << ";" << endl;
1482    out << "     iPWG2strange      = " << iPWG2strange << ";" << endl;
1483    out << "     iPWG2central      = " << iPWG2central << ";" << endl;
1484    out << "   iPWG2flow       = " << iPWG2flow << ";" << endl;
1485    out << "   iPWG2res        = " << iPWG2res << ";" << endl;
1486    out << "     iPWG2rsneff   = " << iPWG2rsneff << ";" << endl;
1487    out << "   iPWG2kink       = " << iPWG2kink << ";" << endl;
1488    out << "     iPWG2kinkESDMC    = " << iPWG2kinkESDMC << ";" << endl;
1489    out << "     iPWG2kinkLSKstar  = " << iPWG2kinkLSKstar << ";" << endl;
1490    out << "     iPWG2kinkLSL1520  = " << iPWG2kinkLSL1520 << ";" << endl;
1491    out << "     iPWG2kinkLSPhi    = " << iPWG2kinkLSPhi << ";" << endl;
1492    out << "     iPWG2kinkKstarESD = " << iPWG2kinkKstarESD << ";" << endl;
1493    out << "     iPWG2kinkKstarMC  = " << iPWG2kinkKstarMC << ";" << endl;
1494    out << "     iPWG2kinkL1520ESD = " << iPWG2kinkL1520ESD << ";" << endl;
1495    out << "     iPWG2kinkL1520MC  = " << iPWG2kinkL1520MC << ";" << endl;
1496    out << "     iPWG2kinkPhiESD   = " << iPWG2kinkPhiESD << ";" << endl;
1497    out << "     iPWG2kinkPhiMC    = " << iPWG2kinkPhiMC << ";" << endl;
1498    out << "   iPWG2unicor     = " << iPWG2unicor << ";" << endl;
1499    out << "   iPWG2evchar     = " << iPWG2evchar << ";" << endl;
1500    out << "   iPWG2forward    = " << iPWG2forward << ";" << endl << endl;
1501    out << "// Configuration fot the wagons" << endl;
1502    out << "   configPWG2femto = \"" << configPWG2femto << "\";" << endl;
1503    out << "   configPWG3d2h   = \"" << configPWG3d2h << "\";" << endl;
1504    out << "}" << endl;
1505    ::Info("AnalysisTrainNew.C::WriteConfig", "Train configuration wrote to file %s", Form("config_%s.C", train_name.Data()));
1506    gSystem->ChangeDirectory(cdir);
1507 }
1508
1509 //______________________________________________________________________________
1510 Bool_t LoadConfig(const char *filename)
1511 {
1512 // Read train configuration from file
1513    if (gSystem->AccessPathName(filename)) {
1514       ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadConfig", "Config file name not found");
1515       return kFALSE;
1516    }
1517    gROOT->ProcessLine(Form(".x %s", filename));
1518    ::Info("AnalysisTrainNew.C::LoadConfig", "Train configuration loaded from file %s", filename);
1519    return kTRUE;
1520 }